1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CAP CAP '2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE ' non-polymer 30 21 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CAP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CAP O6P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
CAP P2 P P 0.000 -0.199 -0.406 -1.444
CAP O4P O OP -0.666 -0.276 -1.914 -1.538
CAP O5P O OP -0.666 0.966 0.091 -2.272
CAP O5 O O2 0.000 -1.566 0.236 -1.999
CAP C5 C CH2 0.000 -2.623 -0.268 -1.182
CAP H51 H H 0.000 -2.449 0.024 -0.144
CAP H52 H H 0.000 -2.648 -1.357 -1.253
CAP C4 C CH1 0.000 -3.958 0.306 -1.658
CAP H4 H H 0.000 -3.931 1.403 -1.586
CAP O4 O OH1 0.000 -4.182 -0.074 -3.017
CAP HO4 H H 0.000 -4.205 -1.039 -3.081
CAP C3 C CH1 0.000 -5.089 -0.234 -0.783
CAP H3 H H 0.000 -5.182 -1.318 -0.933
CAP O3 O OH1 0.000 -4.798 0.033 0.590
CAP HO3 H H 0.000 -4.716 0.988 0.722
CAP C2 C CT 0.000 -6.402 0.448 -1.168
CAP C C C 0.000 -6.783 0.049 -2.570
CAP O7 O OC -0.500 -6.975 -1.156 -2.847
CAP O6 O OC -0.500 -6.907 0.921 -3.458
CAP O2 O OH1 0.000 -6.239 1.866 -1.104
CAP HO2 H H 0.000 -5.921 2.114 -0.225
CAP C1 C CH2 0.000 -7.504 0.017 -0.198
CAP H11 H H 0.000 -7.227 0.306 0.818
CAP H12 H H 0.000 -7.627 -1.067 -0.246
CAP O1 O O2 0.000 -8.731 0.654 -0.557
CAP P1 P P 0.000 -9.841 0.158 0.498
CAP O1P O OP -0.666 -9.419 0.555 1.896
CAP O2P O OP -0.666 -11.171 0.799 0.172
CAP O3P O OP -0.666 -9.973 -1.347 0.420
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CAP O6P n/a P2 START
CAP P2 O6P O5 .
CAP O4P P2 . .
CAP O5P P2 . .
CAP O5 P2 C5 .
CAP C5 O5 C4 .
CAP H51 C5 . .
CAP H52 C5 . .
CAP C4 C5 C3 .
CAP H4 C4 . .
CAP O4 C4 HO4 .
CAP HO4 O4 . .
CAP C3 C4 C2 .
CAP H3 C3 . .
CAP O3 C3 HO3 .
CAP HO3 O3 . .
CAP C2 C3 C1 .
CAP C C2 O6 .
CAP O7 C . .
CAP O6 C . .
CAP O2 C2 HO2 .
CAP HO2 O2 . .
CAP C1 C2 O1 .
CAP H11 C1 . .
CAP H12 C1 . .
CAP O1 C1 P1 .
CAP P1 O1 O3P .
CAP O1P P1 . .
CAP O2P P1 . .
CAP O3P P1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CAP C1 C2 single 1.524 0.020
CAP O1 C1 single 1.426 0.020
CAP H11 C1 single 1.092 0.020
CAP H12 C1 single 1.092 0.020
CAP C2 C3 single 1.524 0.020
CAP C C2 single 1.507 0.020
CAP O2 C2 single 1.432 0.020
CAP C3 C4 single 1.524 0.020
CAP O3 C3 single 1.432 0.020
CAP H3 C3 single 1.099 0.020
CAP C4 C5 single 1.524 0.020
CAP O4 C4 single 1.432 0.020
CAP H4 C4 single 1.099 0.020
CAP C5 O5 single 1.426 0.020
CAP H51 C5 single 1.092 0.020
CAP H52 C5 single 1.092 0.020
CAP O6 C deloc 1.250 0.020
CAP O7 C deloc 1.250 0.020
CAP P1 O1 single 1.610 0.020
CAP HO2 O2 single 0.967 0.020
CAP HO3 O3 single 0.967 0.020
CAP HO4 O4 single 0.967 0.020
CAP O5 P2 single 1.610 0.020
CAP O1P P1 deloc 1.510 0.020
CAP O2P P1 deloc 1.510 0.020
CAP O3P P1 deloc 1.510 0.020
CAP O4P P2 deloc 1.510 0.020
CAP O5P P2 deloc 1.510 0.020
CAP P2 O6P deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CAP O6P P2 O4P 119.900 3.000
CAP O6P P2 O5P 119.900 3.000
CAP O6P P2 O5 108.200 3.000
CAP O4P P2 O5P 119.900 3.000
CAP O4P P2 O5 108.200 3.000
CAP O5P P2 O5 108.200 3.000
CAP P2 O5 C5 120.500 3.000
CAP O5 C5 H51 109.470 3.000
CAP O5 C5 H52 109.470 3.000
CAP O5 C5 C4 109.470 3.000
CAP H51 C5 H52 107.900 3.000
CAP H51 C5 C4 109.470 3.000
CAP H52 C5 C4 109.470 3.000
CAP C5 C4 H4 108.340 3.000
CAP C5 C4 O4 109.470 3.000
CAP C5 C4 C3 111.000 3.000
CAP H4 C4 O4 109.470 3.000
CAP H4 C4 C3 108.340 3.000
CAP O4 C4 C3 109.470 3.000
CAP C4 O4 HO4 109.470 3.000
CAP C4 C3 H3 108.340 3.000
CAP C4 C3 O3 109.470 3.000
CAP C4 C3 C2 111.000 3.000
CAP H3 C3 O3 109.470 3.000
CAP H3 C3 C2 108.340 3.000
CAP O3 C3 C2 109.470 3.000
CAP C3 O3 HO3 109.470 3.000
CAP C3 C2 C 109.470 3.000
CAP C3 C2 O2 109.470 3.000
CAP C3 C2 C1 111.000 3.000
CAP C C2 O2 109.470 3.000
CAP C C2 C1 109.470 3.000
CAP O2 C2 C1 109.470 3.000
CAP C2 C O7 118.500 3.000
CAP C2 C O6 118.500 3.000
CAP O7 C O6 123.000 3.000
CAP C2 O2 HO2 109.470 3.000
CAP C2 C1 H11 109.470 3.000
CAP C2 C1 H12 109.470 3.000
CAP C2 C1 O1 109.500 3.000
CAP H11 C1 H12 107.900 3.000
CAP H11 C1 O1 109.470 3.000
CAP H12 C1 O1 109.470 3.000
CAP C1 O1 P1 120.500 3.000
CAP O1 P1 O1P 108.200 3.000
CAP O1 P1 O2P 108.200 3.000
CAP O1 P1 O3P 108.200 3.000
CAP O1P P1 O2P 119.900 3.000
CAP O1P P1 O3P 119.900 3.000
CAP O2P P1 O3P 119.900 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CAP var_1 O6P P2 O5 C5 -59.992 20.000 1
CAP var_2 P2 O5 C5 C4 179.996 20.000 1
CAP var_3 O5 C5 C4 C3 -179.995 20.000 3
CAP var_4 C5 C4 O4 HO4 60.071 20.000 1
CAP var_5 C5 C4 C3 C2 174.330 20.000 3
CAP var_6 C4 C3 O3 HO3 60.006 20.000 1
CAP var_7 C4 C3 C2 C1 -174.134 20.000 1
CAP var_8 C3 C2 C O6 -119.936 20.000 1
CAP var_9 C3 C2 O2 HO2 -55.169 20.000 1
CAP var_10 C3 C2 C1 O1 -179.993 20.000 1
CAP var_11 C2 C1 O1 P1 179.994 20.000 1
CAP var_12 C1 O1 P1 O3P -59.975 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CAP chir_01 C2 C1 C3 C negativ
CAP chir_02 C3 C2 C4 O3 negativ
CAP chir_03 C4 C3 C5 O4 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CAP plan-1 C 0.020
CAP plan-1 C2 0.000
CAP plan-1 O6 0.000
CAP plan-1 O7 0.000
# ------------------------------------------------------
|
