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337
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AN2 AN2 'AMP PHOSPHORAMIDATE ' non-polymer 42 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AN2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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AN2 H6N1 H H 0.000 -12.853 -0.763 -0.648
AN2 C5 C CR56 0.000 -9.549 -1.181 -0.338
AN2 N7 N NRD5 0.000 -8.814 -0.209 -0.929
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AN2 H8 H H 0.000 -6.738 0.159 -1.125
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_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AN2 O2A n/a PA START
AN2 PA O2A "O5'" .
AN2 O1A PA . .
AN2 O3A PA PB .
AN2 PB O3A N3B .
AN2 O1B PB . .
AN2 O2B PB HO2B .
AN2 HO2B O2B . .
AN2 N3B PB H3B1 .
AN2 H3B2 N3B . .
AN2 H3B1 N3B . .
AN2 "O5'" PA "C5'" .
AN2 "C5'" "O5'" "C4'" .
AN2 "H5'1" "C5'" . .
AN2 "H5'2" "C5'" . .
AN2 "C4'" "C5'" "C3'" .
AN2 "H4'" "C4'" . .
AN2 "C3'" "C4'" "C2'" .
AN2 "H3'" "C3'" . .
AN2 "O3'" "C3'" HA .
AN2 HA "O3'" . .
AN2 "C2'" "C3'" "C1'" .
AN2 "H2'" "C2'" . .
AN2 "O2'" "C2'" HB .
AN2 HB "O2'" . .
AN2 "C1'" "C2'" N9 .
AN2 "H1'" "C1'" . .
AN2 "O4'" "C1'" . .
AN2 N9 "C1'" C4 .
AN2 C4 N9 N3 .
AN2 N3 C4 C2 .
AN2 C2 N3 N1 .
AN2 H2 C2 . .
AN2 N1 C2 C6 .
AN2 C6 N1 C5 .
AN2 N6 C6 H6N1 .
AN2 H6N2 N6 . .
AN2 H6N1 N6 . .
AN2 C5 C6 N7 .
AN2 N7 C5 C8 .
AN2 C8 N7 H8 .
AN2 H8 C8 . END
AN2 "C4'" "O4'" . ADD
AN2 N9 C8 . ADD
AN2 C5 C4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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AN2 PA O2A deloc 1.510 0.020
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AN2 "O2'" "C2'" single 1.432 0.020
AN2 "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
AN2 "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
AN2 HB "O2'" single 0.967 0.020
AN2 N9 "C1'" single 1.485 0.020
AN2 "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
AN2 N9 C8 single 1.337 0.020
AN2 C4 N9 single 1.337 0.020
AN2 C8 N7 double 1.350 0.020
AN2 H8 C8 single 1.083 0.020
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AN2 C2 N3 double 1.337 0.020
AN2 N1 C2 single 1.337 0.020
AN2 H2 C2 single 1.083 0.020
AN2 C6 N1 double 1.350 0.020
AN2 N6 C6 single 1.355 0.020
AN2 H6N1 N6 single 1.010 0.020
AN2 H6N2 N6 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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AN2 O2B PB N3B 109.500 3.000
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AN2 H3B2 N3B H3B1 120.000 3.000
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AN2 H8 C8 N9 126.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AN2 var_1 O2A PA O3A PB 80.003 20.000 1
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AN2 var_5 O2A PA "O5'" "C5'" -64.962 20.000 1
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AN2 var_12 "C3'" "C2'" "O2'" HB -61.388 20.000 1
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AN2 var_15 "C2'" "C1'" N9 C4 86.539 20.000 1
AN2 CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
AN2 CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
AN2 CONST_3 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
AN2 CONST_4 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
AN2 CONST_5 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
AN2 CONST_6 C2 N1 C6 C5 0.000 0.000 0
AN2 CONST_7 N1 C6 N6 H6N1 0.029 0.000 0
AN2 CONST_8 N1 C6 C5 N7 180.000 0.000 0
AN2 CONST_9 C6 C5 C4 N9 180.000 0.000 0
AN2 CONST_10 C6 C5 N7 C8 180.000 0.000 0
AN2 CONST_11 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AN2 chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
AN2 chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
AN2 chir_03 "C2'" "C3'" "O2'" "C1'" negativ
AN2 chir_04 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AN2 plan-1 N3B 0.020
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AN2 plan-2 "C1'" 0.020
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AN2 plan-2 N7 0.020
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AN2 plan-2 C6 0.020
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AN2 plan-2 C2 0.020
AN2 plan-2 N1 0.020
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AN2 plan-3 N6 0.020
AN2 plan-3 C6 0.020
AN2 plan-3 H6N1 0.020
AN2 plan-3 H6N2 0.020
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