1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AFP AFP 'ALPHA FRUCTOSE 1,6-DIPHOSPHATE ' non-polymer 30 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AFP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AFP O6P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
AFP P6 P P 0.000 -1.273 -0.093 -0.813
AFP O4P O OP -0.666 -1.597 -1.547 -1.075
AFP O5P O OP -0.666 -1.085 0.627 -2.130
AFP O6 O O2 0.000 -2.482 0.587 0.003
AFP C6 C CH2 0.000 -2.610 -0.132 1.230
AFP H61 H H 0.000 -1.675 -0.064 1.790
AFP H62 H H 0.000 -2.827 -1.181 1.014
AFP C5 C CH1 0.000 -3.748 0.465 2.057
AFP H5 H H 0.000 -3.535 1.518 2.292
AFP C4 C CH1 0.000 -3.961 -0.341 3.357
AFP H4 H H 0.000 -3.591 -1.369 3.236
AFP O4 O OH1 0.000 -3.312 0.298 4.457
AFP HO4 H H 0.000 -3.481 -0.204 5.265
AFP C3 C CH1 0.000 -5.492 -0.340 3.557
AFP H3 H H 0.000 -5.756 0.155 4.502
AFP O3 O OH1 0.000 -6.002 -1.674 3.530
AFP HO3 H H 0.000 -5.611 -2.182 4.254
AFP O5 O O2 0.000 -5.002 0.354 1.346
AFP C2 C CT 0.000 -6.026 0.471 2.356
AFP O2 O OH1 0.000 -6.210 1.840 2.722
AFP HO2 H H 0.000 -6.544 2.334 1.961
AFP C1 C CH2 0.000 -7.343 -0.124 1.853
AFP H11 H H 0.000 -8.082 -0.101 2.657
AFP H12 H H 0.000 -7.178 -1.158 1.541
AFP O1 O O2 0.000 -7.819 0.638 0.744
AFP P1 P P 0.000 -9.199 -0.040 0.269
AFP O1P O OP -0.666 -10.194 -0.011 1.409
AFP O2P O OP -0.666 -9.759 0.724 -0.910
AFP O3P O OP -0.666 -8.941 -1.475 -0.137
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AFP O6P n/a P6 START
AFP P6 O6P O6 .
AFP O4P P6 . .
AFP O5P P6 . .
AFP O6 P6 C6 .
AFP C6 O6 C5 .
AFP H61 C6 . .
AFP H62 C6 . .
AFP C5 C6 O5 .
AFP H5 C5 . .
AFP C4 C5 C3 .
AFP H4 C4 . .
AFP O4 C4 HO4 .
AFP HO4 O4 . .
AFP C3 C4 O3 .
AFP H3 C3 . .
AFP O3 C3 HO3 .
AFP HO3 O3 . .
AFP O5 C5 C2 .
AFP C2 O5 C1 .
AFP O2 C2 HO2 .
AFP HO2 O2 . .
AFP C1 C2 O1 .
AFP H11 C1 . .
AFP H12 C1 . .
AFP O1 C1 P1 .
AFP P1 O1 O3P .
AFP O1P P1 . .
AFP O2P P1 . .
AFP O3P P1 . END
AFP C2 C3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AFP O1P P1 deloc 1.510 0.020
AFP O2P P1 deloc 1.510 0.020
AFP O3P P1 deloc 1.510 0.020
AFP P1 O1 single 1.610 0.020
AFP O1 C1 single 1.426 0.020
AFP C1 C2 single 1.524 0.020
AFP H11 C1 single 1.092 0.020
AFP H12 C1 single 1.092 0.020
AFP O2 C2 single 1.432 0.020
AFP C2 C3 single 1.524 0.020
AFP C2 O5 single 1.426 0.020
AFP HO2 O2 single 0.967 0.020
AFP O3 C3 single 1.432 0.020
AFP C3 C4 single 1.524 0.020
AFP H3 C3 single 1.099 0.020
AFP HO3 O3 single 0.967 0.020
AFP O4 C4 single 1.432 0.020
AFP C4 C5 single 1.524 0.020
AFP H4 C4 single 1.099 0.020
AFP HO4 O4 single 0.967 0.020
AFP O5 C5 single 1.426 0.020
AFP C5 C6 single 1.524 0.020
AFP H5 C5 single 1.099 0.020
AFP C6 O6 single 1.426 0.020
AFP H61 C6 single 1.092 0.020
AFP H62 C6 single 1.092 0.020
AFP O6 P6 single 1.610 0.020
AFP O4P P6 deloc 1.510 0.020
AFP O5P P6 deloc 1.510 0.020
AFP P6 O6P deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AFP O6P P6 O4P 119.900 3.000
AFP O6P P6 O5P 119.900 3.000
AFP O6P P6 O6 108.200 3.000
AFP O4P P6 O5P 119.900 3.000
AFP O4P P6 O6 108.200 3.000
AFP O5P P6 O6 108.200 3.000
AFP P6 O6 C6 120.500 3.000
AFP O6 C6 H61 109.470 3.000
AFP O6 C6 H62 109.470 3.000
AFP O6 C6 C5 109.470 3.000
AFP H61 C6 H62 107.900 3.000
AFP H61 C6 C5 109.470 3.000
AFP H62 C6 C5 109.470 3.000
AFP C6 C5 H5 108.340 3.000
AFP C6 C5 C4 111.000 3.000
AFP C6 C5 O5 109.470 3.000
AFP H5 C5 C4 108.340 3.000
AFP H5 C5 O5 109.470 3.000
AFP C4 C5 O5 109.470 3.000
AFP C5 C4 H4 108.340 3.000
AFP C5 C4 O4 109.470 3.000
AFP C5 C4 C3 111.000 3.000
AFP H4 C4 O4 109.470 3.000
AFP H4 C4 C3 108.340 3.000
AFP O4 C4 C3 109.470 3.000
AFP C4 O4 HO4 109.470 3.000
AFP C4 C3 H3 108.340 3.000
AFP C4 C3 O3 109.470 3.000
AFP C4 C3 C2 111.000 3.000
AFP H3 C3 O3 109.470 3.000
AFP H3 C3 C2 108.340 3.000
AFP O3 C3 C2 109.470 3.000
AFP C3 O3 HO3 109.470 3.000
AFP C5 O5 C2 111.800 3.000
AFP O5 C2 O2 109.470 3.000
AFP O5 C2 C1 109.470 3.000
AFP O5 C2 C3 109.470 3.000
AFP O2 C2 C1 109.470 3.000
AFP O2 C2 C3 109.470 3.000
AFP C1 C2 C3 111.000 3.000
AFP C2 O2 HO2 109.470 3.000
AFP C2 C1 H11 109.470 3.000
AFP C2 C1 H12 109.470 3.000
AFP C2 C1 O1 109.500 3.000
AFP H11 C1 H12 107.900 3.000
AFP H11 C1 O1 109.470 3.000
AFP H12 C1 O1 109.470 3.000
AFP C1 O1 P1 120.500 3.000
AFP O1 P1 O1P 108.200 3.000
AFP O1 P1 O2P 108.200 3.000
AFP O1 P1 O3P 108.200 3.000
AFP O1P P1 O2P 119.900 3.000
AFP O1P P1 O3P 119.900 3.000
AFP O2P P1 O3P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AFP var_1 O6P P6 O6 C6 -59.959 20.000 1
AFP var_2 P6 O6 C6 C5 -179.982 20.000 1
AFP var_3 O6 C6 C5 O5 61.424 20.000 3
AFP var_4 C6 C5 C4 C3 -150.000 20.000 3
AFP var_5 C5 C4 O4 HO4 178.127 20.000 1
AFP var_6 C5 C4 C3 O3 120.000 20.000 3
AFP var_7 C4 C3 O3 HO3 61.455 20.000 1
AFP var_8 C6 C5 O5 C2 150.000 20.000 1
AFP var_9 C5 O5 C2 C1 -150.000 20.000 1
AFP var_10 O5 C2 C3 C4 30.000 20.000 1
AFP var_11 O5 C2 O2 HO2 64.511 20.000 1
AFP var_12 O5 C2 C1 O1 -64.533 20.000 1
AFP var_13 C2 C1 O1 P1 -179.998 20.000 1
AFP var_14 C1 O1 P1 O3P -59.986 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AFP chir_01 C2 C1 O2 C3 negativ
AFP chir_02 C3 C2 O3 C4 negativ
AFP chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
AFP chir_04 C5 C4 O5 C6 positiv
# ------------------------------------------------------
|
