1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CRI CRI '. ' non-polymer 54 31 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CRI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CRI O34 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
CRI C33 C C 0.000 0.362 1.007 -0.577
CRI C40 C CR6 0.000 1.506 1.786 -0.059
CRI C39 C CR16 0.000 1.927 2.938 -0.723
CRI H42 H H 0.000 1.420 3.262 -1.623
CRI C38 C CR16 0.000 2.993 3.664 -0.230
CRI H41 H H 0.000 3.314 4.564 -0.739
CRI C37 C CR6 0.000 3.650 3.244 0.913
CRI C45 C CH3 0.000 4.817 4.038 1.441
CRI H48 H H 0.000 4.689 5.060 1.196
CRI H47 H H 0.000 4.869 3.932 2.493
CRI H46 H H 0.000 5.714 3.681 1.005
CRI C36 C CR16 0.000 3.241 2.099 1.572
CRI H44 H H 0.000 3.759 1.775 2.466
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CRI C27 C CH3 0.000 -0.905 -0.899 -5.657
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CRI H29 H H 0.000 -0.182 -0.191 -5.974
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CRI C23 C CH3 0.000 -2.485 -0.515 -7.605
CRI H26 H H 0.000 -3.276 -1.187 -7.822
CRI H25 H H 0.000 -2.757 0.460 -7.919
CRI H24 H H 0.000 -1.613 -0.821 -8.123
CRI O21 O O 0.000 -4.323 0.052 -5.712
CRI C16 C CR16 0.000 -3.778 -0.529 -2.913
CRI H19 H H 0.000 -4.688 -1.026 -3.228
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CRI C1 C CR16 0.000 -5.902 -2.695 0.180
CRI H7 H H 0.000 -6.376 -3.655 0.014
CRI C4 C CR16 0.000 -4.685 -0.233 0.623
CRI H9 H H 0.000 -4.208 0.726 0.788
CRI C3 C CR16 0.000 -5.551 -0.743 1.564
CRI H8 H H 0.000 -5.755 -0.186 2.470
CRI C2 C CR6 0.000 -6.167 -1.978 1.349
CRI C C C 0.000 -7.096 -2.526 2.359
CRI O O O 0.000 -7.325 -1.901 3.377
CRI N N NH1 0.000 -7.690 -3.717 2.152
CRI HN H H 0.000 -7.500 -4.236 1.307
CRI OH O OH1 0.000 -8.580 -4.242 3.120
CRI HO1 H H 0.000 -9.011 -5.101 2.976
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CRI O34 n/a C33 START
CRI C33 O34 N31 .
CRI C40 C33 C35 .
CRI C39 C40 C38 .
CRI H42 C39 . .
CRI C38 C39 C37 .
CRI H41 C38 . .
CRI C37 C38 C36 .
CRI C45 C37 H46 .
CRI H48 C45 . .
CRI H47 C45 . .
CRI H46 C45 . .
CRI C36 C37 H44 .
CRI H44 C36 . .
CRI C35 C40 H43 .
CRI H43 C35 . .
CRI N31 C33 C13 .
CRI H32 N31 . .
CRI C13 N31 C14 .
CRI C12 C13 H17 .
CRI H17 C12 . .
CRI C14 C13 C15 .
CRI H18 C14 . .
CRI C15 C14 C16 .
CRI C20 C15 O21 .
CRI N22 C20 C23 .
CRI C27 N22 H28 .
CRI H30 C27 . .
CRI H29 C27 . .
CRI H28 C27 . .
CRI C23 N22 H24 .
CRI H26 C23 . .
CRI H25 C23 . .
CRI H24 C23 . .
CRI O21 C20 . .
CRI C16 C15 C11 .
CRI H19 C16 . .
CRI C11 C16 C5 .
CRI C5 C11 C4 .
CRI C6 C5 C1 .
CRI H10 C6 . .
CRI C1 C6 H7 .
CRI H7 C1 . .
CRI C4 C5 C3 .
CRI H9 C4 . .
CRI C3 C4 C2 .
CRI H8 C3 . .
CRI C2 C3 C .
CRI C C2 N .
CRI O C . .
CRI N C OH .
CRI HN N . .
CRI OH N HO1 .
CRI HO1 OH . END
CRI C1 C2 . ADD
CRI C11 C12 . ADD
CRI C35 C36 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CRI OH N single 1.392 0.020
CRI N C single 1.330 0.020
CRI HN N single 1.010 0.020
CRI HO1 OH single 0.967 0.020
CRI O C double 1.220 0.020
CRI C C2 single 1.500 0.020
CRI C1 C2 double 1.390 0.020
CRI C1 C6 single 1.390 0.020
CRI H7 C1 single 1.083 0.020
CRI C2 C3 single 1.390 0.020
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CRI H8 C3 single 1.083 0.020
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CRI C6 C5 double 1.390 0.020
CRI C5 C11 single 1.487 0.020
CRI H10 C6 single 1.083 0.020
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CRI H32 N31 single 1.010 0.020
CRI C33 O34 double 1.220 0.020
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CRI C35 C40 single 1.390 0.020
CRI H43 C35 single 1.083 0.020
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CRI C37 C38 double 1.390 0.020
CRI C45 C37 single 1.506 0.020
CRI C38 C39 single 1.390 0.020
CRI H41 C38 single 1.083 0.020
CRI C39 C40 double 1.390 0.020
CRI H42 C39 single 1.083 0.020
CRI H46 C45 single 1.059 0.020
CRI H47 C45 single 1.059 0.020
CRI H48 C45 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CRI O34 C33 C40 120.500 3.000
CRI O34 C33 N31 123.000 3.000
CRI C40 C33 N31 120.000 3.000
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CRI C33 C40 C35 120.000 3.000
CRI C39 C40 C35 120.000 3.000
CRI C40 C39 H42 120.000 3.000
CRI C40 C39 C38 120.000 3.000
CRI H42 C39 C38 120.000 3.000
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CRI C39 C38 C37 120.000 3.000
CRI H41 C38 C37 120.000 3.000
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CRI C37 C45 H48 109.470 3.000
CRI C37 C45 H47 109.470 3.000
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CRI H48 C45 H47 109.470 3.000
CRI H48 C45 H46 109.470 3.000
CRI H47 C45 H46 109.470 3.000
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CRI H17 C12 C11 120.000 3.000
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CRI C27 N22 C23 120.000 3.000
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CRI C15 C16 C11 120.000 3.000
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CRI C N OH 120.000 3.000
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CRI N OH HO1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CRI var_1 O34 C33 C40 C35 0.038 20.000 1
CRI CONST_1 C33 C40 C39 C38 180.000 0.000 0
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