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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AMM AMM '(2S)-2-{[(AMINOMETHYL)(DIHYDROXY)SIL' non-polymer 32 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AMM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AMM O O O 0.000 0.000 0.000 0.000
AMM C C C1 0.000 -1.129 0.180 0.444
AMM H H H 0.000 -1.449 1.191 0.633
AMM CE C CH1 0.000 -2.098 -0.949 0.739
AMM HE H H 0.000 -3.033 -0.530 1.136
AMM CB C CH2 0.000 -1.474 -1.887 1.791
AMM HB1 H H 0.000 -0.540 -2.258 1.363
AMM HB2 H H 0.000 -2.169 -2.719 1.919
AMM CG C CH1 0.000 -1.191 -1.234 3.162
AMM HG H H 0.000 -0.806 -2.008 3.840
AMM CD2 C CH3 0.000 -0.118 -0.153 3.006
AMM HD23 H H 0.000 0.099 0.270 3.952
AMM HD22 H H 0.000 0.763 -0.583 2.602
AMM HD21 H H 0.000 -0.470 0.605 2.354
AMM CD1 C CH3 0.000 -2.445 -0.625 3.789
AMM HD13 H H 0.000 -2.182 -0.105 4.673
AMM HD12 H H 0.000 -2.893 0.048 3.103
AMM HD11 H H 0.000 -3.133 -1.396 4.025
AMM CH2 C CH2 0.000 -2.389 -1.671 -0.592
AMM HH21 H H 0.000 -2.993 -2.542 -0.327
AMM HH22 H H 0.000 -1.418 -2.003 -0.964
AMM SI SI SI 0.000 -3.265 -0.683 -1.921
AMM O2 O OH1 0.000 -3.591 -1.655 -3.247
AMM HO2 H H 0.000 -4.032 -1.267 -3.997
AMM O1 O OH1 0.000 -2.293 0.587 -2.423
AMM HO1 H H 0.000 -1.445 0.385 -2.808
AMM CA C CH2 0.000 -4.872 0.001 -1.208
AMM HA1 H H 0.000 -5.400 0.576 -1.972
AMM HA2 H H 0.000 -4.654 0.645 -0.354
AMM N N NH2 0.000 -5.703 -1.114 -0.777
AMM HN2 H H 0.000 -5.890 -1.257 0.206
AMM HN1 H H 0.000 -6.095 -1.748 -1.460
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AMM O n/a C START
AMM C O CE .
AMM H C . .
AMM CE C CH2 .
AMM HE CE . .
AMM CB CE CG .
AMM HB1 CB . .
AMM HB2 CB . .
AMM CG CB CD1 .
AMM HG CG . .
AMM CD2 CG HD21 .
AMM HD23 CD2 . .
AMM HD22 CD2 . .
AMM HD21 CD2 . .
AMM CD1 CG HD11 .
AMM HD13 CD1 . .
AMM HD12 CD1 . .
AMM HD11 CD1 . .
AMM CH2 CE SI .
AMM HH21 CH2 . .
AMM HH22 CH2 . .
AMM SI CH2 CA .
AMM O2 SI HO2 .
AMM HO2 O2 . .
AMM O1 SI HO1 .
AMM HO1 O1 . .
AMM CA SI N .
AMM HA1 CA . .
AMM HA2 CA . .
AMM N CA HN1 .
AMM HN2 N . .
AMM HN1 N . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AMM N CA single 1.450 0.020
AMM HN1 N single 1.010 0.020
AMM HN2 N single 1.010 0.020
AMM CA SI single 1.812 0.020
AMM HA1 CA single 1.092 0.020
AMM HA2 CA single 1.092 0.020
AMM O1 SI single 1.784 0.020
AMM O2 SI single 1.784 0.020
AMM SI CH2 single 1.812 0.020
AMM HO1 O1 single 0.967 0.020
AMM HO2 O2 single 0.967 0.020
AMM CH2 CE single 1.524 0.020
AMM HH21 CH2 single 1.092 0.020
AMM HH22 CH2 single 1.092 0.020
AMM CE C single 1.510 0.020
AMM CB CE single 1.524 0.020
AMM HE CE single 1.099 0.020
AMM C O double 1.220 0.020
AMM H C single 1.077 0.020
AMM CG CB single 1.524 0.020
AMM HB1 CB single 1.092 0.020
AMM HB2 CB single 1.092 0.020
AMM CD1 CG single 1.524 0.020
AMM CD2 CG single 1.524 0.020
AMM HG CG single 1.099 0.020
AMM HD11 CD1 single 1.059 0.020
AMM HD12 CD1 single 1.059 0.020
AMM HD13 CD1 single 1.059 0.020
AMM HD21 CD2 single 1.059 0.020
AMM HD22 CD2 single 1.059 0.020
AMM HD23 CD2 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AMM O C H 123.000 3.000
AMM O C CE 120.500 3.000
AMM H C CE 120.000 3.000
AMM C CE HE 108.810 3.000
AMM C CE CB 109.470 3.000
AMM C CE CH2 109.470 3.000
AMM HE CE CB 108.340 3.000
AMM HE CE CH2 108.340 3.000
AMM CB CE CH2 109.470 3.000
AMM CE CB HB1 109.470 3.000
AMM CE CB HB2 109.470 3.000
AMM CE CB CG 111.000 3.000
AMM HB1 CB HB2 107.900 3.000
AMM HB1 CB CG 109.470 3.000
AMM HB2 CB CG 109.470 3.000
AMM CB CG HG 108.340 3.000
AMM CB CG CD2 111.000 3.000
AMM CB CG CD1 111.000 3.000
AMM HG CG CD2 108.340 3.000
AMM HG CG CD1 108.340 3.000
AMM CD2 CG CD1 111.000 3.000
AMM CG CD2 HD23 109.470 3.000
AMM CG CD2 HD22 109.470 3.000
AMM CG CD2 HD21 109.470 3.000
AMM HD23 CD2 HD22 109.470 3.000
AMM HD23 CD2 HD21 109.470 3.000
AMM HD22 CD2 HD21 109.470 3.000
AMM CG CD1 HD13 109.470 3.000
AMM CG CD1 HD12 109.470 3.000
AMM CG CD1 HD11 109.470 3.000
AMM HD13 CD1 HD12 109.470 3.000
AMM HD13 CD1 HD11 109.470 3.000
AMM HD12 CD1 HD11 109.470 3.000
AMM CE CH2 HH21 109.470 3.000
AMM CE CH2 HH22 109.470 3.000
AMM CE CH2 SI 109.500 3.000
AMM HH21 CH2 HH22 107.900 3.000
AMM HH21 CH2 SI 109.500 3.000
AMM HH22 CH2 SI 109.500 3.000
AMM CH2 SI O2 109.500 3.000
AMM CH2 SI O1 109.500 3.000
AMM CH2 SI CA 109.500 3.000
AMM O2 SI O1 109.500 3.000
AMM O2 SI CA 109.500 3.000
AMM O1 SI CA 109.500 3.000
AMM SI O2 HO2 120.000 3.000
AMM SI O1 HO1 120.000 3.000
AMM SI CA HA1 109.500 3.000
AMM SI CA HA2 109.500 3.000
AMM SI CA N 109.500 3.000
AMM HA1 CA HA2 107.900 3.000
AMM HA1 CA N 109.470 3.000
AMM HA2 CA N 109.470 3.000
AMM CA N HN2 120.000 3.000
AMM CA N HN1 120.000 3.000
AMM HN2 N HN1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AMM var_1 O C CE CH2 -62.154 20.000 1
AMM var_2 C CE CB CG 62.381 20.000 3
AMM var_3 CE CB CG CD1 56.981 20.000 3
AMM var_4 CB CG CD2 HD21 61.973 20.000 3
AMM var_5 CB CG CD1 HD11 65.884 20.000 3
AMM var_6 C CE CH2 SI -64.259 20.000 3
AMM var_7 CE CH2 SI CA -55.272 20.000 1
AMM var_8 CH2 SI O2 HO2 -179.693 20.000 1
AMM var_9 CH2 SI O1 HO1 60.817 20.000 1
AMM var_10 CH2 SI CA N -59.870 20.000 1
AMM var_11 SI CA N HN1 -67.519 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AMM chir_01 CE CH2 C CB positiv
AMM chir_02 CG CB CD1 CD2 positiv
AMM chir_03 SI CH2 O2 O1 both
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AMM plan-1 N 0.020
AMM plan-1 CA 0.020
AMM plan-1 HN1 0.020
AMM plan-1 HN2 0.020
AMM plan-2 C 0.020
AMM plan-2 CE 0.020
AMM plan-2 O 0.020
AMM plan-2 H 0.020
# ------------------------------------------------------
|
