1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AF AF '2-AMINOFLUORENE ' non-polymer 25 14 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AF
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AF N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
AF HN1 H H 0.000 0.202 0.000 0.997
AF HN2 H H 0.000 0.780 0.000 -0.653
AF C2 C CR6 0.000 -1.317 0.000 -0.462
AF C1 C CR16 0.000 -2.372 -0.004 0.443
AF H1 H H 0.000 -2.173 -0.010 1.507
AF C9A C CR56 0.000 -3.672 0.000 -0.014
AF C4A C CR56 0.000 -3.937 0.000 -1.380
AF C4 C CR16 0.000 -2.874 0.000 -2.287
AF H4 H H 0.000 -3.071 0.000 -3.352
AF C3 C CR16 0.000 -1.575 0.000 -1.828
AF H3 H H 0.000 -0.752 0.000 -2.533
AF C9 C CH2 0.000 -4.996 0.001 0.707
AF H91 H H 0.000 -5.107 0.893 1.327
AF H92 H H 0.000 -5.107 -0.890 1.329
AF C8A C CR56 0.000 -6.055 0.000 -0.368
AF C4B C CR56 0.000 -5.404 0.000 -1.598
AF C8 C CR16 0.000 -7.433 0.000 -0.312
AF H8 H H 0.000 -7.935 0.000 0.648
AF C7 C CR16 0.000 -8.174 0.000 -1.480
AF H7 H H 0.000 -9.256 0.000 -1.433
AF C6 C CR16 0.000 -7.537 0.000 -2.706
AF H6 H H 0.000 -8.121 0.000 -3.618
AF C5 C CR16 0.000 -6.158 0.000 -2.772
AF H5 H H 0.000 -5.662 0.000 -3.735
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AF N n/a C2 START
AF HN1 N . .
AF HN2 N . .
AF C2 N C1 .
AF C1 C2 C9A .
AF H1 C1 . .
AF C9A C1 C9 .
AF C4A C9A C4 .
AF C4 C4A C3 .
AF H4 C4 . .
AF C3 C4 H3 .
AF H3 C3 . .
AF C9 C9A C8A .
AF H91 C9 . .
AF H92 C9 . .
AF C8A C9 C8 .
AF C4B C8A . .
AF C8 C8A C7 .
AF H8 C8 . .
AF C7 C8 C6 .
AF H7 C7 . .
AF C6 C7 C5 .
AF H6 C6 . .
AF C5 C6 H5 .
AF H5 C5 . END
AF C2 C3 . ADD
AF C4A C4B . ADD
AF C4B C5 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AF C2 N single 1.355 0.020
AF HN1 N single 1.010 0.020
AF HN2 N single 1.010 0.020
AF C2 C3 double 1.390 0.020
AF C1 C2 single 1.390 0.020
AF C3 C4 single 1.390 0.020
AF H3 C3 single 1.083 0.020
AF C4 C4A double 1.390 0.020
AF H4 C4 single 1.083 0.020
AF C4A C4B single 1.490 0.020
AF C4A C9A single 1.490 0.020
AF C4B C5 double 1.390 0.020
AF C4B C8A single 1.490 0.020
AF C5 C6 single 1.390 0.020
AF H5 C5 single 1.083 0.020
AF C6 C7 double 1.390 0.020
AF H6 C6 single 1.083 0.020
AF C7 C8 single 1.390 0.020
AF H7 C7 single 1.083 0.020
AF C8 C8A double 1.390 0.020
AF H8 C8 single 1.083 0.020
AF C8A C9 single 1.457 0.020
AF C9 C9A single 1.457 0.020
AF H91 C9 single 1.092 0.020
AF H92 C9 single 1.092 0.020
AF C9A C1 double 1.390 0.020
AF H1 C1 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AF HN1 N HN2 120.000 3.000
AF HN1 N C2 120.000 3.000
AF HN2 N C2 120.000 3.000
AF N C2 C1 120.000 3.000
AF N C2 C3 120.000 3.000
AF C1 C2 C3 120.000 3.000
AF C2 C1 H1 120.000 3.000
AF C2 C1 C9A 120.000 3.000
AF H1 C1 C9A 120.000 3.000
AF C1 C9A C4A 120.000 3.000
AF C1 C9A C9 120.000 3.000
AF C4A C9A C9 120.000 3.000
AF C9A C4A C4 120.000 3.000
AF C9A C4A C4B 120.000 3.000
AF C4 C4A C4B 120.000 3.000
AF C4A C4 H4 120.000 3.000
AF C4A C4 C3 120.000 3.000
AF H4 C4 C3 120.000 3.000
AF C4 C3 H3 120.000 3.000
AF C4 C3 C2 120.000 3.000
AF H3 C3 C2 120.000 3.000
AF C9A C9 H91 109.500 3.000
AF C9A C9 H92 109.500 3.000
AF C9A C9 C8A 109.500 3.000
AF H91 C9 H92 107.900 3.000
AF H91 C9 C8A 109.500 3.000
AF H92 C9 C8A 109.500 3.000
AF C9 C8A C4B 120.000 3.000
AF C9 C8A C8 120.000 3.000
AF C4B C8A C8 120.000 3.000
AF C8A C4B C4A 120.000 3.000
AF C8A C4B C5 120.000 3.000
AF C4A C4B C5 120.000 3.000
AF C8A C8 H8 120.000 3.000
AF C8A C8 C7 120.000 3.000
AF H8 C8 C7 120.000 3.000
AF C8 C7 H7 120.000 3.000
AF C8 C7 C6 120.000 3.000
AF H7 C7 C6 120.000 3.000
AF C7 C6 H6 120.000 3.000
AF C7 C6 C5 120.000 3.000
AF H6 C6 C5 120.000 3.000
AF C6 C5 H5 120.000 3.000
AF C6 C5 C4B 120.000 3.000
AF H5 C5 C4B 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AF CONST_1 HN2 N C2 C1 179.809 0.000 0
AF CONST_2 N C2 C3 C4 180.000 0.000 0
AF CONST_3 N C2 C1 C9A 180.000 0.000 0
AF CONST_4 C2 C1 C9A C9 180.000 0.000 0
AF CONST_5 C1 C9A C4A C4 0.000 0.000 0
AF CONST_6 C9A C4A C4B C8A 0.000 0.000 0
AF CONST_7 C9A C4A C4 C3 0.000 0.000 0
AF CONST_8 C4A C4 C3 C2 0.000 0.000 0
AF CONST_9 C1 C9A C9 C8A 180.000 0.000 0
AF CONST_10 C9A C9 C8A C8 180.000 0.000 0
AF CONST_11 C9 C8A C4B C4A 0.000 0.000 0
AF CONST_12 C8A C4B C5 C6 0.000 0.000 0
AF CONST_13 C9 C8A C8 C7 180.000 0.000 0
AF CONST_14 C8A C8 C7 C6 0.000 0.000 0
AF CONST_15 C8 C7 C6 C5 0.000 0.000 0
AF CONST_16 C7 C6 C5 C4B 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AF plan-1 N 0.020
AF plan-1 C2 0.020
AF plan-1 HN1 0.020
AF plan-1 HN2 0.020
AF plan-2 C2 0.020
AF plan-2 N 0.020
AF plan-2 C3 0.020
AF plan-2 C1 0.020
AF plan-2 C4 0.020
AF plan-2 H3 0.020
AF plan-2 C4A 0.020
AF plan-2 H4 0.020
AF plan-2 C4B 0.020
AF plan-2 C9A 0.020
AF plan-2 C9 0.020
AF plan-2 C5 0.020
AF plan-2 C8A 0.020
AF plan-2 C6 0.020
AF plan-2 C7 0.020
AF plan-2 C8 0.020
AF plan-2 H5 0.020
AF plan-2 H6 0.020
AF plan-2 H7 0.020
AF plan-2 H8 0.020
AF plan-2 H1 0.020
AF plan-2 HN1 0.020
AF plan-2 HN2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
