1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DAT DAT '2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE ' non-polymer 38 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DAT
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DAT O2A O OP -0.500 0.000 0.000 0.000
DAT PA P P 0.000 -0.883 -0.295 1.154
DAT O1A O OP -0.500 -1.100 0.943 1.941
DAT O3A O O2 0.000 -0.192 -1.410 2.087
DAT PB P P 0.000 1.211 -0.796 2.583
DAT O3B O OP -0.666 2.080 -0.488 1.383
DAT O2B O OP -0.666 1.915 -1.799 3.470
DAT O1B O OP -0.666 0.958 0.475 3.364
DAT "O5'" O O2 0.000 -2.299 -0.845 0.621
DAT "C5'" C CH2 0.000 -2.860 0.183 -0.197
DAT "H5'1" H H 0.000 -2.185 0.394 -1.030
DAT "H5'2" H H 0.000 -2.995 1.088 0.399
DAT "C4'" C CH1 0.000 -4.213 -0.277 -0.740
DAT "H4'" H H 0.000 -4.104 -1.216 -1.302
DAT "C3'" C CH1 0.000 -4.846 0.820 -1.632
DAT "H3'" H H 0.000 -4.645 1.820 -1.224
DAT "O3'" O OH1 0.000 -4.379 0.716 -2.979
DAT "HO3'" H H 0.000 -4.854 1.349 -3.534
DAT "C2'" C CH2 0.000 -6.354 0.481 -1.543
DAT "H2'1" H H 0.000 -6.692 -0.108 -2.399
DAT "H2'2" H H 0.000 -6.970 1.377 -1.453
DAT "C1'" C CH1 0.000 -6.477 -0.360 -0.259
DAT "H1'" H H 0.000 -6.833 -1.370 -0.506
DAT "O4'" O O2 0.000 -5.169 -0.436 0.333
DAT N9 N NR5 0.000 -7.408 0.283 0.672
DAT C4 C CR56 0.000 -8.761 0.072 0.741
DAT C5 C CR56 0.000 -9.231 0.904 1.770
DAT N7 N NRD5 0.000 -8.158 1.563 2.271
DAT C8 C CR15 0.000 -7.088 1.202 1.625
DAT H8 H H 0.000 -6.090 1.577 1.817
DAT N3 N NRD6 0.000 -9.626 -0.693 0.083
DAT C2 C CR16 0.000 -10.906 -0.676 0.392
DAT H2 H H 0.000 -11.585 -1.312 -0.163
DAT N1 N NRD6 0.000 -11.393 0.086 1.353
DAT C6 C CR6 0.000 -10.604 0.883 2.066
DAT N6 N NH2 0.000 -11.125 1.678 3.073
DAT HN62 H H 0.000 -10.519 2.286 3.616
DAT HN61 H H 0.000 -12.118 1.662 3.281
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DAT O2A n/a PA START
DAT PA O2A "O5'" .
DAT O1A PA . .
DAT O3A PA PB .
DAT PB O3A O1B .
DAT O3B PB . .
DAT O2B PB . .
DAT O1B PB . .
DAT "O5'" PA "C5'" .
DAT "C5'" "O5'" "C4'" .
DAT "H5'1" "C5'" . .
DAT "H5'2" "C5'" . .
DAT "C4'" "C5'" "C3'" .
DAT "H4'" "C4'" . .
DAT "C3'" "C4'" "C2'" .
DAT "H3'" "C3'" . .
DAT "O3'" "C3'" "HO3'" .
DAT "HO3'" "O3'" . .
DAT "C2'" "C3'" "C1'" .
DAT "H2'1" "C2'" . .
DAT "H2'2" "C2'" . .
DAT "C1'" "C2'" N9 .
DAT "H1'" "C1'" . .
DAT "O4'" "C1'" . .
DAT N9 "C1'" C4 .
DAT C4 N9 N3 .
DAT C5 C4 N7 .
DAT N7 C5 C8 .
DAT C8 N7 H8 .
DAT H8 C8 . .
DAT N3 C4 C2 .
DAT C2 N3 N1 .
DAT H2 C2 . .
DAT N1 C2 C6 .
DAT C6 N1 N6 .
DAT N6 C6 HN61 .
DAT HN62 N6 . .
DAT HN61 N6 . END
DAT "C4'" "O4'" . ADD
DAT N9 C8 . ADD
DAT C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DAT O1B PB deloc 1.510 0.020
DAT O2B PB deloc 1.510 0.020
DAT O3B PB deloc 1.510 0.020
DAT PB O3A single 1.610 0.020
DAT O1A PA deloc 1.510 0.020
DAT PA O2A deloc 1.510 0.020
DAT O3A PA single 1.610 0.020
DAT "O5'" PA single 1.610 0.020
DAT "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
DAT "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
DAT "H5'1" "C5'" single 1.092 0.020
DAT "H5'2" "C5'" single 1.092 0.020
DAT "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
DAT "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
DAT "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
DAT "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
DAT "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
DAT "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
DAT "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
DAT "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
DAT "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
DAT "H2'1" "C2'" single 1.092 0.020
DAT "H2'2" "C2'" single 1.092 0.020
DAT N9 "C1'" single 1.485 0.020
DAT "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
DAT N9 C8 single 1.337 0.020
DAT C4 N9 single 1.337 0.020
DAT C8 N7 double 1.350 0.020
DAT H8 C8 single 1.083 0.020
DAT N7 C5 single 1.350 0.020
DAT C5 C6 single 1.490 0.020
DAT C5 C4 double 1.490 0.020
DAT N6 C6 single 1.355 0.020
DAT C6 N1 double 1.350 0.020
DAT HN61 N6 single 1.010 0.020
DAT HN62 N6 single 1.010 0.020
DAT N1 C2 single 1.337 0.020
DAT C2 N3 double 1.337 0.020
DAT H2 C2 single 1.083 0.020
DAT N3 C4 single 1.355 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DAT O2A PA O1A 119.900 3.000
DAT O2A PA O3A 108.200 3.000
DAT O2A PA "O5'" 108.200 3.000
DAT O1A PA O3A 108.200 3.000
DAT O1A PA "O5'" 108.200 3.000
DAT O3A PA "O5'" 102.600 3.000
DAT PA O3A PB 120.500 3.000
DAT O3A PB O3B 108.200 3.000
DAT O3A PB O2B 108.200 3.000
DAT O3A PB O1B 108.200 3.000
DAT O3B PB O2B 119.900 3.000
DAT O3B PB O1B 119.900 3.000
DAT O2B PB O1B 119.900 3.000
DAT PA "O5'" "C5'" 120.500 3.000
DAT "O5'" "C5'" "H5'1" 109.470 3.000
DAT "O5'" "C5'" "H5'2" 109.470 3.000
DAT "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DAT "H5'1" "C5'" "H5'2" 107.900 3.000
DAT "H5'1" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DAT "H5'2" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DAT "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
DAT "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
DAT "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DAT "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
DAT "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DAT "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DAT "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
DAT "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DAT "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
DAT "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DAT "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
DAT "O3'" "C3'" "C2'" 109.470 3.000
DAT "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
DAT "C3'" "C2'" "H2'1" 109.470 3.000
DAT "C3'" "C2'" "H2'2" 109.470 3.000
DAT "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
DAT "H2'1" "C2'" "H2'2" 107.900 3.000
DAT "H2'1" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DAT "H2'2" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DAT "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
DAT "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
DAT "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
DAT "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
DAT "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
DAT "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
DAT "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
DAT "C1'" N9 C4 126.000 3.000
DAT "C1'" N9 C8 126.000 3.000
DAT C4 N9 C8 108.000 3.000
DAT N9 C4 C5 108.000 3.000
DAT N9 C4 N3 132.000 3.000
DAT C5 C4 N3 120.000 3.000
DAT C4 C5 N7 108.000 3.000
DAT C4 C5 C6 120.000 3.000
DAT N7 C5 C6 132.000 3.000
DAT C5 N7 C8 108.000 3.000
DAT N7 C8 H8 126.000 3.000
DAT N7 C8 N9 108.000 3.000
DAT H8 C8 N9 126.000 3.000
DAT C4 N3 C2 120.000 3.000
DAT N3 C2 H2 120.000 3.000
DAT N3 C2 N1 120.000 3.000
DAT H2 C2 N1 120.000 3.000
DAT C2 N1 C6 120.000 3.000
DAT N1 C6 N6 120.000 3.000
DAT N1 C6 C5 120.000 3.000
DAT N6 C6 C5 120.000 3.000
DAT C6 N6 HN62 120.000 3.000
DAT C6 N6 HN61 120.000 3.000
DAT HN62 N6 HN61 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DAT var_1 O2A PA O3A PB 59.986 20.000 1
DAT var_2 PA O3A PB O1B 60.036 20.000 1
DAT var_3 O2A PA "O5'" "C5'" -59.965 20.000 1
DAT var_4 PA "O5'" "C5'" "C4'" 179.951 20.000 1
DAT var_5 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" -179.999 20.000 3
DAT var_6 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 150.000 20.000 1
DAT var_7 "C5'" "C4'" "C3'" "C2'" -150.000 20.000 3
DAT var_8 "C4'" "C3'" "O3'" "HO3'" 174.198 20.000 1
DAT var_9 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" 30.000 20.000 3
DAT var_10 "C3'" "C2'" "C1'" N9 120.000 20.000 3
DAT var_11 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
DAT var_12 "C2'" "C1'" N9 C4 90.240 20.000 1
DAT CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
DAT CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
DAT CONST_3 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
DAT CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
DAT CONST_5 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
DAT CONST_6 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
DAT CONST_7 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
DAT CONST_8 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
DAT CONST_9 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
DAT CONST_10 C2 N1 C6 N6 180.000 0.000 0
DAT CONST_11 N1 C6 N6 HN61 -0.008 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DAT chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
DAT chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
DAT chir_03 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DAT plan-1 N9 0.020
DAT plan-1 "C1'" 0.020
DAT plan-1 C8 0.020
DAT plan-1 C4 0.020
DAT plan-1 N7 0.020
DAT plan-1 H8 0.020
DAT plan-1 C5 0.020
DAT plan-1 C6 0.020
DAT plan-1 N1 0.020
DAT plan-1 C2 0.020
DAT plan-1 N3 0.020
DAT plan-1 N6 0.020
DAT plan-1 H2 0.020
DAT plan-1 HN62 0.020
DAT plan-1 HN61 0.020
DAT plan-2 N6 0.020
DAT plan-2 C6 0.020
DAT plan-2 HN61 0.020
DAT plan-2 HN62 0.020
# ------------------------------------------------------
|
