1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AMG AMG 'ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE ' non-polymer 27 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AMG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AMG O6 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
AMG HO6 H H 0.000 0.711 -0.086 0.650
AMG C6 C CH2 0.000 -1.249 0.149 0.679
AMG H61 H H 0.000 -1.217 1.041 1.307
AMG H62 H H 0.000 -1.431 -0.729 1.303
AMG C5 C CH1 0.000 -2.374 0.287 -0.349
AMG H5 H H 0.000 -2.188 1.169 -0.978
AMG C4 C CH1 0.000 -3.709 0.454 0.379
AMG H4 H H 0.000 -3.667 1.344 1.023
AMG O4 O OH1 0.000 -3.966 -0.702 1.178
AMG HO4 H H 0.000 -4.810 -0.594 1.637
AMG C3 C CH1 0.000 -4.825 0.624 -0.656
AMG H3 H H 0.000 -4.685 1.570 -1.198
AMG O3 O OH1 0.000 -6.093 0.633 0.002
AMG HO3 H H 0.000 -6.795 0.741 -0.653
AMG C2 C CH1 0.000 -4.762 -0.546 -1.641
AMG H2 H H 0.000 -5.007 -1.481 -1.117
AMG O2 O OH1 0.000 -5.698 -0.332 -2.698
AMG HO2 H H 0.000 -5.656 -1.072 -3.319
AMG O5 O O2 0.000 -2.414 -0.880 -1.168
AMG C1 C CH1 0.000 -3.348 -0.638 -2.217
AMG H1 H H 0.000 -3.303 -1.463 -2.943
AMG O1 O O2 0.000 -3.021 0.589 -2.872
AMG C7 C CH3 0.000 -1.699 0.441 -3.391
AMG H73 H H 0.000 -1.027 0.247 -2.596
AMG H72 H H 0.000 -1.676 -0.367 -4.076
AMG H71 H H 0.000 -1.412 1.332 -3.886
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AMG O6 n/a C6 START
AMG HO6 O6 . .
AMG C6 O6 C5 .
AMG H61 C6 . .
AMG H62 C6 . .
AMG C5 C6 O5 .
AMG H5 C5 . .
AMG C4 C5 C3 .
AMG H4 C4 . .
AMG O4 C4 HO4 .
AMG HO4 O4 . .
AMG C3 C4 C2 .
AMG H3 C3 . .
AMG O3 C3 HO3 .
AMG HO3 O3 . .
AMG C2 C3 O2 .
AMG H2 C2 . .
AMG O2 C2 HO2 .
AMG HO2 O2 . .
AMG O5 C5 C1 .
AMG C1 O5 O1 .
AMG H1 C1 . .
AMG O1 C1 C7 .
AMG C7 O1 H71 .
AMG H73 C7 . .
AMG H72 C7 . .
AMG H71 C7 . END
AMG C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AMG C1 C2 single 1.524 0.020
AMG O1 C1 single 1.426 0.020
AMG C1 O5 single 1.426 0.020
AMG H1 C1 single 1.099 0.020
AMG C2 C3 single 1.524 0.020
AMG O2 C2 single 1.432 0.020
AMG H2 C2 single 1.099 0.020
AMG C3 C4 single 1.524 0.020
AMG O3 C3 single 1.432 0.020
AMG H3 C3 single 1.099 0.020
AMG C4 C5 single 1.524 0.020
AMG O4 C4 single 1.432 0.020
AMG H4 C4 single 1.099 0.020
AMG C5 C6 single 1.524 0.020
AMG O5 C5 single 1.426 0.020
AMG H5 C5 single 1.099 0.020
AMG C6 O6 single 1.432 0.020
AMG H61 C6 single 1.092 0.020
AMG H62 C6 single 1.092 0.020
AMG C7 O1 single 1.426 0.020
AMG H71 C7 single 1.059 0.020
AMG H72 C7 single 1.059 0.020
AMG H73 C7 single 1.059 0.020
AMG HO2 O2 single 0.967 0.020
AMG HO3 O3 single 0.967 0.020
AMG HO4 O4 single 0.967 0.020
AMG HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AMG HO6 O6 C6 109.470 3.000
AMG O6 C6 H61 109.470 3.000
AMG O6 C6 H62 109.470 3.000
AMG O6 C6 C5 109.470 3.000
AMG H61 C6 H62 107.900 3.000
AMG H61 C6 C5 109.470 3.000
AMG H62 C6 C5 109.470 3.000
AMG C6 C5 H5 108.340 3.000
AMG C6 C5 C4 111.000 3.000
AMG C6 C5 O5 109.470 3.000
AMG H5 C5 C4 108.340 3.000
AMG H5 C5 O5 109.470 3.000
AMG C4 C5 O5 109.470 3.000
AMG C5 C4 H4 108.340 3.000
AMG C5 C4 O4 109.470 3.000
AMG C5 C4 C3 111.000 3.000
AMG H4 C4 O4 109.470 3.000
AMG H4 C4 C3 108.340 3.000
AMG O4 C4 C3 109.470 3.000
AMG C4 O4 HO4 109.470 3.000
AMG C4 C3 H3 108.340 3.000
AMG C4 C3 O3 109.470 3.000
AMG C4 C3 C2 111.000 3.000
AMG H3 C3 O3 109.470 3.000
AMG H3 C3 C2 108.340 3.000
AMG O3 C3 C2 109.470 3.000
AMG C3 O3 HO3 109.470 3.000
AMG C3 C2 H2 108.340 3.000
AMG C3 C2 O2 109.470 3.000
AMG C3 C2 C1 111.000 3.000
AMG H2 C2 O2 109.470 3.000
AMG H2 C2 C1 108.340 3.000
AMG O2 C2 C1 109.470 3.000
AMG C2 O2 HO2 109.470 3.000
AMG C5 O5 C1 111.800 3.000
AMG O5 C1 H1 109.470 3.000
AMG O5 C1 O1 109.470 3.000
AMG O5 C1 C2 109.470 3.000
AMG H1 C1 O1 109.470 3.000
AMG H1 C1 C2 108.340 3.000
AMG O1 C1 C2 109.470 3.000
AMG C1 O1 C7 111.800 3.000
AMG O1 C7 H73 109.470 3.000
AMG O1 C7 H72 109.470 3.000
AMG O1 C7 H71 109.470 3.000
AMG H73 C7 H72 109.470 3.000
AMG H73 C7 H71 109.470 3.000
AMG H72 C7 H71 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AMG var_1 HO6 O6 C6 C5 179.916 20.000 1
AMG var_2 O6 C6 C5 O5 60.055 20.000 3
AMG var_3 C6 C5 C4 C3 180.000 20.000 3
AMG var_4 C5 C4 O4 HO4 179.991 20.000 1
AMG var_5 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
AMG var_6 C4 C3 O3 HO3 179.933 20.000 1
AMG var_7 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
AMG var_8 C3 C2 O2 HO2 179.959 20.000 1
AMG var_9 C6 C5 O5 C1 180.000 20.000 1
AMG var_10 C5 O5 C1 O1 60.000 20.000 1
AMG var_11 O5 C1 C2 C3 60.000 20.000 3
AMG var_12 O5 C1 O1 C7 59.889 20.000 1
AMG var_13 C1 O1 C7 H71 -179.926 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AMG chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
AMG chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
AMG chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
AMG chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
AMG chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
# ------------------------------------------------------
|
