1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AIO AIO '[(2R)-1-(L-ALANYL-L-ISOLEUCYL)PYRROL' non-polymer 47 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AIO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AIO O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
AIO C3 C C 0.000 0.639 0.320 -0.992
AIO C1 C CH1 0.000 1.832 1.240 -0.851
AIO H1 H H 0.000 1.964 1.834 -1.766
AIO N1 N NH2 0.000 1.662 2.131 0.318
AIO HN12 H H 0.000 0.976 2.880 0.300
AIO HN11 H H 0.000 2.229 2.004 1.151
AIO C2 C CH3 0.000 3.046 0.317 -0.634
AIO H23 H H 0.000 3.792 0.832 -0.085
AIO H22 H H 0.000 2.747 -0.545 -0.094
AIO H21 H H 0.000 3.442 0.022 -1.572
AIO N2 N NH1 0.000 0.345 -0.126 -2.223
AIO HN2 H H 0.000 1.022 0.013 -2.959
AIO C4 C CH1 0.000 -0.888 -0.793 -2.545
AIO H4 H H 0.000 -1.742 -0.360 -2.006
AIO C5 C CH1 0.000 -1.070 -0.711 -4.073
AIO H5 H H 0.000 -0.177 -1.179 -4.511
AIO C6 C CH3 0.000 -2.266 -1.534 -4.567
AIO H63 H H 0.000 -2.083 -1.869 -5.555
AIO H62 H H 0.000 -2.408 -2.372 -3.933
AIO H61 H H 0.000 -3.139 -0.934 -4.556
AIO C7 C CH2 0.000 -1.127 0.706 -4.641
AIO H71 H H 0.000 -1.192 0.617 -5.728
AIO H72 H H 0.000 -0.191 1.201 -4.373
AIO C8 C CH3 0.000 -2.279 1.509 -4.136
AIO H83 H H 0.000 -2.192 2.503 -4.487
AIO H82 H H 0.000 -3.181 1.084 -4.487
AIO H81 H H 0.000 -2.270 1.503 -3.078
AIO C9 C C 0.000 -0.721 -2.261 -2.249
AIO O2 O O 0.000 0.266 -2.842 -2.626
AIO N3 N N 0.000 -1.619 -2.939 -1.575
AIO C10 C CH1 0.000 -1.278 -4.345 -1.293
AIO H10 H H 0.000 -0.234 -4.426 -0.962
AIO B B B 0.000 -1.512 -5.210 -2.658
AIO O3 O OH1 0.000 -2.914 -5.269 -3.234
AIO HO3 H H 0.000 -3.420 -4.456 -3.345
AIO O4 O OH1 0.000 -0.439 -5.369 -3.749
AIO HO4 H H 0.000 -0.614 -5.061 -4.650
AIO C11 C CH2 0.000 -2.220 -4.690 -0.156
AIO H111 H H 0.000 -1.739 -4.533 0.812
AIO H112 H H 0.000 -2.558 -5.726 -0.229
AIO C12 C CH2 0.000 -3.414 -3.755 -0.288
AIO H121 H H 0.000 -3.795 -3.466 0.693
AIO H122 H H 0.000 -4.215 -4.223 -0.865
AIO C13 C CH2 0.000 -2.907 -2.510 -1.030
AIO H132 H H 0.000 -2.757 -1.660 -0.361
AIO H131 H H 0.000 -3.569 -2.215 -1.847
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AIO O1 n/a C3 START
AIO C3 O1 N2 .
AIO C1 C3 C2 .
AIO H1 C1 . .
AIO N1 C1 HN11 .
AIO HN12 N1 . .
AIO HN11 N1 . .
AIO C2 C1 H21 .
AIO H23 C2 . .
AIO H22 C2 . .
AIO H21 C2 . .
AIO N2 C3 C4 .
AIO HN2 N2 . .
AIO C4 N2 C9 .
AIO H4 C4 . .
AIO C5 C4 C7 .
AIO H5 C5 . .
AIO C6 C5 H61 .
AIO H63 C6 . .
AIO H62 C6 . .
AIO H61 C6 . .
AIO C7 C5 C8 .
AIO H71 C7 . .
AIO H72 C7 . .
AIO C8 C7 H81 .
AIO H83 C8 . .
AIO H82 C8 . .
AIO H81 C8 . .
AIO C9 C4 N3 .
AIO O2 C9 . .
AIO N3 C9 C10 .
AIO C10 N3 C11 .
AIO H10 C10 . .
AIO B C10 O4 .
AIO O3 B HO3 .
AIO HO3 O3 . .
AIO O4 B HO4 .
AIO HO4 O4 . .
AIO C11 C10 C12 .
AIO H111 C11 . .
AIO H112 C11 . .
AIO C12 C11 C13 .
AIO H121 C12 . .
AIO H122 C12 . .
AIO C13 C12 H131 .
AIO H132 C13 . .
AIO H131 C13 . END
AIO N3 C13 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AIO O2 C9 double 1.220 0.020
AIO C9 C4 single 1.500 0.020
AIO N3 C9 single 1.330 0.020
AIO C5 C4 single 1.524 0.020
AIO C4 N2 single 1.450 0.020
AIO H4 C4 single 1.099 0.020
AIO C7 C5 single 1.524 0.020
AIO C6 C5 single 1.524 0.020
AIO H5 C5 single 1.099 0.020
AIO C8 C7 single 1.513 0.020
AIO H71 C7 single 1.092 0.020
AIO H72 C7 single 1.092 0.020
AIO H81 C8 single 1.059 0.020
AIO H82 C8 single 1.059 0.020
AIO H83 C8 single 1.059 0.020
AIO H61 C6 single 1.059 0.020
AIO H62 C6 single 1.059 0.020
AIO H63 C6 single 1.059 0.020
AIO N2 C3 single 1.330 0.020
AIO HN2 N2 single 1.010 0.020
AIO C3 O1 double 1.220 0.020
AIO C1 C3 single 1.500 0.020
AIO N1 C1 single 1.450 0.020
AIO C2 C1 single 1.524 0.020
AIO H1 C1 single 1.099 0.020
AIO H21 C2 single 1.059 0.020
AIO H22 C2 single 1.059 0.020
AIO H23 C2 single 1.059 0.020
AIO HN11 N1 single 1.010 0.020
AIO HN12 N1 single 1.010 0.020
AIO N3 C13 single 1.455 0.020
AIO C10 N3 single 1.455 0.020
AIO C13 C12 single 1.524 0.020
AIO H131 C13 single 1.092 0.020
AIO H132 C13 single 1.092 0.020
AIO C12 C11 single 1.524 0.020
AIO H121 C12 single 1.092 0.020
AIO H122 C12 single 1.092 0.020
AIO C11 C10 single 1.524 0.020
AIO H111 C11 single 1.092 0.020
AIO H112 C11 single 1.092 0.020
AIO B C10 single 1.600 0.020
AIO H10 C10 single 1.099 0.020
AIO O3 B single 1.535 0.020
AIO O4 B single 1.535 0.020
AIO HO4 O4 single 0.967 0.020
AIO HO3 O3 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AIO O1 C3 C1 120.500 3.000
AIO O1 C3 N2 123.000 3.000
AIO C1 C3 N2 116.500 3.000
AIO C3 C1 H1 108.810 3.000
AIO C3 C1 N1 109.470 3.000
AIO C3 C1 C2 109.470 3.000
AIO H1 C1 N1 109.470 3.000
AIO H1 C1 C2 108.340 3.000
AIO N1 C1 C2 109.470 3.000
AIO C1 N1 HN12 120.000 3.000
AIO C1 N1 HN11 120.000 3.000
AIO HN12 N1 HN11 120.000 3.000
AIO C1 C2 H23 109.470 3.000
AIO C1 C2 H22 109.470 3.000
AIO C1 C2 H21 109.470 3.000
AIO H23 C2 H22 109.470 3.000
AIO H23 C2 H21 109.470 3.000
AIO H22 C2 H21 109.470 3.000
AIO C3 N2 HN2 120.000 3.000
AIO C3 N2 C4 121.500 3.000
AIO HN2 N2 C4 118.500 3.000
AIO N2 C4 H4 108.550 3.000
AIO N2 C4 C5 110.000 3.000
AIO N2 C4 C9 111.600 3.000
AIO H4 C4 C5 108.340 3.000
AIO H4 C4 C9 108.810 3.000
AIO C5 C4 C9 109.470 3.000
AIO C4 C5 H5 108.340 3.000
AIO C4 C5 C6 111.000 3.000
AIO C4 C5 C7 111.000 3.000
AIO H5 C5 C6 108.340 3.000
AIO H5 C5 C7 108.340 3.000
AIO C6 C5 C7 111.000 3.000
AIO C5 C6 H63 109.470 3.000
AIO C5 C6 H62 109.470 3.000
AIO C5 C6 H61 109.470 3.000
AIO H63 C6 H62 109.470 3.000
AIO H63 C6 H61 109.470 3.000
AIO H62 C6 H61 109.470 3.000
AIO C5 C7 H71 109.470 3.000
AIO C5 C7 H72 109.470 3.000
AIO C5 C7 C8 111.000 3.000
AIO H71 C7 H72 107.900 3.000
AIO H71 C7 C8 109.470 3.000
AIO H72 C7 C8 109.470 3.000
AIO C7 C8 H83 109.470 3.000
AIO C7 C8 H82 109.470 3.000
AIO C7 C8 H81 109.470 3.000
AIO H83 C8 H82 109.470 3.000
AIO H83 C8 H81 109.470 3.000
AIO H82 C8 H81 109.470 3.000
AIO C4 C9 O2 120.500 3.000
AIO C4 C9 N3 116.500 3.000
AIO O2 C9 N3 123.000 3.000
AIO C9 N3 C10 121.000 3.000
AIO C9 N3 C13 127.000 3.000
AIO C10 N3 C13 112.000 3.000
AIO N3 C10 H10 109.470 3.000
AIO N3 C10 B 109.500 3.000
AIO N3 C10 C11 105.000 3.000
AIO H10 C10 B 109.470 3.000
AIO H10 C10 C11 108.340 3.000
AIO B C10 C11 109.470 3.000
AIO C10 B O3 120.000 3.000
AIO C10 B O4 120.000 3.000
AIO O3 B O4 120.000 3.000
AIO B O3 HO3 120.000 3.000
AIO B O4 HO4 120.000 3.000
AIO C10 C11 H111 109.470 3.000
AIO C10 C11 H112 109.470 3.000
AIO C10 C11 C12 111.000 3.000
AIO H111 C11 H112 107.900 3.000
AIO H111 C11 C12 109.470 3.000
AIO H112 C11 C12 109.470 3.000
AIO C11 C12 H121 109.470 3.000
AIO C11 C12 H122 109.470 3.000
AIO C11 C12 C13 111.000 3.000
AIO H121 C12 H122 107.900 3.000
AIO H121 C12 C13 109.470 3.000
AIO H122 C12 C13 109.470 3.000
AIO C12 C13 H132 109.470 3.000
AIO C12 C13 H131 109.470 3.000
AIO C12 C13 N3 105.000 3.000
AIO H132 C13 H131 107.900 3.000
AIO H132 C13 N3 109.470 3.000
AIO H131 C13 N3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AIO var_1 O1 C3 C1 C2 90.480 20.000 3
AIO var_2 C3 C1 N1 HN11 109.031 20.000 1
AIO var_3 C3 C1 C2 H21 86.987 20.000 3
AIO CONST_1 O1 C3 N2 C4 0.000 0.000 0
AIO var_4 C3 N2 C4 C9 -86.218 20.000 3
AIO var_5 N2 C4 C5 C7 -59.318 20.000 3
AIO var_6 C4 C5 C6 H61 89.257 20.000 3
AIO var_7 C4 C5 C7 C8 -62.298 20.000 3
AIO var_8 C5 C7 C8 H81 53.860 20.000 3
AIO var_9 N2 C4 C9 N3 132.653 20.000 3
AIO CONST_2 C4 C9 N3 C10 180.000 0.000 0
AIO var_10 C9 N3 C13 C12 180.000 20.000 1
AIO var_11 C9 N3 C10 C11 150.000 20.000 3
AIO var_12 N3 C10 B O4 86.596 20.000 1
AIO var_13 C10 B O3 HO3 48.412 20.000 1
AIO var_14 C10 B O4 HO4 -119.821 20.000 1
AIO var_15 N3 C10 C11 C12 30.000 20.000 3
AIO var_16 C10 C11 C12 C13 -30.000 20.000 3
AIO var_17 C11 C12 C13 N3 0.000 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AIO chir_01 C4 C9 C5 N2 positiv
AIO chir_02 C5 C4 C7 C6 positiv
AIO chir_03 C1 C3 C2 N1 positiv
AIO chir_04 C10 N3 C11 B negativ
AIO chir_05 B C10 O4 O3 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AIO plan-1 C9 0.020
AIO plan-1 O2 0.020
AIO plan-1 C4 0.020
AIO plan-1 N3 0.020
AIO plan-2 N2 0.020
AIO plan-2 C4 0.020
AIO plan-2 C3 0.020
AIO plan-2 HN2 0.020
AIO plan-3 C3 0.020
AIO plan-3 N2 0.020
AIO plan-3 O1 0.020
AIO plan-3 C1 0.020
AIO plan-3 HN2 0.020
AIO plan-4 N1 0.020
AIO plan-4 C1 0.020
AIO plan-4 HN11 0.020
AIO plan-4 HN12 0.020
AIO plan-5 N3 0.020
AIO plan-5 C9 0.020
AIO plan-5 C13 0.020
AIO plan-5 C10 0.020
# ------------------------------------------------------
|
