1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DAL DAL 'D-ALANINE ' peptide 12 6 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DAL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DAL N N NH2 0.000 0.000 0.000 0.000
DAL HN1 H H 0.000 0.469 -0.816 0.376
DAL HN2 H H 0.000 0.505 0.876 -0.067
DAL CA C CH1 0.000 -1.398 -0.086 -0.444
DAL HA H H 0.000 -1.474 0.258 -1.485
DAL CB C CH3 0.000 -2.271 0.798 0.450
DAL HB3 H H 0.000 -1.941 1.803 0.386
DAL HB2 H H 0.000 -3.280 0.738 0.131
DAL HB1 H H 0.000 -2.200 0.467 1.454
DAL C C C 0.000 -1.868 -1.515 -0.351
DAL O O OC -0.500 -1.089 -2.404 0.058
DAL OXT O OC -0.500 -3.037 -1.811 -0.684
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DAL N n/a CA START
DAL HN1 N . .
DAL HN2 N . .
DAL CA N C .
DAL HA CA . .
DAL CB CA HB1 .
DAL HB3 CB . .
DAL HB2 CB . .
DAL HB1 CB . .
DAL C CA . END
DAL O C . .
DAL OXT C . .
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DAL CA N single 1.450 0.020
DAL CB CA single 1.524 0.020
DAL C CA single 1.500 0.020
DAL HA CA single 1.099 0.020
DAL HB1 CB single 1.059 0.020
DAL HB2 CB single 1.059 0.020
DAL HB3 CB single 1.059 0.020
DAL O C deloc 1.250 0.020
DAL OXT C deloc 1.250 0.020
DAL HN1 N single 1.010 0.020
DAL HN2 N single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DAL HN1 N HN2 120.000 3.000
DAL HN1 N CA 120.000 3.000
DAL HN2 N CA 120.000 3.000
DAL N CA HA 109.470 3.000
DAL N CA CB 109.470 3.000
DAL N CA C 109.470 3.000
DAL HA CA CB 108.340 3.000
DAL HA CA C 108.810 3.000
DAL CB CA C 109.470 3.000
DAL CA CB HB3 109.470 3.000
DAL CA CB HB2 109.470 3.000
DAL CA CB HB1 109.470 3.000
DAL HB3 CB HB2 109.470 3.000
DAL HB3 CB HB1 109.470 3.000
DAL HB2 CB HB1 109.470 3.000
DAL CA C O 118.500 3.000
DAL CA C OXT 118.500 3.000
DAL O C OXT 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DAL var_1 HN2 N CA C 175.000 20.000 1
DAL var_2 N CA CB HB1 -60.036 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DAL chir_01 CA N CB C positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DAL plan-1 N 0.020
DAL plan-1 CA 0.020
DAL plan-1 HN1 0.020
DAL plan-1 HN2 0.020
DAL plan-2 C 0.020
DAL plan-2 CA 0.020
DAL plan-2 O 0.020
DAL plan-2 OXT 0.020
# ------------------------------------------------------
|
