1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DD2 DD2 '5-{[1-(2,3-dichlorobenzyl)piperidin-' non-polymer 52 29 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DD2
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DD2 CL7 CL CL 0.000 0.000 0.000 0.000
DD2 C6 C CR6 0.000 -1.019 0.722 -1.207
DD2 C1 C CR6 0.000 -2.212 1.321 -0.839
DD2 CL8 CL CL 0.000 -2.687 1.355 0.831
DD2 C5 C CR16 0.000 -0.638 0.700 -2.536
DD2 H5 H H 0.000 0.295 0.232 -2.824
DD2 C4 C CR16 0.000 -1.449 1.275 -3.497
DD2 H4 H H 0.000 -1.151 1.256 -4.538
DD2 C3 C CR16 0.000 -2.640 1.873 -3.130
DD2 H3 H H 0.000 -3.275 2.324 -3.883
DD2 C2 C CR6 0.000 -3.022 1.895 -1.801
DD2 C9 C CH2 0.000 -4.321 2.547 -1.401
DD2 H9 H H 0.000 -4.673 3.185 -2.214
DD2 H9A H H 0.000 -4.163 3.153 -0.507
DD2 N10 N NT 0.000 -5.323 1.509 -1.121
DD2 C15 C CH2 0.000 -5.764 0.856 -2.360
DD2 H15 H H 0.000 -4.893 0.483 -2.904
DD2 H15A H H 0.000 -6.297 1.578 -2.982
DD2 C14 C CH2 0.000 -6.693 -0.312 -2.020
DD2 H14 H H 0.000 -6.155 -1.041 -1.411
DD2 H14A H H 0.000 -7.032 -0.789 -2.942
DD2 C13 C CH1 0.000 -7.902 0.215 -1.242
DD2 H13 H H 0.000 -8.466 0.919 -1.870
DD2 C12 C CH2 0.000 -7.413 0.933 0.019
DD2 H12 H H 0.000 -6.887 0.224 0.662
DD2 H12A H H 0.000 -8.268 1.347 0.558
DD2 C11 C CH2 0.000 -6.463 2.064 -0.381
DD2 H11A H H 0.000 -6.103 2.570 0.518
DD2 H11 H H 0.000 -6.995 2.780 -1.011
DD2 C16 C CH2 0.000 -8.804 -0.955 -0.846
DD2 H16 H H 0.000 -8.272 -1.605 -0.148
DD2 H16A H H 0.000 -9.074 -1.524 -1.738
DD2 O17 O O2 0.000 -9.989 -0.453 -0.223
DD2 C18 C CR6 0.000 -10.901 -1.369 0.191
DD2 C23 C CR66 0.000 -12.087 -0.954 0.818
DD2 C24 C CR6 0.000 -12.379 0.412 1.042
DD2 N29 N NH2 0.000 -11.498 1.396 0.647
DD2 HN2A H H 0.000 -11.533 2.318 1.070
DD2 HN29 H H 0.000 -10.805 1.208 -0.070
DD2 N25 N NRD6 0.000 -13.521 0.723 1.641
DD2 C26 C CR6 0.000 -14.386 -0.217 2.013
DD2 N28 N NH2 0.000 -15.559 0.171 2.632
DD2 HN2B H H 0.000 -16.240 -0.522 2.928
DD2 HN28 H H 0.000 -15.754 1.154 2.799
DD2 N27 N NRD6 0.000 -14.162 -1.505 1.832
DD2 C22 C CR66 0.000 -13.032 -1.920 1.240
DD2 C21 C CR16 0.000 -12.764 -3.281 1.034
DD2 H21 H H 0.000 -13.477 -4.029 1.355
DD2 C20 C CR16 0.000 -11.602 -3.659 0.427
DD2 H20 H H 0.000 -11.401 -4.712 0.271
DD2 C19 C CR16 0.000 -10.671 -2.718 0.006
DD2 H19 H H 0.000 -9.757 -3.045 -0.472
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DD2 CL7 n/a C6 START
DD2 C6 CL7 C5 .
DD2 C1 C6 CL8 .
DD2 CL8 C1 . .
DD2 C5 C6 C4 .
DD2 H5 C5 . .
DD2 C4 C5 C3 .
DD2 H4 C4 . .
DD2 C3 C4 C2 .
DD2 H3 C3 . .
DD2 C2 C3 C9 .
DD2 C9 C2 N10 .
DD2 H9 C9 . .
DD2 H9A C9 . .
DD2 N10 C9 C15 .
DD2 C15 N10 C14 .
DD2 H15 C15 . .
DD2 H15A C15 . .
DD2 C14 C15 C13 .
DD2 H14 C14 . .
DD2 H14A C14 . .
DD2 C13 C14 C16 .
DD2 H13 C13 . .
DD2 C12 C13 C11 .
DD2 H12 C12 . .
DD2 H12A C12 . .
DD2 C11 C12 H11 .
DD2 H11A C11 . .
DD2 H11 C11 . .
DD2 C16 C13 O17 .
DD2 H16 C16 . .
DD2 H16A C16 . .
DD2 O17 C16 C18 .
DD2 C18 O17 C23 .
DD2 C23 C18 C24 .
DD2 C24 C23 N25 .
DD2 N29 C24 HN29 .
DD2 HN2A N29 . .
DD2 HN29 N29 . .
DD2 N25 C24 C26 .
DD2 C26 N25 N27 .
DD2 N28 C26 HN28 .
DD2 HN2B N28 . .
DD2 HN28 N28 . .
DD2 N27 C26 C22 .
DD2 C22 N27 C21 .
DD2 C21 C22 C20 .
DD2 H21 C21 . .
DD2 C20 C21 C19 .
DD2 H20 C20 . .
DD2 C19 C20 H19 .
DD2 H19 C19 . END
DD2 C1 C2 . ADD
DD2 C11 N10 . ADD
DD2 C18 C19 . ADD
DD2 C22 C23 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DD2 C1 C2 double 1.487 0.020
DD2 C1 C6 single 1.487 0.020
DD2 CL8 C1 single 1.795 0.020
DD2 C2 C3 single 1.390 0.020
DD2 C9 C2 single 1.511 0.020
DD2 C3 C4 double 1.390 0.020
DD2 C4 C5 single 1.390 0.020
DD2 C5 C6 double 1.390 0.020
DD2 C6 CL7 single 1.795 0.020
DD2 N10 C9 single 1.469 0.020
DD2 C11 N10 single 1.469 0.020
DD2 C11 C12 single 1.524 0.020
DD2 C14 C15 single 1.524 0.020
DD2 C13 C14 single 1.524 0.020
DD2 C15 N10 single 1.469 0.020
DD2 C18 O17 single 1.370 0.020
DD2 O17 C16 single 1.426 0.020
DD2 C18 C19 double 1.390 0.020
DD2 C23 C18 single 1.490 0.020
DD2 C19 C20 single 1.390 0.020
DD2 C20 C21 double 1.390 0.020
DD2 C21 C22 single 1.390 0.020
DD2 C22 C23 double 1.490 0.020
DD2 C22 N27 single 1.350 0.020
DD2 C24 C23 single 1.490 0.020
DD2 N29 C24 single 1.355 0.020
DD2 N25 C24 double 1.350 0.020
DD2 C26 N25 single 1.350 0.020
DD2 N28 C26 single 1.355 0.020
DD2 N27 C26 double 1.350 0.020
DD2 C12 C13 single 1.524 0.020
DD2 C16 C13 single 1.524 0.020
DD2 H3 C3 single 1.083 0.020
DD2 H4 C4 single 1.083 0.020
DD2 H5 C5 single 1.083 0.020
DD2 H9 C9 single 1.092 0.020
DD2 H9A C9 single 1.092 0.020
DD2 H11 C11 single 1.092 0.020
DD2 H11A C11 single 1.092 0.020
DD2 H14 C14 single 1.092 0.020
DD2 H14A C14 single 1.092 0.020
DD2 H15 C15 single 1.092 0.020
DD2 H15A C15 single 1.092 0.020
DD2 H19 C19 single 1.083 0.020
DD2 H20 C20 single 1.083 0.020
DD2 H21 C21 single 1.083 0.020
DD2 H13 C13 single 1.099 0.020
DD2 H12 C12 single 1.092 0.020
DD2 H12A C12 single 1.092 0.020
DD2 H16 C16 single 1.092 0.020
DD2 H16A C16 single 1.092 0.020
DD2 HN29 N29 single 1.010 0.020
DD2 HN2A N29 single 1.010 0.020
DD2 HN28 N28 single 1.010 0.020
DD2 HN2B N28 single 1.010 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DD2 CL7 C6 C1 120.000 3.000
DD2 CL7 C6 C5 120.000 3.000
DD2 C1 C6 C5 120.000 3.000
DD2 C6 C1 CL8 120.000 3.000
DD2 C6 C1 C2 120.000 3.000
DD2 CL8 C1 C2 120.000 3.000
DD2 C6 C5 H5 120.000 3.000
DD2 C6 C5 C4 120.000 3.000
DD2 H5 C5 C4 120.000 3.000
DD2 C5 C4 H4 120.000 3.000
DD2 C5 C4 C3 120.000 3.000
DD2 H4 C4 C3 120.000 3.000
DD2 C4 C3 H3 120.000 3.000
DD2 C4 C3 C2 120.000 3.000
DD2 H3 C3 C2 120.000 3.000
DD2 C3 C2 C9 120.000 3.000
DD2 C3 C2 C1 120.000 3.000
DD2 C9 C2 C1 120.000 3.000
DD2 C2 C9 H9 109.470 3.000
DD2 C2 C9 H9A 109.470 3.000
DD2 C2 C9 N10 109.500 3.000
DD2 H9 C9 H9A 107.900 3.000
DD2 H9 C9 N10 109.470 3.000
DD2 H9A C9 N10 109.470 3.000
DD2 C9 N10 C15 109.470 3.000
DD2 C9 N10 C11 109.470 3.000
DD2 C15 N10 C11 109.470 3.000
DD2 N10 C15 H15 109.470 3.000
DD2 N10 C15 H15A 109.470 3.000
DD2 N10 C15 C14 109.470 3.000
DD2 H15 C15 H15A 107.900 3.000
DD2 H15 C15 C14 109.470 3.000
DD2 H15A C15 C14 109.470 3.000
DD2 C15 C14 H14 109.470 3.000
DD2 C15 C14 H14A 109.470 3.000
DD2 C15 C14 C13 111.000 3.000
DD2 H14 C14 H14A 107.900 3.000
DD2 H14 C14 C13 109.470 3.000
DD2 H14A C14 C13 109.470 3.000
DD2 C14 C13 H13 108.340 3.000
DD2 C14 C13 C12 109.470 3.000
DD2 C14 C13 C16 109.470 3.000
DD2 H13 C13 C12 108.340 3.000
DD2 H13 C13 C16 108.340 3.000
DD2 C12 C13 C16 109.470 3.000
DD2 C13 C12 H12 109.470 3.000
DD2 C13 C12 H12A 109.470 3.000
DD2 C13 C12 C11 111.000 3.000
DD2 H12 C12 H12A 107.900 3.000
DD2 H12 C12 C11 109.470 3.000
DD2 H12A C12 C11 109.470 3.000
DD2 C12 C11 H11A 109.470 3.000
DD2 C12 C11 H11 109.470 3.000
DD2 C12 C11 N10 109.470 3.000
DD2 H11A C11 H11 107.900 3.000
DD2 H11A C11 N10 109.470 3.000
DD2 H11 C11 N10 109.470 3.000
DD2 C13 C16 H16 109.470 3.000
DD2 C13 C16 H16A 109.470 3.000
DD2 C13 C16 O17 109.470 3.000
DD2 H16 C16 H16A 107.900 3.000
DD2 H16 C16 O17 109.470 3.000
DD2 H16A C16 O17 109.470 3.000
DD2 C16 O17 C18 120.000 3.000
DD2 O17 C18 C23 120.000 3.000
DD2 O17 C18 C19 120.000 3.000
DD2 C23 C18 C19 120.000 3.000
DD2 C18 C23 C24 120.000 3.000
DD2 C18 C23 C22 120.000 3.000
DD2 C24 C23 C22 120.000 3.000
DD2 C23 C24 N29 120.000 3.000
DD2 C23 C24 N25 120.000 3.000
DD2 N29 C24 N25 120.000 3.000
DD2 C24 N29 HN2A 120.000 3.000
DD2 C24 N29 HN29 120.000 3.000
DD2 HN2A N29 HN29 120.000 3.000
DD2 C24 N25 C26 120.000 3.000
DD2 N25 C26 N28 120.000 3.000
DD2 N25 C26 N27 120.000 3.000
DD2 N28 C26 N27 120.000 3.000
DD2 C26 N28 HN2B 120.000 3.000
DD2 C26 N28 HN28 120.000 3.000
DD2 HN2B N28 HN28 120.000 3.000
DD2 C26 N27 C22 120.000 3.000
DD2 N27 C22 C21 120.000 3.000
DD2 N27 C22 C23 120.000 3.000
DD2 C21 C22 C23 120.000 3.000
DD2 C22 C21 H21 120.000 3.000
DD2 C22 C21 C20 120.000 3.000
DD2 H21 C21 C20 120.000 3.000
DD2 C21 C20 H20 120.000 3.000
DD2 C21 C20 C19 120.000 3.000
DD2 H20 C20 C19 120.000 3.000
DD2 C20 C19 H19 120.000 3.000
DD2 C20 C19 C18 120.000 3.000
DD2 H19 C19 C18 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DD2 CONST_1 CL7 C6 C1 CL8 0.000 0.000 0
DD2 CONST_2 C6 C1 C2 C3 0.000 0.000 0
DD2 CONST_3 CL7 C6 C5 C4 180.000 0.000 0
DD2 CONST_4 C6 C5 C4 C3 0.000 0.000 0
DD2 CONST_5 C5 C4 C3 C2 0.000 0.000 0
DD2 CONST_6 C4 C3 C2 C9 180.000 0.000 0
DD2 var_1 C3 C2 C9 N10 103.725 20.000 2
DD2 var_2 C2 C9 N10 C15 -71.653 20.000 1
DD2 var_3 C9 N10 C15 C14 180.000 20.000 1
DD2 var_4 N10 C15 C14 C13 60.000 20.000 3
DD2 var_5 C15 C14 C13 C16 180.000 20.000 3
DD2 var_6 C14 C13 C12 C11 60.000 20.000 3
DD2 var_7 C13 C12 C11 N10 -60.000 20.000 3
DD2 var_8 C12 C11 N10 C9 180.000 20.000 1
DD2 var_9 C14 C13 C16 O17 -174.976 20.000 3
DD2 var_10 C13 C16 O17 C18 -179.986 20.000 1
DD2 var_11 C16 O17 C18 C23 179.704 20.000 1
DD2 CONST_7 O17 C18 C19 C20 180.000 0.000 0
DD2 CONST_8 O17 C18 C23 C24 0.000 0.000 0
DD2 CONST_9 C18 C23 C24 N25 180.000 0.000 0
DD2 CONST_10 C23 C24 N29 HN29 21.107 0.000 0
DD2 CONST_11 C23 C24 N25 C26 0.000 0.000 0
DD2 CONST_12 C24 N25 C26 N27 0.000 0.000 0
DD2 CONST_13 N25 C26 N28 HN28 -0.017 0.000 0
DD2 CONST_14 N25 C26 N27 C22 0.000 0.000 0
DD2 CONST_15 C26 N27 C22 C21 180.000 0.000 0
DD2 CONST_16 N27 C22 C23 C18 180.000 0.000 0
DD2 CONST_17 N27 C22 C21 C20 180.000 0.000 0
DD2 CONST_18 C22 C21 C20 C19 0.000 0.000 0
DD2 CONST_19 C21 C20 C19 C18 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DD2 chir_01 N10 C9 C11 C15 negativ
DD2 chir_02 C13 C14 C12 C16 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DD2 plan-1 C1 0.020
DD2 plan-1 C2 0.020
DD2 plan-1 C6 0.020
DD2 plan-1 CL8 0.020
DD2 plan-1 C3 0.020
DD2 plan-1 C4 0.020
DD2 plan-1 C5 0.020
DD2 plan-1 C9 0.020
DD2 plan-1 H3 0.020
DD2 plan-1 H4 0.020
DD2 plan-1 H5 0.020
DD2 plan-1 CL7 0.020
DD2 plan-2 C18 0.020
DD2 plan-2 O17 0.020
DD2 plan-2 C19 0.020
DD2 plan-2 C23 0.020
DD2 plan-2 C20 0.020
DD2 plan-2 C21 0.020
DD2 plan-2 H19 0.020
DD2 plan-2 H20 0.020
DD2 plan-2 C22 0.020
DD2 plan-2 H21 0.020
DD2 plan-2 N27 0.020
DD2 plan-2 C24 0.020
DD2 plan-2 C26 0.020
DD2 plan-2 N25 0.020
DD2 plan-2 N29 0.020
DD2 plan-2 N28 0.020
DD2 plan-2 HN2A 0.020
DD2 plan-2 HN29 0.020
DD2 plan-2 HN2B 0.020
DD2 plan-2 HN28 0.020
DD2 plan-3 N29 0.020
DD2 plan-3 C24 0.020
DD2 plan-3 HN29 0.020
DD2 plan-3 HN2A 0.020
DD2 plan-4 N28 0.020
DD2 plan-4 C26 0.020
DD2 plan-4 HN28 0.020
DD2 plan-4 HN2B 0.020
# ------------------------------------------------------
|
