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343
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AF1 AF1 '4,6-dideoxy-4-{[(1S,4S,5S,6S)-4,5,6-' pyranose 45 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AF1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
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AF1 HO3H H H 0.000 -8.104 -1.789 2.020
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AF1 C7H C CH2 0.000 -7.567 2.363 0.806
AF1 H7H H H 0.000 -8.189 2.306 1.701
AF1 H7HA H H 0.000 -8.146 2.800 -0.010
AF1 O7H O OH1 0.000 -6.423 3.176 1.070
AF1 HO7H H H 0.000 -6.635 4.084 1.326
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AF1 C1 n/a O5 START
AF1 H1 C1 . .
AF1 O1 C1 H23 .
AF1 H23 O1 . .
AF1 O5 C1 . END
AF1 C5 O5 C4 .
AF1 H5 C5 . .
AF1 C6 C5 H6 .
AF1 H6B C6 . .
AF1 H6A C6 . .
AF1 H6 C6 . .
AF1 C4 C5 N4 .
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AF1 C3 C4 C2 .
AF1 H3 C3 . .
AF1 O3 C3 HO3 .
AF1 HO3 O3 . .
AF1 C2 C3 O2 .
AF1 H2 C2 . .
AF1 O2 C2 HO2 .
AF1 HO2 O2 . .
AF1 N4 C4 C1H .
AF1 HN4 N4 . .
AF1 C1H N4 C6H .
AF1 H1H C1H . .
AF1 C6H C1H C5H .
AF1 H6H C6H . .
AF1 C5H C6H C7H .
AF1 C4H C5H C3H .
AF1 H4H C4H . .
AF1 O4H C4H HO4H .
AF1 HO4H O4H . .
AF1 C3H C4H C2H .
AF1 H3H C3H . .
AF1 O3H C3H HO3H .
AF1 HO3H O3H . .
AF1 C2H C3H O2H .
AF1 H2H C2H . .
AF1 O2H C2H HO2H .
AF1 HO2H O2H . .
AF1 C7H C5H O7H .
AF1 H7H C7H . .
AF1 H7HA C7H . .
AF1 O7H C7H . .
AF1 HO7H O7H . .
AF1 C1 C2 . ADD
AF1 C1H C2H . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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AF1 H7HA C7H single 1.092 0.020
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AF1 HO4H O4H single 0.967 0.020
AF1 HO7H O7H single 0.967 0.020
AF1 H23 O1 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AF1 H1 C1 O1 109.470 3.000
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AF1 O1 C1 C2 109.470 3.000
AF1 O5 C1 C2 109.470 3.000
AF1 C1 O1 H23 109.470 3.000
AF1 C1 O5 C5 111.800 3.000
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AF1 H5 C5 C4 108.340 3.000
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AF1 HN4 N4 C1H 118.500 3.000
AF1 N4 C1H H1H 108.550 3.000
AF1 N4 C1H C6H 111.600 3.000
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AF1 H1H C1H C6H 108.810 3.000
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AF1 C6H C1H C2H 109.470 3.000
AF1 C1H C6H H6H 120.000 3.000
AF1 C1H C6H C5H 120.500 3.000
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AF1 C4H C5H C7H 120.000 3.000
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AF1 C5H C4H C3H 109.470 3.000
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AF1 O4H C4H C3H 109.470 3.000
AF1 C4H O4H HO4H 109.470 3.000
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AF1 C4H C3H C2H 111.000 3.000
AF1 H3H C3H O3H 109.470 3.000
AF1 H3H C3H C2H 108.340 3.000
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AF1 C3H C2H O2H 109.470 3.000
AF1 C3H C2H C1H 111.000 3.000
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AF1 H7HA C7H O7H 109.470 3.000
AF1 C7H O7H HO7H 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AF1 var_1 O5 C1 O1 H23 -60.012 20.000 1
AF1 var_2 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
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AF1 var_4 O5 C5 C4 N4 180.000 20.000 3
AF1 var_5 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
AF1 var_6 C4 C3 O3 HO3 -179.567 20.000 1
AF1 var_7 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
AF1 var_8 C3 C2 C1 O5 60.000 20.000 3
AF1 var_9 C3 C2 O2 HO2 179.683 20.000 1
AF1 var_10 C5 C4 N4 C1H -140.093 20.000 3
AF1 var_11 C4 N4 C1H C6H 85.638 20.000 3
AF1 var_12 N4 C1H C2H C3H 180.000 20.000 3
AF1 var_13 N4 C1H C6H C5H 150.000 20.000 1
AF1 var_14 C1H C6H C5H C7H 180.000 20.000 1
AF1 var_15 C6H C5H C4H C3H 30.000 20.000 3
AF1 var_16 C5H C4H O4H HO4H -59.259 20.000 1
AF1 var_17 C5H C4H C3H C2H -60.000 20.000 3
AF1 var_18 C4H C3H O3H HO3H 61.034 20.000 1
AF1 var_19 C4H C3H C2H O2H -60.000 20.000 3
AF1 var_20 C3H C2H O2H HO2H -61.041 20.000 1
AF1 var_21 C6H C5H C7H O7H 0.047 20.000 3
AF1 var_1 C5 O5 C1 C2 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AF1 chir_01 C1 C2 O1 O5 positiv
AF1 chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
AF1 chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
AF1 chir_04 C4 C3 C5 N4 negativ
AF1 chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
AF1 chir_06 C1H N4 C2H C6H positiv
AF1 chir_07 C2H C1H C3H O2H negativ
AF1 chir_08 C3H C2H C4H O3H positiv
AF1 chir_09 C4H C3H C5H O4H negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AF1 plan-1 N4 0.020
AF1 plan-1 C4 0.020
AF1 plan-1 C1H 0.020
AF1 plan-1 HN4 0.020
AF1 plan-2 C5H 0.020
AF1 plan-2 C4H 0.020
AF1 plan-2 C6H 0.020
AF1 plan-2 C7H 0.020
AF1 plan-2 H6H 0.020
AF1 plan-3 C6H 0.020
AF1 plan-3 C1H 0.020
AF1 plan-3 C5H 0.020
AF1 plan-3 H6H 0.020
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