1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AP2 AP2 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSY' non-polymer 44 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AP2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AP2 O1A O O 0.000 0.000 0.000 0.000
AP2 PA P P 0.000 -0.579 -1.233 -0.580
AP2 O2A O OH1 0.000 -0.365 -1.226 -2.176
AP2 HOA2 H H 0.000 -0.688 -1.964 -2.710
AP2 C3A C CH2 0.000 0.249 -2.689 0.137
AP2 H3A1 H H 0.000 -0.180 -3.598 -0.290
AP2 H3A2 H H 0.000 0.103 -2.693 1.219
AP2 PB P P 0.000 2.031 -2.620 -0.238
AP2 O2B O OH1 0.000 2.763 -3.907 0.397
AP2 HOB2 H H 0.000 3.717 -4.023 0.288
AP2 O3B O OH1 0.000 2.246 -2.614 -1.833
AP2 HOB3 H H 0.000 1.923 -3.353 -2.367
AP2 O1B O O 0.000 2.611 -1.389 0.343
AP2 "O5'" O O2 0.000 -2.153 -1.292 -0.249
AP2 "C5'" C CH2 0.000 -2.743 -0.131 -0.835
AP2 "H5'1" H H 0.000 -2.571 -0.141 -1.913
AP2 "H5'2" H H 0.000 -2.289 0.764 -0.404
AP2 "C4'" C CH1 0.000 -4.247 -0.126 -0.556
AP2 "H4'" H H 0.000 -4.720 -1.014 -0.997
AP2 "C3'" C CH1 0.000 -4.896 1.160 -1.113
AP2 "H3'" H H 0.000 -4.152 1.964 -1.191
AP2 "O3'" O OH1 0.000 -5.496 0.908 -2.385
AP2 "HO3'" H H 0.000 -5.896 1.723 -2.718
AP2 "C2'" C CH1 0.000 -5.976 1.520 -0.065
AP2 "H2'" H H 0.000 -5.768 2.504 0.378
AP2 "O2'" O OH1 0.000 -7.275 1.504 -0.659
AP2 "HO2'" H H 0.000 -7.315 2.165 -1.363
AP2 "C1'" C CH1 0.000 -5.846 0.410 1.001
AP2 "H1'" H H 0.000 -6.566 -0.397 0.802
AP2 "O4'" O O2 0.000 -4.494 -0.079 0.865
AP2 N9 N NR5 0.000 -6.058 0.962 2.340
AP2 C4 C CR56 0.000 -7.254 1.034 3.009
AP2 C5 C CR56 0.000 -6.970 1.639 4.245
AP2 N7 N NRD5 0.000 -5.639 1.892 4.269
AP2 C8 C CR15 0.000 -5.103 1.499 3.151
AP2 H8 H H 0.000 -4.052 1.585 2.902
AP2 N3 N NRD6 0.000 -8.504 0.679 2.737
AP2 C2 C CR16 0.000 -9.467 0.885 3.611
AP2 H2 H H 0.000 -10.476 0.586 3.356
AP2 N1 N NRD6 0.000 -9.248 1.444 4.787
AP2 C6 C CR6 0.000 -8.030 1.832 5.148
AP2 N6 N NH2 0.000 -7.810 2.417 6.382
AP2 HN62 H H 0.000 -6.877 2.712 6.654
AP2 HN61 H H 0.000 -8.578 2.559 7.030
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AP2 O1A n/a PA START
AP2 PA O1A "O5'" .
AP2 O2A PA HOA2 .
AP2 HOA2 O2A . .
AP2 C3A PA PB .
AP2 H3A1 C3A . .
AP2 H3A2 C3A . .
AP2 PB C3A O1B .
AP2 O2B PB HOB2 .
AP2 HOB2 O2B . .
AP2 O3B PB HOB3 .
AP2 HOB3 O3B . .
AP2 O1B PB . .
AP2 "O5'" PA "C5'" .
AP2 "C5'" "O5'" "C4'" .
AP2 "H5'1" "C5'" . .
AP2 "H5'2" "C5'" . .
AP2 "C4'" "C5'" "C3'" .
AP2 "H4'" "C4'" . .
AP2 "C3'" "C4'" "C2'" .
AP2 "H3'" "C3'" . .
AP2 "O3'" "C3'" "HO3'" .
AP2 "HO3'" "O3'" . .
AP2 "C2'" "C3'" "C1'" .
AP2 "H2'" "C2'" . .
AP2 "O2'" "C2'" "HO2'" .
AP2 "HO2'" "O2'" . .
AP2 "C1'" "C2'" N9 .
AP2 "H1'" "C1'" . .
AP2 "O4'" "C1'" . .
AP2 N9 "C1'" C4 .
AP2 C4 N9 N3 .
AP2 C5 C4 N7 .
AP2 N7 C5 C8 .
AP2 C8 N7 H8 .
AP2 H8 C8 . .
AP2 N3 C4 C2 .
AP2 C2 N3 N1 .
AP2 H2 C2 . .
AP2 N1 C2 C6 .
AP2 C6 N1 N6 .
AP2 N6 C6 HN61 .
AP2 HN62 N6 . .
AP2 HN61 N6 . END
AP2 "C4'" "O4'" . ADD
AP2 N9 C8 . ADD
AP2 C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AP2 O1B PB double 1.480 0.020
AP2 O2B PB single 1.610 0.020
AP2 O3B PB single 1.610 0.020
AP2 PB C3A single 1.812 0.020
AP2 HOB2 O2B single 0.967 0.020
AP2 HOB3 O3B single 0.967 0.020
AP2 C3A PA single 1.812 0.020
AP2 H3A1 C3A single 1.092 0.020
AP2 H3A2 C3A single 1.092 0.020
AP2 PA O1A double 1.480 0.020
AP2 O2A PA single 1.610 0.020
AP2 "O5'" PA single 1.610 0.020
AP2 HOA2 O2A single 0.967 0.020
AP2 "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
AP2 "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
AP2 "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
AP2 "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
AP2 "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
AP2 "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
AP2 "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
AP2 "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
AP2 "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
AP2 "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
AP2 "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
AP2 "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
AP2 "O2'" "C2'" single 1.432 0.020
AP2 "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
AP2 "H2'" "C2'" single 1.099 0.020
AP2 "HO2'" "O2'" single 0.967 0.020
AP2 N9 "C1'" single 1.485 0.020
AP2 "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
AP2 N9 C8 single 1.337 0.020
AP2 C4 N9 single 1.337 0.020
AP2 C8 N7 double 1.350 0.020
AP2 H8 C8 single 1.083 0.020
AP2 N7 C5 single 1.350 0.020
AP2 C5 C6 single 1.490 0.020
AP2 C5 C4 double 1.490 0.020
AP2 N6 C6 single 1.355 0.020
AP2 C6 N1 double 1.350 0.020
AP2 HN61 N6 single 1.010 0.020
AP2 HN62 N6 single 1.010 0.020
AP2 N1 C2 single 1.337 0.020
AP2 C2 N3 double 1.337 0.020
AP2 H2 C2 single 1.083 0.020
AP2 N3 C4 single 1.355 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AP2 O1A PA O2A 109.500 3.000
AP2 O1A PA C3A 109.500 3.000
AP2 O1A PA "O5'" 109.500 3.000
AP2 O2A PA C3A 109.500 3.000
AP2 O2A PA "O5'" 109.500 3.000
AP2 C3A PA "O5'" 109.500 3.000
AP2 PA O2A HOA2 120.000 3.000
AP2 PA C3A H3A1 109.500 3.000
AP2 PA C3A H3A2 109.500 3.000
AP2 PA C3A PB 109.500 3.000
AP2 H3A1 C3A H3A2 107.900 3.000
AP2 H3A1 C3A PB 109.500 3.000
AP2 H3A2 C3A PB 109.500 3.000
AP2 C3A PB O3B 109.500 3.000
AP2 C3A PB O2B 109.500 3.000
AP2 C3A PB O1B 109.500 3.000
AP2 O3B PB O2B 109.500 3.000
AP2 O3B PB O1B 109.500 3.000
AP2 O2B PB O1B 109.500 3.000
AP2 PB O3B HOB3 120.000 3.000
AP2 PB O2B HOB2 120.000 3.000
AP2 PA "O5'" "C5'" 120.500 3.000
AP2 "O5'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
AP2 "O5'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
AP2 "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
AP2 "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
AP2 "H5'1" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
AP2 "H5'2" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
AP2 "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
AP2 "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
AP2 "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
AP2 "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
AP2 "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
AP2 "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
AP2 "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
AP2 "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
AP2 "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
AP2 "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
AP2 "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
AP2 "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
AP2 "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
AP2 "C3'" "C2'" "H2'" 108.340 3.000
AP2 "C3'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
AP2 "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
AP2 "H2'" "C2'" "O2'" 109.470 3.000
AP2 "H2'" "C2'" "C1'" 108.340 3.000
AP2 "O2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
AP2 "C2'" "O2'" "HO2'" 109.470 3.000
AP2 "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
AP2 "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
AP2 "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
AP2 "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
AP2 "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
AP2 "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
AP2 "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
AP2 "C1'" N9 C4 126.000 3.000
AP2 "C1'" N9 C8 126.000 3.000
AP2 C4 N9 C8 108.000 3.000
AP2 N9 C4 C5 108.000 3.000
AP2 N9 C4 N3 132.000 3.000
AP2 C5 C4 N3 120.000 3.000
AP2 C4 C5 N7 108.000 3.000
AP2 C4 C5 C6 120.000 3.000
AP2 N7 C5 C6 132.000 3.000
AP2 C5 N7 C8 108.000 3.000
AP2 N7 C8 H8 126.000 3.000
AP2 N7 C8 N9 108.000 3.000
AP2 H8 C8 N9 126.000 3.000
AP2 C4 N3 C2 120.000 3.000
AP2 N3 C2 H2 120.000 3.000
AP2 N3 C2 N1 120.000 3.000
AP2 H2 C2 N1 120.000 3.000
AP2 C2 N1 C6 120.000 3.000
AP2 N1 C6 N6 120.000 3.000
AP2 N1 C6 C5 120.000 3.000
AP2 N6 C6 C5 120.000 3.000
AP2 C6 N6 HN62 120.000 3.000
AP2 C6 N6 HN61 120.000 3.000
AP2 HN62 N6 HN61 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AP2 var_1 O1A PA O2A HOA2 -179.993 20.000 1
AP2 var_2 O1A PA C3A PB -59.997 20.000 1
AP2 var_3 PA C3A PB O1B 60.040 20.000 1
AP2 var_4 C3A PB O3B HOB3 -59.998 20.000 1
AP2 var_5 C3A PB O2B HOB2 -179.989 20.000 1
AP2 var_6 O1A PA "O5'" "C5'" 60.004 20.000 1
AP2 var_7 PA "O5'" "C5'" "C4'" 179.981 20.000 1
AP2 var_8 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 176.911 20.000 3
AP2 var_9 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
AP2 var_10 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -150.000 20.000 3
AP2 var_11 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" -179.971 20.000 1
AP2 var_12 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 0.000 20.000 3
AP2 var_13 "C3'" "C2'" "O2'" "HO2'" -61.461 20.000 1
AP2 var_14 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
AP2 var_15 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
AP2 var_16 "C2'" "C1'" N9 C4 91.451 20.000 1
AP2 CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
AP2 CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
AP2 CONST_3 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
AP2 CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
AP2 CONST_5 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
AP2 CONST_6 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
AP2 CONST_7 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
AP2 CONST_8 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
AP2 CONST_9 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
AP2 CONST_10 C2 N1 C6 N6 180.000 0.000 0
AP2 CONST_11 N1 C6 N6 HN61 -0.023 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AP2 chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
AP2 chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
AP2 chir_03 "C2'" "C3'" "O2'" "C1'" negativ
AP2 chir_04 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AP2 plan-1 N9 0.020
AP2 plan-1 "C1'" 0.020
AP2 plan-1 C8 0.020
AP2 plan-1 C4 0.020
AP2 plan-1 N7 0.020
AP2 plan-1 H8 0.020
AP2 plan-1 C5 0.020
AP2 plan-1 C6 0.020
AP2 plan-1 N1 0.020
AP2 plan-1 C2 0.020
AP2 plan-1 N3 0.020
AP2 plan-1 N6 0.020
AP2 plan-1 H2 0.020
AP2 plan-1 HN62 0.020
AP2 plan-1 HN61 0.020
AP2 plan-2 N6 0.020
AP2 plan-2 C6 0.020
AP2 plan-2 HN61 0.020
AP2 plan-2 HN62 0.020
# ------------------------------------------------------
|
