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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AMO AMO 'ASPARTYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE ' non-polymer 48 31 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AMO
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
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AMO CB C CH2 0.000 -0.635 -0.950 2.988
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AMO CG C C 0.000 -0.130 -1.714 4.184
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AMO OD1 O OC -0.500 0.534 -2.762 4.023
AMO N N NH2 0.000 1.267 -1.734 1.660
AMO HN2 H H 0.000 1.735 -2.632 1.624
AMO H H H 0.000 1.820 -0.885 1.665
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AMO O2P O OP -0.500 -1.516 -0.556 -2.424
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AMO "C5'" C CH2 0.000 -4.330 -0.148 -2.828
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AMO "H5'2" H H 0.000 -4.368 0.911 -2.563
AMO "C4'" C CH1 0.000 -5.718 -0.615 -3.268
AMO "H4'" H H 0.000 -5.688 -1.683 -3.525
AMO "C3'" C CH1 0.000 -6.185 0.203 -4.486
AMO "H3'" H H 0.000 -5.444 0.975 -4.738
AMO "O3'" O OH1 0.000 -6.421 -0.648 -5.609
AMO "HO'3" H H 0.000 -6.770 -0.123 -6.343
AMO "C2'" C CH1 0.000 -7.509 0.859 -4.014
AMO "H2'2" H H 0.000 -7.336 1.887 -3.668
AMO "O2'" O OH1 0.000 -8.490 0.830 -5.053
AMO "H2'1" H H 0.000 -8.211 1.409 -5.775
AMO "C1'" C CH1 0.000 -7.923 -0.059 -2.836
AMO "H1'" H H 0.000 -8.422 -0.964 -3.209
AMO "O4'" O O2 0.000 -6.666 -0.393 -2.211
AMO N9 N NR5 0.000 -8.791 0.659 -1.900
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AMO C6 C CR6 0.000 -11.926 1.658 -0.595
AMO N6 N NH2 0.000 -12.368 2.457 0.446
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AMO H61 H H 0.000 -13.361 2.584 0.612
AMO N1 N NRD6 0.000 -12.790 1.045 -1.395
AMO C2 C CR16 0.000 -12.377 0.282 -2.391
AMO H2 H H 0.000 -13.116 -0.201 -3.018
AMO N3 N NRD6 0.000 -11.101 0.085 -2.648
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AMO O n/a C START
AMO C O O3P .
AMO CA C N .
AMO HA CA . .
AMO CB CA CG .
AMO HB1 CB . .
AMO HB2 CB . .
AMO CG CB OD1 .
AMO OD2 CG . .
AMO OD1 CG . .
AMO N CA H .
AMO HN2 N . .
AMO H N . .
AMO O3P C P .
AMO P O3P "O5'" .
AMO O1P P . .
AMO O2P P . .
AMO "O5'" P "C5'" .
AMO "C5'" "O5'" "C4'" .
AMO "H5'1" "C5'" . .
AMO "H5'2" "C5'" . .
AMO "C4'" "C5'" "C3'" .
AMO "H4'" "C4'" . .
AMO "C3'" "C4'" "C2'" .
AMO "H3'" "C3'" . .
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AMO "HO'3" "O3'" . .
AMO "C2'" "C3'" "C1'" .
AMO "H2'2" "C2'" . .
AMO "O2'" "C2'" "H2'1" .
AMO "H2'1" "O2'" . .
AMO "C1'" "C2'" N9 .
AMO "H1'" "C1'" . .
AMO "O4'" "C1'" . .
AMO N9 "C1'" C8 .
AMO C8 N9 N7 .
AMO H8 C8 . .
AMO N7 C8 C5 .
AMO C5 N7 C6 .
AMO C4 C5 . .
AMO C6 C5 N1 .
AMO N6 C6 H61 .
AMO H62 N6 . .
AMO H61 N6 . .
AMO N1 C6 C2 .
AMO C2 N1 N3 .
AMO H2 C2 . .
AMO N3 C2 . END
AMO "C4'" "O4'" . ADD
AMO N9 C4 . ADD
AMO C4 N3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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AMO O2P P deloc 1.510 0.020
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AMO N7 C8 double 1.350 0.020
AMO H8 C8 single 1.083 0.020
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AMO N CA single 1.450 0.020
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AMO HN2 N single 1.010 0.020
AMO CB CA single 1.524 0.020
AMO CA C single 1.500 0.020
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AMO CG CB single 1.510 0.020
AMO HB1 CB single 1.092 0.020
AMO HB2 CB single 1.092 0.020
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AMO OD2 CG deloc 1.250 0.020
AMO C O deloc 1.220 0.020
AMO "H2'1" "O2'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AMO O C CA 120.500 3.000
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AMO HA CA N 109.470 3.000
AMO CB CA N 109.470 3.000
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AMO HB2 CB CG 109.470 3.000
AMO CB CG OD2 118.500 3.000
AMO CB CG OD1 118.500 3.000
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AMO "H5'1" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
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AMO "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
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AMO H62 N6 H61 120.000 3.000
AMO C6 N1 C2 120.000 3.000
AMO N1 C2 H2 120.000 3.000
AMO N1 C2 N3 120.000 3.000
AMO H2 C2 N3 120.000 3.000
AMO C2 N3 C4 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AMO var_1 O C CA N -29.903 20.000 3
AMO var_2 C CA CB CG 179.989 20.000 3
AMO var_3 CA CB CG OD1 -0.032 20.000 3
AMO var_4 C CA N H 59.956 20.000 1
AMO var_5 O C O3P P 0.049 20.000 1
AMO var_6 C O3P P "O5'" -179.999 20.000 1
AMO var_7 O3P P "O5'" "C5'" 179.986 20.000 1
AMO var_8 P "O5'" "C5'" "C4'" 179.989 20.000 1
AMO var_9 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 179.678 20.000 3
AMO var_10 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
AMO var_11 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -120.000 20.000 3
AMO var_12 "C4'" "C3'" "O3'" "HO'3" 176.228 20.000 1
AMO var_13 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
AMO var_14 "C3'" "C2'" "O2'" "H2'1" -67.334 20.000 1
AMO var_15 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
AMO var_16 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
AMO var_17 "C2'" "C1'" N9 C8 -85.667 20.000 1
AMO CONST_1 "C1'" N9 C4 C5 180.000 0.000 0
AMO CONST_2 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
AMO CONST_3 N9 C8 N7 C5 0.000 0.000 0
AMO CONST_4 C8 N7 C5 C6 180.000 0.000 0
AMO CONST_5 N7 C5 C4 N9 0.000 0.000 0
AMO CONST_6 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
AMO CONST_7 N7 C5 C6 N1 180.000 0.000 0
AMO CONST_8 C5 C6 N6 H61 179.999 0.000 0
AMO CONST_9 C5 C6 N1 C2 0.000 0.000 0
AMO CONST_10 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
AMO CONST_11 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AMO chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
AMO chir_02 "C1'" "O4'" N9 "C2'" negativ
AMO chir_03 "C2'" "C1'" "C3'" "O2'" negativ
AMO chir_04 "C3'" "C4'" "C2'" "O3'" positiv
AMO chir_05 CA N CB C negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AMO plan-1 N9 0.020
AMO plan-1 "C1'" 0.020
AMO plan-1 C4 0.020
AMO plan-1 C8 0.020
AMO plan-1 N7 0.020
AMO plan-1 N3 0.020
AMO plan-1 C5 0.020
AMO plan-1 C2 0.020
AMO plan-1 N1 0.020
AMO plan-1 C6 0.020
AMO plan-1 H2 0.020
AMO plan-1 N6 0.020
AMO plan-1 H8 0.020
AMO plan-1 H62 0.020
AMO plan-1 H61 0.020
AMO plan-2 N6 0.020
AMO plan-2 C6 0.020
AMO plan-2 H61 0.020
AMO plan-2 H62 0.020
AMO plan-3 N 0.020
AMO plan-3 CA 0.020
AMO plan-3 H 0.020
AMO plan-3 HN2 0.020
AMO plan-4 CG 0.020
AMO plan-4 CB 0.020
AMO plan-4 OD1 0.020
AMO plan-4 OD2 0.020
AMO plan-5 C 0.020
AMO plan-5 O3P 0.020
AMO plan-5 CA 0.020
AMO plan-5 O 0.020
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