1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AVN AVN '(2S)-AMINO[(5S)-3-CHLORO-4,5-DIHYDRO' non-polymer 17 11 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AVN
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AVN CL1 CL CL 0.000 0.000 0.000 0.000
AVN C4 C C 0.000 -1.726 -0.187 0.013
AVN N2 N N 0.000 -2.356 -1.292 0.118
AVN O3 O O2 0.000 -3.760 -1.136 0.092
AVN C5 C CH2 0.000 -2.740 0.937 -0.096
AVN H51 H H 0.000 -2.860 1.302 -1.118
AVN H52 H H 0.000 -2.515 1.777 0.565
AVN C3 C CH1 0.000 -4.048 0.251 0.366
AVN H3 H H 0.000 -4.220 0.412 1.439
AVN C2 C CH1 0.000 -5.242 0.736 -0.459
AVN H2 H H 0.000 -5.050 0.551 -1.525
AVN N1 N NH2 0.000 -5.437 2.175 -0.239
AVN HN12 H H 0.000 -4.860 2.674 0.429
AVN HN11 H H 0.000 -6.149 2.680 -0.753
AVN C1 C C 0.000 -6.481 -0.010 -0.035
AVN O1 O OC -0.500 -6.694 -1.165 -0.465
AVN O2 O OC -0.500 -7.295 0.525 0.750
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AVN CL1 n/a C4 START
AVN C4 CL1 C5 .
AVN N2 C4 O3 .
AVN O3 N2 . .
AVN C5 C4 C3 .
AVN H51 C5 . .
AVN H52 C5 . .
AVN C3 C5 C2 .
AVN H3 C3 . .
AVN C2 C3 C1 .
AVN H2 C2 . .
AVN N1 C2 HN11 .
AVN HN12 N1 . .
AVN HN11 N1 . .
AVN C1 C2 O2 .
AVN O1 C1 . .
AVN O2 C1 . END
AVN C3 O3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AVN O1 C1 deloc 1.250 0.020
AVN O2 C1 deloc 1.250 0.020
AVN C1 C2 single 1.500 0.020
AVN H2 C2 single 1.099 0.020
AVN N1 C2 single 1.450 0.020
AVN C2 C3 single 1.524 0.020
AVN HN11 N1 single 1.010 0.020
AVN HN12 N1 single 1.010 0.020
AVN H3 C3 single 1.099 0.020
AVN C3 O3 single 1.426 0.020
AVN C3 C5 single 1.524 0.020
AVN O3 N2 single 1.255 0.020
AVN N2 C4 double 1.260 0.020
AVN C4 CL1 single 1.765 0.020
AVN C5 C4 single 1.510 0.020
AVN H51 C5 single 1.092 0.020
AVN H52 C5 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AVN CL1 C4 N2 120.000 3.000
AVN CL1 C4 C5 120.000 3.000
AVN N2 C4 C5 116.500 3.000
AVN C4 N2 O3 120.000 3.000
AVN N2 O3 C3 120.000 3.000
AVN C4 C5 H51 109.470 3.000
AVN C4 C5 H52 109.470 3.000
AVN C4 C5 C3 109.470 3.000
AVN H51 C5 H52 107.900 3.000
AVN H51 C5 C3 109.470 3.000
AVN H52 C5 C3 109.470 3.000
AVN C5 C3 H3 108.340 3.000
AVN C5 C3 C2 111.000 3.000
AVN C5 C3 O3 109.470 3.000
AVN H3 C3 C2 108.340 3.000
AVN H3 C3 O3 109.470 3.000
AVN C2 C3 O3 109.470 3.000
AVN C3 C2 H2 108.340 3.000
AVN C3 C2 N1 109.470 3.000
AVN C3 C2 C1 109.470 3.000
AVN H2 C2 N1 109.470 3.000
AVN H2 C2 C1 108.810 3.000
AVN N1 C2 C1 109.470 3.000
AVN C2 N1 HN12 120.000 3.000
AVN C2 N1 HN11 120.000 3.000
AVN HN12 N1 HN11 120.000 3.000
AVN C2 C1 O1 118.500 3.000
AVN C2 C1 O2 118.500 3.000
AVN O1 C1 O2 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AVN CONST_1 CL1 C4 N2 O3 180.000 0.000 0
AVN var_1 C4 N2 O3 C3 -30.000 20.000 1
AVN var_2 CL1 C4 C5 C3 -150.000 20.000 3
AVN var_3 C4 C5 C3 C2 -150.000 20.000 3
AVN var_4 C5 C3 O3 N2 30.000 20.000 1
AVN var_5 C5 C3 C2 C1 176.806 20.000 3
AVN var_6 C3 C2 N1 HN11 176.074 20.000 1
AVN var_7 C3 C2 C1 O2 99.719 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AVN chir_01 C2 C1 N1 C3 negativ
AVN chir_02 C3 C2 O3 C5 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AVN plan-1 C1 0.020
AVN plan-1 O1 0.020
AVN plan-1 O2 0.020
AVN plan-1 C2 0.020
AVN plan-2 N1 0.020
AVN plan-2 C2 0.020
AVN plan-2 HN11 0.020
AVN plan-2 HN12 0.020
AVN plan-3 N2 0.020
AVN plan-3 O3 0.020
AVN plan-3 C4 0.020
AVN plan-4 C4 0.020
AVN plan-4 N2 0.020
AVN plan-4 C5 0.020
AVN plan-4 CL1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
