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278
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
D20 D20 'N~5~-{IMINO[(2-METHOXYETHYL)AMINO]ME' non-polymer 35 16 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_D20
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
D20 O9 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
D20 C C C 0.000 -1.010 0.724 -0.142
D20 O O OC -0.500 -2.079 0.301 -0.636
D20 C1 C CH1 0.000 -0.765 2.141 0.349
D20 H1 H H 0.000 0.079 2.562 -0.215
D20 N N NH2 0.000 -1.957 2.936 0.055
D20 HN2 H H 0.000 -2.801 2.486 -0.278
D20 HN1 H H 0.000 -1.945 3.940 0.185
D20 C2 C CH2 0.000 -0.416 2.178 1.844
D20 H2C1 H H 0.000 -0.275 3.228 2.109
D20 H2C2 H H 0.000 0.530 1.645 1.961
D20 C3 C CH2 0.000 -1.476 1.553 2.764
D20 H3C1 H H 0.000 -1.638 0.523 2.439
D20 H3C2 H H 0.000 -2.401 2.120 2.646
D20 C4 C CH2 0.000 -1.053 1.565 4.231
D20 H4C1 H H 0.000 -0.890 2.600 4.540
D20 H4C2 H H 0.000 -0.121 1.005 4.331
D20 N5 N NH1 0.000 -2.067 0.967 5.067
D20 H5 H H 0.000 -2.898 0.619 4.608
D20 C6 C C 0.000 -1.999 0.828 6.441
D20 N62 N N 0.000 -1.000 1.221 7.183
D20 H62 H H 0.000 -1.015 1.095 8.137
D20 N61 N NH1 0.000 -3.128 0.217 6.956
D20 H61 H H 0.000 -3.854 -0.051 6.307
D20 C7 C CH2 0.000 -3.341 -0.067 8.354
D20 H7C1 H H 0.000 -3.347 0.869 8.917
D20 H7C2 H H 0.000 -2.536 -0.705 8.722
D20 C10 C CH2 0.000 -4.672 -0.775 8.532
D20 H101 H H 0.000 -4.819 -1.013 9.588
D20 H102 H H 0.000 -4.675 -1.697 7.948
D20 O10 O O2 0.000 -5.722 0.074 8.086
D20 C8 C CH3 0.000 -6.992 -0.545 8.239
D20 H8C3 H H 0.000 -7.358 -0.359 9.215
D20 H8C2 H H 0.000 -7.665 -0.147 7.526
D20 H8C1 H H 0.000 -6.895 -1.588 8.090
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
D20 O9 n/a C START
D20 C O9 C1 .
D20 O C . .
D20 C1 C C2 .
D20 H1 C1 . .
D20 N C1 HN1 .
D20 HN2 N . .
D20 HN1 N . .
D20 C2 C1 C3 .
D20 H2C1 C2 . .
D20 H2C2 C2 . .
D20 C3 C2 C4 .
D20 H3C1 C3 . .
D20 H3C2 C3 . .
D20 C4 C3 N5 .
D20 H4C1 C4 . .
D20 H4C2 C4 . .
D20 N5 C4 C6 .
D20 H5 N5 . .
D20 C6 N5 N61 .
D20 N62 C6 H62 .
D20 H62 N62 . .
D20 N61 C6 C7 .
D20 H61 N61 . .
D20 C7 N61 C10 .
D20 H7C1 C7 . .
D20 H7C2 C7 . .
D20 C10 C7 O10 .
D20 H101 C10 . .
D20 H102 C10 . .
D20 O10 C10 C8 .
D20 C8 O10 H8C1 .
D20 H8C3 C8 . .
D20 H8C2 C8 . .
D20 H8C1 C8 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
D20 N C1 single 1.450 0.020
D20 HN1 N single 1.010 0.020
D20 HN2 N single 1.010 0.020
D20 C1 C single 1.500 0.020
D20 C2 C1 single 1.524 0.020
D20 H1 C1 single 1.099 0.020
D20 O C deloc 1.250 0.020
D20 C O9 deloc 1.250 0.020
D20 C3 C2 single 1.524 0.020
D20 H2C1 C2 single 1.092 0.020
D20 H2C2 C2 single 1.092 0.020
D20 C4 C3 single 1.524 0.020
D20 H3C1 C3 single 1.092 0.020
D20 H3C2 C3 single 1.092 0.020
D20 N5 C4 single 1.450 0.020
D20 H4C1 C4 single 1.092 0.020
D20 H4C2 C4 single 1.092 0.020
D20 C6 N5 single 1.330 0.020
D20 H5 N5 single 1.010 0.020
D20 N61 C6 single 1.330 0.020
D20 N62 C6 double 1.260 0.020
D20 C7 N61 single 1.450 0.020
D20 H61 N61 single 1.010 0.020
D20 H62 N62 single 0.954 0.020
D20 C10 C7 single 1.524 0.020
D20 H7C1 C7 single 1.092 0.020
D20 H7C2 C7 single 1.092 0.020
D20 C8 O10 single 1.426 0.020
D20 H8C1 C8 single 1.059 0.020
D20 H8C2 C8 single 1.059 0.020
D20 H8C3 C8 single 1.059 0.020
D20 O10 C10 single 1.426 0.020
D20 H101 C10 single 1.092 0.020
D20 H102 C10 single 1.092 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
D20 O9 C O 123.000 3.000
D20 O9 C C1 118.500 3.000
D20 O C C1 118.500 3.000
D20 C C1 H1 108.810 3.000
D20 C C1 N 109.470 3.000
D20 C C1 C2 109.470 3.000
D20 H1 C1 N 109.470 3.000
D20 H1 C1 C2 108.340 3.000
D20 N C1 C2 109.470 3.000
D20 C1 N HN2 120.000 3.000
D20 C1 N HN1 120.000 3.000
D20 HN2 N HN1 120.000 3.000
D20 C1 C2 H2C1 109.470 3.000
D20 C1 C2 H2C2 109.470 3.000
D20 C1 C2 C3 111.000 3.000
D20 H2C1 C2 H2C2 107.900 3.000
D20 H2C1 C2 C3 109.470 3.000
D20 H2C2 C2 C3 109.470 3.000
D20 C2 C3 H3C1 109.470 3.000
D20 C2 C3 H3C2 109.470 3.000
D20 C2 C3 C4 111.000 3.000
D20 H3C1 C3 H3C2 107.900 3.000
D20 H3C1 C3 C4 109.470 3.000
D20 H3C2 C3 C4 109.470 3.000
D20 C3 C4 H4C1 109.470 3.000
D20 C3 C4 H4C2 109.470 3.000
D20 C3 C4 N5 112.000 3.000
D20 H4C1 C4 H4C2 107.900 3.000
D20 H4C1 C4 N5 109.470 3.000
D20 H4C2 C4 N5 109.470 3.000
D20 C4 N5 H5 118.500 3.000
D20 C4 N5 C6 121.500 3.000
D20 H5 N5 C6 120.000 3.000
D20 N5 C6 N62 120.000 3.000
D20 N5 C6 N61 120.000 3.000
D20 N62 C6 N61 120.000 3.000
D20 C6 N62 H62 120.000 3.000
D20 C6 N61 H61 120.000 3.000
D20 C6 N61 C7 121.500 3.000
D20 H61 N61 C7 118.500 3.000
D20 N61 C7 H7C1 109.470 3.000
D20 N61 C7 H7C2 109.470 3.000
D20 N61 C7 C10 112.000 3.000
D20 H7C1 C7 H7C2 107.900 3.000
D20 H7C1 C7 C10 109.470 3.000
D20 H7C2 C7 C10 109.470 3.000
D20 C7 C10 H101 109.470 3.000
D20 C7 C10 H102 109.470 3.000
D20 C7 C10 O10 109.470 3.000
D20 H101 C10 H102 107.900 3.000
D20 H101 C10 O10 109.470 3.000
D20 H102 C10 O10 109.470 3.000
D20 C10 O10 C8 111.800 3.000
D20 O10 C8 H8C3 109.470 3.000
D20 O10 C8 H8C2 109.470 3.000
D20 O10 C8 H8C1 109.470 3.000
D20 H8C3 C8 H8C2 109.470 3.000
D20 H8C3 C8 H8C1 109.470 3.000
D20 H8C2 C8 H8C1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
D20 var_1 O9 C C1 C2 -60.789 20.000 3
D20 var_2 C C1 N HN1 -171.217 20.000 1
D20 var_3 C C1 C2 C3 -57.529 20.000 3
D20 var_4 C1 C2 C3 C4 177.652 20.000 3
D20 var_5 C2 C3 C4 N5 -179.792 20.000 3
D20 var_6 C3 C4 N5 C6 -179.610 20.000 3
D20 CONST_1 C4 N5 C6 N61 180.000 0.000 0
D20 CONST_2 N5 C6 N62 H62 180.000 0.000 0
D20 CONST_3 N5 C6 N61 C7 180.000 0.000 0
D20 var_7 C6 N61 C7 C10 -178.495 20.000 3
D20 var_8 N61 C7 C10 O10 -61.535 20.000 3
D20 var_9 C7 C10 O10 C8 -179.748 20.000 1
D20 var_10 C10 O10 C8 H8C1 -33.315 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
D20 chir_01 C1 N C C2 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
D20 plan-1 N 0.020
D20 plan-1 C1 0.020
D20 plan-1 HN1 0.020
D20 plan-1 HN2 0.020
D20 plan-2 C 0.020
D20 plan-2 C1 0.020
D20 plan-2 O 0.020
D20 plan-2 O9 0.020
D20 plan-3 N5 0.020
D20 plan-3 C4 0.020
D20 plan-3 C6 0.020
D20 plan-3 H5 0.020
D20 plan-4 C6 0.020
D20 plan-4 N5 0.020
D20 plan-4 N61 0.020
D20 plan-4 N62 0.020
D20 plan-4 H62 0.020
D20 plan-4 H5 0.020
D20 plan-4 H61 0.020
D20 plan-5 N61 0.020
D20 plan-5 C6 0.020
D20 plan-5 C7 0.020
D20 plan-5 H61 0.020
# ------------------------------------------------------
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