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327
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CCY CCY '"2-(1-AMINO-2-MERCAPTO-ETHYL)-5-(4-H' non-polymer 40 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CCY
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CCY OXT O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
CCY C3 C C 0.000 -1.230 0.143 -0.177
CCY O3 O OC -0.500 -1.656 0.637 -1.245
CCY CA3 C CH2 0.000 -2.200 -0.281 0.896
CCY HA31 H H 0.000 -1.997 0.279 1.812
CCY HA32 H H 0.000 -2.082 -1.349 1.091
CCY N3 N N 0.000 -3.569 -0.012 0.450
CCY C1 C CH1 0.000 -4.417 -0.953 -0.291
CCY H1 H H 0.000 -4.128 -0.968 -1.351
CCY CA1 C CH1 0.000 -4.296 -2.356 0.307
CCY HA1 H H 0.000 -3.242 -2.667 0.300
CCY CB1 C CH2 0.000 -5.123 -3.338 -0.524
CCY HB11 H H 0.000 -4.754 -3.346 -1.552
CCY HB12 H H 0.000 -6.170 -3.028 -0.518
CCY SG S SH1 0.000 -4.979 -5.002 0.186
CCY HSG H H 0.000 -5.764 -5.602 -0.705
CCY N1 N NH2 0.000 -4.794 -2.344 1.689
CCY HN12 H H 0.000 -4.183 -2.601 2.455
CCY HN11 H H 0.000 -5.752 -2.079 1.885
CCY C2 C C 0.000 -4.244 1.136 0.660
CCY O2 O O 0.000 -3.817 2.113 1.237
CCY CA2 C CH1 0.000 -5.623 1.000 0.053
CCY HA2 H H 0.000 -5.673 1.529 -0.909
CCY N2 N NH1 0.000 -5.805 -0.457 -0.149
CCY HN2 H H 0.000 -6.666 -0.983 -0.181
CCY CB2 C CH2 0.000 -6.683 1.541 1.014
CCY HB21 H H 0.000 -6.481 2.594 1.222
CCY HB22 H H 0.000 -6.651 0.975 1.947
CCY CG C CR6 0.000 -8.047 1.404 0.387
CCY CD2 C CR16 0.000 -8.559 2.432 -0.381
CCY HD2 H H 0.000 -7.981 3.336 -0.532
CCY CE2 C CR16 0.000 -9.809 2.309 -0.958
CCY HE2 H H 0.000 -10.210 3.114 -1.561
CCY CZ C CR6 0.000 -10.550 1.152 -0.764
CCY OH O OH1 0.000 -11.779 1.028 -1.329
CCY HO H H 0.000 -12.449 1.370 -0.721
CCY CE1 C CR16 0.000 -10.035 0.124 0.013
CCY HE1 H H 0.000 -10.613 -0.779 0.170
CCY CD1 C CR16 0.000 -8.785 0.252 0.587
CCY HD1 H H 0.000 -8.383 -0.551 1.193
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CCY OXT n/a C3 START
CCY C3 OXT CA3 .
CCY O3 C3 . .
CCY CA3 C3 N3 .
CCY HA31 CA3 . .
CCY HA32 CA3 . .
CCY N3 CA3 C2 .
CCY C1 N3 CA1 .
CCY H1 C1 . .
CCY CA1 C1 N1 .
CCY HA1 CA1 . .
CCY CB1 CA1 SG .
CCY HB11 CB1 . .
CCY HB12 CB1 . .
CCY SG CB1 HSG .
CCY HSG SG . .
CCY N1 CA1 HN11 .
CCY HN12 N1 . .
CCY HN11 N1 . .
CCY C2 N3 CA2 .
CCY O2 C2 . .
CCY CA2 C2 CB2 .
CCY HA2 CA2 . .
CCY N2 CA2 HN2 .
CCY HN2 N2 . .
CCY CB2 CA2 CG .
CCY HB21 CB2 . .
CCY HB22 CB2 . .
CCY CG CB2 CD2 .
CCY CD2 CG CE2 .
CCY HD2 CD2 . .
CCY CE2 CD2 CZ .
CCY HE2 CE2 . .
CCY CZ CE2 CE1 .
CCY OH CZ HO .
CCY HO OH . .
CCY CE1 CZ CD1 .
CCY HE1 CE1 . .
CCY CD1 CE1 HD1 .
CCY HD1 CD1 . END
CCY C1 N2 . ADD
CCY CG CD1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CCY C1 N2 single 1.450 0.020
CCY C1 N3 single 1.455 0.020
CCY CA1 C1 single 1.524 0.020
CCY H1 C1 single 1.099 0.020
CCY N2 CA2 single 1.450 0.020
CCY HN2 N2 single 1.010 0.020
CCY CA2 C2 single 1.500 0.020
CCY CB2 CA2 single 1.524 0.020
CCY HA2 CA2 single 1.099 0.020
CCY O2 C2 double 1.220 0.020
CCY C2 N3 single 1.330 0.020
CCY N3 CA3 single 1.455 0.020
CCY CA3 C3 single 1.510 0.020
CCY HA31 CA3 single 1.092 0.020
CCY HA32 CA3 single 1.092 0.020
CCY O3 C3 deloc 1.250 0.020
CCY C3 OXT deloc 1.250 0.020
CCY N1 CA1 single 1.450 0.020
CCY CB1 CA1 single 1.524 0.020
CCY HA1 CA1 single 1.099 0.020
CCY HN11 N1 single 1.010 0.020
CCY HN12 N1 single 1.010 0.020
CCY SG CB1 single 1.810 0.020
CCY HB11 CB1 single 1.092 0.020
CCY HB12 CB1 single 1.092 0.020
CCY HSG SG single 1.330 0.020
CCY CG CB2 single 1.511 0.020
CCY HB21 CB2 single 1.092 0.020
CCY HB22 CB2 single 1.092 0.020
CCY CG CD1 double 1.390 0.020
CCY CD2 CG single 1.390 0.020
CCY CD1 CE1 single 1.390 0.020
CCY HD1 CD1 single 1.083 0.020
CCY CE2 CD2 double 1.390 0.020
CCY HD2 CD2 single 1.083 0.020
CCY CE1 CZ double 1.390 0.020
CCY HE1 CE1 single 1.083 0.020
CCY CZ CE2 single 1.390 0.020
CCY HE2 CE2 single 1.083 0.020
CCY OH CZ single 1.362 0.020
CCY HO OH single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CCY OXT C3 O3 123.000 3.000
CCY OXT C3 CA3 118.500 3.000
CCY O3 C3 CA3 118.500 3.000
CCY C3 CA3 HA31 109.470 3.000
CCY C3 CA3 HA32 109.470 3.000
CCY C3 CA3 N3 109.500 3.000
CCY HA31 CA3 HA32 107.900 3.000
CCY HA31 CA3 N3 109.470 3.000
CCY HA32 CA3 N3 109.470 3.000
CCY CA3 N3 C1 112.000 3.000
CCY CA3 N3 C2 127.000 3.000
CCY C1 N3 C2 121.000 3.000
CCY N3 C1 H1 109.470 3.000
CCY N3 C1 CA1 105.000 3.000
CCY N3 C1 N2 109.500 3.000
CCY H1 C1 CA1 108.340 3.000
CCY H1 C1 N2 108.550 3.000
CCY CA1 C1 N2 110.000 3.000
CCY C1 CA1 HA1 108.340 3.000
CCY C1 CA1 CB1 111.000 3.000
CCY C1 CA1 N1 109.470 3.000
CCY HA1 CA1 CB1 108.340 3.000
CCY HA1 CA1 N1 109.470 3.000
CCY CB1 CA1 N1 109.470 3.000
CCY CA1 CB1 HB11 109.470 3.000
CCY CA1 CB1 HB12 109.470 3.000
CCY CA1 CB1 SG 112.500 3.000
CCY HB11 CB1 HB12 107.900 3.000
CCY HB11 CB1 SG 109.470 3.000
CCY HB12 CB1 SG 109.470 3.000
CCY CB1 SG HSG 96.000 3.000
CCY CA1 N1 HN12 120.000 3.000
CCY CA1 N1 HN11 120.000 3.000
CCY HN12 N1 HN11 120.000 3.000
CCY N3 C2 O2 123.000 3.000
CCY N3 C2 CA2 116.500 3.000
CCY O2 C2 CA2 120.500 3.000
CCY C2 CA2 HA2 108.810 3.000
CCY C2 CA2 N2 111.600 3.000
CCY C2 CA2 CB2 109.470 3.000
CCY HA2 CA2 N2 108.550 3.000
CCY HA2 CA2 CB2 108.340 3.000
CCY N2 CA2 CB2 110.000 3.000
CCY CA2 N2 HN2 118.500 3.000
CCY CA2 N2 C1 120.000 3.000
CCY HN2 N2 C1 118.500 3.000
CCY CA2 CB2 HB21 109.470 3.000
CCY CA2 CB2 HB22 109.470 3.000
CCY CA2 CB2 CG 109.470 3.000
CCY HB21 CB2 HB22 107.900 3.000
CCY HB21 CB2 CG 109.470 3.000
CCY HB22 CB2 CG 109.470 3.000
CCY CB2 CG CD2 120.000 3.000
CCY CB2 CG CD1 120.000 3.000
CCY CD2 CG CD1 120.000 3.000
CCY CG CD2 HD2 120.000 3.000
CCY CG CD2 CE2 120.000 3.000
CCY HD2 CD2 CE2 120.000 3.000
CCY CD2 CE2 HE2 120.000 3.000
CCY CD2 CE2 CZ 120.000 3.000
CCY HE2 CE2 CZ 120.000 3.000
CCY CE2 CZ OH 120.000 3.000
CCY CE2 CZ CE1 120.000 3.000
CCY OH CZ CE1 120.000 3.000
CCY CZ OH HO 109.470 3.000
CCY CZ CE1 HE1 120.000 3.000
CCY CZ CE1 CD1 120.000 3.000
CCY HE1 CE1 CD1 120.000 3.000
CCY CE1 CD1 HD1 120.000 3.000
CCY CE1 CD1 CG 120.000 3.000
CCY HD1 CD1 CG 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CCY var_1 OXT C3 CA3 N3 -179.993 20.000 3
CCY var_2 C3 CA3 N3 C2 -90.063 20.000 1
CCY var_3 CA3 N3 C1 CA1 30.000 20.000 3
CCY var_4 N3 C1 N2 CA2 30.000 20.000 3
CCY var_5 N3 C1 CA1 N1 63.204 20.000 3
CCY var_6 C1 CA1 CB1 SG -179.979 20.000 3
CCY var_7 CA1 CB1 SG HSG -179.976 20.000 1
CCY var_8 C1 CA1 N1 HN11 59.932 20.000 1
CCY CONST_1 CA3 N3 C2 CA2 180.000 0.000 0
CCY var_9 N3 C2 CA2 CB2 150.000 20.000 3
CCY var_10 C2 CA2 N2 C1 -30.000 20.000 3
CCY var_11 C2 CA2 CB2 CG 179.677 20.000 3
CCY var_12 CA2 CB2 CG CD2 -90.324 20.000 2
CCY CONST_2 CB2 CG CD1 CE1 180.000 0.000 0
CCY CONST_3 CB2 CG CD2 CE2 180.000 0.000 0
CCY CONST_4 CG CD2 CE2 CZ 0.000 0.000 0
CCY CONST_5 CD2 CE2 CZ CE1 0.000 0.000 0
CCY var_13 CE2 CZ OH HO -89.788 20.000 1
CCY CONST_6 CE2 CZ CE1 CD1 0.000 0.000 0
CCY CONST_7 CZ CE1 CD1 CG 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CCY chir_01 C1 N2 N3 CA1 negativ
CCY chir_02 CA2 N2 C2 CB2 positiv
CCY chir_03 CA1 C1 N1 CB1 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CCY plan-1 N2 0.020
CCY plan-1 C1 0.020
CCY plan-1 CA2 0.020
CCY plan-1 HN2 0.020
CCY plan-2 C2 0.020
CCY plan-2 CA2 0.020
CCY plan-2 O2 0.020
CCY plan-2 N3 0.020
CCY plan-3 N3 0.020
CCY plan-3 C1 0.020
CCY plan-3 C2 0.020
CCY plan-3 CA3 0.020
CCY plan-4 C3 0.020
CCY plan-4 CA3 0.020
CCY plan-4 O3 0.020
CCY plan-4 OXT 0.020
CCY plan-5 N1 0.020
CCY plan-5 CA1 0.020
CCY plan-5 HN11 0.020
CCY plan-5 HN12 0.020
CCY plan-6 CG 0.020
CCY plan-6 CB2 0.020
CCY plan-6 CD1 0.020
CCY plan-6 CD2 0.020
CCY plan-6 CE1 0.020
CCY plan-6 CE2 0.020
CCY plan-6 CZ 0.020
CCY plan-6 HD1 0.020
CCY plan-6 HD2 0.020
CCY plan-6 HE1 0.020
CCY plan-6 HE2 0.020
CCY plan-6 OH 0.020
# ------------------------------------------------------
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