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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CIP CIP 'INOSITOL-2-METHYLENE-1,2-CYCLIC-MONO' non-polymer 28 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CIP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CIP O1P O O 0.000 0.000 0.000 0.000
CIP P P P 0.000 -1.171 0.361 0.829
CIP O2P O OH1 0.000 -0.876 1.625 1.781
CIP HOP2 H H 0.000 -0.191 1.569 2.461
CIP C7 C CH2 0.000 -2.657 0.670 -0.231
CIP H71 H H 0.000 -2.435 0.857 -1.283
CIP H72 H H 0.000 -3.328 1.447 0.142
CIP C2 C CH1 0.000 -3.340 -0.726 -0.081
CIP H2 H H 0.000 -2.849 -1.449 -0.747
CIP O1 O O2 0.000 -1.678 -0.917 1.704
CIP C1 C CH1 0.000 -3.074 -1.112 1.381
CIP H1 H H 0.000 -3.352 -2.163 1.546
CIP C6 C CH1 0.000 -3.874 -0.208 2.322
CIP H6 H H 0.000 -3.510 0.825 2.230
CIP O6 O OH1 0.000 -3.694 -0.653 3.668
CIP HO6 H H 0.000 -4.185 -0.074 4.267
CIP C5 C CH1 0.000 -5.359 -0.252 1.973
CIP H5 H H 0.000 -5.721 -1.288 2.029
CIP O5 O OH1 0.000 -6.095 0.562 2.887
CIP HO5 H H 0.000 -7.033 0.539 2.655
CIP C4 C CH1 0.000 -5.545 0.279 0.549
CIP H4 H H 0.000 -5.132 1.294 0.477
CIP O4 O OH1 0.000 -6.937 0.303 0.222
CIP HO4 H H 0.000 -7.402 0.884 0.839
CIP C3 C CH1 0.000 -4.807 -0.645 -0.419
CIP H3 H H 0.000 -5.245 -1.652 -0.358
CIP O3 O OH1 0.000 -4.954 -0.153 -1.752
CIP HO3 H H 0.000 -5.894 -0.100 -1.973
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CIP O1P n/a P START
CIP P O1P O1 .
CIP O2P P HOP2 .
CIP HOP2 O2P . .
CIP C7 P C2 .
CIP H71 C7 . .
CIP H72 C7 . .
CIP C2 C7 H2 .
CIP H2 C2 . .
CIP O1 P C1 .
CIP C1 O1 C6 .
CIP H1 C1 . .
CIP C6 C1 C5 .
CIP H6 C6 . .
CIP O6 C6 HO6 .
CIP HO6 O6 . .
CIP C5 C6 C4 .
CIP H5 C5 . .
CIP O5 C5 HO5 .
CIP HO5 O5 . .
CIP C4 C5 C3 .
CIP H4 C4 . .
CIP O4 C4 HO4 .
CIP HO4 O4 . .
CIP C3 C4 O3 .
CIP H3 C3 . .
CIP O3 C3 HO3 .
CIP HO3 O3 . END
CIP C1 C2 . ADD
CIP C2 C3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CIP C1 C2 single 1.524 0.020
CIP C6 C1 single 1.524 0.020
CIP C1 O1 single 1.426 0.020
CIP H1 C1 single 1.099 0.020
CIP C2 C3 single 1.524 0.020
CIP C2 C7 single 1.524 0.020
CIP H2 C2 single 1.099 0.020
CIP C3 C4 single 1.524 0.020
CIP O3 C3 single 1.432 0.020
CIP H3 C3 single 1.099 0.020
CIP C4 C5 single 1.524 0.020
CIP O4 C4 single 1.432 0.020
CIP H4 C4 single 1.099 0.020
CIP C5 C6 single 1.524 0.020
CIP O5 C5 single 1.432 0.020
CIP H5 C5 single 1.099 0.020
CIP O6 C6 single 1.432 0.020
CIP H6 C6 single 1.099 0.020
CIP C7 P single 1.812 0.020
CIP H71 C7 single 1.092 0.020
CIP H72 C7 single 1.092 0.020
CIP O1 P single 1.610 0.020
CIP HO3 O3 single 0.967 0.020
CIP HO4 O4 single 0.967 0.020
CIP HO5 O5 single 0.967 0.020
CIP HO6 O6 single 0.967 0.020
CIP P O1P double 1.480 0.020
CIP O2P P single 1.610 0.020
CIP HOP2 O2P single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CIP O1P P C7 109.500 3.000
CIP O1P P O2P 109.500 3.000
CIP O1P P O1 109.500 3.000
CIP C7 P O2P 109.500 3.000
CIP C7 P O1 109.500 3.000
CIP O2P P O1 109.500 3.000
CIP P C7 H71 109.500 3.000
CIP P C7 H72 109.500 3.000
CIP P C7 C2 109.500 3.000
CIP H71 C7 H72 107.900 3.000
CIP H71 C7 C2 109.470 3.000
CIP H72 C7 C2 109.470 3.000
CIP C7 C2 H2 108.340 3.000
CIP C7 C2 C1 111.000 3.000
CIP C7 C2 C3 111.000 3.000
CIP C1 C2 C3 111.000 3.000
CIP H2 C2 C1 108.340 3.000
CIP H2 C2 C3 108.340 3.000
CIP P O2P HOP2 120.000 3.000
CIP P O1 C1 120.500 3.000
CIP O1 C1 H1 109.470 3.000
CIP O1 C1 C6 109.470 3.000
CIP O1 C1 C2 109.470 3.000
CIP H1 C1 C6 108.340 3.000
CIP H1 C1 C2 108.340 3.000
CIP C6 C1 C2 111.000 3.000
CIP C1 C6 H6 108.340 3.000
CIP C1 C6 O6 109.470 3.000
CIP C1 C6 C5 111.000 3.000
CIP H6 C6 O6 109.470 3.000
CIP H6 C6 C5 108.340 3.000
CIP O6 C6 C5 109.470 3.000
CIP C6 O6 HO6 109.470 3.000
CIP C6 C5 H5 108.340 3.000
CIP C6 C5 O5 109.470 3.000
CIP C6 C5 C4 111.000 3.000
CIP H5 C5 O5 109.470 3.000
CIP H5 C5 C4 108.340 3.000
CIP O5 C5 C4 109.470 3.000
CIP C5 O5 HO5 109.470 3.000
CIP C5 C4 H4 108.340 3.000
CIP C5 C4 O4 109.470 3.000
CIP C5 C4 C3 111.000 3.000
CIP H4 C4 O4 109.470 3.000
CIP H4 C4 C3 108.340 3.000
CIP O4 C4 C3 109.470 3.000
CIP C4 O4 HO4 109.470 3.000
CIP C4 C3 H3 108.340 3.000
CIP C4 C3 O3 109.470 3.000
CIP C4 C3 C2 111.000 3.000
CIP H3 C3 O3 109.470 3.000
CIP H3 C3 C2 108.340 3.000
CIP O3 C3 C2 109.470 3.000
CIP C3 O3 HO3 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CIP var_1 O1P P C7 C2 90.000 20.000 1
CIP var_2 P C7 C2 C1 30.000 20.000 3
CIP var_3 C7 C2 C3 C4 -60.000 20.000 3
CIP var_4 O1P P O2P HOP2 -62.608 20.000 1
CIP var_5 O1P P O1 C1 -120.000 20.000 1
CIP var_6 P O1 C1 C6 -90.000 20.000 1
CIP var_7 O1 C1 C2 C7 -60.000 20.000 3
CIP var_8 O1 C1 C6 C5 180.000 20.000 3
CIP var_9 C1 C6 O6 HO6 178.993 20.000 1
CIP var_10 C1 C6 C5 C4 -60.000 20.000 3
CIP var_11 C6 C5 O5 HO5 179.346 20.000 1
CIP var_12 C6 C5 C4 C3 60.000 20.000 3
CIP var_13 C5 C4 O4 HO4 60.329 20.000 1
CIP var_14 C5 C4 C3 O3 180.000 20.000 3
CIP var_15 C4 C3 O3 HO3 -58.233 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CIP chir_01 C1 C2 C6 O1 positiv
CIP chir_02 C2 C1 C3 C7 negativ
CIP chir_03 C3 C2 C4 O3 negativ
CIP chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
CIP chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
CIP chir_06 C6 C1 C5 O6 negativ
# ------------------------------------------------------
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