1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DAJ DAJ 'DECARBAMOYL-2,7-DIAMINOMITOSENE ' non-polymer 34 18 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DAJ
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DAJ O2 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
DAJ C8 C CR6 0.000 -0.983 0.713 -0.004
DAJ C11 C CR56 0.000 -2.334 0.119 0.000
DAJ C9 C CR5 0.000 -2.808 -1.207 0.007
DAJ C10 C CH3 0.000 -1.964 -2.456 0.014
DAJ H103 H H 0.000 -2.483 -3.235 -0.482
DAJ H102 H H 0.000 -1.050 -2.267 -0.486
DAJ H101 H H 0.000 -1.768 -2.743 1.014
DAJ C4 C CR5 0.000 -4.166 -1.154 0.006
DAJ C1 C CH2 0.000 -5.379 -2.064 0.006
DAJ H12 H H 0.000 -5.583 -2.473 0.998
DAJ H11 H H 0.000 -5.276 -2.882 -0.710
DAJ C7 C CR6 0.000 -0.835 2.192 -0.014
DAJ N3 N NH2 0.000 0.423 2.756 -0.019
DAJ HN5 H H 0.000 1.248 2.172 -0.106
DAJ HN4 H H 0.000 0.536 3.761 0.064
DAJ C6 C CR6 0.000 -1.928 2.986 -0.018
DAJ C13 C CH3 0.000 -1.762 4.484 -0.029
DAJ H133 H H 0.000 -2.712 4.944 -0.115
DAJ H132 H H 0.000 -1.299 4.794 0.871
DAJ H131 H H 0.000 -1.158 4.766 -0.852
DAJ C5 C CR6 0.000 -3.274 2.406 -0.007
DAJ O1 O O 0.000 -4.249 3.135 -0.003
DAJ C12 C CR56 0.000 -3.448 0.944 -0.002
DAJ N2 N NR5 0.000 -4.561 0.143 0.005
DAJ C3 C CH2 0.000 -6.031 0.243 0.014
DAJ H31 H H 0.000 -6.382 1.001 -0.690
DAJ H32 H H 0.000 -6.407 0.473 1.012
DAJ C2 C CH1 0.000 -6.544 -1.145 -0.424
DAJ H2 H H 0.000 -6.693 -1.183 -1.512
DAJ N1 N NT3 1.000 -7.779 -1.496 0.288
DAJ HN3 H H 0.000 -8.538 -0.867 -0.017
DAJ HN2 H H 0.000 -8.030 -2.473 0.073
DAJ HN1 H H 0.000 -7.628 -1.391 1.303
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DAJ O2 n/a C8 START
DAJ C8 O2 C7 .
DAJ C11 C8 C9 .
DAJ C9 C11 C4 .
DAJ C10 C9 H101 .
DAJ H103 C10 . .
DAJ H102 C10 . .
DAJ H101 C10 . .
DAJ C4 C9 C1 .
DAJ C1 C4 H11 .
DAJ H12 C1 . .
DAJ H11 C1 . .
DAJ C7 C8 C6 .
DAJ N3 C7 HN4 .
DAJ HN5 N3 . .
DAJ HN4 N3 . .
DAJ C6 C7 C5 .
DAJ C13 C6 H131 .
DAJ H133 C13 . .
DAJ H132 C13 . .
DAJ H131 C13 . .
DAJ C5 C6 C12 .
DAJ O1 C5 . .
DAJ C12 C5 N2 .
DAJ N2 C12 C3 .
DAJ C3 N2 C2 .
DAJ H31 C3 . .
DAJ H32 C3 . .
DAJ C2 C3 N1 .
DAJ H2 C2 . .
DAJ N1 C2 HN1 .
DAJ HN3 N1 . .
DAJ HN2 N1 . .
DAJ HN1 N1 . END
DAJ C1 C2 . ADD
DAJ N2 C4 . ADD
DAJ C12 C11 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DAJ C1 C2 single 1.524 0.020
DAJ C1 C4 single 1.510 0.020
DAJ H11 C1 single 1.092 0.020
DAJ H12 C1 single 1.092 0.020
DAJ N1 C2 single 1.488 0.020
DAJ C2 C3 single 1.524 0.020
DAJ H2 C2 single 1.099 0.020
DAJ HN1 N1 single 1.033 0.020
DAJ HN2 N1 single 1.033 0.020
DAJ HN3 N1 single 1.033 0.020
DAJ C3 N2 single 1.462 0.020
DAJ H31 C3 single 1.092 0.020
DAJ H32 C3 single 1.092 0.020
DAJ N2 C4 single 1.337 0.020
DAJ N2 C12 single 1.337 0.020
DAJ C4 C9 double 1.490 0.020
DAJ C12 C11 double 1.490 0.020
DAJ C12 C5 single 1.490 0.020
DAJ C11 C8 single 1.490 0.020
DAJ C9 C11 single 1.490 0.020
DAJ O1 C5 double 1.250 0.020
DAJ C5 C6 single 1.487 0.020
DAJ C13 C6 single 1.506 0.020
DAJ C6 C7 double 1.487 0.020
DAJ H131 C13 single 1.059 0.020
DAJ H132 C13 single 1.059 0.020
DAJ H133 C13 single 1.059 0.020
DAJ N3 C7 single 1.355 0.020
DAJ C7 C8 single 1.487 0.020
DAJ HN4 N3 single 1.010 0.020
DAJ HN5 N3 single 1.010 0.020
DAJ C8 O2 double 1.250 0.020
DAJ C10 C9 single 1.506 0.020
DAJ H101 C10 single 1.059 0.020
DAJ H102 C10 single 1.059 0.020
DAJ H103 C10 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DAJ O2 C8 C11 120.000 3.000
DAJ O2 C8 C7 120.000 3.000
DAJ C11 C8 C7 120.000 3.000
DAJ C8 C11 C9 132.000 3.000
DAJ C8 C11 C12 120.000 3.000
DAJ C9 C11 C12 108.000 3.000
DAJ C11 C9 C10 108.000 3.000
DAJ C11 C9 C4 108.000 3.000
DAJ C10 C9 C4 126.000 3.000
DAJ C9 C10 H103 109.470 3.000
DAJ C9 C10 H102 109.470 3.000
DAJ C9 C10 H101 109.470 3.000
DAJ H103 C10 H102 109.470 3.000
DAJ H103 C10 H101 109.470 3.000
DAJ H102 C10 H101 109.470 3.000
DAJ C9 C4 C1 126.000 3.000
DAJ C9 C4 N2 108.000 3.000
DAJ C1 C4 N2 126.000 3.000
DAJ C4 C1 H12 109.470 3.000
DAJ C4 C1 H11 109.470 3.000
DAJ C4 C1 C2 109.470 3.000
DAJ H12 C1 H11 107.900 3.000
DAJ H12 C1 C2 109.470 3.000
DAJ H11 C1 C2 109.470 3.000
DAJ C8 C7 N3 120.000 3.000
DAJ C8 C7 C6 120.000 3.000
DAJ N3 C7 C6 120.000 3.000
DAJ C7 N3 HN5 120.000 3.000
DAJ C7 N3 HN4 120.000 3.000
DAJ HN5 N3 HN4 120.000 3.000
DAJ C7 C6 C13 120.000 3.000
DAJ C7 C6 C5 120.000 3.000
DAJ C13 C6 C5 120.000 3.000
DAJ C6 C13 H133 109.470 3.000
DAJ C6 C13 H132 109.470 3.000
DAJ C6 C13 H131 109.470 3.000
DAJ H133 C13 H132 109.470 3.000
DAJ H133 C13 H131 109.470 3.000
DAJ H132 C13 H131 109.470 3.000
DAJ C6 C5 O1 120.000 3.000
DAJ C6 C5 C12 120.000 3.000
DAJ O1 C5 C12 120.000 3.000
DAJ C5 C12 N2 120.000 3.000
DAJ C5 C12 C11 120.000 3.000
DAJ N2 C12 C11 108.000 3.000
DAJ C12 N2 C3 126.000 3.000
DAJ C12 N2 C4 108.000 3.000
DAJ C3 N2 C4 126.000 3.000
DAJ N2 C3 H31 109.500 3.000
DAJ N2 C3 H32 109.500 3.000
DAJ N2 C3 C2 109.500 3.000
DAJ H31 C3 H32 107.900 3.000
DAJ H31 C3 C2 109.470 3.000
DAJ H32 C3 C2 109.470 3.000
DAJ C3 C2 H2 108.340 3.000
DAJ C3 C2 N1 110.000 3.000
DAJ C3 C2 C1 109.470 3.000
DAJ H2 C2 N1 108.550 3.000
DAJ H2 C2 C1 108.340 3.000
DAJ N1 C2 C1 110.000 3.000
DAJ C2 N1 HN3 109.470 3.000
DAJ C2 N1 HN2 109.470 3.000
DAJ C2 N1 HN1 109.470 3.000
DAJ HN3 N1 HN2 109.470 3.000
DAJ HN3 N1 HN1 109.470 3.000
DAJ HN2 N1 HN1 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DAJ CONST_1 O2 C8 C11 C9 0.000 0.000 0
DAJ CONST_2 C8 C11 C9 C4 180.000 0.000 0
DAJ var_1 C11 C9 C10 H101 89.981 20.000 1
DAJ CONST_3 C11 C9 C4 C1 180.000 0.000 0
DAJ var_2 C9 C4 C1 C2 -150.000 20.000 2
DAJ var_3 C4 C1 C2 C3 -30.000 20.000 3
DAJ CONST_4 O2 C8 C7 C6 180.000 0.000 0
DAJ CONST_5 C8 C7 N3 HN4 -174.104 0.000 0
DAJ CONST_6 C8 C7 C6 C5 0.000 0.000 0
DAJ var_4 C7 C6 C13 H131 55.188 20.000 1
DAJ CONST_7 C7 C6 C5 C12 0.000 0.000 0
DAJ CONST_8 C6 C5 C12 N2 180.000 0.000 0
DAJ CONST_9 C5 C12 C11 C8 0.000 0.000 0
DAJ CONST_10 C5 C12 N2 C3 0.000 0.000 0
DAJ CONST_11 C12 N2 C4 C9 0.000 0.000 0
DAJ var_5 C12 N2 C3 C2 150.000 20.000 1
DAJ var_6 N2 C3 C2 N1 150.000 20.000 3
DAJ var_7 C3 C2 N1 HN1 -52.501 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DAJ chir_01 C2 C1 N1 C3 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DAJ plan-1 N2 0.020
DAJ plan-1 C3 0.020
DAJ plan-1 C4 0.020
DAJ plan-1 C12 0.020
DAJ plan-1 C9 0.020
DAJ plan-1 C1 0.020
DAJ plan-1 C11 0.020
DAJ plan-1 C5 0.020
DAJ plan-1 C6 0.020
DAJ plan-1 C7 0.020
DAJ plan-1 C8 0.020
DAJ plan-1 O1 0.020
DAJ plan-1 C13 0.020
DAJ plan-1 N3 0.020
DAJ plan-1 O2 0.020
DAJ plan-1 C10 0.020
DAJ plan-1 HN5 0.020
DAJ plan-1 HN4 0.020
DAJ plan-2 N3 0.020
DAJ plan-2 C7 0.020
DAJ plan-2 HN4 0.020
DAJ plan-2 HN5 0.020
# ------------------------------------------------------
|
