1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AMB AMB 'L-2-AMINO-4-METHOXY-CIS-BUT-3-ENOIC ' non-polymer 17 9 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AMB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AMB OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
AMB C C C 0.000 -1.014 -0.140 -0.719
AMB O O OC -0.500 -0.906 -0.637 -1.862
AMB CA C CH1 0.000 -2.364 0.290 -0.208
AMB HA H H 0.000 -2.241 1.132 0.488
AMB N N NH2 0.000 -3.204 0.708 -1.339
AMB H1 H H 0.000 -3.570 1.652 -1.382
AMB H2 H H 0.000 -3.423 0.055 -2.082
AMB CB C C1 0.000 -3.022 -0.861 0.506
AMB HB H H 0.000 -3.224 -1.778 -0.022
AMB CG C C1 0.000 -3.350 -0.746 1.776
AMB HG H H 0.000 -3.819 -1.570 2.288
AMB OD O O2 0.000 -3.097 0.408 2.441
AMB CE C CH3 0.000 -3.561 0.225 3.779
AMB HE1 H H 0.000 -4.600 0.018 3.769
AMB HE2 H H 0.000 -3.045 -0.585 4.225
AMB HE3 H H 0.000 -3.384 1.107 4.339
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AMB OXT n/a C START
AMB C OXT CA .
AMB O C . .
AMB CA C CB .
AMB HA CA . .
AMB N CA H2 .
AMB H1 N . .
AMB H2 N . .
AMB CB CA CG .
AMB HB CB . .
AMB CG CB OD .
AMB HG CG . .
AMB OD CG CE .
AMB CE OD HE3 .
AMB HE1 CE . .
AMB HE2 CE . .
AMB HE3 CE . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AMB CG CB double 1.330 0.020
AMB CB CA single 1.510 0.020
AMB HB CB single 1.077 0.020
AMB OD CG single 1.454 0.020
AMB HG CG single 1.077 0.020
AMB CE OD single 1.426 0.020
AMB HE3 CE single 1.059 0.020
AMB HE2 CE single 1.059 0.020
AMB HE1 CE single 1.059 0.020
AMB O C deloc 1.250 0.020
AMB C OXT deloc 1.250 0.020
AMB CA C single 1.500 0.020
AMB N CA single 1.450 0.020
AMB H2 N single 1.010 0.020
AMB H1 N single 1.010 0.020
AMB HA CA single 1.099 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AMB OXT C O 123.000 3.000
AMB OXT C CA 118.500 3.000
AMB O C CA 118.500 3.000
AMB C CA HA 108.810 3.000
AMB C CA N 109.470 3.000
AMB C CA CB 109.470 3.000
AMB HA CA N 109.470 3.000
AMB HA CA CB 108.810 3.000
AMB N CA CB 109.470 3.000
AMB CA N H1 120.000 3.000
AMB CA N H2 120.000 3.000
AMB H1 N H2 120.000 3.000
AMB CA CB HB 120.000 3.000
AMB CA CB CG 120.000 3.000
AMB HB CB CG 120.000 3.000
AMB CB CG HG 120.000 3.000
AMB CB CG OD 120.000 3.000
AMB HG CG OD 120.000 3.000
AMB CG OD CE 120.000 3.000
AMB OD CE HE1 109.470 3.000
AMB OD CE HE2 109.470 3.000
AMB OD CE HE3 109.470 3.000
AMB HE1 CE HE2 109.470 3.000
AMB HE1 CE HE3 109.470 3.000
AMB HE2 CE HE3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AMB var_1 OXT C CA CB -89.995 20.000 3
AMB var_2 C CA N H2 59.966 20.000 1
AMB var_3 C CA CB CG 120.008 20.000 1
AMB CONST_1 CA CB CG OD 0.104 0.000 0
AMB var_4 CB CG OD CE 179.984 20.000 1
AMB var_5 CG OD CE HE3 179.991 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AMB chir_01 CA CB C N negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AMB plan-1 CB 0.020
AMB plan-1 CG 0.020
AMB plan-1 CA 0.020
AMB plan-1 HB 0.020
AMB plan-1 OD 0.020
AMB plan-1 HG 0.020
AMB plan-2 C 0.020
AMB plan-2 O 0.020
AMB plan-2 OXT 0.020
AMB plan-2 CA 0.020
AMB plan-3 N 0.020
AMB plan-3 CA 0.020
AMB plan-3 H2 0.020
AMB plan-3 H1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
