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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
D1N D1N 'NAPHTHALENE-1,2-DIOL ' non-polymer 20 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_D1N
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
D1N O1 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
D1N HO1 H H 0.000 0.196 0.445 0.836
D1N C1 C CR6 0.000 -0.538 -1.232 0.253
D1N C2 C CR6 0.000 0.324 -2.318 0.400
D1N O2 O OH1 0.000 1.673 -2.154 0.290
D1N HO2 H H 0.000 2.080 -2.244 1.163
D1N C10 C CR66 0.000 -1.928 -1.400 0.364
D1N C9 C CR16 0.000 -2.811 -0.318 0.218
D1N H9 H H 0.000 -2.418 0.671 0.015
D1N C8 C CR16 0.000 -4.189 -0.503 0.332
D1N H8 H H 0.000 -4.860 0.340 0.218
D1N C7 C CR16 0.000 -4.703 -1.770 0.592
D1N H7 H H 0.000 -5.773 -1.913 0.679
D1N C6 C CR16 0.000 -3.840 -2.857 0.739
D1N H6 H H 0.000 -4.246 -3.840 0.942
D1N C5 C CR66 0.000 -2.450 -2.689 0.628
D1N C4 C CR16 0.000 -1.567 -3.771 0.773
D1N H4 H H 0.000 -1.961 -4.760 0.976
D1N C3 C CR16 0.000 -0.189 -3.586 0.660
D1N H3 H H 0.000 0.482 -4.428 0.774
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
D1N O1 n/a C1 START
D1N HO1 O1 . .
D1N C1 O1 C10 .
D1N C2 C1 O2 .
D1N O2 C2 HO2 .
D1N HO2 O2 . .
D1N C10 C1 C9 .
D1N C9 C10 C8 .
D1N H9 C9 . .
D1N C8 C9 C7 .
D1N H8 C8 . .
D1N C7 C8 C6 .
D1N H7 C7 . .
D1N C6 C7 C5 .
D1N H6 C6 . .
D1N C5 C6 C4 .
D1N C4 C5 C3 .
D1N H4 C4 . .
D1N C3 C4 H3 .
D1N H3 C3 . END
D1N C2 C3 . ADD
D1N C5 C10 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
D1N O2 C2 single 1.362 0.020
D1N HO2 O2 single 0.967 0.020
D1N C2 C3 double 1.390 0.020
D1N C2 C1 single 1.487 0.020
D1N C3 C4 single 1.390 0.020
D1N H3 C3 single 1.083 0.020
D1N C4 C5 double 1.390 0.020
D1N H4 C4 single 1.083 0.020
D1N C5 C10 single 1.490 0.020
D1N C5 C6 single 1.390 0.020
D1N C10 C1 double 1.490 0.020
D1N C9 C10 single 1.390 0.020
D1N C1 O1 single 1.362 0.020
D1N HO1 O1 single 0.967 0.020
D1N C8 C9 double 1.390 0.020
D1N H9 C9 single 1.083 0.020
D1N C7 C8 single 1.390 0.020
D1N H8 C8 single 1.083 0.020
D1N C6 C7 double 1.390 0.020
D1N H7 C7 single 1.083 0.020
D1N H6 C6 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
D1N HO1 O1 C1 109.470 3.000
D1N O1 C1 C2 120.000 3.000
D1N O1 C1 C10 120.000 3.000
D1N C2 C1 C10 120.000 3.000
D1N C1 C2 O2 120.000 3.000
D1N C1 C2 C3 120.000 3.000
D1N O2 C2 C3 120.000 3.000
D1N C2 O2 HO2 109.470 3.000
D1N C1 C10 C9 120.000 3.000
D1N C1 C10 C5 120.000 3.000
D1N C9 C10 C5 120.000 3.000
D1N C10 C9 H9 120.000 3.000
D1N C10 C9 C8 120.000 3.000
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D1N C9 C8 H8 120.000 3.000
D1N C9 C8 C7 120.000 3.000
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D1N C8 C7 H7 120.000 3.000
D1N C8 C7 C6 120.000 3.000
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D1N C7 C6 H6 120.000 3.000
D1N C7 C6 C5 120.000 3.000
D1N H6 C6 C5 120.000 3.000
D1N C6 C5 C4 120.000 3.000
D1N C6 C5 C10 120.000 3.000
D1N C4 C5 C10 120.000 3.000
D1N C5 C4 H4 120.000 3.000
D1N C5 C4 C3 120.000 3.000
D1N H4 C4 C3 120.000 3.000
D1N C4 C3 H3 120.000 3.000
D1N C4 C3 C2 120.000 3.000
D1N H3 C3 C2 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
D1N var_1 HO1 O1 C1 C10 91.096 20.000 1
D1N CONST_1 O1 C1 C2 O2 0.000 0.000 0
D1N CONST_2 C1 C2 C3 C4 0.000 0.000 0
D1N var_2 C1 C2 O2 HO2 108.576 20.000 1
D1N CONST_3 O1 C1 C10 C9 0.000 0.000 0
D1N CONST_4 C1 C10 C9 C8 180.000 0.000 0
D1N CONST_5 C10 C9 C8 C7 0.000 0.000 0
D1N CONST_6 C9 C8 C7 C6 0.000 0.000 0
D1N CONST_7 C8 C7 C6 C5 0.000 0.000 0
D1N CONST_8 C7 C6 C5 C4 180.000 0.000 0
D1N CONST_9 C6 C5 C10 C1 180.000 0.000 0
D1N CONST_10 C6 C5 C4 C3 180.000 0.000 0
D1N CONST_11 C5 C4 C3 C2 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
D1N plan-1 C2 0.020
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D1N plan-1 C3 0.020
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D1N plan-1 O1 0.020
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D1N plan-1 H8 0.020
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D1N plan-1 H6 0.020
# ------------------------------------------------------
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