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321
322
|
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_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
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loop_
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_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DEL DEL '4-DEOXYLACTOSE ' saccharide 44 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DEL
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
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_chem_comp_atom.x
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DEL "H6'2" H H 0.000 -1.620 -1.283 0.016
DEL "C5'" C CH1 0.000 -2.026 0.415 -1.250
DEL "H5'" H H 0.000 -1.813 1.493 -1.262
DEL "O5'" O O2 0.000 -1.458 -0.193 -2.409
DEL "C1'" C CH1 0.000 -1.916 0.533 -3.548
DEL "H1'" H H 0.000 -1.711 1.604 -3.406
DEL "O1'" O OH1 0.000 -1.229 0.069 -4.712
DEL "HO1'" H H 0.000 -0.278 0.202 -4.599
DEL "C4'" C CH1 0.000 -3.540 0.196 -1.242
DEL "H4'" H H 0.000 -3.756 -0.882 -1.252
DEL "C3'" C CH1 0.000 -4.148 0.852 -2.485
DEL "H3'" H H 0.000 -4.025 1.942 -2.423
DEL "O3'" O OH1 0.000 -5.537 0.530 -2.567
DEL "HO3'" H H 0.000 -5.918 0.946 -3.353
DEL "C2'" C CH1 0.000 -3.420 0.322 -3.726
DEL "H2'" H H 0.000 -3.629 -0.750 -3.845
DEL "O2'" O OH1 0.000 -3.869 1.029 -4.883
DEL "HO2'" H H 0.000 -3.409 0.693 -5.664
DEL O1 O O2 0.000 -4.101 0.785 -0.068
DEL C1 C CH1 0.000 -4.672 -0.279 0.696
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DEL C4 C CH2 0.000 -6.775 -1.551 2.122
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DEL C3 C CH1 0.000 -5.623 -0.918 2.911
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DEL C2 C CH1 0.000 -5.042 0.236 2.088
DEL H2 H H 0.000 -5.790 1.036 1.997
DEL O2 O OH1 0.000 -3.875 0.745 2.738
DEL HO2 H H 0.000 -4.112 1.065 3.619
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DEL "O6'" n/a "C6'" START
DEL "HO6'" "O6'" . .
DEL "C6'" "O6'" "C5'" .
DEL "H6'1" "C6'" . .
DEL "H6'2" "C6'" . .
DEL "C5'" "C6'" "C4'" .
DEL "H5'" "C5'" . .
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DEL "C1'" "O5'" "O1'" .
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DEL "O1'" "C1'" "HO1'" .
DEL "HO1'" "O1'" . .
DEL "C4'" "C5'" O1 .
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DEL "C3'" "C4'" "C2'" .
DEL "H3'" "C3'" . .
DEL "O3'" "C3'" "HO3'" .
DEL "HO3'" "O3'" . .
DEL "C2'" "C3'" "O2'" .
DEL "H2'" "C2'" . .
DEL "O2'" "C2'" "HO2'" .
DEL "HO2'" "O2'" . .
DEL O1 "C4'" C1 .
DEL C1 O1 O5 .
DEL H1 C1 . .
DEL O5 C1 C5 .
DEL C5 O5 C4 .
DEL H5 C5 . .
DEL C6 C5 O6 .
DEL H61 C6 . .
DEL H62 C6 . .
DEL O6 C6 HO6 .
DEL HO6 O6 . .
DEL C4 C5 C3 .
DEL HC41 C4 . .
DEL HC42 C4 . .
DEL C3 C4 C2 .
DEL H3 C3 . .
DEL O3 C3 HO3 .
DEL HO3 O3 . .
DEL C2 C3 O2 .
DEL H2 C2 . .
DEL O2 C2 HO2 .
DEL HO2 O2 . END
DEL C1 C2 . ADD
DEL "C1'" "C2'" . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
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DEL "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
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DEL "C5'" "C6'" single 1.524 0.020
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DEL "C6'" "O6'" single 1.432 0.020
DEL "H6'1" "C6'" single 1.092 0.020
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DEL "HO2'" "O2'" single 0.967 0.020
DEL "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
DEL "HO6'" "O6'" single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
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DEL "H6'1" "C6'" "C5'" 109.470 3.000
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DEL C2 O2 HO2 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DEL var_1 "HO6'" "O6'" "C6'" "C5'" -179.992 20.000 1
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DEL var_14 O1 C1 C2 C3 180.000 20.000 3
DEL var_15 O1 C1 O5 C5 180.000 20.000 1
DEL var_16 C1 O5 C5 C4 60.000 20.000 1
DEL var_17 O5 C5 C6 O6 59.823 20.000 3
DEL var_18 C5 C6 O6 HO6 179.999 20.000 1
DEL var_19 O5 C5 C4 C3 -60.000 20.000 3
DEL var_20 C5 C4 C3 C2 60.000 20.000 3
DEL var_21 C4 C3 O3 HO3 59.912 20.000 1
DEL var_22 C4 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
DEL var_23 C3 C2 O2 HO2 -59.996 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DEL chir_01 C1 C2 O1 O5 positiv
DEL chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
DEL chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
DEL chir_04 C5 C4 C6 O5 negativ
DEL chir_05 "C1'" "C2'" "O1'" "O5'" positiv
DEL chir_06 "C2'" "C1'" "C3'" "O2'" negativ
DEL chir_07 "C3'" "C2'" "C4'" "O3'" positiv
DEL chir_08 "C4'" O1 "C3'" "C5'" negativ
DEL chir_09 "C5'" "C4'" "C6'" "O5'" negativ
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