1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ALS ALS '2-AMINO-3-OXO-4-SULFO-BUTYRIC ACID ' non-polymer 16 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ALS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ALS OS3 O OS 0.000 0.000 0.000 0.000
ALS S S ST 0.000 -1.058 0.406 -0.855
ALS OS2 O OS 0.000 -0.981 1.443 -1.822
ALS OS4 O OH1 0.000 -1.475 -0.842 -1.620
ALS HOS4 H H 0.000 -0.862 -1.213 -2.244
ALS OS1 O O2 -0.500 -2.274 0.767 0.195
ALS C3 C C 0.000 -2.327 0.302 1.355
ALS O3 O O -0.500 -1.431 -0.471 1.759
ALS C2 C CH1 0.000 -3.468 0.675 2.266
ALS H2 H H 0.000 -3.823 1.684 2.014
ALS N2 N NH2 0.000 -3.009 0.651 3.661
ALS HN22 H H 0.000 -3.053 1.490 4.228
ALS HN21 H H 0.000 -2.646 -0.204 4.065
ALS C1 C C 0.000 -4.592 -0.311 2.090
ALS O1 O OC -0.500 -4.639 -1.340 2.800
ALS O2 O OC -0.500 -5.481 -0.102 1.235
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ALS OS3 n/a S START
ALS S OS3 OS1 .
ALS OS2 S . .
ALS OS4 S HOS4 .
ALS HOS4 OS4 . .
ALS OS1 S C3 .
ALS C3 OS1 C2 .
ALS O3 C3 . .
ALS C2 C3 C1 .
ALS H2 C2 . .
ALS N2 C2 HN21 .
ALS HN22 N2 . .
ALS HN21 N2 . .
ALS C1 C2 O2 .
ALS O1 C1 . .
ALS O2 C1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ALS O1 C1 deloc 1.250 0.020
ALS O2 C1 deloc 1.250 0.020
ALS C1 C2 single 1.500 0.020
ALS N2 C2 single 1.450 0.020
ALS C2 C3 single 1.500 0.020
ALS H2 C2 single 1.099 0.020
ALS HN21 N2 single 1.010 0.020
ALS HN22 N2 single 1.010 0.020
ALS O3 C3 deloc 1.220 0.020
ALS C3 OS1 deloc 1.454 0.020
ALS OS1 S single 1.535 0.020
ALS OS2 S double 1.436 0.020
ALS S OS3 double 1.436 0.020
ALS OS4 S single 1.635 0.020
ALS HOS4 OS4 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ALS OS3 S OS2 109.500 3.000
ALS OS3 S OS4 109.500 3.000
ALS OS3 S OS1 109.500 3.000
ALS OS2 S OS4 109.500 3.000
ALS OS2 S OS1 109.500 3.000
ALS OS4 S OS1 109.500 3.000
ALS S OS4 HOS4 120.000 3.000
ALS S OS1 C3 120.000 3.000
ALS OS1 C3 O3 119.000 3.000
ALS OS1 C3 C2 120.000 3.000
ALS O3 C3 C2 120.500 3.000
ALS C3 C2 H2 108.810 3.000
ALS C3 C2 N2 109.470 3.000
ALS C3 C2 C1 111.000 3.000
ALS H2 C2 N2 109.470 3.000
ALS H2 C2 C1 108.810 3.000
ALS N2 C2 C1 109.470 3.000
ALS C2 N2 HN22 120.000 3.000
ALS C2 N2 HN21 120.000 3.000
ALS HN22 N2 HN21 120.000 3.000
ALS C2 C1 O1 118.500 3.000
ALS C2 C1 O2 118.500 3.000
ALS O1 C1 O2 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ALS var_1 OS3 S OS4 HOS4 -67.403 20.000 1
ALS var_2 OS3 S OS1 C3 -22.359 20.000 1
ALS var_3 S OS1 C3 C2 179.972 20.000 1
ALS var_4 OS1 C3 C2 C1 90.035 20.000 3
ALS var_5 C3 C2 N2 HN21 -59.946 20.000 1
ALS var_6 C3 C2 C1 O2 -89.998 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
ALS chir_01 C2 C1 N2 C3 negativ
ALS chir_02 S OS1 OS2 OS3 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ALS plan-1 C1 0.020
ALS plan-1 O1 0.020
ALS plan-1 O2 0.020
ALS plan-1 C2 0.020
ALS plan-2 N2 0.020
ALS plan-2 C2 0.020
ALS plan-2 HN21 0.020
ALS plan-2 HN22 0.020
ALS plan-3 C3 0.020
ALS plan-3 C2 0.020
ALS plan-3 O3 0.020
ALS plan-3 OS1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
