1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
CYK CYK 'N-hexanoyl-L-homocysteine ' non-polymer 33 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_CYK
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
CYK O1 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
CYK C4 C C 0.000 -0.128 -0.637 1.069
CYK O2 O OC -0.500 0.823 -0.695 1.881
CYK C3 C CH1 0.000 -1.428 -1.333 1.380
CYK H3 H H 0.000 -1.848 -0.927 2.311
CYK C2 C CH2 0.000 -1.175 -2.833 1.547
CYK H2 H H 0.000 -0.404 -2.989 2.305
CYK H2A H H 0.000 -0.841 -3.253 0.597
CYK C1 C CH2 0.000 -2.469 -3.522 1.984
CYK H1 H H 0.000 -3.239 -3.364 1.226
CYK H1A H H 0.000 -2.803 -3.100 2.934
CYK S S SH1 0.000 -2.170 -5.300 2.182
CYK HS H H 0.000 -3.411 -5.611 2.548
CYK N1 N NH1 0.000 -2.374 -1.116 0.282
CYK HN1 H H 0.000 -2.460 -1.803 -0.453
CYK C5 C C 0.000 -3.127 0.000 0.253
CYK O3 O O 0.000 -3.024 0.825 1.136
CYK C6 C CH2 0.000 -4.100 0.223 -0.876
CYK H6 H H 0.000 -4.829 -0.590 -0.894
CYK H6A H H 0.000 -3.557 0.245 -1.824
CYK C7 C CH2 0.000 -4.824 1.556 -0.670
CYK H7 H H 0.000 -4.094 2.368 -0.651
CYK H7A H H 0.000 -5.365 1.533 0.279
CYK C8 C CH2 0.000 -5.811 1.782 -1.817
CYK H8 H H 0.000 -6.540 0.969 -1.834
CYK H8A H H 0.000 -5.269 1.803 -2.764
CYK C9 C CH2 0.000 -6.536 3.115 -1.610
CYK H9 H H 0.000 -5.805 3.926 -1.591
CYK H9A H H 0.000 -7.077 3.091 -0.662
CYK C10 C CH3 0.000 -7.522 3.341 -2.757
CYK H10B H H 0.000 -6.999 3.364 -3.679
CYK H10A H H 0.000 -8.232 2.553 -2.778
CYK H10 H H 0.000 -8.027 4.263 -2.618
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
CYK O1 n/a C4 START
CYK C4 O1 C3 .
CYK O2 C4 . .
CYK C3 C4 N1 .
CYK H3 C3 . .
CYK C2 C3 C1 .
CYK H2 C2 . .
CYK H2A C2 . .
CYK C1 C2 S .
CYK H1 C1 . .
CYK H1A C1 . .
CYK S C1 HS .
CYK HS S . .
CYK N1 C3 C5 .
CYK HN1 N1 . .
CYK C5 N1 C6 .
CYK O3 C5 . .
CYK C6 C5 C7 .
CYK H6 C6 . .
CYK H6A C6 . .
CYK C7 C6 C8 .
CYK H7 C7 . .
CYK H7A C7 . .
CYK C8 C7 C9 .
CYK H8 C8 . .
CYK H8A C8 . .
CYK C9 C8 C10 .
CYK H9 C9 . .
CYK H9A C9 . .
CYK C10 C9 H10 .
CYK H10B C10 . .
CYK H10A C10 . .
CYK H10 C10 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
CYK C2 C3 single 1.524 0.020
CYK C1 C2 single 1.524 0.020
CYK H2 C2 single 1.092 0.020
CYK H2A C2 single 1.092 0.020
CYK C6 C5 single 1.510 0.020
CYK O3 C5 double 1.220 0.020
CYK C5 N1 single 1.330 0.020
CYK C4 O1 deloc 1.250 0.020
CYK C3 C4 single 1.500 0.020
CYK O2 C4 deloc 1.250 0.020
CYK N1 C3 single 1.450 0.020
CYK HN1 N1 single 1.010 0.020
CYK H3 C3 single 1.099 0.020
CYK S C1 single 1.810 0.020
CYK H1 C1 single 1.092 0.020
CYK H1A C1 single 1.092 0.020
CYK HS S single 1.330 0.020
CYK C7 C6 single 1.524 0.020
CYK H6 C6 single 1.092 0.020
CYK H6A C6 single 1.092 0.020
CYK C8 C7 single 1.524 0.020
CYK H7 C7 single 1.092 0.020
CYK H7A C7 single 1.092 0.020
CYK C9 C8 single 1.524 0.020
CYK H8 C8 single 1.092 0.020
CYK H8A C8 single 1.092 0.020
CYK C10 C9 single 1.513 0.020
CYK H9 C9 single 1.092 0.020
CYK H9A C9 single 1.092 0.020
CYK H10 C10 single 1.059 0.020
CYK H10A C10 single 1.059 0.020
CYK H10B C10 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
CYK O1 C4 O2 123.000 3.000
CYK O1 C4 C3 118.500 3.000
CYK O2 C4 C3 118.500 3.000
CYK C4 C3 H3 108.810 3.000
CYK C4 C3 C2 109.470 3.000
CYK C4 C3 N1 111.600 3.000
CYK H3 C3 C2 108.340 3.000
CYK H3 C3 N1 108.550 3.000
CYK C2 C3 N1 110.000 3.000
CYK C3 C2 H2 109.470 3.000
CYK C3 C2 H2A 109.470 3.000
CYK C3 C2 C1 111.000 3.000
CYK H2 C2 H2A 107.900 3.000
CYK H2 C2 C1 109.470 3.000
CYK H2A C2 C1 109.470 3.000
CYK C2 C1 H1 109.470 3.000
CYK C2 C1 H1A 109.470 3.000
CYK C2 C1 S 109.470 3.000
CYK H1 C1 H1A 107.900 3.000
CYK H1 C1 S 109.470 3.000
CYK H1A C1 S 109.470 3.000
CYK C1 S HS 96.000 3.000
CYK C3 N1 HN1 118.500 3.000
CYK C3 N1 C5 121.500 3.000
CYK HN1 N1 C5 120.000 3.000
CYK N1 C5 O3 123.000 3.000
CYK N1 C5 C6 116.500 3.000
CYK O3 C5 C6 120.500 3.000
CYK C5 C6 H6 109.470 3.000
CYK C5 C6 H6A 109.470 3.000
CYK C5 C6 C7 109.470 3.000
CYK H6 C6 H6A 107.900 3.000
CYK H6 C6 C7 109.470 3.000
CYK H6A C6 C7 109.470 3.000
CYK C6 C7 H7 109.470 3.000
CYK C6 C7 H7A 109.470 3.000
CYK C6 C7 C8 111.000 3.000
CYK H7 C7 H7A 107.900 3.000
CYK H7 C7 C8 109.470 3.000
CYK H7A C7 C8 109.470 3.000
CYK C7 C8 H8 109.470 3.000
CYK C7 C8 H8A 109.470 3.000
CYK C7 C8 C9 111.000 3.000
CYK H8 C8 H8A 107.900 3.000
CYK H8 C8 C9 109.470 3.000
CYK H8A C8 C9 109.470 3.000
CYK C8 C9 H9 109.470 3.000
CYK C8 C9 H9A 109.470 3.000
CYK C8 C9 C10 111.000 3.000
CYK H9 C9 H9A 107.900 3.000
CYK H9 C9 C10 109.470 3.000
CYK H9A C9 C10 109.470 3.000
CYK C9 C10 H10B 109.470 3.000
CYK C9 C10 H10A 109.470 3.000
CYK C9 C10 H10 109.470 3.000
CYK H10B C10 H10A 109.470 3.000
CYK H10B C10 H10 109.470 3.000
CYK H10A C10 H10 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
CYK var_1 O1 C4 C3 N1 0.029 20.000 3
CYK var_2 C4 C3 C2 C1 175.028 20.000 3
CYK var_3 C3 C2 C1 S 179.992 20.000 3
CYK var_4 C2 C1 S HS 179.970 20.000 1
CYK var_5 C4 C3 N1 C5 -84.985 20.000 3
CYK CONST_1 C3 N1 C5 C6 180.000 0.000 0
CYK var_6 N1 C5 C6 C7 179.980 20.000 3
CYK var_7 C5 C6 C7 C8 -179.983 20.000 3
CYK var_8 C6 C7 C8 C9 180.000 20.000 3
CYK var_9 C7 C8 C9 C10 179.966 20.000 3
CYK var_10 C8 C9 C10 H10 179.968 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
CYK chir_01 C3 C2 C4 N1 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
CYK plan-1 C5 0.020
CYK plan-1 O3 0.020
CYK plan-1 N1 0.020
CYK plan-1 C6 0.020
CYK plan-1 HN1 0.020
CYK plan-2 C4 0.020
CYK plan-2 C3 0.020
CYK plan-2 O2 0.020
CYK plan-2 O1 0.020
CYK plan-3 N1 0.020
CYK plan-3 C5 0.020
CYK plan-3 C3 0.020
CYK plan-3 HN1 0.020
# ------------------------------------------------------
|
