1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DAN DAN '2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMI' non-polymer 36 20 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DAN
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DAN O10 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
DAN C10 C C 0.000 -0.330 0.929 0.707
DAN C11 C CH3 0.000 0.720 1.755 1.404
DAN H113 H H 0.000 0.644 2.764 1.090
DAN H112 H H 0.000 0.576 1.700 2.452
DAN H111 H H 0.000 1.682 1.383 1.162
DAN N5 N NH1 0.000 -1.636 1.221 0.870
DAN HN5 H H 0.000 -1.910 1.994 1.459
DAN C5 C CH1 0.000 -2.657 0.418 0.192
DAN H5 H H 0.000 -2.297 -0.612 0.063
DAN C4 C CH1 0.000 -2.980 1.032 -1.177
DAN H4 H H 0.000 -3.053 2.125 -1.086
DAN O4 O OH1 0.000 -1.955 0.693 -2.113
DAN HO4 H H 0.000 -2.163 1.083 -2.973
DAN C3 C C1 0.000 -4.300 0.470 -1.642
DAN H3 H H 0.000 -4.602 0.629 -2.663
DAN C6 C CH1 0.000 -3.951 0.418 1.014
DAN H6 H H 0.000 -4.394 1.424 1.001
DAN O6 O O2 0.000 -4.867 -0.511 0.449
DAN C2 C C 0.000 -5.098 -0.209 -0.841
DAN C1 C C 0.000 -6.367 -0.685 -1.418
DAN O1B O OC -0.500 -7.169 -1.336 -0.713
DAN O1A O OC -0.500 -6.643 -0.438 -2.613
DAN C7 C CH1 0.000 -3.643 0.016 2.459
DAN H7 H H 0.000 -2.935 0.734 2.896
DAN O7 O OH1 0.000 -3.067 -1.291 2.475
DAN HO7 H H 0.000 -3.690 -1.922 2.091
DAN C8 C CH1 0.000 -4.937 0.013 3.274
DAN H8 H H 0.000 -5.644 -0.706 2.837
DAN O8 O OH1 0.000 -5.514 1.321 3.256
DAN HO8 H H 0.000 -4.891 1.952 3.642
DAN C9 C CH2 0.000 -4.629 -0.388 4.717
DAN H91 H H 0.000 -3.926 0.326 5.151
DAN H92 H H 0.000 -4.187 -1.386 4.731
DAN O9 O OH1 0.000 -5.838 -0.391 5.480
DAN HO9 H H 0.000 -5.642 -0.644 6.392
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DAN O10 n/a C10 START
DAN C10 O10 N5 .
DAN C11 C10 H111 .
DAN H113 C11 . .
DAN H112 C11 . .
DAN H111 C11 . .
DAN N5 C10 C5 .
DAN HN5 N5 . .
DAN C5 N5 C6 .
DAN H5 C5 . .
DAN C4 C5 C3 .
DAN H4 C4 . .
DAN O4 C4 HO4 .
DAN HO4 O4 . .
DAN C3 C4 H3 .
DAN H3 C3 . .
DAN C6 C5 C7 .
DAN H6 C6 . .
DAN O6 C6 C2 .
DAN C2 O6 C1 .
DAN C1 C2 O1A .
DAN O1B C1 . .
DAN O1A C1 . .
DAN C7 C6 C8 .
DAN H7 C7 . .
DAN O7 C7 HO7 .
DAN HO7 O7 . .
DAN C8 C7 C9 .
DAN H8 C8 . .
DAN O8 C8 HO8 .
DAN HO8 O8 . .
DAN C9 C8 O9 .
DAN H91 C9 . .
DAN H92 C9 . .
DAN O9 C9 HO9 .
DAN HO9 O9 . END
DAN C2 C3 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DAN C1 C2 single 1.460 0.020
DAN O1A C1 deloc 1.250 0.020
DAN O1B C1 deloc 1.250 0.020
DAN C2 C3 double 1.340 0.020
DAN C2 O6 single 1.454 0.020
DAN C3 C4 single 1.510 0.020
DAN H3 C3 single 1.077 0.020
DAN C4 C5 single 1.524 0.020
DAN O4 C4 single 1.432 0.020
DAN H4 C4 single 1.099 0.020
DAN C6 C5 single 1.524 0.020
DAN C5 N5 single 1.450 0.020
DAN H5 C5 single 1.099 0.020
DAN C7 C6 single 1.524 0.020
DAN O6 C6 single 1.426 0.020
DAN H6 C6 single 1.099 0.020
DAN C8 C7 single 1.524 0.020
DAN O7 C7 single 1.432 0.020
DAN H7 C7 single 1.099 0.020
DAN C9 C8 single 1.524 0.020
DAN O8 C8 single 1.432 0.020
DAN H8 C8 single 1.099 0.020
DAN O9 C9 single 1.432 0.020
DAN H91 C9 single 1.092 0.020
DAN H92 C9 single 1.092 0.020
DAN C11 C10 single 1.500 0.020
DAN N5 C10 single 1.330 0.020
DAN C10 O10 double 1.220 0.020
DAN H111 C11 single 1.059 0.020
DAN H112 C11 single 1.059 0.020
DAN H113 C11 single 1.059 0.020
DAN HN5 N5 single 1.010 0.020
DAN HO4 O4 single 0.967 0.020
DAN HO7 O7 single 0.967 0.020
DAN HO8 O8 single 0.967 0.020
DAN HO9 O9 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DAN O10 C10 C11 123.000 3.000
DAN O10 C10 N5 123.000 3.000
DAN C11 C10 N5 116.500 3.000
DAN C10 C11 H113 109.470 3.000
DAN C10 C11 H112 109.470 3.000
DAN C10 C11 H111 109.470 3.000
DAN H113 C11 H112 109.470 3.000
DAN H113 C11 H111 109.470 3.000
DAN H112 C11 H111 109.470 3.000
DAN C10 N5 HN5 120.000 3.000
DAN C10 N5 C5 121.500 3.000
DAN HN5 N5 C5 118.500 3.000
DAN N5 C5 H5 108.550 3.000
DAN N5 C5 C4 110.000 3.000
DAN N5 C5 C6 110.000 3.000
DAN H5 C5 C4 108.340 3.000
DAN H5 C5 C6 108.340 3.000
DAN C4 C5 C6 111.000 3.000
DAN C5 C4 H4 108.340 3.000
DAN C5 C4 O4 109.470 3.000
DAN C5 C4 C3 109.470 3.000
DAN H4 C4 O4 109.470 3.000
DAN H4 C4 C3 108.810 3.000
DAN O4 C4 C3 109.470 3.000
DAN C4 O4 HO4 109.470 3.000
DAN C4 C3 H3 120.000 3.000
DAN C4 C3 C2 120.500 3.000
DAN H3 C3 C2 120.000 3.000
DAN C5 C6 H6 108.340 3.000
DAN C5 C6 O6 109.470 3.000
DAN C5 C6 C7 111.000 3.000
DAN H6 C6 O6 109.470 3.000
DAN H6 C6 C7 108.340 3.000
DAN O6 C6 C7 109.470 3.000
DAN C6 O6 C2 111.800 3.000
DAN O6 C2 C1 120.000 3.000
DAN O6 C2 C3 120.000 3.000
DAN C1 C2 C3 120.000 3.000
DAN C2 C1 O1B 120.000 3.000
DAN C2 C1 O1A 120.000 3.000
DAN O1B C1 O1A 123.000 3.000
DAN C6 C7 H7 108.340 3.000
DAN C6 C7 O7 109.470 3.000
DAN C6 C7 C8 111.000 3.000
DAN H7 C7 O7 109.470 3.000
DAN H7 C7 C8 108.340 3.000
DAN O7 C7 C8 109.470 3.000
DAN C7 O7 HO7 109.470 3.000
DAN C7 C8 H8 108.340 3.000
DAN C7 C8 O8 109.470 3.000
DAN C7 C8 C9 111.000 3.000
DAN H8 C8 O8 109.470 3.000
DAN H8 C8 C9 108.340 3.000
DAN O8 C8 C9 109.470 3.000
DAN C8 O8 HO8 109.470 3.000
DAN C8 C9 H91 109.470 3.000
DAN C8 C9 H92 109.470 3.000
DAN C8 C9 O9 109.470 3.000
DAN H91 C9 H92 107.900 3.000
DAN H91 C9 O9 109.470 3.000
DAN H92 C9 O9 109.470 3.000
DAN C9 O9 HO9 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DAN var_1 O10 C10 C11 H111 0.093 20.000 1
DAN CONST_1 O10 C10 N5 C5 0.000 0.000 0
DAN var_2 C10 N5 C5 C6 151.010 20.000 3
DAN var_3 N5 C5 C4 C3 -150.000 20.000 3
DAN var_4 C5 C4 O4 HO4 -179.961 20.000 1
DAN var_5 C5 C4 C3 C2 0.000 20.000 1
DAN var_6 N5 C5 C6 C7 -60.000 20.000 3
DAN var_7 C5 C6 O6 C2 -60.000 20.000 1
DAN var_8 C6 O6 C2 C1 -150.000 20.000 1
DAN var_9 O6 C2 C3 C4 0.000 20.000 1
DAN var_10 O6 C2 C1 O1A -179.997 20.000 1
DAN var_11 C5 C6 C7 C8 -179.820 20.000 3
DAN var_12 C6 C7 O7 HO7 -59.988 20.000 1
DAN var_13 C6 C7 C8 C9 -179.981 20.000 3
DAN var_14 C7 C8 O8 HO8 -59.994 20.000 1
DAN var_15 C7 C8 C9 O9 179.984 20.000 3
DAN var_16 C8 C9 O9 HO9 -179.972 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DAN chir_01 C4 C3 C5 O4 negativ
DAN chir_02 C5 C4 C6 N5 positiv
DAN chir_03 C6 C5 C7 O6 positiv
DAN chir_04 C7 C6 C8 O7 negativ
DAN chir_05 C8 C7 C9 O8 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DAN plan-1 C1 0.020
DAN plan-1 C2 0.020
DAN plan-1 O1A 0.020
DAN plan-1 O1B 0.020
DAN plan-2 C2 0.020
DAN plan-2 C1 0.020
DAN plan-2 C3 0.020
DAN plan-2 O6 0.020
DAN plan-2 H3 0.020
DAN plan-3 C3 0.020
DAN plan-3 C2 0.020
DAN plan-3 C4 0.020
DAN plan-3 H3 0.020
DAN plan-4 C10 0.020
DAN plan-4 C11 0.020
DAN plan-4 N5 0.020
DAN plan-4 O10 0.020
DAN plan-4 HN5 0.020
DAN plan-5 N5 0.020
DAN plan-5 C5 0.020
DAN plan-5 C10 0.020
DAN plan-5 HN5 0.020
# ------------------------------------------------------
|
