1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CII CII 'N-[(1S)-2-methyl-1-(pyridin-4-ylcarb' non-polymer 47 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CII
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CII O2 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
CII C6 C C 0.000 1.105 -0.478 0.208
CII N2 N NH1 0.000 1.317 -1.705 0.698
CII HA H H 0.000 2.274 -1.991 0.842
CII C5 C CR6 0.000 0.307 -2.625 1.028
CII C4 C CR16 0.000 0.639 -3.760 1.791
CII H4 H H 0.000 1.670 -3.892 2.096
CII C3 C CR16 0.000 -0.303 -4.730 2.177
CII HB H H 0.000 -0.009 -5.583 2.775
CII N1 N NRD6 0.000 -1.587 -4.570 1.780
CII C2 C CR16 0.000 -1.545 -3.493 1.140
CII H2 H H 0.000 -2.585 -3.361 0.870
CII C1 C CR16 0.000 -1.020 -2.473 0.623
CII H1 H H 0.000 -1.474 -1.691 0.027
CII C7 C CH1 0.000 2.356 0.323 -0.058
CII H7 H H 0.000 2.175 1.374 0.211
CII C15 C CH1 0.000 2.761 0.245 -1.531
CII H15 H H 0.000 1.871 0.516 -2.117
CII C17 C CH3 0.000 3.853 1.239 -1.914
CII H173 H H 0.000 3.548 1.789 -2.766
CII H172 H H 0.000 4.025 1.904 -1.108
CII H171 H H 0.000 4.747 0.714 -2.135
CII C16 C CH3 0.000 3.168 -1.144 -1.979
CII H163 H H 0.000 3.487 -1.108 -2.988
CII H162 H H 0.000 3.960 -1.491 -1.369
CII H161 H H 0.000 2.340 -1.798 -1.892
CII N3 N NH1 0.000 3.411 -0.214 0.796
CII H3 H H 0.000 4.069 -0.908 0.471
CII C8 C C 0.000 3.443 0.276 2.032
CII O1 O O 0.000 2.642 1.109 2.379
CII C9 C CH1 0.000 4.422 -0.240 3.043
CII H9 H H 0.000 4.068 0.069 4.036
CII C14 C CH2 0.000 4.386 -1.761 2.994
CII H141 H H 0.000 4.561 -2.078 1.964
CII H142 H H 0.000 3.395 -2.093 3.311
CII C13 C CH2 0.000 5.446 -2.376 3.905
CII H131 H H 0.000 6.235 -2.797 3.278
CII H132 H H 0.000 4.979 -3.174 4.485
CII C12 C CH2 0.000 6.043 -1.343 4.849
CII H121 H H 0.000 6.783 -1.830 5.486
CII H122 H H 0.000 5.246 -0.927 5.470
CII C11 C CH2 0.000 6.708 -0.225 4.059
CII H111 H H 0.000 7.660 -0.602 3.679
CII H112 H H 0.000 6.893 0.606 4.743
CII C10 C CH2 0.000 5.843 0.257 2.888
CII H102 H H 0.000 6.264 -0.124 1.956
CII H101 H H 0.000 5.848 1.349 2.869
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CII O2 n/a C6 START
CII C6 O2 C7 .
CII N2 C6 C5 .
CII HA N2 . .
CII C5 N2 C4 .
CII C4 C5 C3 .
CII H4 C4 . .
CII C3 C4 N1 .
CII HB C3 . .
CII N1 C3 C2 .
CII C2 N1 C1 .
CII H2 C2 . .
CII C1 C2 H1 .
CII H1 C1 . .
CII C7 C6 N3 .
CII H7 C7 . .
CII C15 C7 C16 .
CII H15 C15 . .
CII C17 C15 H171 .
CII H173 C17 . .
CII H172 C17 . .
CII H171 C17 . .
CII C16 C15 H161 .
CII H163 C16 . .
CII H162 C16 . .
CII H161 C16 . .
CII N3 C7 C8 .
CII H3 N3 . .
CII C8 N3 C9 .
CII O1 C8 . .
CII C9 C8 C14 .
CII H9 C9 . .
CII C14 C9 C13 .
CII H141 C14 . .
CII H142 C14 . .
CII C13 C14 C12 .
CII H131 C13 . .
CII H132 C13 . .
CII C12 C13 C11 .
CII H121 C12 . .
CII H122 C12 . .
CII C11 C12 C10 .
CII H111 C11 . .
CII H112 C11 . .
CII C10 C11 H101 .
CII H102 C10 . .
CII H101 C10 . END
CII C9 C10 . ADD
CII C5 C1 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CII O1 C8 double 1.220 0.020
CII C9 C8 single 1.500 0.020
CII C8 N3 single 1.330 0.020
CII C9 C10 single 1.524 0.020
CII C14 C9 single 1.524 0.020
CII C10 C11 single 1.524 0.020
CII C11 C12 single 1.524 0.020
CII C12 C13 single 1.524 0.020
CII C13 C14 single 1.524 0.020
CII N3 C7 single 1.450 0.020
CII C15 C7 single 1.524 0.020
CII C7 C6 single 1.500 0.020
CII C16 C15 single 1.524 0.020
CII C17 C15 single 1.524 0.020
CII C6 O2 double 1.220 0.020
CII N2 C6 single 1.330 0.020
CII C5 N2 single 1.350 0.020
CII C5 C1 double 1.390 0.020
CII C4 C5 single 1.390 0.020
CII C1 C2 single 1.390 0.020
CII C2 N1 double 1.337 0.020
CII N1 C3 single 1.337 0.020
CII C3 C4 double 1.390 0.020
CII H9 C9 single 1.099 0.020
CII H3 N3 single 1.010 0.020
CII H101 C10 single 1.092 0.020
CII H102 C10 single 1.092 0.020
CII H141 C14 single 1.092 0.020
CII H142 C14 single 1.092 0.020
CII H111 C11 single 1.092 0.020
CII H112 C11 single 1.092 0.020
CII H121 C12 single 1.092 0.020
CII H122 C12 single 1.092 0.020
CII H131 C13 single 1.092 0.020
CII H132 C13 single 1.092 0.020
CII H7 C7 single 1.099 0.020
CII H15 C15 single 1.099 0.020
CII H161 C16 single 1.059 0.020
CII H162 C16 single 1.059 0.020
CII H163 C16 single 1.059 0.020
CII H171 C17 single 1.059 0.020
CII H172 C17 single 1.059 0.020
CII H173 C17 single 1.059 0.020
CII H1 C1 single 1.083 0.020
CII H4 C4 single 1.083 0.020
CII H2 C2 single 1.083 0.020
CII HA N2 single 1.010 0.020
CII HB C3 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CII O2 C6 N2 123.000 3.000
CII O2 C6 C7 120.500 3.000
CII N2 C6 C7 116.500 3.000
CII C6 N2 HA 120.000 3.000
CII C6 N2 C5 120.000 3.000
CII HA N2 C5 120.000 3.000
CII N2 C5 C4 120.000 3.000
CII N2 C5 C1 120.000 3.000
CII C4 C5 C1 120.000 3.000
CII C5 C4 H4 120.000 3.000
CII C5 C4 C3 120.000 3.000
CII H4 C4 C3 120.000 3.000
CII C4 C3 HB 120.000 3.000
CII C4 C3 N1 120.000 3.000
CII HB C3 N1 120.000 3.000
CII C3 N1 C2 120.000 3.000
CII N1 C2 H2 120.000 3.000
CII N1 C2 C1 120.000 3.000
CII H2 C2 C1 120.000 3.000
CII C2 C1 H1 120.000 3.000
CII C2 C1 C5 120.000 3.000
CII H1 C1 C5 120.000 3.000
CII C6 C7 H7 108.810 3.000
CII C6 C7 C15 109.470 3.000
CII C6 C7 N3 111.600 3.000
CII H7 C7 C15 108.340 3.000
CII H7 C7 N3 108.550 3.000
CII C15 C7 N3 110.000 3.000
CII C7 C15 H15 108.340 3.000
CII C7 C15 C17 111.000 3.000
CII C7 C15 C16 111.000 3.000
CII H15 C15 C17 108.340 3.000
CII H15 C15 C16 108.340 3.000
CII C17 C15 C16 111.000 3.000
CII C15 C17 H173 109.470 3.000
CII C15 C17 H172 109.470 3.000
CII C15 C17 H171 109.470 3.000
CII H173 C17 H172 109.470 3.000
CII H173 C17 H171 109.470 3.000
CII H172 C17 H171 109.470 3.000
CII C15 C16 H163 109.470 3.000
CII C15 C16 H162 109.470 3.000
CII C15 C16 H161 109.470 3.000
CII H163 C16 H162 109.470 3.000
CII H163 C16 H161 109.470 3.000
CII H162 C16 H161 109.470 3.000
CII C7 N3 H3 118.500 3.000
CII C7 N3 C8 121.500 3.000
CII H3 N3 C8 120.000 3.000
CII N3 C8 O1 123.000 3.000
CII N3 C8 C9 116.500 3.000
CII O1 C8 C9 120.500 3.000
CII C8 C9 H9 108.810 3.000
CII C8 C9 C14 109.470 3.000
CII C8 C9 C10 109.470 3.000
CII H9 C9 C14 108.340 3.000
CII H9 C9 C10 108.340 3.000
CII C14 C9 C10 109.470 3.000
CII C9 C14 H141 109.470 3.000
CII C9 C14 H142 109.470 3.000
CII C9 C14 C13 111.000 3.000
CII H141 C14 H142 107.900 3.000
CII H141 C14 C13 109.470 3.000
CII H142 C14 C13 109.470 3.000
CII C14 C13 H131 109.470 3.000
CII C14 C13 H132 109.470 3.000
CII C14 C13 C12 111.000 3.000
CII H131 C13 H132 107.900 3.000
CII H131 C13 C12 109.470 3.000
CII H132 C13 C12 109.470 3.000
CII C13 C12 H121 109.470 3.000
CII C13 C12 H122 109.470 3.000
CII C13 C12 C11 111.000 3.000
CII H121 C12 H122 107.900 3.000
CII H121 C12 C11 109.470 3.000
CII H122 C12 C11 109.470 3.000
CII C12 C11 H111 109.470 3.000
CII C12 C11 H112 109.470 3.000
CII C12 C11 C10 111.000 3.000
CII H111 C11 H112 107.900 3.000
CII H111 C11 C10 109.470 3.000
CII H112 C11 C10 109.470 3.000
CII C11 C10 H102 109.470 3.000
CII C11 C10 H101 109.470 3.000
CII C11 C10 C9 111.000 3.000
CII H102 C10 H101 107.900 3.000
CII H102 C10 C9 109.470 3.000
CII H101 C10 C9 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CII CONST_1 O2 C6 N2 C5 0.000 0.000 0
CII var_1 C6 N2 C5 C4 -166.660 20.000 1
CII CONST_2 N2 C5 C1 C2 180.000 0.000 0
CII CONST_3 N2 C5 C4 C3 180.000 0.000 0
CII CONST_4 C5 C4 C3 N1 0.000 0.000 0
CII CONST_5 C4 C3 N1 C2 0.000 0.000 0
CII CONST_6 C3 N1 C2 C1 0.000 0.000 0
CII CONST_7 N1 C2 C1 C5 0.000 0.000 0
CII var_2 O2 C6 C7 N3 155.129 20.000 3
CII var_3 C6 C7 C15 C16 -65.202 20.000 3
CII var_4 C7 C15 C17 H171 111.459 20.000 3
CII var_5 C7 C15 C16 H161 63.262 20.000 3
CII var_6 C6 C7 N3 C8 -84.991 20.000 3
CII CONST_8 C7 N3 C8 C9 180.000 0.000 0
CII var_7 N3 C8 C9 C14 -46.950 20.000 3
CII var_8 C8 C9 C10 C11 180.000 20.000 3
CII var_9 C8 C9 C14 C13 180.000 20.000 3
CII var_10 C9 C14 C13 C12 0.000 20.000 3
CII var_11 C14 C13 C12 C11 -60.000 20.000 3
CII var_12 C13 C12 C11 C10 30.000 20.000 3
CII var_13 C12 C11 C10 C9 0.000 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CII chir_01 C9 C8 C10 C14 positiv
CII chir_02 C7 N3 C15 C6 negativ
CII chir_03 C15 C7 C16 C17 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CII plan-1 C8 0.020
CII plan-1 O1 0.020
CII plan-1 C9 0.020
CII plan-1 N3 0.020
CII plan-1 H3 0.020
CII plan-2 N3 0.020
CII plan-2 C8 0.020
CII plan-2 C7 0.020
CII plan-2 H3 0.020
CII plan-3 C6 0.020
CII plan-3 C7 0.020
CII plan-3 O2 0.020
CII plan-3 N2 0.020
CII plan-3 HA 0.020
CII plan-4 N2 0.020
CII plan-4 C6 0.020
CII plan-4 C5 0.020
CII plan-4 HA 0.020
CII plan-5 C5 0.020
CII plan-5 N2 0.020
CII plan-5 C1 0.020
CII plan-5 C4 0.020
CII plan-5 C2 0.020
CII plan-5 N1 0.020
CII plan-5 C3 0.020
CII plan-5 H1 0.020
CII plan-5 H2 0.020
CII plan-5 HB 0.020
CII plan-5 H4 0.020
CII plan-5 HA 0.020
# ------------------------------------------------------
|
