1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AIX AIX '"(2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2R)-2-amino-2-' non-polymer 44 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AIX
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AIX O4 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
AIX C15 C C1 0.000 -0.897 -0.499 0.636
AIX H15 H H 0.000 -0.808 -1.513 0.988
AIX C14 C CH1 0.000 -2.141 0.297 0.936
AIX H14 H H 0.000 -2.267 0.382 2.025
AIX C13 C CH1 0.000 -3.357 -0.412 0.336
AIX H13 H H 0.000 -4.270 0.184 0.474
AIX N3 N NH1 0.000 -3.518 -1.778 0.905
AIX HN3 H H 0.000 -3.105 -2.089 1.773
AIX C12 C CH1 0.000 -4.355 -2.612 0.037
AIX H12 H H 0.000 -4.071 -3.664 0.178
AIX C2 C C 0.000 -5.796 -2.439 0.441
AIX O2 O OC -0.500 -6.158 -1.405 1.045
AIX O1 O OC -0.500 -6.632 -3.330 0.171
AIX S1 S S2 0.000 -3.085 -0.803 -1.442
AIX C6 C CT 0.000 -4.210 -2.256 -1.455
AIX C16 C CH3 0.000 -3.581 -3.417 -2.229
AIX H16B H H 0.000 -3.490 -3.154 -3.251
AIX H16A H H 0.000 -2.621 -3.628 -1.833
AIX H16 H H 0.000 -4.195 -4.276 -2.140
AIX C1 C CH3 0.000 -5.568 -1.880 -2.053
AIX H1B H H 0.000 -5.449 -1.639 -3.078
AIX H1A H H 0.000 -6.235 -2.698 -1.959
AIX H1 H H 0.000 -5.962 -1.043 -1.538
AIX N1 N NH1 0.000 -2.017 1.635 0.353
AIX HN1 H H 0.000 -2.406 1.826 -0.559
AIX C3 C C 0.000 -1.384 2.611 1.034
AIX O3 O O 0.000 -0.917 2.381 2.129
AIX C4 C CH1 0.000 -1.257 3.987 0.434
AIX H4 H H 0.000 -1.042 3.900 -0.640
AIX N2 N NH2 0.000 -0.164 4.711 1.096
AIX HN2A H H 0.000 0.330 4.291 1.875
AIX HN2 H H 0.000 0.104 5.635 0.777
AIX C5 C CR6 0.000 -2.548 4.741 0.628
AIX C7 C CR16 0.000 -3.454 4.839 -0.411
AIX H7 H H 0.000 -3.236 4.375 -1.365
AIX C11 C CR16 0.000 -2.820 5.344 1.841
AIX H11 H H 0.000 -2.106 5.274 2.653
AIX C10 C CR16 0.000 -4.005 6.034 2.020
AIX H10 H H 0.000 -4.220 6.503 2.972
AIX C9 C CR16 0.000 -4.913 6.127 0.982
AIX H9 H H 0.000 -5.841 6.668 1.122
AIX C8 C CR16 0.000 -4.639 5.529 -0.233
AIX H8 H H 0.000 -5.351 5.601 -1.046
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AIX O4 n/a C15 START
AIX C15 O4 C14 .
AIX H15 C15 . .
AIX C14 C15 N1 .
AIX H14 C14 . .
AIX C13 C14 S1 .
AIX H13 C13 . .
AIX N3 C13 C12 .
AIX HN3 N3 . .
AIX C12 N3 C2 .
AIX H12 C12 . .
AIX C2 C12 O1 .
AIX O2 C2 . .
AIX O1 C2 . .
AIX S1 C13 C6 .
AIX C6 S1 C1 .
AIX C16 C6 H16 .
AIX H16B C16 . .
AIX H16A C16 . .
AIX H16 C16 . .
AIX C1 C6 H1 .
AIX H1B C1 . .
AIX H1A C1 . .
AIX H1 C1 . .
AIX N1 C14 C3 .
AIX HN1 N1 . .
AIX C3 N1 C4 .
AIX O3 C3 . .
AIX C4 C3 C5 .
AIX H4 C4 . .
AIX N2 C4 HN2 .
AIX HN2A N2 . .
AIX HN2 N2 . .
AIX C5 C4 C11 .
AIX C7 C5 H7 .
AIX H7 C7 . .
AIX C11 C5 C10 .
AIX H11 C11 . .
AIX C10 C11 C9 .
AIX H10 C10 . .
AIX C9 C10 C8 .
AIX H9 C9 . .
AIX C8 C9 H8 .
AIX H8 C8 . END
AIX C8 C7 . ADD
AIX C6 C12 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AIX C8 C9 double 1.390 0.020
AIX C8 C7 single 1.390 0.020
AIX H8 C8 single 1.083 0.020
AIX C7 C5 double 1.390 0.020
AIX C11 C5 single 1.390 0.020
AIX C5 C4 single 1.480 0.020
AIX C1 C6 single 1.524 0.020
AIX C16 C6 single 1.524 0.020
AIX C6 C12 single 1.524 0.020
AIX C6 S1 single 1.762 0.020
AIX N1 C14 single 1.450 0.020
AIX C3 N1 single 1.330 0.020
AIX HN1 N1 single 1.010 0.020
AIX O2 C2 deloc 1.250 0.020
AIX O1 C2 deloc 1.250 0.020
AIX C2 C12 single 1.500 0.020
AIX C12 N3 single 1.450 0.020
AIX N3 C13 single 1.450 0.020
AIX HN3 N3 single 1.010 0.020
AIX C4 C3 single 1.500 0.020
AIX N2 C4 single 1.450 0.020
AIX H4 C4 single 1.099 0.020
AIX H1 C1 single 1.059 0.020
AIX H1A C1 single 1.059 0.020
AIX H1B C1 single 1.059 0.020
AIX O3 C3 double 1.220 0.020
AIX H7 C7 single 1.083 0.020
AIX C9 C10 single 1.390 0.020
AIX H9 C9 single 1.083 0.020
AIX C10 C11 double 1.390 0.020
AIX H10 C10 single 1.083 0.020
AIX H11 C11 single 1.083 0.020
AIX H12 C12 single 1.099 0.020
AIX S1 C13 single 1.765 0.020
AIX C13 C14 single 1.524 0.020
AIX H13 C13 single 1.099 0.020
AIX C14 C15 single 1.510 0.020
AIX H14 C14 single 1.099 0.020
AIX C15 O4 double 1.220 0.020
AIX H15 C15 single 1.077 0.020
AIX H16 C16 single 1.059 0.020
AIX H16A C16 single 1.059 0.020
AIX H16B C16 single 1.059 0.020
AIX HN2 N2 single 1.010 0.020
AIX HN2A N2 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AIX O4 C15 H15 123.000 3.000
AIX O4 C15 C14 120.500 3.000
AIX H15 C15 C14 120.000 3.000
AIX C15 C14 H14 108.810 3.000
AIX C15 C14 C13 109.470 3.000
AIX C15 C14 N1 111.600 3.000
AIX H14 C14 C13 108.340 3.000
AIX H14 C14 N1 108.550 3.000
AIX C13 C14 N1 110.000 3.000
AIX C14 C13 H13 108.340 3.000
AIX C14 C13 N3 110.000 3.000
AIX C14 C13 S1 109.500 3.000
AIX H13 C13 N3 108.550 3.000
AIX H13 C13 S1 109.500 3.000
AIX N3 C13 S1 109.500 3.000
AIX C13 N3 HN3 118.500 3.000
AIX C13 N3 C12 120.000 3.000
AIX HN3 N3 C12 118.500 3.000
AIX N3 C12 H12 108.550 3.000
AIX N3 C12 C2 111.600 3.000
AIX N3 C12 C6 110.000 3.000
AIX H12 C12 C2 108.810 3.000
AIX H12 C12 C6 108.340 3.000
AIX C2 C12 C6 109.470 3.000
AIX C12 C2 O2 118.500 3.000
AIX C12 C2 O1 118.500 3.000
AIX O2 C2 O1 123.000 3.000
AIX C13 S1 C6 94.876 3.000
AIX S1 C6 C16 109.500 3.000
AIX S1 C6 C1 109.500 3.000
AIX S1 C6 C12 109.500 3.000
AIX C16 C6 C1 111.000 3.000
AIX C16 C6 C12 111.000 3.000
AIX C1 C6 C12 111.000 3.000
AIX C6 C16 H16B 109.470 3.000
AIX C6 C16 H16A 109.470 3.000
AIX C6 C16 H16 109.470 3.000
AIX H16B C16 H16A 109.470 3.000
AIX H16B C16 H16 109.470 3.000
AIX H16A C16 H16 109.470 3.000
AIX C6 C1 H1B 109.470 3.000
AIX C6 C1 H1A 109.470 3.000
AIX C6 C1 H1 109.470 3.000
AIX H1B C1 H1A 109.470 3.000
AIX H1B C1 H1 109.470 3.000
AIX H1A C1 H1 109.470 3.000
AIX C14 N1 HN1 118.500 3.000
AIX C14 N1 C3 121.500 3.000
AIX HN1 N1 C3 120.000 3.000
AIX N1 C3 O3 123.000 3.000
AIX N1 C3 C4 116.500 3.000
AIX O3 C3 C4 120.500 3.000
AIX C3 C4 H4 108.810 3.000
AIX C3 C4 N2 109.470 3.000
AIX C3 C4 C5 109.500 3.000
AIX H4 C4 N2 109.470 3.000
AIX H4 C4 C5 109.470 3.000
AIX N2 C4 C5 109.470 3.000
AIX C4 N2 HN2A 120.000 3.000
AIX C4 N2 HN2 120.000 3.000
AIX HN2A N2 HN2 120.000 3.000
AIX C4 C5 C7 120.000 3.000
AIX C4 C5 C11 120.000 3.000
AIX C7 C5 C11 120.000 3.000
AIX C5 C7 H7 120.000 3.000
AIX C5 C7 C8 120.000 3.000
AIX H7 C7 C8 120.000 3.000
AIX C5 C11 H11 120.000 3.000
AIX C5 C11 C10 120.000 3.000
AIX H11 C11 C10 120.000 3.000
AIX C11 C10 H10 120.000 3.000
AIX C11 C10 C9 120.000 3.000
AIX H10 C10 C9 120.000 3.000
AIX C10 C9 H9 120.000 3.000
AIX C10 C9 C8 120.000 3.000
AIX H9 C9 C8 120.000 3.000
AIX C9 C8 H8 120.000 3.000
AIX C9 C8 C7 120.000 3.000
AIX H8 C8 C7 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AIX var_1 O4 C15 C14 N1 -0.017 20.000 1
AIX var_2 C15 C14 C13 S1 -51.573 20.000 3
AIX var_3 C14 C13 N3 C12 -150.000 20.000 3
AIX var_4 C13 N3 C12 C2 -90.000 20.000 3
AIX var_5 N3 C12 C2 O1 -156.669 20.000 3
AIX var_6 C14 C13 S1 C6 150.000 20.000 1
AIX var_7 C13 S1 C6 C1 90.000 20.000 1
AIX var_8 S1 C6 C12 N3 0.000 20.000 1
AIX var_9 S1 C6 C16 H16 174.053 20.000 1
AIX var_10 S1 C6 C1 H1 -54.029 20.000 1
AIX var_11 C15 C14 N1 C3 -85.008 20.000 3
AIX CONST_1 C14 N1 C3 C4 180.000 0.000 0
AIX var_12 N1 C3 C4 C5 80.000 20.000 3
AIX var_13 C3 C4 N2 HN2 176.017 20.000 1
AIX var_14 C3 C4 C5 C11 80.504 20.000 1
AIX CONST_2 C4 C5 C7 C8 180.000 0.000 0
AIX CONST_3 C4 C5 C11 C10 180.000 0.000 0
AIX CONST_4 C5 C11 C10 C9 0.000 0.000 0
AIX CONST_5 C11 C10 C9 C8 0.000 0.000 0
AIX CONST_6 C10 C9 C8 C7 0.000 0.000 0
AIX CONST_7 C9 C8 C7 C5 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AIX chir_01 C6 C1 C12 C16 negativ
AIX chir_02 C4 C5 C3 N2 positiv
AIX chir_03 C12 C6 C2 N3 positiv
AIX chir_04 C13 N3 C14 S1 negativ
AIX chir_05 C14 N1 C13 C15 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AIX plan-1 C8 0.020
AIX plan-1 C7 0.020
AIX plan-1 C9 0.020
AIX plan-1 H8 0.020
AIX plan-1 C5 0.020
AIX plan-1 C10 0.020
AIX plan-1 C11 0.020
AIX plan-1 C4 0.020
AIX plan-1 H7 0.020
AIX plan-1 H9 0.020
AIX plan-1 H10 0.020
AIX plan-1 H11 0.020
AIX plan-2 N1 0.020
AIX plan-2 C3 0.020
AIX plan-2 C14 0.020
AIX plan-2 HN1 0.020
AIX plan-3 C2 0.020
AIX plan-3 C12 0.020
AIX plan-3 O1 0.020
AIX plan-3 O2 0.020
AIX plan-4 N3 0.020
AIX plan-4 C12 0.020
AIX plan-4 C13 0.020
AIX plan-4 HN3 0.020
AIX plan-5 C3 0.020
AIX plan-5 N1 0.020
AIX plan-5 C4 0.020
AIX plan-5 O3 0.020
AIX plan-5 HN1 0.020
AIX plan-6 C15 0.020
AIX plan-6 C14 0.020
AIX plan-6 O4 0.020
AIX plan-6 H15 0.020
AIX plan-7 N2 0.020
AIX plan-7 C4 0.020
AIX plan-7 HN2 0.020
AIX plan-7 HN2A 0.020
# ------------------------------------------------------
|
