File: AVF.cif

package info (click to toggle)
refmac-dictionary 5.41-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 217,852 kB
file content (383 lines) | stat: -rw-r--r-- 17,236 bytes parent folder | download | duplicates (3)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
global_
_lib_name         ?
_lib_version      ?
_lib_update       ?
# ------------------------------------------------
#
# ---   LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AVF      AVF '"1-{2-[3-(2-Chloro-4,5-difluoro-benz' non-polymer        47  31 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AVF
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 AVF           CL8    CL   CL        0.000      0.000    0.000    0.000
 AVF           C5     C    CR6       0.000     -0.800    1.426   -0.584
 AVF           C6     C    CR16      0.000     -0.066    2.554   -0.889
 AVF           H6     H    H         0.000      1.009    2.550   -0.761
 AVF           C1     C    CR6       0.000     -0.703    3.692   -1.359
 AVF           F9     F    F         0.000      0.021    4.791   -1.661
 AVF           C4     C    CR6       0.000     -2.190    1.436   -0.739
 AVF           C3     C    CR16      0.000     -2.827    2.586   -1.209
 AVF           H3     H    H         0.000     -3.903    2.599   -1.332
 AVF           C2     C    CR6       0.000     -2.082    3.707   -1.516
 AVF           F22    F    F         0.000     -2.697    4.822   -1.971
 AVF           C7     C    C         0.000     -2.980    0.233   -0.410
 AVF           O20    O    O         0.000     -2.424   -0.767   -0.001
 AVF           N10    N    NH1       0.000     -4.319    0.246   -0.561
 AVF           HN10   H    H         0.000     -4.781    1.077   -0.900
 AVF           C11    C    C         0.000     -5.042   -0.852   -0.260
 AVF           O19    O    O         0.000     -4.485   -1.853    0.149
 AVF           N12    N    NH1       0.000     -6.380   -0.840   -0.411
 AVF           HN12   H    H         0.000     -6.852    0.015   -0.668
 AVF           C13    C    CR6       0.000     -7.118   -2.015   -0.212
 AVF           C18    C    CR6       0.000     -8.463   -1.943    0.150
 AVF           C17    C    CR16      0.000     -9.190   -3.108    0.341
 AVF           H17    H    H         0.000    -10.236   -3.055    0.614
 AVF           C16    C    CR16      0.000     -8.580   -4.339    0.183
 AVF           H16    H    H         0.000     -9.148   -5.248    0.336
 AVF           C15    C    CR6       0.000     -7.243   -4.411   -0.170
 AVF           F23    F    F         0.000     -6.650   -5.616   -0.323
 AVF           C14    C    CR16      0.000     -6.512   -3.253   -0.369
 AVF           H14    H    H         0.000     -5.467   -3.313   -0.647
 AVF           N21    N    NT        0.000     -9.081   -0.696    0.309
 AVF           C24    C    CH2       0.000    -10.211   -0.546   -0.618
 AVF           H24A   H    H         0.000    -10.992   -1.264   -0.357
 AVF           H24    H    H         0.000     -9.871   -0.735   -1.638
 AVF           C25    C    CH2       0.000     -9.504   -0.492    1.700
 AVF           H25    H    H         0.000     -8.651   -0.642    2.365
 AVF           H25A   H    H         0.000    -10.289   -1.210    1.949
 AVF           C26    C    CH2       0.000    -10.041    0.930    1.868
 AVF           H26    H    H         0.000     -9.252    1.648    1.633
 AVF           H26A   H    H         0.000    -10.369    1.077    2.900
 AVF           C28    C    CH1       0.000    -11.225    1.140    0.919
 AVF           H28    H    H         0.000    -12.035    0.445    1.182
 AVF           C27    C    CH2       0.000    -10.768    0.876   -0.519
 AVF           H27A   H    H         0.000     -9.991    1.592   -0.794
 AVF           H27    H    H         0.000    -11.617    0.983   -1.198
 AVF           C29    C    C         0.000    -11.719    2.559    1.037
 AVF           O31    O    OC       -0.500    -11.709    3.310    0.036
 AVF           O30    O    OC       -0.500    -12.140    2.985    2.135
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
 AVF      CL8    n/a    C5     START
 AVF      C5     CL8    C4     .
 AVF      C6     C5     C1     .
 AVF      H6     C6     .      .
 AVF      C1     C6     F9     .
 AVF      F9     C1     .      .
 AVF      C4     C5     C7     .
 AVF      C3     C4     C2     .
 AVF      H3     C3     .      .
 AVF      C2     C3     F22    .
 AVF      F22    C2     .      .
 AVF      C7     C4     N10    .
 AVF      O20    C7     .      .
 AVF      N10    C7     C11    .
 AVF      HN10   N10    .      .
 AVF      C11    N10    N12    .
 AVF      O19    C11    .      .
 AVF      N12    C11    C13    .
 AVF      HN12   N12    .      .
 AVF      C13    N12    C18    .
 AVF      C18    C13    N21    .
 AVF      C17    C18    C16    .
 AVF      H17    C17    .      .
 AVF      C16    C17    C15    .
 AVF      H16    C16    .      .
 AVF      C15    C16    C14    .
 AVF      F23    C15    .      .
 AVF      C14    C15    H14    .
 AVF      H14    C14    .      .
 AVF      N21    C18    C25    .
 AVF      C24    N21    H24    .
 AVF      H24A   C24    .      .
 AVF      H24    C24    .      .
 AVF      C25    N21    C26    .
 AVF      H25    C25    .      .
 AVF      H25A   C25    .      .
 AVF      C26    C25    C28    .
 AVF      H26    C26    .      .
 AVF      H26A   C26    .      .
 AVF      C28    C26    C29    .
 AVF      H28    C28    .      .
 AVF      C27    C28    H27    .
 AVF      H27A   C27    .      .
 AVF      H27    C27    .      .
 AVF      C29    C28    O30    .
 AVF      O31    C29    .      .
 AVF      O30    C29    .      END
 AVF      C1     C2     .    ADD
 AVF      C13    C14    .    ADD
 AVF      C24    C27    .    ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
 AVF      C1     C2        double      1.487    0.020
 AVF      C1     C6        single      1.390    0.020
 AVF      F9     C1        single      1.345    0.020
 AVF      C2     C3        single      1.390    0.020
 AVF      F22    C2        single      1.345    0.020
 AVF      C3     C4        double      1.390    0.020
 AVF      H3     C3        single      1.083    0.020
 AVF      O20    C7        double      1.220    0.020
 AVF      N10    C7        single      1.330    0.020
 AVF      C7     C4        single      1.500    0.020
 AVF      N12    C11       single      1.330    0.020
 AVF      O19    C11       double      1.220    0.020
 AVF      C11    N10       single      1.330    0.020
 AVF      C18    C13       double      1.487    0.020
 AVF      C13    C14       single      1.390    0.020
 AVF      C13    N12       single      1.350    0.020
 AVF      C14    C15       double      1.390    0.020
 AVF      H14    C14       single      1.083    0.020
 AVF      C15    C16       single      1.390    0.020
 AVF      F23    C15       single      1.345    0.020
 AVF      C16    C17       double      1.390    0.020
 AVF      H16    C16       single      1.083    0.020
 AVF      C24    C27       single      1.524    0.020
 AVF      C24    N21       single      1.469    0.020
 AVF      H24    C24       single      1.092    0.020
 AVF      H24A   C24       single      1.092    0.020
 AVF      C27    C28       single      1.524    0.020
 AVF      H27    C27       single      1.092    0.020
 AVF      H27A   C27       single      1.092    0.020
 AVF      C29    C28       single      1.500    0.020
 AVF      C28    C26       single      1.524    0.020
 AVF      H28    C28       single      1.099    0.020
 AVF      O31    C29       deloc       1.250    0.020
 AVF      O30    C29       deloc       1.250    0.020
 AVF      C26    C25       single      1.524    0.020
 AVF      H26    C26       single      1.092    0.020
 AVF      H26A   C26       single      1.092    0.020
 AVF      C25    N21       single      1.469    0.020
 AVF      H25    C25       single      1.092    0.020
 AVF      H25A   C25       single      1.092    0.020
 AVF      N21    C18       single      1.405    0.020
 AVF      C17    C18       single      1.390    0.020
 AVF      H17    C17       single      1.083    0.020
 AVF      HN12   N12       single      1.010    0.020
 AVF      HN10   N10       single      1.010    0.020
 AVF      C4     C5        single      1.487    0.020
 AVF      C6     C5        double      1.390    0.020
 AVF      H6     C6        single      1.083    0.020
 AVF      C5     CL8       single      1.795    0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 AVF      CL8    C5     C6      120.000    3.000
 AVF      CL8    C5     C4      120.000    3.000
 AVF      C6     C5     C4      120.000    3.000
 AVF      C5     C6     H6      120.000    3.000
 AVF      C5     C6     C1      120.000    3.000
 AVF      H6     C6     C1      120.000    3.000
 AVF      C6     C1     F9      120.000    3.000
 AVF      C6     C1     C2      120.000    3.000
 AVF      F9     C1     C2      120.000    3.000
 AVF      C5     C4     C3      120.000    3.000
 AVF      C5     C4     C7      120.000    3.000
 AVF      C3     C4     C7      120.000    3.000
 AVF      C4     C3     H3      120.000    3.000
 AVF      C4     C3     C2      120.000    3.000
 AVF      H3     C3     C2      120.000    3.000
 AVF      C3     C2     F22     120.000    3.000
 AVF      C3     C2     C1      120.000    3.000
 AVF      F22    C2     C1      120.000    3.000
 AVF      C4     C7     O20     120.500    3.000
 AVF      C4     C7     N10     120.000    3.000
 AVF      O20    C7     N10     123.000    3.000
 AVF      C7     N10    HN10    120.000    3.000
 AVF      C7     N10    C11     120.000    3.000
 AVF      HN10   N10    C11     120.000    3.000
 AVF      N10    C11    O19     123.000    3.000
 AVF      N10    C11    N12     120.000    3.000
 AVF      O19    C11    N12     123.000    3.000
 AVF      C11    N12    HN12    120.000    3.000
 AVF      C11    N12    C13     120.000    3.000
 AVF      HN12   N12    C13     120.000    3.000
 AVF      N12    C13    C18     120.000    3.000
 AVF      N12    C13    C14     120.000    3.000
 AVF      C18    C13    C14     120.000    3.000
 AVF      C13    C18    C17     120.000    3.000
 AVF      C13    C18    N21     120.000    3.000
 AVF      C17    C18    N21     120.000    3.000
 AVF      C18    C17    H17     120.000    3.000
 AVF      C18    C17    C16     120.000    3.000
 AVF      H17    C17    C16     120.000    3.000
 AVF      C17    C16    H16     120.000    3.000
 AVF      C17    C16    C15     120.000    3.000
 AVF      H16    C16    C15     120.000    3.000
 AVF      C16    C15    F23     120.000    3.000
 AVF      C16    C15    C14     120.000    3.000
 AVF      F23    C15    C14     120.000    3.000
 AVF      C15    C14    H14     120.000    3.000
 AVF      C15    C14    C13     120.000    3.000
 AVF      H14    C14    C13     120.000    3.000
 AVF      C18    N21    C24     109.500    3.000
 AVF      C18    N21    C25     109.500    3.000
 AVF      C24    N21    C25     109.470    3.000
 AVF      N21    C24    H24A    109.470    3.000
 AVF      N21    C24    H24     109.470    3.000
 AVF      N21    C24    C27     109.470    3.000
 AVF      H24A   C24    H24     107.900    3.000
 AVF      H24A   C24    C27     109.470    3.000
 AVF      H24    C24    C27     109.470    3.000
 AVF      N21    C25    H25     109.470    3.000
 AVF      N21    C25    H25A    109.470    3.000
 AVF      N21    C25    C26     109.470    3.000
 AVF      H25    C25    H25A    107.900    3.000
 AVF      H25    C25    C26     109.470    3.000
 AVF      H25A   C25    C26     109.470    3.000
 AVF      C25    C26    H26     109.470    3.000
 AVF      C25    C26    H26A    109.470    3.000
 AVF      C25    C26    C28     111.000    3.000
 AVF      H26    C26    H26A    107.900    3.000
 AVF      H26    C26    C28     109.470    3.000
 AVF      H26A   C26    C28     109.470    3.000
 AVF      C26    C28    H28     108.340    3.000
 AVF      C26    C28    C27     109.470    3.000
 AVF      C26    C28    C29     109.470    3.000
 AVF      H28    C28    C27     108.340    3.000
 AVF      H28    C28    C29     108.810    3.000
 AVF      C27    C28    C29     109.470    3.000
 AVF      C28    C27    H27A    109.470    3.000
 AVF      C28    C27    H27     109.470    3.000
 AVF      C28    C27    C24     111.000    3.000
 AVF      H27A   C27    H27     107.900    3.000
 AVF      H27A   C27    C24     109.470    3.000
 AVF      H27    C27    C24     109.470    3.000
 AVF      C28    C29    O31     118.500    3.000
 AVF      C28    C29    O30     118.500    3.000
 AVF      O31    C29    O30     123.000    3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 AVF      CONST_1  CL8    C5     C6     C1       180.000    0.000   0
 AVF      CONST_2  C5     C6     C1     F9       180.000    0.000   0
 AVF      CONST_3  C6     C1     C2     C3         0.000    0.000   0
 AVF      CONST_4  CL8    C5     C4     C7         0.000    0.000   0
 AVF      CONST_5  C5     C4     C3     C2         0.000    0.000   0
 AVF      CONST_6  C4     C3     C2     F22      180.000    0.000   0
 AVF      var_1    C5     C4     C7     N10     -179.979   20.000   1
 AVF      CONST_7  C4     C7     N10    C11      180.000    0.000   0
 AVF      CONST_8  C7     N10    C11    N12      180.000    0.000   0
 AVF      CONST_9  N10    C11    N12    C13      180.000    0.000   0
 AVF      var_2    C11    N12    C13    C18      154.958   20.000   1
 AVF      CONST_10 N12    C13    C14    C15      180.000    0.000   0
 AVF      CONST_11 N12    C13    C18    N21        0.000    0.000   0
 AVF      CONST_12 C13    C18    C17    C16        0.000    0.000   0
 AVF      CONST_13 C18    C17    C16    C15        0.000    0.000   0
 AVF      CONST_14 C17    C16    C15    C14        0.000    0.000   0
 AVF      CONST_15 C16    C15    C14    C13        0.000    0.000   0
 AVF      var_3    C13    C18    N21    C25     -115.790   20.000   1
 AVF      var_4    C18    N21    C24    C27      180.000   20.000   1
 AVF      var_5    N21    C24    C27    C28      -60.000   20.000   3
 AVF      var_6    C18    N21    C25    C26      180.000   20.000   1
 AVF      var_7    N21    C25    C26    C28       60.000   20.000   3
 AVF      var_8    C25    C26    C28    C29      180.000   20.000   3
 AVF      var_9    C26    C28    C27    C24       60.000   20.000   3
 AVF      var_10   C26    C28    C29    O30      -60.341   20.000   3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 AVF      chir_01  C28    C27    C29    C26       positiv
 AVF      chir_02  N21    C24    C25    C18       negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 AVF      plan-1    C1        0.020
 AVF      plan-1    C2        0.020
 AVF      plan-1    F9        0.020
 AVF      plan-1    C6        0.020
 AVF      plan-1    C3        0.020
 AVF      plan-1    C4        0.020
 AVF      plan-1    C5        0.020
 AVF      plan-1    F22       0.020
 AVF      plan-1    H3        0.020
 AVF      plan-1    C7        0.020
 AVF      plan-1    H6        0.020
 AVF      plan-1    CL8       0.020
 AVF      plan-2    C7        0.020
 AVF      plan-2    N10       0.020
 AVF      plan-2    O20       0.020
 AVF      plan-2    C4        0.020
 AVF      plan-2    HN10      0.020
 AVF      plan-3    C11       0.020
 AVF      plan-3    N12       0.020
 AVF      plan-3    O19       0.020
 AVF      plan-3    N10       0.020
 AVF      plan-3    HN12      0.020
 AVF      plan-3    HN10      0.020
 AVF      plan-4    C13       0.020
 AVF      plan-4    C14       0.020
 AVF      plan-4    C18       0.020
 AVF      plan-4    N12       0.020
 AVF      plan-4    C15       0.020
 AVF      plan-4    C16       0.020
 AVF      plan-4    C17       0.020
 AVF      plan-4    H14       0.020
 AVF      plan-4    F23       0.020
 AVF      plan-4    H16       0.020
 AVF      plan-4    N21       0.020
 AVF      plan-4    H17       0.020
 AVF      plan-4    HN12      0.020
 AVF      plan-5    C29       0.020
 AVF      plan-5    C28       0.020
 AVF      plan-5    O31       0.020
 AVF      plan-5    O30       0.020
 AVF      plan-6    N12       0.020
 AVF      plan-6    C11       0.020
 AVF      plan-6    C13       0.020
 AVF      plan-6    HN12      0.020
 AVF      plan-7    N10       0.020
 AVF      plan-7    C7        0.020
 AVF      plan-7    C11       0.020
 AVF      plan-7    HN10      0.020
# ------------------------------------------------------