1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DD1 DD1 '5-{[1-(2-fluorobenzyl)piperidin-4-yl' non-polymer 52 28 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DD1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DD1 F58 F F 0.000 0.000 0.000 0.000
DD1 C1 C CR6 0.000 0.246 -0.639 -1.165
DD1 C2 C CR6 0.000 -0.173 -1.948 -1.339
DD1 C3 C CR16 0.000 0.074 -2.599 -2.532
DD1 H3 H H 0.000 -0.262 -3.619 -2.671
DD1 C4 C CR16 0.000 0.749 -1.949 -3.548
DD1 H4 H H 0.000 0.947 -2.462 -4.481
DD1 C5 C CR16 0.000 1.173 -0.644 -3.374
DD1 H5 H H 0.000 1.702 -0.136 -4.170
DD1 C6 C CR16 0.000 0.922 0.011 -2.183
DD1 H6 H H 0.000 1.255 1.032 -2.046
DD1 C13 C CH2 0.000 -0.905 -2.658 -0.229
DD1 H13 H H 0.000 -0.449 -2.402 0.729
DD1 H13A H H 0.000 -0.841 -3.737 -0.385
DD1 N15 N NT 0.000 -2.314 -2.245 -0.229
DD1 C17 C CH2 0.000 -2.447 -0.823 0.114
DD1 H17 H H 0.000 -1.820 -0.229 -0.556
DD1 H17A H H 0.000 -2.125 -0.667 1.145
DD1 C18 C CH2 0.000 -3.907 -0.394 -0.037
DD1 H18 H H 0.000 -4.225 -0.536 -1.072
DD1 H18A H H 0.000 -4.008 0.660 0.232
DD1 C19 C CH1 0.000 -4.782 -1.244 0.889
DD1 H19 H H 0.000 -4.490 -1.070 1.934
DD1 C20 C CH2 0.000 -4.590 -2.724 0.542
DD1 H20 H H 0.000 -4.919 -2.905 -0.483
DD1 H20A H H 0.000 -5.179 -3.339 1.226
DD1 C21 C CH2 0.000 -3.109 -3.085 0.676
DD1 H21A H H 0.000 -2.968 -4.137 0.417
DD1 H21 H H 0.000 -2.787 -2.919 1.706
DD1 C28 C CH2 0.000 -6.252 -0.861 0.697
DD1 H28 H H 0.000 -6.882 -1.532 1.285
DD1 H28A H H 0.000 -6.516 -0.948 -0.359
DD1 O30 O O2 0.000 -6.452 0.486 1.131
DD1 C32 C CR6 0.000 -7.710 0.985 1.028
DD1 C34 C CR16 0.000 -8.730 0.205 0.519
DD1 H34 H H 0.000 -8.521 -0.807 0.195
DD1 C35 C CR16 0.000 -10.022 0.707 0.417
DD1 H35 H H 0.000 -10.809 0.076 0.024
DD1 C36 C CR16 0.000 -10.315 1.983 0.804
DD1 H36 H H 0.000 -11.327 2.358 0.712
DD1 C37 C CR66 0.000 -9.305 2.804 1.319
DD1 C38 C CR66 0.000 -7.987 2.299 1.434
DD1 N48 N NRD6 0.000 -9.550 4.065 1.712
DD1 C47 C CR6 0.000 -8.577 4.814 2.194
DD1 N56 N NH2 0.000 -8.871 6.108 2.587
DD1 HN5B H H 0.000 -9.815 6.470 2.505
DD1 HN56 H H 0.000 -8.144 6.710 2.962
DD1 N46 N NRD6 0.000 -7.327 4.378 2.318
DD1 C45 C CR6 0.000 -6.985 3.149 1.958
DD1 N54 N NH2 0.000 -5.685 2.710 2.092
DD1 HN5A H H 0.000 -5.480 1.717 2.142
DD1 HN54 H H 0.000 -4.920 3.375 2.141
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DD1 F58 n/a C1 START
DD1 C1 F58 C2 .
DD1 C2 C1 C13 .
DD1 C3 C2 C4 .
DD1 H3 C3 . .
DD1 C4 C3 C5 .
DD1 H4 C4 . .
DD1 C5 C4 C6 .
DD1 H5 C5 . .
DD1 C6 C5 H6 .
DD1 H6 C6 . .
DD1 C13 C2 N15 .
DD1 H13 C13 . .
DD1 H13A C13 . .
DD1 N15 C13 C17 .
DD1 C17 N15 C18 .
DD1 H17 C17 . .
DD1 H17A C17 . .
DD1 C18 C17 C19 .
DD1 H18 C18 . .
DD1 H18A C18 . .
DD1 C19 C18 C28 .
DD1 H19 C19 . .
DD1 C20 C19 C21 .
DD1 H20 C20 . .
DD1 H20A C20 . .
DD1 C21 C20 H21 .
DD1 H21A C21 . .
DD1 H21 C21 . .
DD1 C28 C19 O30 .
DD1 H28 C28 . .
DD1 H28A C28 . .
DD1 O30 C28 C32 .
DD1 C32 O30 C34 .
DD1 C34 C32 C35 .
DD1 H34 C34 . .
DD1 C35 C34 C36 .
DD1 H35 C35 . .
DD1 C36 C35 C37 .
DD1 H36 C36 . .
DD1 C37 C36 N48 .
DD1 C38 C37 . .
DD1 N48 C37 C47 .
DD1 C47 N48 N46 .
DD1 N56 C47 HN56 .
DD1 HN5B N56 . .
DD1 HN56 N56 . .
DD1 N46 C47 C45 .
DD1 C45 N46 N54 .
DD1 N54 C45 HN54 .
DD1 HN5A N54 . .
DD1 HN54 N54 . END
DD1 C1 C6 . ADD
DD1 N15 C21 . ADD
DD1 C32 C38 . ADD
DD1 C38 C45 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DD1 C1 F58 single 1.345 0.020
DD1 C1 C6 double 1.390 0.020
DD1 C2 C1 single 1.487 0.020
DD1 C6 C5 single 1.390 0.020
DD1 C5 C4 double 1.390 0.020
DD1 C4 C3 single 1.390 0.020
DD1 C3 C2 double 1.390 0.020
DD1 C13 C2 single 1.511 0.020
DD1 N15 C13 single 1.469 0.020
DD1 N15 C21 single 1.469 0.020
DD1 C17 N15 single 1.469 0.020
DD1 C21 C20 single 1.524 0.020
DD1 C20 C19 single 1.524 0.020
DD1 C19 C18 single 1.524 0.020
DD1 C28 C19 single 1.524 0.020
DD1 C18 C17 single 1.524 0.020
DD1 O30 C28 single 1.426 0.020
DD1 C32 O30 single 1.370 0.020
DD1 C32 C38 double 1.490 0.020
DD1 C34 C32 single 1.390 0.020
DD1 C38 C45 single 1.490 0.020
DD1 C38 C37 single 1.490 0.020
DD1 N54 C45 single 1.355 0.020
DD1 C45 N46 double 1.350 0.020
DD1 N46 C47 single 1.350 0.020
DD1 N56 C47 single 1.355 0.020
DD1 C47 N48 double 1.350 0.020
DD1 N48 C37 single 1.350 0.020
DD1 C37 C36 double 1.390 0.020
DD1 C36 C35 single 1.390 0.020
DD1 C35 C34 double 1.390 0.020
DD1 H6 C6 single 1.083 0.020
DD1 H5 C5 single 1.083 0.020
DD1 H4 C4 single 1.083 0.020
DD1 H3 C3 single 1.083 0.020
DD1 H13 C13 single 1.092 0.020
DD1 H13A C13 single 1.092 0.020
DD1 H21 C21 single 1.092 0.020
DD1 H21A C21 single 1.092 0.020
DD1 H20 C20 single 1.092 0.020
DD1 H20A C20 single 1.092 0.020
DD1 H19 C19 single 1.099 0.020
DD1 H18 C18 single 1.092 0.020
DD1 H18A C18 single 1.092 0.020
DD1 H17 C17 single 1.092 0.020
DD1 H17A C17 single 1.092 0.020
DD1 H28 C28 single 1.092 0.020
DD1 H28A C28 single 1.092 0.020
DD1 HN54 N54 single 1.010 0.020
DD1 HN5A N54 single 1.010 0.020
DD1 HN56 N56 single 1.010 0.020
DD1 HN5B N56 single 1.010 0.020
DD1 H36 C36 single 1.083 0.020
DD1 H35 C35 single 1.083 0.020
DD1 H34 C34 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DD1 F58 C1 C2 120.000 3.000
DD1 F58 C1 C6 120.000 3.000
DD1 C2 C1 C6 120.000 3.000
DD1 C1 C2 C3 120.000 3.000
DD1 C1 C2 C13 120.000 3.000
DD1 C3 C2 C13 120.000 3.000
DD1 C2 C3 H3 120.000 3.000
DD1 C2 C3 C4 120.000 3.000
DD1 H3 C3 C4 120.000 3.000
DD1 C3 C4 H4 120.000 3.000
DD1 C3 C4 C5 120.000 3.000
DD1 H4 C4 C5 120.000 3.000
DD1 C4 C5 H5 120.000 3.000
DD1 C4 C5 C6 120.000 3.000
DD1 H5 C5 C6 120.000 3.000
DD1 C5 C6 H6 120.000 3.000
DD1 C5 C6 C1 120.000 3.000
DD1 H6 C6 C1 120.000 3.000
DD1 C2 C13 H13 109.470 3.000
DD1 C2 C13 H13A 109.470 3.000
DD1 C2 C13 N15 109.500 3.000
DD1 H13 C13 H13A 107.900 3.000
DD1 H13 C13 N15 109.470 3.000
DD1 H13A C13 N15 109.470 3.000
DD1 C13 N15 C17 109.470 3.000
DD1 C13 N15 C21 109.470 3.000
DD1 C17 N15 C21 109.470 3.000
DD1 N15 C17 H17 109.470 3.000
DD1 N15 C17 H17A 109.470 3.000
DD1 N15 C17 C18 109.470 3.000
DD1 H17 C17 H17A 107.900 3.000
DD1 H17 C17 C18 109.470 3.000
DD1 H17A C17 C18 109.470 3.000
DD1 C17 C18 H18 109.470 3.000
DD1 C17 C18 H18A 109.470 3.000
DD1 C17 C18 C19 111.000 3.000
DD1 H18 C18 H18A 107.900 3.000
DD1 H18 C18 C19 109.470 3.000
DD1 H18A C18 C19 109.470 3.000
DD1 C18 C19 H19 108.340 3.000
DD1 C18 C19 C20 109.470 3.000
DD1 C18 C19 C28 109.470 3.000
DD1 H19 C19 C20 108.340 3.000
DD1 H19 C19 C28 108.340 3.000
DD1 C20 C19 C28 109.470 3.000
DD1 C19 C20 H20 109.470 3.000
DD1 C19 C20 H20A 109.470 3.000
DD1 C19 C20 C21 111.000 3.000
DD1 H20 C20 H20A 107.900 3.000
DD1 H20 C20 C21 109.470 3.000
DD1 H20A C20 C21 109.470 3.000
DD1 C20 C21 H21A 109.470 3.000
DD1 C20 C21 H21 109.470 3.000
DD1 C20 C21 N15 109.470 3.000
DD1 H21A C21 H21 107.900 3.000
DD1 H21A C21 N15 109.470 3.000
DD1 H21 C21 N15 109.470 3.000
DD1 C19 C28 H28 109.470 3.000
DD1 C19 C28 H28A 109.470 3.000
DD1 C19 C28 O30 109.470 3.000
DD1 H28 C28 H28A 107.900 3.000
DD1 H28 C28 O30 109.470 3.000
DD1 H28A C28 O30 109.470 3.000
DD1 C28 O30 C32 120.000 3.000
DD1 O30 C32 C34 120.000 3.000
DD1 O30 C32 C38 120.000 3.000
DD1 C34 C32 C38 120.000 3.000
DD1 C32 C34 H34 120.000 3.000
DD1 C32 C34 C35 120.000 3.000
DD1 H34 C34 C35 120.000 3.000
DD1 C34 C35 H35 120.000 3.000
DD1 C34 C35 C36 120.000 3.000
DD1 H35 C35 C36 120.000 3.000
DD1 C35 C36 H36 120.000 3.000
DD1 C35 C36 C37 120.000 3.000
DD1 H36 C36 C37 120.000 3.000
DD1 C36 C37 C38 120.000 3.000
DD1 C36 C37 N48 120.000 3.000
DD1 C38 C37 N48 120.000 3.000
DD1 C37 C38 C32 120.000 3.000
DD1 C37 C38 C45 120.000 3.000
DD1 C32 C38 C45 120.000 3.000
DD1 C37 N48 C47 120.000 3.000
DD1 N48 C47 N56 120.000 3.000
DD1 N48 C47 N46 120.000 3.000
DD1 N56 C47 N46 120.000 3.000
DD1 C47 N56 HN5B 120.000 3.000
DD1 C47 N56 HN56 120.000 3.000
DD1 HN5B N56 HN56 120.000 3.000
DD1 C47 N46 C45 120.000 3.000
DD1 N46 C45 N54 120.000 3.000
DD1 N46 C45 C38 120.000 3.000
DD1 N54 C45 C38 120.000 3.000
DD1 C45 N54 HN5A 120.000 3.000
DD1 C45 N54 HN54 120.000 3.000
DD1 HN5A N54 HN54 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DD1 CONST_1 F58 C1 C6 C5 180.000 0.000 0
DD1 CONST_2 F58 C1 C2 C13 0.000 0.000 0
DD1 CONST_3 C1 C2 C3 C4 0.000 0.000 0
DD1 CONST_4 C2 C3 C4 C5 0.000 0.000 0
DD1 CONST_5 C3 C4 C5 C6 0.000 0.000 0
DD1 CONST_6 C4 C5 C6 C1 0.000 0.000 0
DD1 var_1 C1 C2 C13 N15 79.963 20.000 2
DD1 var_2 C2 C13 N15 C17 -65.777 20.000 1
DD1 var_3 C13 N15 C21 C20 180.000 20.000 1
DD1 var_4 C13 N15 C17 C18 180.000 20.000 1
DD1 var_5 N15 C17 C18 C19 60.000 20.000 3
DD1 var_6 C17 C18 C19 C28 180.000 20.000 3
DD1 var_7 C18 C19 C20 C21 60.000 20.000 3
DD1 var_8 C19 C20 C21 N15 -60.000 20.000 3
DD1 var_9 C18 C19 C28 O30 -65.360 20.000 3
DD1 var_10 C19 C28 O30 C32 -179.987 20.000 1
DD1 var_11 C28 O30 C32 C34 -0.256 20.000 1
DD1 CONST_7 O30 C32 C38 C37 180.000 0.000 0
DD1 CONST_8 O30 C32 C34 C35 180.000 0.000 0
DD1 CONST_9 C32 C34 C35 C36 0.000 0.000 0
DD1 CONST_10 C34 C35 C36 C37 0.000 0.000 0
DD1 CONST_11 C35 C36 C37 N48 180.000 0.000 0
DD1 CONST_12 C36 C37 C38 C32 0.000 0.000 0
DD1 CONST_13 C37 C38 C45 N46 0.000 0.000 0
DD1 CONST_14 C36 C37 N48 C47 180.000 0.000 0
DD1 CONST_15 C37 N48 C47 N46 0.000 0.000 0
DD1 CONST_16 N48 C47 N56 HN56 -179.991 0.000 0
DD1 CONST_17 N48 C47 N46 C45 0.000 0.000 0
DD1 CONST_18 C47 N46 C45 N54 180.000 0.000 0
DD1 CONST_19 N46 C45 N54 HN54 -22.109 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DD1 chir_01 N15 C13 C21 C17 negativ
DD1 chir_02 C19 C20 C18 C28 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DD1 plan-1 C1 0.020
DD1 plan-1 F58 0.020
DD1 plan-1 C6 0.020
DD1 plan-1 C2 0.020
DD1 plan-1 C5 0.020
DD1 plan-1 C4 0.020
DD1 plan-1 C3 0.020
DD1 plan-1 H6 0.020
DD1 plan-1 H5 0.020
DD1 plan-1 H4 0.020
DD1 plan-1 H3 0.020
DD1 plan-1 C13 0.020
DD1 plan-2 C32 0.020
DD1 plan-2 O30 0.020
DD1 plan-2 C38 0.020
DD1 plan-2 C34 0.020
DD1 plan-2 C36 0.020
DD1 plan-2 C35 0.020
DD1 plan-2 C45 0.020
DD1 plan-2 C37 0.020
DD1 plan-2 N46 0.020
DD1 plan-2 C47 0.020
DD1 plan-2 N48 0.020
DD1 plan-2 N54 0.020
DD1 plan-2 N56 0.020
DD1 plan-2 H36 0.020
DD1 plan-2 H35 0.020
DD1 plan-2 H34 0.020
DD1 plan-2 HN5A 0.020
DD1 plan-2 HN54 0.020
DD1 plan-2 HN5B 0.020
DD1 plan-2 HN56 0.020
DD1 plan-3 N54 0.020
DD1 plan-3 C45 0.020
DD1 plan-3 HN54 0.020
DD1 plan-3 HN5A 0.020
DD1 plan-4 N56 0.020
DD1 plan-4 C47 0.020
DD1 plan-4 HN56 0.020
DD1 plan-4 HN5B 0.020
# ------------------------------------------------------
|
