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|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DA5 DA5 '5-BROMO-9-AMINO-N-ETHYL(DIAMINOMETHY' non-polymer 45 24 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DA5
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
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DA5 OD1 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
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DA5 N9 N NT3 1.000 -6.067 -2.512 -0.153
DA5 HN93 H H 0.000 -6.795 -2.006 -0.670
DA5 HN92 H H 0.000 -5.828 -3.387 -0.633
DA5 HN91 H H 0.000 -6.373 -2.700 0.808
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DA5 H8 H H 0.000 -7.183 -0.245 -0.195
DA5 C7 C CR16 0.000 -6.318 1.692 -0.154
DA5 H7 H H 0.000 -7.281 2.185 -0.194
DA5 C6 C CR16 0.000 -5.159 2.464 -0.104
DA5 H6 H H 0.000 -5.245 3.544 -0.105
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DA5 OD1 n/a CD1 START
DA5 CD1 OD1 C4 .
DA5 ND1 CD1 CD2 .
DA5 HND1 ND1 . .
DA5 CD2 ND1 CD3 .
DA5 HD21 CD2 . .
DA5 HD22 CD2 . .
DA5 CD3 CD2 ND2 .
DA5 HD31 CD3 . .
DA5 HD32 CD3 . .
DA5 ND2 CD3 CD7 .
DA5 CD8 ND2 HD81 .
DA5 HD83 CD8 . .
DA5 HD82 CD8 . .
DA5 HD81 CD8 . .
DA5 CD7 ND2 HD71 .
DA5 HD73 CD7 . .
DA5 HD72 CD7 . .
DA5 HD71 CD7 . .
DA5 C4 CD1 C12 .
DA5 C3 C4 C2 .
DA5 H3 C3 . .
DA5 C2 C3 H2 .
DA5 H2 C2 . .
DA5 C12 C4 N10 .
DA5 C11 C12 C1 .
DA5 C1 C11 H1 .
DA5 H1 C1 . .
DA5 N10 C12 C14 .
DA5 H10 N10 . .
DA5 C14 N10 C13 .
DA5 C5 C14 BR .
DA5 BR C5 . .
DA5 C13 C14 C8 .
DA5 C9 C13 N9 .
DA5 N9 C9 HN91 .
DA5 HN93 N9 . .
DA5 HN92 N9 . .
DA5 HN91 N9 . .
DA5 C8 C13 C7 .
DA5 H8 C8 . .
DA5 C7 C8 C6 .
DA5 H7 C7 . .
DA5 C6 C7 H6 .
DA5 H6 C6 . END
DA5 C1 C2 . ADD
DA5 C5 C6 . ADD
DA5 C9 C11 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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DA5 C7 C8 double 1.390 0.020
DA5 H7 C7 single 1.083 0.020
DA5 C8 C13 single 1.390 0.020
DA5 H8 C8 single 1.083 0.020
DA5 N9 C9 single 1.488 0.020
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DA5 C9 C13 single 1.490 0.020
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DA5 HN93 N9 single 1.033 0.020
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DA5 C13 C14 double 1.490 0.020
DA5 CD1 OD1 double 1.220 0.020
DA5 ND1 CD1 single 1.330 0.020
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DA5 CD8 ND2 single 1.469 0.020
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DA5 HD83 CD8 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DA5 OD1 CD1 ND1 123.000 3.000
DA5 OD1 CD1 C4 120.500 3.000
DA5 ND1 CD1 C4 120.000 3.000
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DA5 HND1 ND1 CD2 118.500 3.000
DA5 ND1 CD2 HD21 109.470 3.000
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DA5 ND1 CD2 CD3 112.000 3.000
DA5 HD21 CD2 HD22 107.900 3.000
DA5 HD21 CD2 CD3 109.470 3.000
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DA5 HD83 CD8 HD81 109.470 3.000
DA5 HD82 CD8 HD81 109.470 3.000
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DA5 HD73 CD7 HD72 109.470 3.000
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DA5 HD72 CD7 HD71 109.470 3.000
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DA5 C5 C14 C13 120.000 3.000
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DA5 HN93 N9 HN92 109.470 3.000
DA5 HN93 N9 HN91 109.470 3.000
DA5 HN92 N9 HN91 109.470 3.000
DA5 C13 C8 H8 120.000 3.000
DA5 C13 C8 C7 120.000 3.000
DA5 H8 C8 C7 120.000 3.000
DA5 C8 C7 H7 120.000 3.000
DA5 C8 C7 C6 120.000 3.000
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DA5 C7 C6 H6 120.000 3.000
DA5 C7 C6 C5 120.000 3.000
DA5 H6 C6 C5 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DA5 CONST_1 OD1 CD1 ND1 CD2 0.000 0.000 0
DA5 var_1 CD1 ND1 CD2 CD3 179.963 20.000 3
DA5 var_2 ND1 CD2 CD3 ND2 179.959 20.000 3
DA5 var_3 CD2 CD3 ND2 CD7 169.988 20.000 1
DA5 var_4 CD3 ND2 CD8 HD81 66.267 20.000 1
DA5 var_5 CD3 ND2 CD7 HD71 -179.994 20.000 1
DA5 var_6 OD1 CD1 C4 C12 -6.043 20.000 1
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_chem_comp_chir.id
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DA5 plan-1 H3 0.020
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