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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DER DER 'D-4-PHOSPHOERYTHRONIC ACID ' non-polymer 19 13 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DER
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DER O3P O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
DER P P P 0.000 -1.026 -0.295 -1.072
DER O1P O OP -0.666 -1.129 -1.791 -1.273
DER O2P O OP -0.666 -0.603 0.360 -2.369
DER O4 O O2 0.000 -2.458 0.285 -0.619
DER C4 C CH2 0.000 -2.801 -0.367 0.604
DER H41 H H 0.000 -2.039 -0.153 1.356
DER H42 H H 0.000 -2.853 -1.445 0.438
DER C3 C CH1 0.000 -4.157 0.141 1.092
DER H3 H H 0.000 -4.923 -0.075 0.335
DER O3 O OH1 0.000 -4.086 1.551 1.310
DER HO3 H H 0.000 -3.412 1.741 1.977
DER C2 C CH1 0.000 -4.524 -0.558 2.402
DER H2 H H 0.000 -4.579 -1.643 2.236
DER O2 O OH1 0.000 -3.528 -0.277 3.387
DER HO2 H H 0.000 -3.481 0.678 3.534
DER C1 C C 0.000 -5.860 -0.056 2.883
DER OH2 O OC -0.500 -6.877 -0.202 2.169
DER OH1 O OC -0.500 -5.955 0.505 3.997
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DER O3P n/a P START
DER P O3P O4 .
DER O1P P . .
DER O2P P . .
DER O4 P C4 .
DER C4 O4 C3 .
DER H41 C4 . .
DER H42 C4 . .
DER C3 C4 C2 .
DER H3 C3 . .
DER O3 C3 HO3 .
DER HO3 O3 . .
DER C2 C3 C1 .
DER H2 C2 . .
DER O2 C2 HO2 .
DER HO2 O2 . .
DER C1 C2 OH1 .
DER OH2 C1 . .
DER OH1 C1 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DER OH2 C1 deloc 1.250 0.020
DER OH1 C1 deloc 1.250 0.020
DER C1 C2 single 1.500 0.020
DER O2 C2 single 1.432 0.020
DER C2 C3 single 1.524 0.020
DER H2 C2 single 1.099 0.020
DER HO2 O2 single 0.967 0.020
DER O3 C3 single 1.432 0.020
DER C3 C4 single 1.524 0.020
DER H3 C3 single 1.099 0.020
DER HO3 O3 single 0.967 0.020
DER C4 O4 single 1.426 0.020
DER H41 C4 single 1.092 0.020
DER H42 C4 single 1.092 0.020
DER O4 P single 1.610 0.020
DER O1P P deloc 1.510 0.020
DER O2P P deloc 1.510 0.020
DER P O3P deloc 1.510 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DER O3P P O1P 119.900 3.000
DER O3P P O2P 119.900 3.000
DER O3P P O4 108.200 3.000
DER O1P P O2P 119.900 3.000
DER O1P P O4 108.200 3.000
DER O2P P O4 108.200 3.000
DER P O4 C4 120.500 3.000
DER O4 C4 H41 109.470 3.000
DER O4 C4 H42 109.470 3.000
DER O4 C4 C3 109.470 3.000
DER H41 C4 H42 107.900 3.000
DER H41 C4 C3 109.470 3.000
DER H42 C4 C3 109.470 3.000
DER C4 C3 H3 108.340 3.000
DER C4 C3 O3 109.470 3.000
DER C4 C3 C2 111.000 3.000
DER H3 C3 O3 109.470 3.000
DER H3 C3 C2 108.340 3.000
DER O3 C3 C2 109.470 3.000
DER C3 O3 HO3 109.470 3.000
DER C3 C2 H2 108.340 3.000
DER C3 C2 O2 109.470 3.000
DER C3 C2 C1 109.470 3.000
DER H2 C2 O2 109.470 3.000
DER H2 C2 C1 108.810 3.000
DER O2 C2 C1 109.470 3.000
DER C2 O2 HO2 109.470 3.000
DER C2 C1 OH2 118.500 3.000
DER C2 C1 OH1 118.500 3.000
DER OH2 C1 OH1 123.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DER var_1 O3P P O4 C4 -59.964 20.000 1
DER var_2 P O4 C4 C3 179.998 20.000 1
DER var_3 O4 C4 C3 C2 -179.959 20.000 3
DER var_4 C4 C3 O3 HO3 -60.062 20.000 1
DER var_5 C4 C3 C2 C1 179.968 20.000 3
DER var_6 C3 C2 O2 HO2 60.108 20.000 1
DER var_7 C3 C2 C1 OH1 -120.043 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DER chir_01 C2 C1 O2 C3 positiv
DER chir_02 C3 C2 O3 C4 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DER plan-1 C1 0.020
DER plan-1 OH2 0.000
DER plan-1 OH1 0.000
DER plan-1 C2 0.000
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