1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ANG ANG '8-AMINOGUANINE ' non-polymer 18 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ANG
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ANG O6 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
ANG C6 C CR6 0.000 -1.071 0.000 -0.583
ANG N1 N NR16 0.000 -1.123 -0.004 -1.934
ANG H1 H H 0.000 -0.241 -0.011 -2.486
ANG C2 C CR6 0.000 -2.324 0.000 -2.575
ANG N2 N NH2 0.000 -2.348 0.001 -3.949
ANG H22 H H 0.000 -1.482 0.003 -4.476
ANG H21 H H 0.000 -3.231 0.001 -4.446
ANG N3 N NRD6 0.000 -3.462 0.001 -1.917
ANG C5 C CR56 0.000 -2.286 0.000 0.134
ANG C4 C CR56 0.000 -3.487 0.001 -0.581
ANG N7 N NRD5 0.000 -2.601 0.000 1.457
ANG C8 C CR5 0.000 -3.903 0.001 1.591
ANG N8 N NH2 0.000 -4.580 0.002 2.796
ANG H82 H H 0.000 -5.595 0.002 2.817
ANG H81 H H 0.000 -4.070 0.001 3.674
ANG N9 N NR15 0.000 -4.491 0.002 0.355
ANG H9 H H 0.000 -5.512 0.002 0.161
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ANG O6 n/a C6 START
ANG C6 O6 C5 .
ANG N1 C6 C2 .
ANG H1 N1 . .
ANG C2 N1 N3 .
ANG N2 C2 H21 .
ANG H22 N2 . .
ANG H21 N2 . .
ANG N3 C2 . .
ANG C5 C6 N7 .
ANG C4 C5 . .
ANG N7 C5 C8 .
ANG C8 N7 N9 .
ANG N8 C8 H81 .
ANG H82 N8 . .
ANG H81 N8 . .
ANG N9 C8 H9 .
ANG H9 N9 . END
ANG N9 C4 . ADD
ANG C4 N3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ANG N9 C4 single 1.340 0.020
ANG N9 C8 single 1.340 0.020
ANG H9 N9 single 1.040 0.020
ANG C4 N3 single 1.355 0.020
ANG C4 C5 double 1.490 0.020
ANG N3 C2 double 1.350 0.020
ANG N2 C2 single 1.355 0.020
ANG C2 N1 single 1.337 0.020
ANG H21 N2 single 1.010 0.020
ANG H22 N2 single 1.010 0.020
ANG N1 C6 single 1.337 0.020
ANG H1 N1 single 1.040 0.020
ANG C6 O6 double 1.250 0.020
ANG C5 C6 single 1.490 0.020
ANG N7 C5 single 1.350 0.020
ANG C8 N7 double 1.350 0.020
ANG N8 C8 single 1.355 0.020
ANG H81 N8 single 1.010 0.020
ANG H82 N8 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ANG O6 C6 N1 120.000 3.000
ANG O6 C6 C5 120.000 3.000
ANG N1 C6 C5 120.000 3.000
ANG C6 N1 H1 120.000 3.000
ANG C6 N1 C2 120.000 3.000
ANG H1 N1 C2 120.000 3.000
ANG N1 C2 N2 120.000 3.000
ANG N1 C2 N3 120.000 3.000
ANG N2 C2 N3 120.000 3.000
ANG C2 N2 H22 120.000 3.000
ANG C2 N2 H21 120.000 3.000
ANG H22 N2 H21 120.000 3.000
ANG C2 N3 C4 120.000 3.000
ANG C6 C5 C4 120.000 3.000
ANG C6 C5 N7 132.000 3.000
ANG C4 C5 N7 108.000 3.000
ANG C5 C4 N9 108.000 3.000
ANG C5 C4 N3 120.000 3.000
ANG N9 C4 N3 132.000 3.000
ANG C5 N7 C8 108.000 3.000
ANG N7 C8 N8 108.000 3.000
ANG N7 C8 N9 108.000 3.000
ANG N8 C8 N9 108.000 3.000
ANG C8 N8 H82 120.000 3.000
ANG C8 N8 H81 120.000 3.000
ANG H82 N8 H81 120.000 3.000
ANG C8 N9 H9 126.000 3.000
ANG C8 N9 C4 108.000 3.000
ANG H9 N9 C4 126.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ANG CONST_1 O6 C6 N1 C2 180.000 0.000 0
ANG CONST_2 C6 N1 C2 N3 0.000 0.000 0
ANG CONST_3 N1 C2 N2 H21 179.738 0.000 0
ANG CONST_4 N1 C2 N3 C4 0.000 0.000 0
ANG CONST_5 O6 C6 C5 N7 0.000 0.000 0
ANG CONST_6 C6 C5 C4 N9 180.000 0.000 0
ANG CONST_7 C5 C4 N3 C2 0.000 0.000 0
ANG CONST_8 C6 C5 N7 C8 180.000 0.000 0
ANG CONST_9 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
ANG CONST_10 N7 C8 N8 H81 0.000 0.000 0
ANG CONST_11 N7 C8 N9 C4 0.000 0.000 0
ANG CONST_12 C8 N9 C4 C5 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ANG plan-1 N9 0.020
ANG plan-1 C4 0.020
ANG plan-1 C8 0.020
ANG plan-1 H9 0.020
ANG plan-1 N7 0.020
ANG plan-1 N3 0.020
ANG plan-1 C5 0.020
ANG plan-1 C2 0.020
ANG plan-1 N1 0.020
ANG plan-1 C6 0.020
ANG plan-1 N2 0.020
ANG plan-1 H1 0.020
ANG plan-1 O6 0.020
ANG plan-1 N8 0.020
ANG plan-1 H22 0.020
ANG plan-1 H21 0.020
ANG plan-1 H82 0.020
ANG plan-1 H81 0.020
ANG plan-2 N2 0.020
ANG plan-2 C2 0.020
ANG plan-2 H21 0.020
ANG plan-2 H22 0.020
ANG plan-3 N8 0.020
ANG plan-3 C8 0.020
ANG plan-3 H81 0.020
ANG plan-3 H82 0.020
# ------------------------------------------------------
|
