1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
AZK AZK '(S)-2-AMINO-6-AZIDOHEXANOIC ACID ' non-polymer 25 11 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_AZK
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
AZK NZ3 N NS -1.000 0.000 0.000 0.000
AZK NZ2 N N 1.000 -0.971 0.362 0.436
AZK NZ N N 0.000 -1.942 0.724 0.871
AZK CE C CH2 0.000 -3.066 1.046 -0.010
AZK HE2 H H 0.000 -2.774 0.874 -1.048
AZK HE3 H H 0.000 -3.342 2.094 0.121
AZK CD C CH2 0.000 -4.260 0.155 0.340
AZK HD2 H H 0.000 -4.550 0.327 1.378
AZK HD3 H H 0.000 -3.982 -0.893 0.209
AZK CG C CH2 0.000 -5.434 0.491 -0.581
AZK HG2 H H 0.000 -5.143 0.320 -1.619
AZK HG3 H H 0.000 -5.710 1.539 -0.450
AZK CB C CH2 0.000 -6.628 -0.400 -0.231
AZK HB2 H H 0.000 -6.917 -0.227 0.807
AZK HB3 H H 0.000 -6.349 -1.448 -0.361
AZK CA C CH1 0.000 -7.803 -0.065 -1.152
AZK HA H H 0.000 -7.483 -0.153 -2.200
AZK N N NH2 0.000 -8.253 1.309 -0.892
AZK H2 H H 0.000 -8.235 2.002 -1.631
AZK H H H 0.000 -8.585 1.573 0.029
AZK C C CH2 0.000 -8.953 -1.038 -0.887
AZK HC1 H H 0.000 -9.329 -0.889 0.128
AZK HC2 H H 0.000 -8.594 -2.063 -0.994
AZK O O OH1 0.000 -10.004 -0.799 -1.826
AZK HO H H 0.000 -10.731 -1.414 -1.658
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
AZK NZ3 n/a NZ2 START
AZK NZ2 NZ3 NZ .
AZK NZ NZ2 CE .
AZK CE NZ CD .
AZK HE2 CE . .
AZK HE3 CE . .
AZK CD CE CG .
AZK HD2 CD . .
AZK HD3 CD . .
AZK CG CD CB .
AZK HG2 CG . .
AZK HG3 CG . .
AZK CB CG CA .
AZK HB2 CB . .
AZK HB3 CB . .
AZK CA CB C .
AZK HA CA . .
AZK N CA H .
AZK H2 N . .
AZK H N . .
AZK C CA O .
AZK HC1 C . .
AZK HC2 C . .
AZK O C HO .
AZK HO O . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
AZK N CA single 1.450 0.020
AZK H N single 1.010 0.020
AZK H2 N single 1.010 0.020
AZK CA CB single 1.524 0.020
AZK C CA single 1.524 0.020
AZK HA CA single 1.099 0.020
AZK CB CG single 1.524 0.020
AZK HB2 CB single 1.092 0.020
AZK HB3 CB single 1.092 0.020
AZK CG CD single 1.524 0.020
AZK HG2 CG single 1.092 0.020
AZK HG3 CG single 1.092 0.020
AZK CD CE single 1.524 0.020
AZK HD2 CD single 1.092 0.020
AZK HD3 CD single 1.092 0.020
AZK CE NZ single 1.455 0.020
AZK HE2 CE single 1.092 0.020
AZK HE3 CE single 1.092 0.020
AZK NZ NZ2 double 1.240 0.020
AZK NZ2 NZ3 double 1.295 0.020
AZK O C single 1.432 0.020
AZK HC1 C single 1.092 0.020
AZK HC2 C single 1.092 0.020
AZK HO O single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
AZK NZ3 NZ2 NZ 120.000 3.000
AZK NZ2 NZ CE 120.000 3.000
AZK NZ CE HE2 109.470 3.000
AZK NZ CE HE3 109.470 3.000
AZK NZ CE CD 105.000 3.000
AZK HE2 CE HE3 107.900 3.000
AZK HE2 CE CD 109.470 3.000
AZK HE3 CE CD 109.470 3.000
AZK CE CD HD2 109.470 3.000
AZK CE CD HD3 109.470 3.000
AZK CE CD CG 111.000 3.000
AZK HD2 CD HD3 107.900 3.000
AZK HD2 CD CG 109.470 3.000
AZK HD3 CD CG 109.470 3.000
AZK CD CG HG2 109.470 3.000
AZK CD CG HG3 109.470 3.000
AZK CD CG CB 111.000 3.000
AZK HG2 CG HG3 107.900 3.000
AZK HG2 CG CB 109.470 3.000
AZK HG3 CG CB 109.470 3.000
AZK CG CB HB2 109.470 3.000
AZK CG CB HB3 109.470 3.000
AZK CG CB CA 111.000 3.000
AZK HB2 CB HB3 107.900 3.000
AZK HB2 CB CA 109.470 3.000
AZK HB3 CB CA 109.470 3.000
AZK CB CA HA 108.340 3.000
AZK CB CA N 109.470 3.000
AZK CB CA C 109.470 3.000
AZK HA CA N 109.470 3.000
AZK HA CA C 108.340 3.000
AZK N CA C 109.470 3.000
AZK CA N H2 120.000 3.000
AZK CA N H 120.000 3.000
AZK H2 N H 120.000 3.000
AZK CA C HC1 109.470 3.000
AZK CA C HC2 109.470 3.000
AZK CA C O 109.470 3.000
AZK HC1 C HC2 107.900 3.000
AZK HC1 C O 109.470 3.000
AZK HC2 C O 109.470 3.000
AZK C O HO 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
AZK CONST_1 NZ3 NZ2 NZ CE -31.614 0.000 0
AZK var_1 NZ2 NZ CE CD 120.001 20.000 1
AZK var_2 NZ CE CD CG 179.992 20.000 3
AZK var_3 CE CD CG CB 179.995 20.000 3
AZK var_4 CD CG CB CA -179.973 20.000 3
AZK var_5 CG CB CA C 175.013 20.000 3
AZK var_6 CB CA N H -60.010 20.000 1
AZK var_7 CB CA C O -175.000 20.000 3
AZK var_8 CA C O HO 180.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
AZK chir_01 CA N CB C negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
AZK plan-1 N 0.020
AZK plan-1 CA 0.020
AZK plan-1 H 0.020
AZK plan-1 H2 0.020
AZK plan-2 NZ 0.020
AZK plan-2 CE 0.020
AZK plan-2 NZ2 0.020
AZK plan-2 NZ3 0.020
# ------------------------------------------------------
|
