1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
APJ APJ 'N~2~-1H-benzimidazol-5-yl-N~4~-(3-cy' non-polymer 41 25 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_APJ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
APJ HN7 H H 0.000 0.060 -0.027 -0.026
APJ N7 N NR15 0.000 -0.826 0.397 0.316
APJ C25 C CR15 0.000 -0.940 1.478 1.134
APJ H25 H H 0.000 -0.108 2.041 1.537
APJ N8 N NRD5 0.000 -2.195 1.736 1.361
APJ C21 C CR56 0.000 -2.974 0.842 0.699
APJ C20 C CR16 0.000 -4.356 0.661 0.594
APJ H20 H H 0.000 -5.033 1.331 1.110
APJ C22 C CR56 0.000 -2.108 -0.034 0.023
APJ C23 C CR16 0.000 -2.624 -1.071 -0.741
APJ H23 H H 0.000 -1.956 -1.746 -1.262
APJ C24 C CR16 0.000 -3.988 -1.241 -0.836
APJ H24 H H 0.000 -4.390 -2.052 -1.431
APJ C19 C CR6 0.000 -4.854 -0.376 -0.170
APJ N6 N NH1 0.000 -6.238 -0.559 -0.276
APJ HN6 H H 0.000 -6.619 -1.491 -0.366
APJ C9 C CR6 0.000 -7.086 0.537 -0.259
APJ N2 N NRD6 0.000 -6.565 1.755 -0.247
APJ C12 C CR16 0.000 -7.343 2.827 -0.230
APJ H12 H H 0.000 -6.908 3.819 -0.219
APJ C11 C CR16 0.000 -8.716 2.668 -0.226
APJ H11 H H 0.000 -9.373 3.528 -0.213
APJ C10 C CR6 0.000 -9.234 1.372 -0.239
APJ N1 N NRD6 0.000 -8.396 0.341 -0.256
APJ N3 N NH1 0.000 -10.605 1.163 -0.235
APJ HN3 H H 0.000 -11.235 1.947 -0.143
APJ C13 C CR5 0.000 -11.113 -0.128 -0.358
APJ N4 N NR15 0.000 -12.422 -0.468 -0.487
APJ HN4 H H 0.000 -13.227 0.191 -0.508
APJ C15 C CR15 0.000 -10.389 -1.282 -0.372
APJ H15 H H 0.000 -9.313 -1.361 -0.282
APJ C14 C CR5 0.000 -11.282 -2.346 -0.522
APJ N5 N NRD5 0.000 -12.496 -1.863 -0.587
APJ C16 C CH1 0.000 -10.910 -3.805 -0.590
APJ H16 H H 0.000 -11.329 -4.382 -1.427
APJ C18 C CH2 0.000 -9.508 -4.200 -0.121
APJ H18 H H 0.000 -8.834 -3.559 0.451
APJ H18A H H 0.000 -8.985 -5.115 -0.405
APJ C17 C CH2 0.000 -10.729 -4.551 0.733
APJ H17A H H 0.000 -11.119 -3.942 1.552
APJ H17 H H 0.000 -11.270 -5.499 0.696
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
APJ HN7 n/a N7 START
APJ N7 HN7 C25 .
APJ C25 N7 N8 .
APJ H25 C25 . .
APJ N8 C25 C21 .
APJ C21 N8 C22 .
APJ C20 C21 H20 .
APJ H20 C20 . .
APJ C22 C21 C23 .
APJ C23 C22 C24 .
APJ H23 C23 . .
APJ C24 C23 C19 .
APJ H24 C24 . .
APJ C19 C24 N6 .
APJ N6 C19 C9 .
APJ HN6 N6 . .
APJ C9 N6 N2 .
APJ N2 C9 C12 .
APJ C12 N2 C11 .
APJ H12 C12 . .
APJ C11 C12 C10 .
APJ H11 C11 . .
APJ C10 C11 N3 .
APJ N1 C10 . .
APJ N3 C10 C13 .
APJ HN3 N3 . .
APJ C13 N3 C15 .
APJ N4 C13 HN4 .
APJ HN4 N4 . .
APJ C15 C13 C14 .
APJ H15 C15 . .
APJ C14 C15 C16 .
APJ N5 C14 . .
APJ C16 C14 C18 .
APJ H16 C16 . .
APJ C18 C16 C17 .
APJ H18 C18 . .
APJ H18A C18 . .
APJ C17 C18 H17 .
APJ H17A C17 . .
APJ H17 C17 . END
APJ N1 C9 . ADD
APJ N4 N5 . ADD
APJ N7 C22 . ADD
APJ C16 C17 . ADD
APJ C19 C20 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
APJ N1 C9 double 1.350 0.020
APJ N1 C10 single 1.350 0.020
APJ N2 C9 single 1.350 0.020
APJ C12 N2 double 1.337 0.020
APJ C13 N3 single 1.350 0.020
APJ N3 C10 single 1.350 0.020
APJ HN3 N3 single 1.010 0.020
APJ N4 N5 single 1.402 0.020
APJ N4 C13 single 1.340 0.020
APJ N5 C14 double 1.350 0.020
APJ N6 C19 single 1.350 0.020
APJ C9 N6 single 1.350 0.020
APJ HN6 N6 single 1.010 0.020
APJ C25 N7 single 1.350 0.020
APJ N7 C22 single 1.340 0.020
APJ N8 C25 double 1.350 0.020
APJ C21 N8 single 1.350 0.020
APJ C10 C11 double 1.390 0.020
APJ C11 C12 single 1.390 0.020
APJ H11 C11 single 1.083 0.020
APJ H12 C12 single 1.083 0.020
APJ C15 C13 double 1.387 0.020
APJ C16 C14 single 1.480 0.020
APJ C14 C15 single 1.387 0.020
APJ H15 C15 single 1.083 0.020
APJ C18 C16 single 1.524 0.020
APJ C16 C17 single 1.524 0.020
APJ H16 C16 single 1.099 0.020
APJ C17 C18 single 1.524 0.020
APJ H17 C17 single 1.092 0.020
APJ H17A C17 single 1.092 0.020
APJ H18 C18 single 1.092 0.020
APJ H18A C18 single 1.092 0.020
APJ C19 C20 double 1.390 0.020
APJ C19 C24 single 1.390 0.020
APJ C20 C21 single 1.390 0.020
APJ H20 C20 single 1.083 0.020
APJ C22 C21 double 1.490 0.020
APJ C23 C22 single 1.390 0.020
APJ C24 C23 double 1.390 0.020
APJ H23 C23 single 1.083 0.020
APJ H24 C24 single 1.083 0.020
APJ H25 C25 single 1.083 0.020
APJ HN4 N4 single 1.040 0.020
APJ N7 HN7 single 1.040 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
APJ HN7 N7 C25 126.000 3.000
APJ HN7 N7 C22 126.000 3.000
APJ C25 N7 C22 108.000 3.000
APJ N7 C25 H25 126.000 3.000
APJ N7 C25 N8 108.000 3.000
APJ H25 C25 N8 126.000 3.000
APJ C25 N8 C21 108.000 3.000
APJ N8 C21 C20 132.000 3.000
APJ N8 C21 C22 108.000 3.000
APJ C20 C21 C22 120.000 3.000
APJ C21 C20 H20 120.000 3.000
APJ C21 C20 C19 120.000 3.000
APJ H20 C20 C19 120.000 3.000
APJ C21 C22 C23 120.000 3.000
APJ C21 C22 N7 108.000 3.000
APJ C23 C22 N7 132.000 3.000
APJ C22 C23 H23 120.000 3.000
APJ C22 C23 C24 120.000 3.000
APJ H23 C23 C24 120.000 3.000
APJ C23 C24 H24 120.000 3.000
APJ C23 C24 C19 120.000 3.000
APJ H24 C24 C19 120.000 3.000
APJ C24 C19 N6 120.000 3.000
APJ C24 C19 C20 120.000 3.000
APJ N6 C19 C20 120.000 3.000
APJ C19 N6 HN6 120.000 3.000
APJ C19 N6 C9 120.000 3.000
APJ HN6 N6 C9 120.000 3.000
APJ N6 C9 N2 120.000 3.000
APJ N6 C9 N1 120.000 3.000
APJ N2 C9 N1 120.000 3.000
APJ C9 N2 C12 120.000 3.000
APJ N2 C12 H12 120.000 3.000
APJ N2 C12 C11 120.000 3.000
APJ H12 C12 C11 120.000 3.000
APJ C12 C11 H11 120.000 3.000
APJ C12 C11 C10 120.000 3.000
APJ H11 C11 C10 120.000 3.000
APJ C11 C10 N1 120.000 3.000
APJ C11 C10 N3 120.000 3.000
APJ N1 C10 N3 120.000 3.000
APJ C10 N1 C9 120.000 3.000
APJ C10 N3 HN3 120.000 3.000
APJ C10 N3 C13 120.000 3.000
APJ HN3 N3 C13 120.000 3.000
APJ N3 C13 N4 108.000 3.000
APJ N3 C13 C15 126.000 3.000
APJ N4 C13 C15 108.000 3.000
APJ C13 N4 HN4 126.000 3.000
APJ C13 N4 N5 108.000 3.000
APJ HN4 N4 N5 108.000 3.000
APJ C13 C15 H15 126.000 3.000
APJ C13 C15 C14 108.000 3.000
APJ H15 C15 C14 126.000 3.000
APJ C15 C14 N5 108.000 3.000
APJ C15 C14 C16 108.000 3.000
APJ N5 C14 C16 126.000 3.000
APJ C14 N5 N4 108.000 3.000
APJ C14 C16 H16 109.470 3.000
APJ C14 C16 C18 109.470 3.000
APJ C14 C16 C17 109.470 3.000
APJ H16 C16 C18 108.340 3.000
APJ H16 C16 C17 108.340 3.000
APJ C18 C16 C17 60.000 3.000
APJ C16 C18 H18 109.470 3.000
APJ C16 C18 H18A 109.470 3.000
APJ C16 C18 C17 60.000 3.000
APJ H18 C18 H18A 107.900 3.000
APJ H18 C18 C17 109.470 3.000
APJ H18A C18 C17 109.470 3.000
APJ C18 C17 H17A 109.470 3.000
APJ C18 C17 H17 109.470 3.000
APJ C18 C17 C16 60.000 3.000
APJ H17A C17 H17 107.900 3.000
APJ H17A C17 C16 109.470 3.000
APJ H17 C17 C16 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
APJ CONST_1 HN7 N7 C22 C21 180.000 0.000 0
APJ CONST_2 HN7 N7 C25 N8 180.000 0.000 0
APJ CONST_3 N7 C25 N8 C21 0.000 0.000 0
APJ CONST_4 C25 N8 C21 C22 0.000 0.000 0
APJ CONST_5 N8 C21 C20 C19 180.000 0.000 0
APJ CONST_6 N8 C21 C22 C23 180.000 0.000 0
APJ CONST_7 C21 C22 C23 C24 0.000 0.000 0
APJ CONST_8 C22 C23 C24 C19 0.000 0.000 0
APJ CONST_9 C23 C24 C19 N6 180.000 0.000 0
APJ CONST_10 C24 C19 C20 C21 0.000 0.000 0
APJ var_1 C24 C19 N6 C9 -146.782 20.000 1
APJ var_2 C19 N6 C9 N2 5.249 20.000 1
APJ CONST_11 N6 C9 N2 C12 180.000 0.000 0
APJ CONST_12 C9 N2 C12 C11 0.000 0.000 0
APJ CONST_13 N2 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
APJ CONST_14 C12 C11 C10 N3 180.000 0.000 0
APJ CONST_15 C11 C10 N1 C9 0.000 0.000 0
APJ CONST_16 C10 N1 C9 N6 180.000 0.000 0
APJ var_3 C11 C10 N3 C13 174.792 20.000 1
APJ var_4 C10 N3 C13 C15 6.125 20.000 1
APJ CONST_17 N3 C13 N4 N5 180.000 0.000 0
APJ CONST_18 C13 N4 N5 C14 0.000 0.000 0
APJ CONST_19 N3 C13 C15 C14 180.000 0.000 0
APJ CONST_20 C13 C15 C14 C16 180.000 0.000 0
APJ CONST_21 C15 C14 N5 N4 0.000 0.000 0
APJ var_5 C15 C14 C16 C18 15.949 20.000 1
APJ var_6 C14 C16 C17 C18 -107.522 20.000 3
APJ var_7 C14 C16 C18 C17 107.513 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
APJ chir_01 C16 C14 C17 C18 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
APJ plan-1 N1 0.020
APJ plan-1 C9 0.020
APJ plan-1 C10 0.020
APJ plan-1 N2 0.020
APJ plan-1 C11 0.020
APJ plan-1 C12 0.020
APJ plan-1 N6 0.020
APJ plan-1 N3 0.020
APJ plan-1 H11 0.020
APJ plan-1 H12 0.020
APJ plan-1 HN6 0.020
APJ plan-1 HN3 0.020
APJ plan-2 N3 0.020
APJ plan-2 C10 0.020
APJ plan-2 C13 0.020
APJ plan-2 HN3 0.020
APJ plan-3 N4 0.020
APJ plan-3 N5 0.020
APJ plan-3 C13 0.020
APJ plan-3 HN4 0.020
APJ plan-3 C14 0.020
APJ plan-3 C15 0.020
APJ plan-3 N3 0.020
APJ plan-3 C16 0.020
APJ plan-3 H15 0.020
APJ plan-3 HN3 0.020
APJ plan-4 N6 0.020
APJ plan-4 C9 0.020
APJ plan-4 C19 0.020
APJ plan-4 HN6 0.020
APJ plan-5 N7 0.020
APJ plan-5 C22 0.020
APJ plan-5 C25 0.020
APJ plan-5 HN7 0.020
APJ plan-5 N8 0.020
APJ plan-5 C21 0.020
APJ plan-5 C19 0.020
APJ plan-5 N6 0.020
APJ plan-5 C20 0.020
APJ plan-5 C24 0.020
APJ plan-5 C23 0.020
APJ plan-5 H20 0.020
APJ plan-5 H23 0.020
APJ plan-5 H24 0.020
APJ plan-5 H25 0.020
APJ plan-5 HN6 0.020
# ------------------------------------------------------
|
