1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
D13 D13 '4-[5-(3-IODO-PHENYL)-2-(4-METHANESUL' non-polymer 43 27 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_D13
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
D13 O24 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
D13 S24 S S3 0.000 -0.573 0.535 1.186
D13 C25 C CH3 0.000 -0.380 -0.656 2.539
D13 H253 H H 0.000 -1.023 -0.406 3.353
D13 H252 H H 0.000 -0.624 -1.641 2.210
D13 H251 H H 0.000 0.625 -0.661 2.895
D13 C21 C CR6 0.000 -2.283 0.318 0.826
D13 C20 C CR16 0.000 -3.227 1.090 1.477
D13 H20 H H 0.000 -2.913 1.826 2.207
D13 C19 C CR16 0.000 -4.568 0.925 1.200
D13 H19 H H 0.000 -5.307 1.530 1.711
D13 C22 C CR16 0.000 -2.676 -0.619 -0.112
D13 H22 H H 0.000 -1.931 -1.214 -0.626
D13 C23 C CR16 0.000 -4.014 -0.798 -0.395
D13 H23 H H 0.000 -4.320 -1.539 -1.123
D13 C18 C CR6 0.000 -4.972 -0.024 0.259
D13 C1 C CR5 0.000 -6.407 -0.206 -0.043
D13 N5 N NR15 0.000 -6.934 -0.425 -1.283
D13 HN5 H H 0.000 -6.404 -0.493 -2.175
D13 C4 C CR5 0.000 -8.296 -0.539 -1.132
D13 C12 C CR6 0.000 -9.286 -0.782 -2.199
D13 C17 C CR16 0.000 -9.066 -1.785 -3.145
D13 H17 H H 0.000 -8.167 -2.388 -3.098
D13 C16 C CR16 0.000 -9.996 -2.007 -4.140
D13 H16 H H 0.000 -9.827 -2.785 -4.873
D13 C15 C CR16 0.000 -11.144 -1.238 -4.202
D13 H15 H H 0.000 -11.870 -1.416 -4.985
D13 C14 C CR6 0.000 -11.368 -0.241 -3.268
D13 I14 I I 0.000 -13.111 0.916 -3.373
D13 C13 C CR16 0.000 -10.449 -0.011 -2.265
D13 H13 H H 0.000 -10.628 0.764 -1.530
D13 C3 C CR5 0.000 -8.554 -0.382 0.219
D13 N2 N NRD5 0.000 -7.379 -0.188 0.840
D13 C6 C CR6 0.000 -9.885 -0.427 0.864
D13 C11 C CR16 0.000 -10.232 0.490 1.862
D13 H11 H H 0.000 -9.527 1.247 2.182
D13 C10 C CR16 0.000 -11.485 0.415 2.433
D13 H10 H H 0.000 -11.765 1.126 3.201
D13 N9 N NRD6 0.000 -12.347 -0.510 2.057
D13 C8 C CR16 0.000 -12.058 -1.397 1.124
D13 H8 H H 0.000 -12.796 -2.140 0.847
D13 C7 C CR16 0.000 -10.830 -1.391 0.497
D13 H7 H H 0.000 -10.601 -2.122 -0.269
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
D13 O24 n/a S24 START
D13 S24 O24 C21 .
D13 C25 S24 H251 .
D13 H253 C25 . .
D13 H252 C25 . .
D13 H251 C25 . .
D13 C21 S24 C22 .
D13 C20 C21 C19 .
D13 H20 C20 . .
D13 C19 C20 H19 .
D13 H19 C19 . .
D13 C22 C21 C23 .
D13 H22 C22 . .
D13 C23 C22 C18 .
D13 H23 C23 . .
D13 C18 C23 C1 .
D13 C1 C18 N5 .
D13 N5 C1 C4 .
D13 HN5 N5 . .
D13 C4 N5 C3 .
D13 C12 C4 C17 .
D13 C17 C12 C16 .
D13 H17 C17 . .
D13 C16 C17 C15 .
D13 H16 C16 . .
D13 C15 C16 C14 .
D13 H15 C15 . .
D13 C14 C15 C13 .
D13 I14 C14 . .
D13 C13 C14 H13 .
D13 H13 C13 . .
D13 C3 C4 C6 .
D13 N2 C3 . .
D13 C6 C3 C11 .
D13 C11 C6 C10 .
D13 H11 C11 . .
D13 C10 C11 N9 .
D13 H10 C10 . .
D13 N9 C10 C8 .
D13 C8 N9 C7 .
D13 H8 C8 . .
D13 C7 C8 H7 .
D13 H7 C7 . END
D13 C1 N2 . ADD
D13 C6 C7 . ADD
D13 C12 C13 . ADD
D13 C18 C19 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
D13 C1 N2 double 1.350 0.020
D13 N5 C1 single 1.340 0.020
D13 C1 C18 single 1.490 0.020
D13 N2 C3 single 1.350 0.020
D13 C3 C4 double 1.490 0.020
D13 C6 C3 single 1.490 0.020
D13 C4 N5 single 1.340 0.020
D13 C12 C4 single 1.490 0.020
D13 HN5 N5 single 1.040 0.020
D13 C6 C7 double 1.390 0.020
D13 C11 C6 single 1.390 0.020
D13 C7 C8 single 1.390 0.020
D13 H7 C7 single 1.083 0.020
D13 C8 N9 double 1.337 0.020
D13 H8 C8 single 1.083 0.020
D13 N9 C10 single 1.337 0.020
D13 C10 C11 double 1.390 0.020
D13 H10 C10 single 1.083 0.020
D13 H11 C11 single 1.083 0.020
D13 C12 C13 double 1.390 0.020
D13 C17 C12 single 1.390 0.020
D13 C13 C14 single 1.390 0.020
D13 H13 C13 single 1.083 0.020
D13 I14 C14 single 2.090 0.020
D13 C14 C15 double 1.390 0.020
D13 C15 C16 single 1.390 0.020
D13 H15 C15 single 1.083 0.020
D13 C16 C17 double 1.390 0.020
D13 H16 C16 single 1.083 0.020
D13 H17 C17 single 1.083 0.020
D13 C18 C19 double 1.390 0.020
D13 C18 C23 single 1.390 0.020
D13 C19 C20 single 1.390 0.020
D13 H19 C19 single 1.083 0.020
D13 C20 C21 double 1.390 0.020
D13 H20 C20 single 1.083 0.020
D13 C22 C21 single 1.390 0.020
D13 C21 S24 single 1.640 0.020
D13 C23 C22 double 1.390 0.020
D13 H22 C22 single 1.083 0.020
D13 H23 C23 single 1.083 0.020
D13 S24 O24 double 1.480 0.020
D13 C25 S24 single 1.707 0.020
D13 H251 C25 single 1.059 0.020
D13 H252 C25 single 1.059 0.020
D13 H253 C25 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
D13 O24 S24 C25 109.429 3.000
D13 O24 S24 C21 100.025 3.000
D13 C25 S24 C21 100.049 3.000
D13 S24 C25 H253 109.500 3.000
D13 S24 C25 H252 109.500 3.000
D13 S24 C25 H251 109.500 3.000
D13 H253 C25 H252 109.470 3.000
D13 H253 C25 H251 109.470 3.000
D13 H252 C25 H251 109.470 3.000
D13 S24 C21 C20 120.000 3.000
D13 S24 C21 C22 120.000 3.000
D13 C20 C21 C22 120.000 3.000
D13 C21 C20 H20 120.000 3.000
D13 C21 C20 C19 120.000 3.000
D13 H20 C20 C19 120.000 3.000
D13 C20 C19 H19 120.000 3.000
D13 C20 C19 C18 120.000 3.000
D13 H19 C19 C18 120.000 3.000
D13 C21 C22 H22 120.000 3.000
D13 C21 C22 C23 120.000 3.000
D13 H22 C22 C23 120.000 3.000
D13 C22 C23 H23 120.000 3.000
D13 C22 C23 C18 120.000 3.000
D13 H23 C23 C18 120.000 3.000
D13 C23 C18 C1 120.000 3.000
D13 C23 C18 C19 120.000 3.000
D13 C1 C18 C19 120.000 3.000
D13 C18 C1 N5 108.000 3.000
D13 C18 C1 N2 126.000 3.000
D13 N5 C1 N2 108.000 3.000
D13 C1 N5 HN5 126.000 3.000
D13 C1 N5 C4 108.000 3.000
D13 HN5 N5 C4 126.000 3.000
D13 N5 C4 C12 108.000 3.000
D13 N5 C4 C3 108.000 3.000
D13 C12 C4 C3 126.000 3.000
D13 C4 C12 C17 120.000 3.000
D13 C4 C12 C13 120.000 3.000
D13 C17 C12 C13 120.000 3.000
D13 C12 C17 H17 120.000 3.000
D13 C12 C17 C16 120.000 3.000
D13 H17 C17 C16 120.000 3.000
D13 C17 C16 H16 120.000 3.000
D13 C17 C16 C15 120.000 3.000
D13 H16 C16 C15 120.000 3.000
D13 C16 C15 H15 120.000 3.000
D13 C16 C15 C14 120.000 3.000
D13 H15 C15 C14 120.000 3.000
D13 C15 C14 I14 120.000 3.000
D13 C15 C14 C13 120.000 3.000
D13 I14 C14 C13 120.000 3.000
D13 C14 C13 H13 120.000 3.000
D13 C14 C13 C12 120.000 3.000
D13 H13 C13 C12 120.000 3.000
D13 C4 C3 N2 108.000 3.000
D13 C4 C3 C6 126.000 3.000
D13 N2 C3 C6 126.000 3.000
D13 C3 N2 C1 108.000 3.000
D13 C3 C6 C11 120.000 3.000
D13 C3 C6 C7 120.000 3.000
D13 C11 C6 C7 120.000 3.000
D13 C6 C11 H11 120.000 3.000
D13 C6 C11 C10 120.000 3.000
D13 H11 C11 C10 120.000 3.000
D13 C11 C10 H10 120.000 3.000
D13 C11 C10 N9 120.000 3.000
D13 H10 C10 N9 120.000 3.000
D13 C10 N9 C8 120.000 3.000
D13 N9 C8 H8 120.000 3.000
D13 N9 C8 C7 120.000 3.000
D13 H8 C8 C7 120.000 3.000
D13 C8 C7 H7 120.000 3.000
D13 C8 C7 C6 120.000 3.000
D13 H7 C7 C6 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
D13 var_1 O24 S24 C25 H251 75.557 20.000 1
D13 var_2 O24 S24 C21 C22 21.703 20.000 1
D13 CONST_1 S24 C21 C20 C19 180.000 0.000 0
D13 CONST_2 C21 C20 C19 C18 0.000 0.000 0
D13 CONST_3 S24 C21 C22 C23 180.000 0.000 0
D13 CONST_4 C21 C22 C23 C18 0.000 0.000 0
D13 CONST_5 C22 C23 C18 C1 180.000 0.000 0
D13 CONST_6 C23 C18 C19 C20 0.000 0.000 0
D13 var_3 C23 C18 C1 N5 -39.708 20.000 1
D13 CONST_7 C18 C1 N2 C3 180.000 0.000 0
D13 CONST_8 C18 C1 N5 C4 180.000 0.000 0
D13 CONST_9 C1 N5 C4 C3 0.000 0.000 0
D13 var_4 N5 C4 C12 C17 47.064 20.000 1
D13 CONST_10 C4 C12 C13 C14 180.000 0.000 0
D13 CONST_11 C4 C12 C17 C16 180.000 0.000 0
D13 CONST_12 C12 C17 C16 C15 0.000 0.000 0
D13 CONST_13 C17 C16 C15 C14 0.000 0.000 0
D13 CONST_14 C16 C15 C14 C13 0.000 0.000 0
D13 CONST_15 C15 C14 C13 C12 0.000 0.000 0
D13 CONST_16 N5 C4 C3 C6 180.000 0.000 0
D13 CONST_17 C4 C3 N2 C1 0.000 0.000 0
D13 var_5 C4 C3 C6 C11 -137.816 20.000 1
D13 CONST_18 C3 C6 C7 C8 180.000 0.000 0
D13 CONST_19 C3 C6 C11 C10 180.000 0.000 0
D13 CONST_20 C6 C11 C10 N9 0.000 0.000 0
D13 CONST_21 C11 C10 N9 C8 0.000 0.000 0
D13 CONST_22 C10 N9 C8 C7 0.000 0.000 0
D13 CONST_23 N9 C8 C7 C6 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
D13 chir_01 S24 C21 O24 C25 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
D13 plan-1 C1 0.020
D13 plan-1 N2 0.020
D13 plan-1 N5 0.020
D13 plan-1 C18 0.020
D13 plan-1 C3 0.020
D13 plan-1 C4 0.020
D13 plan-1 C6 0.020
D13 plan-1 C12 0.020
D13 plan-1 HN5 0.020
D13 plan-2 C6 0.020
D13 plan-2 C3 0.020
D13 plan-2 C7 0.020
D13 plan-2 C11 0.020
D13 plan-2 C8 0.020
D13 plan-2 N9 0.020
D13 plan-2 C10 0.020
D13 plan-2 H7 0.020
D13 plan-2 H8 0.020
D13 plan-2 H10 0.020
D13 plan-2 H11 0.020
D13 plan-3 C12 0.020
D13 plan-3 C4 0.020
D13 plan-3 C13 0.020
D13 plan-3 C17 0.020
D13 plan-3 C14 0.020
D13 plan-3 C15 0.020
D13 plan-3 C16 0.020
D13 plan-3 H13 0.020
D13 plan-3 I14 0.020
D13 plan-3 H15 0.020
D13 plan-3 H16 0.020
D13 plan-3 H17 0.020
D13 plan-4 C18 0.020
D13 plan-4 C1 0.020
D13 plan-4 C19 0.020
D13 plan-4 C23 0.020
D13 plan-4 C20 0.020
D13 plan-4 C21 0.020
D13 plan-4 C22 0.020
D13 plan-4 H19 0.020
D13 plan-4 H20 0.020
D13 plan-4 S24 0.020
D13 plan-4 H22 0.020
D13 plan-4 H23 0.020
# ------------------------------------------------------
|
