1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CTE CTE '7-CHLOROTRYPTOPHAN ' peptide 26 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CTE
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CTE N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
CTE HN1 H H 0.000 0.873 -0.515 0.007
CTE HN2 H H 0.000 -0.807 -0.396 -0.468
CTE CA C CH1 0.000 -0.095 1.307 0.662
CTE HA H H 0.000 -0.283 2.086 -0.091
CTE CB C CH2 0.000 -1.244 1.286 1.673
CTE HB1 H H 0.000 -1.257 2.227 2.227
CTE HB2 H H 0.000 -1.100 0.457 2.368
CTE CG C CR5 0.000 -2.551 1.112 0.943
CTE CD2 C CR56 0.000 -3.150 -0.154 0.518
CTE CE3 C CR16 0.000 -2.768 -1.494 0.627
CTE HE3 H H 0.000 -1.839 -1.755 1.118
CTE CZ3 C CR16 0.000 -3.570 -2.472 0.112
CTE HZ3 H H 0.000 -3.273 -3.510 0.197
CTE CH2 C CR16 0.000 -4.764 -2.148 -0.517
CTE HH2 H H 0.000 -5.386 -2.934 -0.926
CTE CZ2 C CR6 0.000 -5.166 -0.833 -0.628
CTE CE2 C CR56 0.000 -4.360 0.181 -0.115
CTE NE1 N NR15 0.000 -4.470 1.553 -0.080
CTE HNE1 H H 0.000 -5.262 2.098 -0.477
CTE CD1 C CR15 0.000 -3.384 2.091 0.554
CTE HD1 H H 0.000 -3.221 3.149 0.717
CTE CL CL CL 0.000 -6.659 -0.442 -1.420
CTE C C C 0.000 1.198 1.603 1.378
CTE O O OC -0.500 1.982 0.671 1.664
CTE OXT O OC -0.500 1.490 2.782 1.681
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CTE N n/a CA START
CTE HN1 N . .
CTE HN2 N . .
CTE CA N C .
CTE HA CA . .
CTE CB CA CG .
CTE HB1 CB . .
CTE HB2 CB . .
CTE CG CB CD2 .
CTE CD2 CG CE3 .
CTE CE3 CD2 CZ3 .
CTE HE3 CE3 . .
CTE CZ3 CE3 CH2 .
CTE HZ3 CZ3 . .
CTE CH2 CZ3 CZ2 .
CTE HH2 CH2 . .
CTE CZ2 CH2 CL .
CTE CE2 CZ2 NE1 .
CTE NE1 CE2 CD1 .
CTE HNE1 NE1 . .
CTE CD1 NE1 HD1 .
CTE HD1 CD1 . .
CTE CL CZ2 . .
CTE C CA . END
CTE O C . .
CTE OXT C . .
CTE CG CD1 . ADD
CTE CE2 CD2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CTE O C deloc 1.250 0.020
CTE OXT C deloc 1.250 0.020
CTE C CA single 1.500 0.020
CTE CA N single 1.450 0.020
CTE CB CA single 1.524 0.020
CTE HA CA single 1.099 0.020
CTE CG CB single 1.510 0.020
CTE HB1 CB single 1.092 0.020
CTE HB2 CB single 1.092 0.020
CTE CG CD1 double 1.387 0.020
CTE CD2 CG single 1.490 0.020
CTE CD1 NE1 single 1.350 0.020
CTE HD1 CD1 single 1.083 0.020
CTE NE1 CE2 single 1.340 0.020
CTE CE2 CD2 double 1.490 0.020
CTE CE2 CZ2 single 1.490 0.020
CTE CE3 CD2 single 1.390 0.020
CTE CZ3 CE3 double 1.390 0.020
CTE HE3 CE3 single 1.083 0.020
CTE CH2 CZ3 single 1.390 0.020
CTE HZ3 CZ3 single 1.083 0.020
CTE CZ2 CH2 double 1.390 0.020
CTE HH2 CH2 single 1.083 0.020
CTE CL CZ2 single 1.795 0.020
CTE HN1 N single 1.010 0.020
CTE HN2 N single 1.010 0.020
CTE HNE1 NE1 single 1.040 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CTE HN1 N HN2 120.000 3.000
CTE HN1 N CA 120.000 3.000
CTE HN2 N CA 120.000 3.000
CTE N CA HA 109.470 3.000
CTE N CA CB 109.470 3.000
CTE N CA C 109.470 3.000
CTE HA CA CB 108.340 3.000
CTE HA CA C 108.810 3.000
CTE CB CA C 109.470 3.000
CTE CA CB HB1 109.470 3.000
CTE CA CB HB2 109.470 3.000
CTE CA CB CG 109.470 3.000
CTE HB1 CB HB2 107.900 3.000
CTE HB1 CB CG 109.470 3.000
CTE HB2 CB CG 109.470 3.000
CTE CB CG CD2 126.000 3.000
CTE CB CG CD1 126.000 3.000
CTE CD2 CG CD1 108.000 3.000
CTE CG CD2 CE3 126.000 3.000
CTE CG CD2 CE2 108.000 3.000
CTE CE3 CD2 CE2 120.000 3.000
CTE CD2 CE3 HE3 120.000 3.000
CTE CD2 CE3 CZ3 120.000 3.000
CTE HE3 CE3 CZ3 120.000 3.000
CTE CE3 CZ3 HZ3 120.000 3.000
CTE CE3 CZ3 CH2 120.000 3.000
CTE HZ3 CZ3 CH2 120.000 3.000
CTE CZ3 CH2 HH2 120.000 3.000
CTE CZ3 CH2 CZ2 120.000 3.000
CTE HH2 CH2 CZ2 120.000 3.000
CTE CH2 CZ2 CE2 120.000 3.000
CTE CH2 CZ2 CL 120.000 3.000
CTE CE2 CZ2 CL 120.000 3.000
CTE CZ2 CE2 NE1 132.000 3.000
CTE CZ2 CE2 CD2 120.000 3.000
CTE NE1 CE2 CD2 108.000 3.000
CTE CE2 NE1 HNE1 126.000 3.000
CTE CE2 NE1 CD1 108.000 3.000
CTE HNE1 NE1 CD1 126.000 3.000
CTE NE1 CD1 HD1 126.000 3.000
CTE NE1 CD1 CG 108.000 3.000
CTE HD1 CD1 CG 126.000 3.000
CTE CA C O 118.500 3.000
CTE CA C OXT 118.500 3.000
CTE O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CTE var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
CTE var_2 N CA CB CG -64.975 20.000 3
CTE var_3 CA CB CG CD2 84.642 20.000 2
CTE CONST_1 CB CG CD1 NE1 180.000 0.000 0
CTE CONST_2 CB CG CD2 CE3 0.000 0.000 0
CTE CONST_3 CG CD2 CE3 CZ3 180.000 0.000 0
CTE CONST_4 CD2 CE3 CZ3 CH2 0.000 0.000 0
CTE CONST_5 CE3 CZ3 CH2 CZ2 0.000 0.000 0
CTE CONST_6 CZ3 CH2 CZ2 CL 180.000 0.000 0
CTE CONST_7 CH2 CZ2 CE2 NE1 180.000 0.000 0
CTE CONST_8 CZ2 CE2 CD2 CG 180.000 0.000 0
CTE CONST_9 CZ2 CE2 NE1 CD1 180.000 0.000 0
CTE CONST_10 CE2 NE1 CD1 CG 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CTE chir_01 CA C N CB negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CTE plan-1 C 0.020
CTE plan-1 O 0.020
CTE plan-1 OXT 0.020
CTE plan-1 CA 0.020
CTE plan-2 N 0.020
CTE plan-2 CA 0.020
CTE plan-2 HN1 0.020
CTE plan-2 HN2 0.020
CTE plan-3 CG 0.020
CTE plan-3 CB 0.020
CTE plan-3 CD1 0.020
CTE plan-3 CD2 0.020
CTE plan-3 NE1 0.020
CTE plan-3 HD1 0.020
CTE plan-3 CE2 0.020
CTE plan-3 HNE1 0.020
CTE plan-3 CZ2 0.020
CTE plan-3 CE3 0.020
CTE plan-3 CZ3 0.020
CTE plan-3 CH2 0.020
CTE plan-3 HE3 0.020
CTE plan-3 HZ3 0.020
CTE plan-3 HH2 0.020
CTE plan-3 CL 0.020
# ------------------------------------------------------
|
