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202
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CNB CNB 'OXO-IRON CLUSTER 1 ' non-polymer 22 14 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CNB
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CNB O2U O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
CNB H2U H H 0.000 0.302 -0.806 -0.392
CNB FE2 FE FE 0.000 -1.292 0.903 -0.846
CNB O2A O OH1 0.000 -1.320 -0.349 -2.125
CNB H2A H H 0.000 -1.128 -0.077 -3.010
CNB O2B O OH1 0.000 -0.868 2.135 -2.074
CNB H2B H H 0.000 -0.777 1.849 -2.971
CNB O12 O O2 0.000 -1.234 2.156 0.418
CNB FE1 FE FE 0.000 -1.063 1.343 1.994
CNB O1B O OH1 0.000 0.710 1.570 1.910
CNB H1B H H 0.000 1.061 2.008 1.149
CNB O1A O OH1 0.000 -0.895 0.692 3.653
CNB H1A H H 0.000 -0.024 0.640 4.018
CNB O23 O O2 0.000 -3.002 0.559 -0.485
CNB FE3 FE FE 0.000 -3.064 -0.465 0.972
CNB O13 O O2 0.000 -2.800 0.947 2.025
CNB O3U O OH1 0.000 -4.730 -0.961 0.542
CNB H3U H H 0.000 -5.106 -0.600 -0.247
CNB O3B O OH1 0.000 -3.132 -1.518 2.417
CNB H3B H H 0.000 -3.025 -1.110 3.264
CNB O3A O OH1 0.000 -1.665 -1.400 0.364
CNB H3A H H 0.000 -1.296 -1.146 -0.468
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CNB O2U n/a FE2 START
CNB H2U O2U . .
CNB FE2 O2U O23 .
CNB O2A FE2 H2A .
CNB H2A O2A . .
CNB O2B FE2 H2B .
CNB H2B O2B . .
CNB O12 FE2 FE1 .
CNB FE1 O12 O1A .
CNB O1B FE1 H1B .
CNB H1B O1B . .
CNB O1A FE1 H1A .
CNB H1A O1A . .
CNB O23 FE2 FE3 .
CNB FE3 O23 O3A .
CNB O13 FE3 . .
CNB O3U FE3 H3U .
CNB H3U O3U . .
CNB O3B FE3 H3B .
CNB H3B O3B . .
CNB O3A FE3 H3A .
CNB H3A O3A . END
CNB FE1 O13 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CNB FE1 O13 single 1.870 0.020
CNB FE1 O12 single 1.870 0.020
CNB O1A FE1 single 1.970 0.020
CNB O1B FE1 single 1.970 0.020
CNB O23 FE2 single 1.870 0.020
CNB O12 FE2 single 1.870 0.020
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CNB FE2 O2U single 1.970 0.020
CNB O3A FE3 single 1.970 0.020
CNB O3B FE3 single 1.970 0.020
CNB O3U FE3 single 1.970 0.020
CNB FE3 O23 single 1.870 0.020
CNB O13 FE3 single 1.870 0.020
CNB H3A O3A single 0.967 0.020
CNB H3B O3B single 0.967 0.020
CNB H3U O3U single 0.967 0.020
CNB H1A O1A single 0.967 0.020
CNB H1B O1B single 0.967 0.020
CNB H2A O2A single 0.967 0.020
CNB H2B O2B single 0.967 0.020
CNB H2U O2U single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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CNB O2U FE2 O23 120.000 3.000
CNB O2A FE2 O2B 90.000 3.000
CNB O2A FE2 O12 180.000 3.000
CNB O2B FE2 O12 90.000 3.000
CNB O2A FE2 O23 90.000 3.000
CNB O2B FE2 O23 120.000 3.000
CNB O12 FE2 O23 90.000 3.000
CNB FE2 O2A H2A 120.000 3.000
CNB FE2 O2B H2B 120.000 3.000
CNB FE2 O12 FE1 120.000 3.000
CNB O12 FE1 O1B 90.000 3.000
CNB O12 FE1 O1A 180.000 3.000
CNB O12 FE1 O13 90.000 3.000
CNB O1B FE1 O1A 90.000 3.000
CNB O1B FE1 O13 180.000 3.000
CNB O1A FE1 O13 90.000 3.000
CNB FE1 O1B H1B 120.000 3.000
CNB FE1 O1A H1A 120.000 3.000
CNB FE2 O23 FE3 120.000 3.000
CNB O23 FE3 O13 90.000 3.000
CNB O23 FE3 O3U 90.000 3.000
CNB O23 FE3 O3B 180.000 3.000
CNB O23 FE3 O3A 90.000 3.000
CNB O13 FE3 O3U 120.000 3.000
CNB O13 FE3 O3B 90.000 3.000
CNB O3U FE3 O3B 90.000 3.000
CNB O13 FE3 O3A 120.000 3.000
CNB O3U FE3 O3A 120.000 3.000
CNB O3B FE3 O3A 90.000 3.000
CNB FE3 O13 FE1 120.000 3.000
CNB FE3 O3U H3U 120.000 3.000
CNB FE3 O3B H3B 120.000 3.000
CNB FE3 O3A H3A 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CNB var_1 H2U O2U FE2 O2A 0.000 20.000 1
CNB var_2 H2A O2A FE2 O2B 0.000 20.000 1
CNB var_3 H2B O2B FE2 O2A 0.000 20.000 1
CNB var_4 FE1 O12 FE2 O23 0.000 20.000 1
CNB var_5 FE2 O12 FE1 O13 0.000 20.000 1
CNB var_6 FE3 O13 FE1 O12 0.000 20.000 1
CNB var_7 H1B O1B FE1 O12 0.000 20.000 1
CNB var_8 H1A O1A FE1 O1B 0.000 20.000 1
CNB var_9 FE3 O23 FE2 O12 0.000 20.000 1
CNB var_10 FE2 O23 FE3 O13 0.000 20.000 1
CNB var_11 FE1 O13 FE3 O23 0.000 20.000 1
CNB var_12 H3U O3U FE3 O23 0.000 20.000 1
CNB var_13 H3B O3B FE3 O13 0.000 20.000 1
CNB var_14 H3A O3A FE3 O23 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
_chem_comp_chir.atom_id_4
_chem_comp_chir.atom_id_5
_chem_comp_chir.atom_id_6
_chem_comp_chir.atom_id_7
_chem_comp_chir.atom_id_8
CNB chir_01 FE1 O12 O1A O1B cross2
. . . . .
CNB chir_02 FE2 O2A O12 O2B cross3
O2U O23 . . .
CNB chir_03 FE3 O23 O3B O13 cross3
O3A O3U . . .
# ------------------------------------------------------
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