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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CNF CNF 'OXO-IRON CLUSTER 3 ' non-polymer 24 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CNF
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CNF O2B O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
CNF H2B H H 0.000 0.271 -0.496 0.757
CNF FE2 FE FE 0.000 -1.553 -0.438 -0.764
CNF O2A O OH1 0.000 -1.711 -2.055 -1.509
CNF H2A H H 0.000 -2.485 -2.226 -2.024
CNF O12 O O2 0.000 -1.192 1.301 -0.481
CNF FE1 FE FE 0.000 -1.990 1.615 -2.064
CNF O1U O OH1 0.000 -2.979 2.645 -0.981
CNF H1U H H 0.000 -2.756 2.658 -0.062
CNF O1B O OH1 0.000 -2.207 3.021 -3.138
CNF H1B H H 0.000 -2.712 3.749 -2.809
CNF O1A O OH1 0.000 -1.003 0.588 -3.145
CNF H1A H H 0.000 -0.294 0.097 -2.757
CNF O23 O O2 0.000 -1.999 0.533 0.681
CNF FE3 FE FE 0.000 -3.700 0.040 0.355
CNF OU O O 0.000 -3.071 0.374 -1.311
CNF O13 O OH1 0.000 -4.089 -0.225 2.077
CNF H13 H H 0.000 -3.404 -0.069 2.710
CNF O3B O OH1 0.000 -3.177 -1.665 0.208
CNF H3B H H 0.000 -2.258 -1.854 0.324
CNF O3U O OH1 0.000 -4.221 1.746 0.499
CNF H3U H H 0.000 -3.557 2.394 0.685
CNF O3A O OH1 0.000 -5.332 -0.411 -0.215
CNF H3A H H 0.000 -5.495 -0.381 -1.146
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CNF O2B n/a FE2 START
CNF H2B O2B . .
CNF FE2 O2B O23 .
CNF O2A FE2 H2A .
CNF H2A O2A . .
CNF O12 FE2 FE1 .
CNF FE1 O12 O1A .
CNF O1U FE1 H1U .
CNF H1U O1U . .
CNF O1B FE1 H1B .
CNF H1B O1B . .
CNF O1A FE1 H1A .
CNF H1A O1A . .
CNF O23 FE2 FE3 .
CNF FE3 O23 O3A .
CNF OU FE3 . .
CNF O13 FE3 H13 .
CNF H13 O13 . .
CNF O3B FE3 H3B .
CNF H3B O3B . .
CNF O3U FE3 H3U .
CNF H3U O3U . .
CNF O3A FE3 H3A .
CNF H3A O3A . END
CNF FE1 OU . ADD
CNF FE2 OU . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CNF FE1 OU single 2.040 0.020
CNF FE1 O12 single 1.870 0.020
CNF O1A FE1 single 1.970 0.020
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CNF O23 FE2 single 1.870 0.020
CNF O12 FE2 single 1.870 0.020
CNF O2A FE2 single 1.970 0.020
CNF FE2 O2B single 1.970 0.020
CNF OU FE3 single 2.040 0.020
CNF O3A FE3 single 1.970 0.020
CNF O3B FE3 single 1.970 0.020
CNF O3U FE3 single 1.970 0.020
CNF FE3 O23 single 1.870 0.020
CNF O13 FE3 single 1.970 0.020
CNF H3A O3A single 0.967 0.020
CNF H3B O3B single 0.967 0.020
CNF H3U O3U single 0.967 0.020
CNF H13 O13 single 0.967 0.020
CNF H1A O1A single 0.967 0.020
CNF H1B O1B single 0.967 0.020
CNF H1U O1U single 0.967 0.020
CNF H2A O2A single 0.967 0.020
CNF H2B O2B single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CNF H2B O2B FE2 120.000 3.000
CNF O2B FE2 O2A 90.000 3.000
CNF O2B FE2 O12 90.000 3.000
CNF O2B FE2 O23 90.000 3.000
CNF O2B FE2 OU 90.000 3.000
CNF O2A FE2 O12 180.000 3.000
CNF O2A FE2 O23 60.000 3.000
CNF O12 FE2 O23 120.000 3.000
CNF O2A FE2 OU 120.000 3.000
CNF O12 FE2 OU 60.000 3.000
CNF O23 FE2 OU 60.000 3.000
CNF FE2 O2A H2A 120.000 3.000
CNF FE2 O12 FE1 120.000 3.000
CNF O12 FE1 O1U 90.000 3.000
CNF O12 FE1 O1B 144.000 3.000
CNF O12 FE1 O1A 90.000 3.000
CNF O12 FE1 OU 72.000 3.000
CNF O1U FE1 O1B 90.000 3.000
CNF O1U FE1 O1A 180.000 3.000
CNF O1B FE1 O1A 90.000 3.000
CNF O1U FE1 OU 90.000 3.000
CNF O1B FE1 OU 144.000 3.000
CNF O1A FE1 OU 90.000 3.000
CNF FE1 O1U H1U 120.000 3.000
CNF FE1 O1B H1B 120.000 3.000
CNF FE1 O1A H1A 120.000 3.000
CNF FE2 O23 FE3 120.000 3.000
CNF O23 FE3 OU 90.000 3.000
CNF O23 FE3 O13 90.000 3.000
CNF O23 FE3 O3B 90.000 3.000
CNF O23 FE3 O3U 90.000 3.000
CNF O23 FE3 O3A 180.000 3.000
CNF OU FE3 O13 180.000 3.000
CNF OU FE3 O3B 90.000 3.000
CNF O13 FE3 O3B 90.000 3.000
CNF OU FE3 O3U 90.000 3.000
CNF O13 FE3 O3U 90.000 3.000
CNF O3B FE3 O3U 180.000 3.000
CNF OU FE3 O3A 90.000 3.000
CNF O13 FE3 O3A 90.000 3.000
CNF O3B FE3 O3A 90.000 3.000
CNF O3U FE3 O3A 90.000 3.000
CNF FE3 OU FE1 120.000 3.000
CNF FE3 OU FE2 120.000 3.000
CNF FE1 OU FE2 120.000 3.000
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CNF FE3 O3B H3B 120.000 3.000
CNF FE3 O3U H3U 120.000 3.000
CNF FE3 O3A H3A 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CNF var_1 H2B O2B FE2 O23 78.661 20.000 1
CNF var_2 FE1 OU FE2 O12 0.000 20.000 1
CNF var_3 H2A O2A FE2 OU 0.000 20.000 1
CNF var_4 FE1 O12 FE2 OU 0.000 20.000 1
CNF var_5 FE2 O12 FE1 OU 0.000 20.000 1
CNF var_6 FE2 OU FE1 O12 0.000 20.000 1
CNF var_7 H1U O1U FE1 O12 0.000 20.000 1
CNF var_8 H1B O1B FE1 O1U 0.000 20.000 1
CNF var_9 H1A O1A FE1 O12 0.000 20.000 1
CNF var_10 FE3 O23 FE2 OU 0.000 20.000 1
CNF var_11 FE2 O23 FE3 OU 0.000 20.000 1
CNF var_12 FE2 OU FE3 O23 0.000 20.000 1
CNF var_13 H13 O13 FE3 O23 0.000 20.000 1
CNF var_14 H3B O3B FE3 O23 0.000 20.000 1
CNF var_15 H3U O3U FE3 O23 0.000 20.000 1
CNF var_16 H3A O3A FE3 OU 0.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
_chem_comp_chir.atom_id_4
_chem_comp_chir.atom_id_5
_chem_comp_chir.atom_id_6
_chem_comp_chir.atom_id_7
_chem_comp_chir.atom_id_8
CNF chir_01 OU FE1 FE2 FE3 negativ
. . . . .
CNF chir_02 FE1 O1U O1A O12 cross5
OU . O1B . .
CNF chir_03 FE2 . . O12 cross6
OU O23 O2A . .
CNF chir_04 FE3 O23 O3A OU cross4
O3U O13 O3B . .
# ------------------------------------------------------
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