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432
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.three_letter_code
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_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
D2C D2C '(2S,4S,4AR,5AS,6S,11R,11AS,12R,12AR)' non-polymer 56 31 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_D2C
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
D2C O7 n/a C21 START
D2C C21 O7 C20 .
D2C N2 C21 HN21 .
D2C HN22 N2 . .
D2C HN21 N2 . .
D2C C20 C21 C19 .
D2C H20 C20 . .
D2C C4 C20 O1 .
D2C O1 C4 . .
D2C C19 C20 C18 .
D2C O6 C19 . .
D2C C18 C19 C17 .
D2C H18 C18 . .
D2C C5 C18 C3 .
D2C H5 C5 . .
D2C C3 C5 N1 .
D2C H3 C3 . .
D2C N1 C3 C1 .
D2C C2 N1 H21 .
D2C H23 C2 . .
D2C H22 C2 . .
D2C H21 C2 . .
D2C C1 N1 H11A .
D2C H13 C1 . .
D2C H12A C1 . .
D2C H11A C1 . .
D2C C17 C18 C16 .
D2C H17 C17 . .
D2C O5 C17 HO5 .
D2C HO5 O5 . .
D2C C16 C17 C15 .
D2C H16 C16 . .
D2C C7 C16 C6 .
D2C H7 C7 . .
D2C C6 C7 H61 .
D2C H62 C6 . .
D2C H61 C6 . .
D2C C15 C16 C14 .
D2C H15 C15 . .
D2C O4 C15 HO4 .
D2C HO4 O4 . .
D2C C14 C15 C13 .
D2C C9 C14 C8 .
D2C C8 C9 O2 .
D2C H8 C8 . .
D2C O2 C8 HO2 .
D2C HO2 O2 . .
D2C C13 C14 C12 .
D2C O3 C13 HO3 .
D2C HO3 O3 . .
D2C C12 C13 C11 .
D2C H12 C12 . .
D2C C11 C12 C10 .
D2C H11 C11 . .
D2C C10 C11 CL1 .
D2C CL1 C10 . END
D2C C3 C4 . ADD
D2C C5 C6 . ADD
D2C C7 C8 . ADD
D2C C9 C10 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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D2C H17 C17 single 1.099 0.020
D2C HO5 O5 single 0.967 0.020
D2C C18 C19 single 1.500 0.020
D2C H18 C18 single 1.099 0.020
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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D2C C2 N1 C1 109.470 3.000
D2C N1 C2 H23 109.470 3.000
D2C N1 C2 H22 109.470 3.000
D2C N1 C2 H21 109.470 3.000
D2C H23 C2 H22 109.470 3.000
D2C H23 C2 H21 109.470 3.000
D2C H22 C2 H21 109.470 3.000
D2C N1 C1 H13 109.470 3.000
D2C N1 C1 H12A 109.470 3.000
D2C N1 C1 H11A 109.470 3.000
D2C H13 C1 H12A 109.470 3.000
D2C H13 C1 H11A 109.470 3.000
D2C H12A C1 H11A 109.470 3.000
D2C C18 C17 H17 108.340 3.000
D2C C18 C17 O5 109.470 3.000
D2C C18 C17 C16 111.000 3.000
D2C H17 C17 O5 109.470 3.000
D2C H17 C17 C16 108.340 3.000
D2C O5 C17 C16 109.470 3.000
D2C C17 O5 HO5 109.470 3.000
D2C C17 C16 H16 108.340 3.000
D2C C17 C16 C7 111.000 3.000
D2C C17 C16 C15 111.000 3.000
D2C H16 C16 C7 108.340 3.000
D2C H16 C16 C15 108.340 3.000
D2C C7 C16 C15 111.000 3.000
D2C C16 C7 H7 108.340 3.000
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D2C C16 C7 C8 111.000 3.000
D2C H7 C7 C6 108.340 3.000
D2C H7 C7 C8 108.340 3.000
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D2C C15 O4 HO4 109.470 3.000
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D2C C15 C14 C13 120.000 3.000
D2C C9 C14 C13 120.000 3.000
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D2C C14 C9 C10 120.000 3.000
D2C C8 C9 C10 120.000 3.000
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D2C C9 C8 C7 109.470 3.000
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D2C H8 C8 C7 108.340 3.000
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D2C C13 O3 HO3 109.470 3.000
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D2C C12 C11 H11 120.000 3.000
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D2C H11 C11 C10 120.000 3.000
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D2C CL1 C10 C9 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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D2C var_4 C20 C19 C18 C17 180.000 20.000 3
D2C var_5 C19 C18 C5 C3 -60.000 20.000 3
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D2C var_7 C18 C5 C3 N1 180.000 20.000 3
D2C var_8 C5 C3 C4 C20 -60.000 20.000 3
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D2C var_12 C19 C18 C17 C16 -150.000 20.000 3
D2C var_13 C18 C17 O5 HO5 -58.214 20.000 1
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D2C var_15 C17 C16 C7 C6 60.000 20.000 3
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D2C var_18 C17 C16 C15 C14 180.000 20.000 3
D2C var_19 C16 C15 O4 HO4 -67.765 20.000 1
D2C var_20 C16 C15 C14 C13 150.000 20.000 1
D2C CONST_2 C15 C14 C9 C8 0.000 0.000 0
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D2C CONST_4 C15 C14 C13 C12 180.000 0.000 0
D2C var_23 C14 C13 O3 HO3 -85.045 20.000 1
D2C CONST_5 C14 C13 C12 C11 0.000 0.000 0
D2C CONST_6 C13 C12 C11 C10 0.000 0.000 0
D2C CONST_7 C12 C11 C10 CL1 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
D2C chir_01 N1 C1 C2 C3 negativ
D2C chir_02 C3 N1 C4 C5 positiv
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D2C chir_05 C8 C7 O2 C9 negativ
D2C chir_06 C15 C14 O4 C16 negativ
D2C chir_07 C16 C7 C15 C17 positiv
D2C chir_08 C17 C16 O5 C18 negativ
D2C chir_09 C18 C5 C17 C19 negativ
D2C chir_10 C20 C4 C19 C21 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
D2C plan-1 C4 0.020
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D2C plan-2 H12 0.020
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D2C plan-4 C20 0.020
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D2C plan-5 HN21 0.020
D2C plan-5 HN22 0.020
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