1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CES CES '"2-[CARBOXY-(2-FURAN-2-YL-2-METHOXYI' non-polymer 41 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CES
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CES O9A O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
CES C8 C C 0.000 0.922 0.159 -0.830
CES O9 O OC -0.500 1.527 1.247 -0.950
CES C7 C CH1 0.000 1.595 -1.160 -1.169
CES H7 H H 0.000 0.809 -1.924 -1.250
CES C6 C CH1 0.000 2.546 -1.571 0.068
CES H6 H H 0.000 2.150 -2.517 0.462
CES S1 S S2 0.000 4.204 -1.924 -0.518
CES C2 C CH2 0.000 4.998 -1.794 1.064
CES H22 H H 0.000 6.056 -1.960 0.852
CES H21 H H 0.000 4.605 -2.638 1.635
CES N5 N NH1 0.000 2.470 -0.574 1.199
CES HN5 H H 0.000 1.542 -0.344 1.522
CES C4 C C 0.000 3.508 0.063 1.846
CES C3 C C 0.000 4.847 -0.608 1.811
CES "C3'" C CH3 0.000 5.887 -0.081 2.493
CES "H3'1" H H 0.000 6.203 -0.796 3.191
CES "H3'2" H H 0.000 6.643 0.136 1.802
CES "H3'3" H H 0.000 5.547 0.789 2.969
CES "C4'" C C 0.000 3.171 1.400 2.639
CES O4B O OC -0.500 3.897 2.404 2.472
CES O4A O OC -0.500 2.191 1.389 3.416
CES N10 N NH1 0.000 2.334 -1.124 -2.484
CES H10 H H 0.000 3.319 -1.346 -2.510
CES C11 C C 0.000 1.689 -0.797 -3.633
CES O12 O O 0.000 0.448 -0.795 -3.688
CES C13 C C 0.000 2.549 -0.442 -4.757
CES N16 N N 0.000 3.902 -0.414 -4.782
CES O17 O O2 0.000 4.575 -1.043 -3.680
CES C18 C CH3 0.000 5.903 -0.533 -3.692
CES H181 H H 0.000 6.366 -0.775 -4.612
CES H182 H H 0.000 5.877 0.519 -3.575
CES H183 H H 0.000 6.453 -0.963 -2.896
CES C14 C CR5 0.000 2.013 -0.012 -6.090
CES C19 C CR15 0.000 0.830 0.640 -6.405
CES H19 H H 0.000 0.107 0.886 -5.637
CES C17 C CR15 0.000 0.610 0.954 -7.676
CES H17 H H 0.000 -0.211 1.468 -8.160
CES C16 C CR15 0.000 1.780 0.404 -8.178
CES H16 H H 0.000 1.981 0.448 -9.242
CES O15 O O2 0.000 2.692 -0.197 -7.335
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CES O9A n/a C8 START
CES C8 O9A C7 .
CES O9 C8 . .
CES C7 C8 N10 .
CES H7 C7 . .
CES C6 C7 N5 .
CES H6 C6 . .
CES S1 C6 C2 .
CES C2 S1 H21 .
CES H22 C2 . .
CES H21 C2 . .
CES N5 C6 C4 .
CES HN5 N5 . .
CES C4 N5 "C4'" .
CES C3 C4 "C3'" .
CES "C3'" C3 "H3'3" .
CES "H3'1" "C3'" . .
CES "H3'2" "C3'" . .
CES "H3'3" "C3'" . .
CES "C4'" C4 O4A .
CES O4B "C4'" . .
CES O4A "C4'" . .
CES N10 C7 C11 .
CES H10 N10 . .
CES C11 N10 C13 .
CES O12 C11 . .
CES C13 C11 C14 .
CES N16 C13 O17 .
CES O17 N16 C18 .
CES C18 O17 H183 .
CES H181 C18 . .
CES H182 C18 . .
CES H183 C18 . .
CES C14 C13 C19 .
CES C19 C14 C17 .
CES H19 C19 . .
CES C17 C19 C16 .
CES H17 C17 . .
CES C16 C17 O15 .
CES H16 C16 . .
CES O15 C16 . END
CES C14 O15 . ADD
CES C3 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CES C14 O15 single 1.370 0.020
CES C19 C14 double 1.387 0.020
CES C14 C13 single 1.490 0.020
CES O15 C16 single 1.380 0.020
CES C16 C17 double 1.380 0.020
CES H16 C16 single 1.083 0.020
CES C17 C19 single 1.380 0.020
CES H17 C17 single 1.083 0.020
CES H19 C19 single 1.083 0.020
CES C18 O17 single 1.426 0.020
CES H183 C18 single 1.059 0.020
CES H182 C18 single 1.059 0.020
CES H181 C18 single 1.059 0.020
CES O17 N16 single 1.255 0.020
CES N16 C13 double 1.260 0.020
CES C13 C11 single 1.460 0.020
CES O4A "C4'" deloc 1.250 0.020
CES O4B "C4'" deloc 1.250 0.020
CES "C4'" C4 single 1.460 0.020
CES O9 C8 deloc 1.250 0.020
CES C7 C8 single 1.500 0.020
CES C8 O9A deloc 1.250 0.020
CES "C3'" C3 single 1.500 0.020
CES "H3'3" "C3'" single 1.059 0.020
CES "H3'2" "C3'" single 1.059 0.020
CES "H3'1" "C3'" single 1.059 0.020
CES C3 C2 single 1.510 0.020
CES C3 C4 double 1.330 0.020
CES C2 S1 single 1.762 0.020
CES H21 C2 single 1.092 0.020
CES H22 C2 single 1.092 0.020
CES S1 C6 single 1.765 0.020
CES N5 C6 single 1.450 0.020
CES C6 C7 single 1.524 0.020
CES H6 C6 single 1.099 0.020
CES C4 N5 single 1.330 0.020
CES HN5 N5 single 1.010 0.020
CES N10 C7 single 1.450 0.020
CES H7 C7 single 1.099 0.020
CES C11 N10 single 1.330 0.020
CES H10 N10 single 1.010 0.020
CES O12 C11 double 1.220 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CES O9A C8 O9 123.000 3.000
CES O9A C8 C7 118.500 3.000
CES O9 C8 C7 118.500 3.000
CES C8 C7 H7 108.810 3.000
CES C8 C7 C6 109.470 3.000
CES C8 C7 N10 111.600 3.000
CES H7 C7 C6 108.340 3.000
CES H7 C7 N10 108.550 3.000
CES C6 C7 N10 110.000 3.000
CES C7 C6 H6 108.340 3.000
CES C7 C6 S1 109.500 3.000
CES C7 C6 N5 110.000 3.000
CES H6 C6 S1 109.500 3.000
CES H6 C6 N5 108.550 3.000
CES S1 C6 N5 109.500 3.000
CES C6 S1 C2 96.201 3.000
CES S1 C2 H22 109.500 3.000
CES S1 C2 H21 109.500 3.000
CES S1 C2 C3 109.500 3.000
CES H22 C2 H21 107.900 3.000
CES H22 C2 C3 109.470 3.000
CES H21 C2 C3 109.470 3.000
CES C6 N5 HN5 118.500 3.000
CES C6 N5 C4 121.500 3.000
CES HN5 N5 C4 120.000 3.000
CES N5 C4 C3 120.000 3.000
CES N5 C4 "C4'" 120.000 3.000
CES C3 C4 "C4'" 120.000 3.000
CES C4 C3 "C3'" 120.000 3.000
CES C4 C3 C2 120.000 3.000
CES "C3'" C3 C2 120.000 3.000
CES C3 "C3'" "H3'1" 109.470 3.000
CES C3 "C3'" "H3'2" 109.470 3.000
CES C3 "C3'" "H3'3" 109.470 3.000
CES "H3'1" "C3'" "H3'2" 109.470 3.000
CES "H3'1" "C3'" "H3'3" 109.470 3.000
CES "H3'2" "C3'" "H3'3" 109.470 3.000
CES C4 "C4'" O4B 120.000 3.000
CES C4 "C4'" O4A 120.000 3.000
CES O4B "C4'" O4A 123.000 3.000
CES C7 N10 H10 118.500 3.000
CES C7 N10 C11 121.500 3.000
CES H10 N10 C11 120.000 3.000
CES N10 C11 O12 123.000 3.000
CES N10 C11 C13 120.000 3.000
CES O12 C11 C13 120.500 3.000
CES C11 C13 N16 116.500 3.000
CES C11 C13 C14 120.000 3.000
CES N16 C13 C14 120.000 3.000
CES C13 N16 O17 120.000 3.000
CES N16 O17 C18 120.000 3.000
CES O17 C18 H181 109.470 3.000
CES O17 C18 H182 109.470 3.000
CES O17 C18 H183 109.470 3.000
CES H181 C18 H182 109.470 3.000
CES H181 C18 H183 109.470 3.000
CES H182 C18 H183 109.470 3.000
CES C13 C14 C19 126.000 3.000
CES C13 C14 O15 108.000 3.000
CES C19 C14 O15 108.000 3.000
CES C14 C19 H19 126.000 3.000
CES C14 C19 C17 108.000 3.000
CES H19 C19 C17 126.000 3.000
CES C19 C17 H17 126.000 3.000
CES C19 C17 C16 108.000 3.000
CES H17 C17 C16 126.000 3.000
CES C17 C16 H16 126.000 3.000
CES C17 C16 O15 108.000 3.000
CES H16 C16 O15 126.000 3.000
CES C16 O15 C14 108.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CES var_1 O9A C8 C7 N10 158.977 20.000 3
CES var_2 C8 C7 C6 N5 1.597 20.000 3
CES var_3 C7 C6 S1 C2 150.000 20.000 1
CES var_4 C6 S1 C2 C3 -60.000 20.000 1
CES var_5 C7 C6 N5 C4 -120.000 20.000 3
CES CONST_1 C6 N5 C4 "C4'" 150.000 0.000 0
CES var_6 N5 C4 C3 "C3'" 180.000 20.000 1
CES var_7 C4 C3 C2 S1 30.000 20.000 3
CES var_8 C4 C3 "C3'" "H3'3" -0.357 20.000 1
CES var_9 N5 C4 "C4'" O4A 48.556 20.000 1
CES var_10 C8 C7 N10 C11 -57.019 20.000 3
CES CONST_2 C7 N10 C11 C13 180.000 0.000 0
CES var_11 N10 C11 C13 C14 -178.002 20.000 1
CES CONST_3 C11 C13 N16 O17 0.000 0.000 0
CES var_12 C13 N16 O17 C18 -161.932 20.000 1
CES var_13 N16 O17 C18 H183 -179.990 20.000 1
CES var_14 C11 C13 C14 C19 29.073 20.000 1
CES CONST_4 C13 C14 O15 C16 180.000 0.000 0
CES CONST_5 C13 C14 C19 C17 180.000 0.000 0
CES CONST_6 C14 C19 C17 C16 0.000 0.000 0
CES CONST_7 C19 C17 C16 O15 0.000 0.000 0
CES CONST_8 C17 C16 O15 C14 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CES chir_01 C6 S1 N5 C7 negativ
CES chir_02 C7 C8 C6 N10 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CES plan-1 C14 0.020
CES plan-1 O15 0.020
CES plan-1 C19 0.020
CES plan-1 C13 0.020
CES plan-1 C16 0.020
CES plan-1 C17 0.020
CES plan-1 H16 0.020
CES plan-1 H17 0.020
CES plan-1 H19 0.020
CES plan-2 N16 0.020
CES plan-2 O17 0.020
CES plan-2 C13 0.020
CES plan-2 C14 0.020
CES plan-2 C11 0.020
CES plan-3 "C4'" 0.020
CES plan-3 O4A 0.020
CES plan-3 O4B 0.020
CES plan-3 C4 0.020
CES plan-4 C8 0.020
CES plan-4 O9 0.020
CES plan-4 C7 0.020
CES plan-4 O9A 0.020
CES plan-5 C3 0.020
CES plan-5 "C3'" 0.020
CES plan-5 C2 0.020
CES plan-5 C4 0.020
CES plan-6 N5 0.020
CES plan-6 C6 0.020
CES plan-6 C4 0.020
CES plan-6 HN5 0.020
CES plan-7 C4 0.020
CES plan-7 "C4'" 0.020
CES plan-7 C3 0.020
CES plan-7 N5 0.020
CES plan-7 HN5 0.020
CES plan-8 N10 0.020
CES plan-8 C7 0.020
CES plan-8 C11 0.020
CES plan-8 H10 0.020
CES plan-9 C11 0.020
CES plan-9 C13 0.020
CES plan-9 N10 0.020
CES plan-9 O12 0.020
CES plan-9 H10 0.020
# ------------------------------------------------------
|
