1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
ATT ATT '2-[3-(5-MERCAPTO-[1,3,4]THIADIAZOL-2' non-polymer 37 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_ATT
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
ATT O1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
ATT C2 C C 0.000 -0.946 -0.759 0.025
ATT N2 N NH1 0.000 -0.889 -1.928 -0.641
ATT HN2 H H 0.000 -1.676 -2.560 -0.621
ATT C3 C CH3 0.000 0.315 -2.283 -1.396
ATT H33 H H 0.000 0.495 -1.554 -2.145
ATT H32 H H 0.000 1.148 -2.324 -0.741
ATT H31 H H 0.000 0.183 -3.230 -1.853
ATT C1 C CH1 0.000 -2.185 -0.393 0.802
ATT H1 H H 0.000 -2.299 0.700 0.815
ATT C4 C CH2 0.000 -2.059 -0.911 2.237
ATT H41 H H 0.000 -1.184 -0.460 2.710
ATT H42 H H 0.000 -1.944 -1.997 2.223
ATT C5 C CR6 0.000 -3.296 -0.545 3.013
ATT C10 C CR16 0.000 -4.375 -1.410 3.041
ATT H10 H H 0.000 -4.329 -2.350 2.506
ATT C9 C CR16 0.000 -5.511 -1.074 3.753
ATT H9 H H 0.000 -6.356 -1.751 3.774
ATT C8 C CR16 0.000 -5.569 0.124 4.437
ATT H8 H H 0.000 -6.460 0.387 4.995
ATT C6 C CR16 0.000 -3.352 0.651 3.701
ATT H6 H H 0.000 -2.504 1.325 3.686
ATT C7 C CR16 0.000 -4.491 0.988 4.409
ATT H7 H H 0.000 -4.537 1.930 4.943
ATT N1 N NH1 0.000 -3.357 -0.999 0.165
ATT HN1 H H 0.000 -3.660 -1.922 0.440
ATT C C C 0.000 -4.029 -0.325 -0.789
ATT O O O 0.000 -3.663 0.785 -1.120
ATT N N NH1 0.000 -5.107 -0.883 -1.374
ATT HN H H 0.000 -5.410 -1.805 -1.097
ATT C11 C CR5 0.000 -5.802 -0.187 -2.360
ATT S1 S S2 0.000 -7.245 -0.680 -3.290
ATT C12 C CR5 0.000 -7.407 0.799 -4.277
ATT S2 S SH1 0.000 -8.603 1.194 -5.510
ATT HS2 H H 0.000 -8.354 2.405 -5.996
ATT N3 N NRD5 0.000 -6.392 1.518 -3.837
ATT N4 N NRD5 0.000 -5.575 1.014 -2.852
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
ATT O1 n/a C2 START
ATT C2 O1 C1 .
ATT N2 C2 C3 .
ATT HN2 N2 . .
ATT C3 N2 H31 .
ATT H33 C3 . .
ATT H32 C3 . .
ATT H31 C3 . .
ATT C1 C2 N1 .
ATT H1 C1 . .
ATT C4 C1 C5 .
ATT H41 C4 . .
ATT H42 C4 . .
ATT C5 C4 C6 .
ATT C10 C5 C9 .
ATT H10 C10 . .
ATT C9 C10 C8 .
ATT H9 C9 . .
ATT C8 C9 H8 .
ATT H8 C8 . .
ATT C6 C5 C7 .
ATT H6 C6 . .
ATT C7 C6 H7 .
ATT H7 C7 . .
ATT N1 C1 C .
ATT HN1 N1 . .
ATT C N1 N .
ATT O C . .
ATT N C C11 .
ATT HN N . .
ATT C11 N S1 .
ATT S1 C11 C12 .
ATT C12 S1 N3 .
ATT S2 C12 HS2 .
ATT HS2 S2 . .
ATT N3 C12 N4 .
ATT N4 N3 . END
ATT C7 C8 . ADD
ATT C11 N4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
ATT C1 C2 single 1.500 0.020
ATT N1 C1 single 1.450 0.020
ATT C4 C1 single 1.524 0.020
ATT H1 C1 single 1.099 0.020
ATT C2 O1 double 1.220 0.020
ATT N2 C2 single 1.330 0.020
ATT C3 N2 single 1.450 0.020
ATT H31 C3 single 1.059 0.020
ATT H32 C3 single 1.059 0.020
ATT H33 C3 single 1.059 0.020
ATT C7 C8 double 1.390 0.020
ATT C7 C6 single 1.390 0.020
ATT H7 C7 single 1.083 0.020
ATT C8 C9 single 1.390 0.020
ATT H8 C8 single 1.083 0.020
ATT C9 C10 double 1.390 0.020
ATT H9 C9 single 1.083 0.020
ATT C10 C5 single 1.390 0.020
ATT H10 C10 single 1.083 0.020
ATT C11 N4 double 1.350 0.020
ATT S1 C11 single 1.745 0.020
ATT C11 N single 1.350 0.020
ATT N3 C12 double 1.350 0.020
ATT C12 S1 single 1.745 0.020
ATT S2 C12 single 1.770 0.020
ATT N4 N3 single 1.404 0.020
ATT HS2 S2 single 1.330 0.020
ATT N C single 1.330 0.020
ATT HN N single 1.010 0.020
ATT O C double 1.220 0.020
ATT C N1 single 1.330 0.020
ATT HN1 N1 single 1.010 0.020
ATT HN2 N2 single 1.010 0.020
ATT C5 C4 single 1.511 0.020
ATT H41 C4 single 1.092 0.020
ATT H42 C4 single 1.092 0.020
ATT C6 C5 double 1.390 0.020
ATT H6 C6 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
ATT O1 C2 N2 123.000 3.000
ATT O1 C2 C1 120.500 3.000
ATT N2 C2 C1 116.500 3.000
ATT C2 N2 HN2 120.000 3.000
ATT C2 N2 C3 121.500 3.000
ATT HN2 N2 C3 118.500 3.000
ATT N2 C3 H33 109.470 3.000
ATT N2 C3 H32 109.470 3.000
ATT N2 C3 H31 109.470 3.000
ATT H33 C3 H32 109.470 3.000
ATT H33 C3 H31 109.470 3.000
ATT H32 C3 H31 109.470 3.000
ATT C2 C1 H1 108.810 3.000
ATT C2 C1 C4 109.470 3.000
ATT C2 C1 N1 111.600 3.000
ATT H1 C1 C4 108.340 3.000
ATT H1 C1 N1 108.550 3.000
ATT C4 C1 N1 110.000 3.000
ATT C1 C4 H41 109.470 3.000
ATT C1 C4 H42 109.470 3.000
ATT C1 C4 C5 109.470 3.000
ATT H41 C4 H42 107.900 3.000
ATT H41 C4 C5 109.470 3.000
ATT H42 C4 C5 109.470 3.000
ATT C4 C5 C10 120.000 3.000
ATT C4 C5 C6 120.000 3.000
ATT C10 C5 C6 120.000 3.000
ATT C5 C10 H10 120.000 3.000
ATT C5 C10 C9 120.000 3.000
ATT H10 C10 C9 120.000 3.000
ATT C10 C9 H9 120.000 3.000
ATT C10 C9 C8 120.000 3.000
ATT H9 C9 C8 120.000 3.000
ATT C9 C8 H8 120.000 3.000
ATT C9 C8 C7 120.000 3.000
ATT H8 C8 C7 120.000 3.000
ATT C5 C6 H6 120.000 3.000
ATT C5 C6 C7 120.000 3.000
ATT H6 C6 C7 120.000 3.000
ATT C6 C7 H7 120.000 3.000
ATT C6 C7 C8 120.000 3.000
ATT H7 C7 C8 120.000 3.000
ATT C1 N1 HN1 118.500 3.000
ATT C1 N1 C 121.500 3.000
ATT HN1 N1 C 120.000 3.000
ATT N1 C O 123.000 3.000
ATT N1 C N 120.000 3.000
ATT O C N 123.000 3.000
ATT C N HN 120.000 3.000
ATT C N C11 120.000 3.000
ATT HN N C11 120.000 3.000
ATT N C11 S1 108.000 3.000
ATT N C11 N4 108.000 3.000
ATT S1 C11 N4 108.000 3.000
ATT C11 S1 C12 97.603 3.000
ATT S1 C12 S2 108.000 3.000
ATT S1 C12 N3 108.000 3.000
ATT S2 C12 N3 108.000 3.000
ATT C12 S2 HS2 109.500 3.000
ATT C12 N3 N4 108.000 3.000
ATT N3 N4 C11 108.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
ATT CONST_1 O1 C2 N2 C3 0.000 0.000 0
ATT var_1 C2 N2 C3 H31 -179.989 20.000 1
ATT var_2 O1 C2 C1 N1 149.948 20.000 3
ATT var_3 C2 C1 C4 C5 -180.000 20.000 3
ATT var_4 C1 C4 C5 C6 -90.318 20.000 2
ATT CONST_2 C4 C5 C10 C9 180.000 0.000 0
ATT CONST_3 C5 C10 C9 C8 0.000 0.000 0
ATT CONST_4 C10 C9 C8 C7 0.000 0.000 0
ATT CONST_5 C4 C5 C6 C7 180.000 0.000 0
ATT CONST_6 C5 C6 C7 C8 0.000 0.000 0
ATT CONST_7 C6 C7 C8 C9 0.000 0.000 0
ATT var_5 C2 C1 N1 C -90.071 20.000 3
ATT CONST_8 C1 N1 C N 180.000 0.000 0
ATT CONST_9 N1 C N C11 180.000 0.000 0
ATT var_6 C N C11 S1 -179.981 20.000 1
ATT CONST_10 N C11 N4 N3 180.000 0.000 0
ATT CONST_11 N C11 S1 C12 180.000 0.000 0
ATT CONST_12 C11 S1 C12 N3 0.000 0.000 0
ATT var_7 S1 C12 S2 HS2 179.955 20.000 1
ATT CONST_13 S1 C12 N3 N4 0.000 0.000 0
ATT CONST_14 C12 N3 N4 C11 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
ATT chir_01 C1 C2 N1 C4 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
ATT plan-1 C2 0.020
ATT plan-1 C1 0.020
ATT plan-1 O1 0.020
ATT plan-1 N2 0.020
ATT plan-1 HN2 0.020
ATT plan-2 C7 0.020
ATT plan-2 C8 0.020
ATT plan-2 C6 0.020
ATT plan-2 H7 0.020
ATT plan-2 C9 0.020
ATT plan-2 C10 0.020
ATT plan-2 C5 0.020
ATT plan-2 H8 0.020
ATT plan-2 H9 0.020
ATT plan-2 H10 0.020
ATT plan-2 C4 0.020
ATT plan-2 H6 0.020
ATT plan-3 C11 0.020
ATT plan-3 N4 0.020
ATT plan-3 S1 0.020
ATT plan-3 N 0.020
ATT plan-3 C12 0.020
ATT plan-3 N3 0.020
ATT plan-3 S2 0.020
ATT plan-3 HN 0.020
ATT plan-4 N 0.020
ATT plan-4 C11 0.020
ATT plan-4 C 0.020
ATT plan-4 HN 0.020
ATT plan-5 C 0.020
ATT plan-5 N 0.020
ATT plan-5 O 0.020
ATT plan-5 N1 0.020
ATT plan-5 HN 0.020
ATT plan-5 HN1 0.020
ATT plan-6 N1 0.020
ATT plan-6 C1 0.020
ATT plan-6 C 0.020
ATT plan-6 HN1 0.020
ATT plan-7 N2 0.020
ATT plan-7 C2 0.020
ATT plan-7 C3 0.020
ATT plan-7 HN2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
