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360
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
D1B D1B '"2-(5-{4-[AMINO(IMINO)METHYL]PHENYL}' non-polymer 42 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_D1B
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
D1B N25 N N 0.000 0.000 0.000 0.000
D1B H25 H H 0.000 -0.522 -0.495 0.639
D1B C24 C C 0.000 -0.562 0.549 -1.040
D1B N26 N NH2 0.000 0.203 1.255 -1.942
D1B H262 H H 0.000 -0.222 1.689 -2.760
D1B H261 H H 0.000 1.208 1.355 -1.809
D1B C18 C CR6 0.000 -2.020 0.415 -1.249
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D1B H19 H H 0.000 -2.022 1.572 -3.065
D1B C20 C CR16 0.000 -3.972 0.881 -2.558
D1B H20 H H 0.000 -4.438 1.334 -3.424
D1B C15 C CR6 0.000 -4.748 0.166 -1.642
D1B C1 C CR5 0.000 -6.203 0.032 -1.852
D1B C5 C CR15 0.000 -6.896 -0.175 -3.032
D1B H5 H H 0.000 -6.368 -0.259 -3.974
D1B C4 C CR15 0.000 -8.260 -0.273 -2.986
D1B H4 H H 0.000 -8.833 -0.443 -3.890
D1B C3 C CR5 0.000 -8.894 -0.149 -1.761
D1B S2 S S2 0.000 -7.521 0.102 -0.651
D1B C6 C CR5 0.000 -10.329 -0.211 -1.455
D1B N10 N NR15 0.000 -10.877 -0.077 -0.205
D1B H10 H H 0.000 -10.359 0.082 0.683
D1B C9 C CR56 0.000 -12.247 -0.195 -0.348
D1B C14 C CR16 0.000 -13.310 -0.149 0.536
D1B H14 H H 0.000 -13.133 0.009 1.592
D1B C13 C CR6 0.000 -14.610 -0.308 0.060
D1B C21 C C 0.000 -15.751 -0.261 0.999
D1B N23 N N 0.000 -15.540 -0.070 2.271
D1B H23 H H 0.000 -16.273 -0.037 2.893
D1B N22 N NH2 0.000 -17.038 -0.418 0.530
D1B H222 H H 0.000 -17.217 -0.567 -0.462
D1B H221 H H 0.000 -17.833 -0.387 1.166
D1B C12 C CR16 0.000 -14.839 -0.513 -1.306
D1B H12 H H 0.000 -15.852 -0.635 -1.669
D1B C11 C CR16 0.000 -13.797 -0.560 -2.182
D1B H11 H H 0.000 -13.984 -0.721 -3.236
D1B C8 C CR56 0.000 -12.483 -0.402 -1.721
D1B N7 N NRD5 0.000 -11.286 -0.396 -2.338
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
D1B N25 n/a C24 START
D1B H25 N25 . .
D1B C24 N25 C18 .
D1B N26 C24 H261 .
D1B H262 N26 . .
D1B H261 N26 . .
D1B C18 C24 C19 .
D1B C17 C18 C16 .
D1B H17 C17 . .
D1B C16 C17 H16 .
D1B H16 C16 . .
D1B C19 C18 C20 .
D1B H19 C19 . .
D1B C20 C19 C15 .
D1B H20 C20 . .
D1B C15 C20 C1 .
D1B C1 C15 C5 .
D1B C5 C1 C4 .
D1B H5 C5 . .
D1B C4 C5 C3 .
D1B H4 C4 . .
D1B C3 C4 C6 .
D1B S2 C3 . .
D1B C6 C3 N10 .
D1B N10 C6 C9 .
D1B H10 N10 . .
D1B C9 N10 C14 .
D1B C14 C9 C13 .
D1B H14 C14 . .
D1B C13 C14 C12 .
D1B C21 C13 N22 .
D1B N23 C21 H23 .
D1B H23 N23 . .
D1B N22 C21 H221 .
D1B H222 N22 . .
D1B H221 N22 . .
D1B C12 C13 C11 .
D1B H12 C12 . .
D1B C11 C12 C8 .
D1B H11 C11 . .
D1B C8 C11 N7 .
D1B N7 C8 . END
D1B C1 S2 . ADD
D1B C6 N7 . ADD
D1B C8 C9 . ADD
D1B C15 C16 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
D1B C1 S2 single 1.745 0.020
D1B C5 C1 double 1.387 0.020
D1B C1 C15 single 1.490 0.020
D1B S2 C3 single 1.745 0.020
D1B C3 C4 double 1.387 0.020
D1B C6 C3 single 1.490 0.020
D1B C4 C5 single 1.380 0.020
D1B H4 C4 single 1.083 0.020
D1B H5 C5 single 1.083 0.020
D1B C6 N7 double 1.350 0.020
D1B N10 C6 single 1.340 0.020
D1B N7 C8 single 1.350 0.020
D1B C8 C9 double 1.490 0.020
D1B C8 C11 single 1.390 0.020
D1B C9 N10 single 1.340 0.020
D1B C14 C9 single 1.390 0.020
D1B H10 N10 single 1.040 0.020
D1B C11 C12 double 1.390 0.020
D1B H11 C11 single 1.083 0.020
D1B C12 C13 single 1.390 0.020
D1B H12 C12 single 1.083 0.020
D1B C13 C14 double 1.390 0.020
D1B C21 C13 single 1.500 0.020
D1B H14 C14 single 1.083 0.020
D1B C15 C16 single 1.390 0.020
D1B C15 C20 double 1.390 0.020
D1B C16 C17 double 1.390 0.020
D1B H16 C16 single 1.083 0.020
D1B C17 C18 single 1.390 0.020
D1B H17 C17 single 1.083 0.020
D1B C19 C18 double 1.390 0.020
D1B C18 C24 single 1.500 0.020
D1B C20 C19 single 1.390 0.020
D1B H19 C19 single 1.083 0.020
D1B H20 C20 single 1.083 0.020
D1B N22 C21 single 1.332 0.020
D1B N23 C21 double 1.260 0.020
D1B H221 N22 single 1.010 0.020
D1B H222 N22 single 1.010 0.020
D1B H23 N23 single 0.954 0.020
D1B C24 N25 double 1.260 0.020
D1B N26 C24 single 1.332 0.020
D1B H25 N25 single 0.954 0.020
D1B H261 N26 single 1.010 0.020
D1B H262 N26 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
D1B H25 N25 C24 120.000 3.000
D1B N25 C24 N26 120.000 3.000
D1B N25 C24 C18 120.000 3.000
D1B N26 C24 C18 120.000 3.000
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D1B H262 N26 H261 120.000 3.000
D1B C24 C18 C17 120.000 3.000
D1B C24 C18 C19 120.000 3.000
D1B C17 C18 C19 120.000 3.000
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D1B C18 C19 H19 120.000 3.000
D1B C18 C19 C20 120.000 3.000
D1B H19 C19 C20 120.000 3.000
D1B C19 C20 H20 120.000 3.000
D1B C19 C20 C15 120.000 3.000
D1B H20 C20 C15 120.000 3.000
D1B C20 C15 C1 120.000 3.000
D1B C20 C15 C16 120.000 3.000
D1B C1 C15 C16 120.000 3.000
D1B C15 C1 C5 126.000 3.000
D1B C15 C1 S2 108.000 3.000
D1B C5 C1 S2 108.000 3.000
D1B C1 C5 H5 126.000 3.000
D1B C1 C5 C4 108.000 3.000
D1B H5 C5 C4 126.000 3.000
D1B C5 C4 H4 126.000 3.000
D1B C5 C4 C3 108.000 3.000
D1B H4 C4 C3 126.000 3.000
D1B C4 C3 S2 108.000 3.000
D1B C4 C3 C6 108.000 3.000
D1B S2 C3 C6 108.000 3.000
D1B C3 S2 C1 98.275 3.000
D1B C3 C6 N10 108.000 3.000
D1B C3 C6 N7 108.000 3.000
D1B N10 C6 N7 108.000 3.000
D1B C6 N10 H10 126.000 3.000
D1B C6 N10 C9 108.000 3.000
D1B H10 N10 C9 126.000 3.000
D1B N10 C9 C14 132.000 3.000
D1B N10 C9 C8 108.000 3.000
D1B C14 C9 C8 120.000 3.000
D1B C9 C14 H14 120.000 3.000
D1B C9 C14 C13 120.000 3.000
D1B H14 C14 C13 120.000 3.000
D1B C14 C13 C21 120.000 3.000
D1B C14 C13 C12 120.000 3.000
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D1B C21 N23 H23 120.000 3.000
D1B C21 N22 H222 120.000 3.000
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D1B C13 C12 H12 120.000 3.000
D1B C13 C12 C11 120.000 3.000
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D1B C12 C11 H11 120.000 3.000
D1B C12 C11 C8 120.000 3.000
D1B H11 C11 C8 120.000 3.000
D1B C11 C8 N7 132.000 3.000
D1B C11 C8 C9 120.000 3.000
D1B N7 C8 C9 108.000 3.000
D1B C8 N7 C6 108.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
D1B CONST_1 H25 N25 C24 C18 0.000 0.000 0
D1B CONST_2 N25 C24 N26 H261 0.000 0.000 0
D1B var_1 N25 C24 C18 C19 179.649 20.000 1
D1B CONST_3 C24 C18 C17 C16 180.000 0.000 0
D1B CONST_4 C18 C17 C16 C15 0.000 0.000 0
D1B CONST_5 C24 C18 C19 C20 180.000 0.000 0
D1B CONST_6 C18 C19 C20 C15 0.000 0.000 0
D1B CONST_7 C19 C20 C15 C1 180.000 0.000 0
D1B CONST_8 C20 C15 C16 C17 0.000 0.000 0
D1B var_2 C20 C15 C1 C5 39.622 20.000 1
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