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205
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AOS AOS 'D-ALLOSE ' non-polymer 24 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AOS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AOS O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
AOS C1 C C1 0.000 -0.734 -0.167 -0.969
AOS H1 H H 0.000 -1.058 -1.171 -1.188
AOS C2 C CH1 0.000 -1.213 0.945 -1.879
AOS H2 H H 0.000 -0.906 0.724 -2.911
AOS O2 O OH1 0.000 -0.585 2.150 -1.455
AOS HO2 H H 0.000 0.262 2.247 -1.909
AOS C3 C CH1 0.000 -2.732 1.166 -1.843
AOS H3 H H 0.000 -2.965 1.962 -2.564
AOS O3 O OH1 0.000 -3.120 1.633 -0.546
AOS HO3 H H 0.000 -2.457 2.256 -0.216
AOS C4 C CH1 0.000 -3.615 -0.046 -2.193
AOS H4 H H 0.000 -3.432 -0.827 -1.442
AOS O4 O OH1 0.000 -3.244 -0.567 -3.473
AOS HO4 H H 0.000 -3.597 0.004 -4.169
AOS C5 C CH1 0.000 -5.126 0.229 -2.233
AOS H5 H H 0.000 -5.324 1.071 -2.911
AOS O5 O OH1 0.000 -5.545 0.580 -0.907
AOS HO5 H H 0.000 -5.078 0.029 -0.264
AOS C6 C CH2 0.000 -5.964 -0.971 -2.662
AOS H61 H H 0.000 -5.790 -1.805 -1.980
AOS H62 H H 0.000 -5.689 -1.268 -3.677
AOS O6 O OH1 0.000 -7.341 -0.605 -2.629
AOS HO6 H H 0.000 -7.417 0.345 -2.470
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AOS O1 n/a C1 START
AOS C1 O1 C2 .
AOS H1 C1 . .
AOS C2 C1 C3 .
AOS H2 C2 . .
AOS O2 C2 HO2 .
AOS HO2 O2 . .
AOS C3 C2 C4 .
AOS H3 C3 . .
AOS O3 C3 HO3 .
AOS HO3 O3 . .
AOS C4 C3 C5 .
AOS H4 C4 . .
AOS O4 C4 HO4 .
AOS HO4 O4 . .
AOS C5 C4 C6 .
AOS H5 C5 . .
AOS O5 C5 HO5 .
AOS HO5 O5 . .
AOS C6 C5 O6 .
AOS H61 C6 . .
AOS H62 C6 . .
AOS O6 C6 HO6 .
AOS HO6 O6 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AOS C1 O1 double 1.220 0.020
AOS C2 C1 single 1.510 0.020
AOS H1 C1 single 1.077 0.020
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AOS C3 C2 single 1.524 0.020
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AOS HO2 O2 single 0.967 0.020
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AOS C4 C3 single 1.524 0.020
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AOS HO3 O3 single 0.967 0.020
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AOS C5 C4 single 1.524 0.020
AOS H4 C4 single 1.099 0.020
AOS HO4 O4 single 0.967 0.020
AOS O5 C5 single 1.432 0.020
AOS C6 C5 single 1.524 0.020
AOS H5 C5 single 1.099 0.020
AOS HO5 O5 single 0.967 0.020
AOS O6 C6 single 1.432 0.020
AOS H61 C6 single 1.092 0.020
AOS H62 C6 single 1.092 0.020
AOS HO6 O6 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AOS O1 C1 H1 123.000 3.000
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AOS H1 C1 C2 120.000 3.000
AOS C1 C2 H2 108.810 3.000
AOS C1 C2 O2 109.470 3.000
AOS C1 C2 C3 109.470 3.000
AOS H2 C2 O2 109.470 3.000
AOS H2 C2 C3 108.340 3.000
AOS O2 C2 C3 109.470 3.000
AOS C2 O2 HO2 109.470 3.000
AOS C2 C3 H3 108.340 3.000
AOS C2 C3 O3 109.470 3.000
AOS C2 C3 C4 111.000 3.000
AOS H3 C3 O3 109.470 3.000
AOS H3 C3 C4 108.340 3.000
AOS O3 C3 C4 109.470 3.000
AOS C3 O3 HO3 109.470 3.000
AOS C3 C4 H4 108.340 3.000
AOS C3 C4 O4 109.470 3.000
AOS C3 C4 C5 111.000 3.000
AOS H4 C4 O4 109.470 3.000
AOS H4 C4 C5 108.340 3.000
AOS O4 C4 C5 109.470 3.000
AOS C4 O4 HO4 109.470 3.000
AOS C4 C5 H5 108.340 3.000
AOS C4 C5 O5 109.470 3.000
AOS C4 C5 C6 111.000 3.000
AOS H5 C5 O5 109.470 3.000
AOS H5 C5 C6 108.340 3.000
AOS O5 C5 C6 109.470 3.000
AOS C5 O5 HO5 109.470 3.000
AOS C5 C6 H61 109.470 3.000
AOS C5 C6 H62 109.470 3.000
AOS C5 C6 O6 109.470 3.000
AOS H61 C6 H62 107.900 3.000
AOS H61 C6 O6 109.470 3.000
AOS H62 C6 O6 109.470 3.000
AOS C6 O6 HO6 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AOS var_1 O1 C1 C2 C3 -115.534 20.000 1
AOS var_2 C1 C2 O2 HO2 88.542 20.000 1
AOS var_3 C1 C2 C3 C4 -57.254 20.000 3
AOS var_4 C2 C3 O3 HO3 39.144 20.000 1
AOS var_5 C2 C3 C4 C5 -176.405 20.000 3
AOS var_6 C3 C4 O4 HO4 -76.588 20.000 1
AOS var_7 C3 C4 C5 C6 176.559 20.000 3
AOS var_8 C4 C5 O5 HO5 -39.076 20.000 1
AOS var_9 C4 C5 C6 O6 178.575 20.000 3
AOS var_10 C5 C6 O6 HO6 8.241 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AOS chir_01 C2 C1 O2 C3 positiv
AOS chir_02 C3 C2 O3 C4 positiv
AOS chir_03 C4 C3 O4 C5 positiv
AOS chir_04 C5 C4 O5 C6 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AOS plan-1 C1 0.020
AOS plan-1 O1 0.000
AOS plan-1 C2 0.000
AOS plan-1 H1 0.000
# ------------------------------------------------------
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