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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DA DA '2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE ' DNA 34 22 .
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DA
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DA P P P 0.000 0.025 -0.445 0.115
DA OP3 O OP -0.660 0.460 -1.806 0.605
DA OP1 O OP -0.660 0.229 0.645 1.142
DA OP2 O OP -0.660 0.562 -0.111 -1.258
DA "O5'" O O2 0.000 -1.574 -0.556 -0.054
DA "C5'" C CH2 0.000 -2.357 0.563 -0.510
DA "H5'" H H 0.000 -1.882 1.022 -1.379
DA "H5''" H H 0.000 -2.448 1.305 0.287
DA "C4'" C CH1 0.000 -3.738 0.056 -0.893
DA "H4'" H H 0.000 -3.588 -0.793 -1.574
DA "C3'" C CH1 0.000 -4.740 1.000 -1.573
DA "H3'" H H 0.000 -4.520 2.042 -1.301
DA "O3'" O OH1 0.000 -4.740 0.852 -3.002
DA "HO3'" H H 0.000 -5.436 1.404 -3.384
DA "C2'" C CH2 0.000 -6.112 0.574 -0.983
DA "H2' " H H 0.000 -6.698 0.042 -1.735
DA "H2''" H H 0.000 -6.667 1.451 -0.644
DA "C1'" C CH1 0.000 -5.841 -0.360 0.214
DA "H1'" H H 0.000 -6.240 -1.354 -0.032
DA "O4'" O O2 0.000 -4.400 -0.461 0.282
DA N9 N NR5 0.000 -6.425 0.064 1.523
DA C4 C CR56 0.000 -7.532 -0.378 2.125
DA C5 C CR56 0.000 -7.724 0.452 3.366
DA N7 N NRD5 0.000 -6.582 1.102 3.512
DA C8 C CR15 0.000 -5.777 0.724 2.491
DA H8 H H 0.000 -4.715 0.936 2.460
DA N3 N NRD6 0.000 -8.550 -1.119 1.670
DA C2 C CR16 0.000 -9.623 -1.256 2.440
DA H2 H H 0.000 -10.398 -1.937 2.112
DA N1 N NRD6 0.000 -9.807 -0.602 3.601
DA C6 C CR6 0.000 -8.948 0.277 4.162
DA N6 N NH2 0.000 -9.281 0.883 5.319
DA H62 H H 0.000 -10.166 0.676 5.757
DA H61 H H 0.000 -8.645 1.540 5.743
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DA "O5'" n/a "C5'" START
DA P "O5'" . .
DA OP3 P . .
DA OP1 P . .
DA OP2 P . .
DA "C5'" "O5'" "C4'" .
DA "H5'" "C5'" . .
DA "H5''" "C5'" . .
DA "C4'" "C5'" "C3'" .
DA "H4'" "C4'" . .
DA "C3'" "C4'" "C2'" .
DA "H3'" "C3'" . .
DA "O3'" "C3'" "HO3'" .
DA "HO3'" "O3'" . .
DA "C2'" "C3'" "C1'" .
DA "H2' " "C2'" . .
DA "H2''" "C2'" . .
DA "C1'" "C2'" N9 .
DA "H1'" "C1'" . .
DA "O4'" "C1'" . .
DA N9 "C1'" C4 .
DA C4 N9 N3 .
DA C5 C4 N7 .
DA N7 C5 C8 .
DA C8 N7 H8 .
DA H8 C8 . .
DA N3 C4 C2 .
DA C2 N3 N1 .
DA H2 C2 . .
DA N1 C2 C6 .
DA C6 N1 N6 .
DA N6 C6 H61 .
DA H62 N6 . .
DA H61 N6 . END
DA "C4'" "O4'" . ADD
DA N9 C8 . ADD
DA C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DA OP3 P deloc 1.485 0.017
DA OP1 P deloc 1.485 0.017
DA OP2 P deloc 1.485 0.017
DA "O5'" P single 1.593 0.010
DA "C5'" "O5'" single 1.440 0.016
DA "C4'" "C5'" single 1.511 0.008
DA "C4'" "O4'" single 1.446 0.011
DA "C3'" "C4'" single 1.528 0.010
DA "O4'" "C1'" single 1.420 0.013
DA "O3'" "C3'" single 1.431 0.013
DA "C2'" "C3'" single 1.518 0.010
DA "C1'" "C2'" single 1.521 0.014
DA N9 "C1'" single 1.462 0.010
DA N9 C8 single 1.373 0.008
DA C4 N9 single 1.374 0.006
DA C8 N7 double 1.311 0.007
DA N7 C5 single 1.388 0.006
DA C5 C6 single 1.406 0.009
DA C5 C4 double 1.383 0.007
DA N6 C6 single 1.335 0.008
DA C6 N1 double 1.351 0.007
DA N1 C2 single 1.339 0.009
DA C2 N3 double 1.331 0.009
DA N3 C4 single 1.344 0.006
DA "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
DA "H5''" "C5'" single 1.092 0.020
DA "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
DA "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
DA "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
DA "H2' " "C2'" single 1.092 0.020
DA "H2''" "C2'" single 1.092 0.020
DA "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
DA H8 C8 single 1.083 0.020
DA H61 N6 single 1.010 0.020
DA H62 N6 single 1.010 0.020
DA H2 C2 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DA OP3 P OP1 107.400 3.200
DA OP3 P OP2 108.300 3.200
DA OP1 P OP2 119.600 1.500
DA OP3 P "O5'" 104.000 1.900
DA OP1 P "O5'" 108.100 2.900
DA OP2 P "O5'" 108.300 2.700
DA P "O5'" "C5'" 120.900 1.600
DA "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
DA "O5'" "C5'" "H5''" 109.470 3.000
DA "O5'" "C5'" "C4'" 110.200 1.400
DA "H5'" "C5'" "H5''" 107.900 3.000
DA "H5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DA "H5''" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DA "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
DA "C5'" "C4'" "C3'" 114.700 1.500
DA "C5'" "C4'" "O4'" 109.400 1.600
DA "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
DA "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DA "C3'" "C4'" "O4'" 105.600 1.000
DA "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
DA "C4'" "C3'" "O3'" 110.300 2.200
DA "C4'" "C3'" "C2'" 103.200 1.000
DA "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DA "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
DA "O3'" "C3'" "C2'" 110.600 2.700
DA "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
DA "C3'" "C2'" "H2' " 109.470 3.000
DA "C3'" "C2'" "H2''" 109.470 3.000
DA "C3'" "C2'" "C1'" 102.700 1.400
DA "H2' " "C2'" "H2''" 107.900 3.000
DA "H2' " "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DA "H2''" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DA "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
DA "C2'" "C1'" "O4'" 106.100 1.100
DA "C2'" "C1'" N9 114.200 1.600
DA "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
DA "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
DA "O4'" "C1'" N9 107.800 0.800
DA "C1'" "O4'" "C4'" 109.700 1.400
DA "C1'" N9 C4 126.300 1.800
DA "C1'" N9 C8 127.700 1.800
DA C4 N9 C8 105.800 0.400
DA N9 C4 C5 105.800 0.400
DA N9 C4 N3 127.400 0.800
DA C5 C4 N3 126.800 0.700
DA C4 C5 N7 110.700 0.500
DA C4 C5 C6 117.000 0.500
DA N7 C5 C6 132.300 0.700
DA C5 N7 C8 103.900 0.500
DA N7 C8 H8 126.000 3.000
DA N7 C8 N9 113.800 0.500
DA H8 C8 N9 126.000 3.000
DA C4 N3 C2 110.600 0.500
DA N3 C2 H2 120.000 3.000
DA N3 C2 N1 129.300 0.500
DA H2 C2 N1 120.000 3.000
DA C2 N1 C6 118.600 0.600
DA N1 C6 N6 118.600 0.600
DA N1 C6 C5 117.700 0.500
DA N6 C6 C5 123.700 0.800
DA C6 N6 H62 120.000 3.000
DA C6 N6 H61 120.000 3.000
DA H62 N6 H61 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DA var_1 OP2 P "O5'" "C5'" -60.052 20.000 1
DA var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" -179.997 20.000 1
DA var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" -179.980 20.000 3
DA var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
DA var_5 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -150.000 20.000 3
DA var_6 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" 175.000 20.000 1
DA var_7 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 30.000 20.000 3
DA var_8 "C3'" "C2'" "C1'" N9 120.000 20.000 3
DA var_9 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
DA var_10 "C2'" "C1'" N9 C4 90.349 20.000 1
DA CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
DA CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
DA CONST_3 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
DA CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
DA CONST_5 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
DA CONST_6 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
DA CONST_7 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
DA CONST_8 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
DA CONST_9 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
DA CONST_10 C2 N1 C6 N6 180.000 0.000 0
DA CONST_11 N1 C6 N6 H61 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DA chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
DA chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
DA chir_03 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DA plan-1 N9 0.020
DA plan-1 "C1'" 0.020
DA plan-1 C8 0.020
DA plan-1 C4 0.020
DA plan-1 N7 0.020
DA plan-1 H8 0.020
DA plan-1 C5 0.020
DA plan-1 C6 0.020
DA plan-1 N1 0.020
DA plan-1 C2 0.020
DA plan-1 N3 0.020
DA plan-1 N6 0.020
DA plan-1 H2 0.020
DA plan-1 H62 0.020
DA plan-1 H61 0.020
DA plan-2 N6 0.020
DA plan-2 C6 0.020
DA plan-2 H61 0.020
DA plan-2 H62 0.020
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
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