1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DET DET 'UNDECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE ' non-polymer 44 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DET
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DET O O O -1.000 0.000 0.000 0.000
DET N N NT 1.000 -0.505 -0.748 1.150
DET CM1 C CH3 0.000 -0.620 0.150 2.307
DET HM13 H H 0.000 0.332 0.552 2.537
DET HM12 H H 0.000 -1.290 0.938 2.076
DET HM11 H H 0.000 -0.986 -0.392 3.139
DET CM2 C CH3 0.000 0.422 -1.842 1.469
DET HM23 H H 0.000 1.374 -1.441 1.700
DET HM22 H H 0.000 0.056 -2.384 2.302
DET HM21 H H 0.000 0.504 -2.490 0.635
DET C1 C CH2 0.000 -1.827 -1.305 0.831
DET H11 H H 0.000 -2.204 -1.864 1.690
DET H12 H H 0.000 -1.742 -1.974 -0.028
DET C2 C CH2 0.000 -2.794 -0.166 0.498
DET H21 H H 0.000 -2.415 0.392 -0.361
DET H22 H H 0.000 -2.877 0.502 1.357
DET C3 C CH2 0.000 -4.169 -0.746 0.165
DET H31 H H 0.000 -4.546 -1.306 1.024
DET H32 H H 0.000 -4.084 -1.415 -0.694
DET C4 C CH2 0.000 -5.136 0.393 -0.167
DET H41 H H 0.000 -4.758 0.952 -1.025
DET H42 H H 0.000 -5.219 1.061 0.693
DET C5 C CH2 0.000 -6.513 -0.187 -0.500
DET H51 H H 0.000 -6.889 -0.746 0.359
DET H52 H H 0.000 -6.427 -0.856 -1.359
DET C6 C CH2 0.000 -7.478 0.952 -0.833
DET H61 H H 0.000 -7.099 1.510 -1.692
DET H62 H H 0.000 -7.561 1.620 0.026
DET C7 C CH2 0.000 -8.855 0.372 -1.166
DET H71 H H 0.000 -9.231 -0.188 -0.307
DET H72 H H 0.000 -8.769 -0.297 -2.025
DET C8 C CH2 0.000 -9.821 1.511 -1.498
DET H81 H H 0.000 -9.443 2.070 -2.356
DET H82 H H 0.000 -9.905 2.178 -0.638
DET C9 C CH2 0.000 -11.197 0.931 -1.832
DET H91 H H 0.000 -11.573 0.371 -0.973
DET H92 H H 0.000 -11.110 0.263 -2.691
DET C10 C CH2 0.000 -12.163 2.070 -2.164
DET H101 H H 0.000 -11.785 2.629 -3.022
DET H102 H H 0.000 -12.247 2.738 -1.304
DET C11 C CH3 0.000 -13.540 1.490 -2.497
DET H113 H H 0.000 -13.461 0.840 -3.331
DET H112 H H 0.000 -13.910 0.947 -1.665
DET H111 H H 0.000 -14.212 2.277 -2.729
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DET O n/a N START
DET N O C1 .
DET CM1 N HM11 .
DET HM13 CM1 . .
DET HM12 CM1 . .
DET HM11 CM1 . .
DET CM2 N HM21 .
DET HM23 CM2 . .
DET HM22 CM2 . .
DET HM21 CM2 . .
DET C1 N C2 .
DET H11 C1 . .
DET H12 C1 . .
DET C2 C1 C3 .
DET H21 C2 . .
DET H22 C2 . .
DET C3 C2 C4 .
DET H31 C3 . .
DET H32 C3 . .
DET C4 C3 C5 .
DET H41 C4 . .
DET H42 C4 . .
DET C5 C4 C6 .
DET H51 C5 . .
DET H52 C5 . .
DET C6 C5 C7 .
DET H61 C6 . .
DET H62 C6 . .
DET C7 C6 C8 .
DET H71 C7 . .
DET H72 C7 . .
DET C8 C7 C9 .
DET H81 C8 . .
DET H82 C8 . .
DET C9 C8 C10 .
DET H91 C9 . .
DET H92 C9 . .
DET C10 C9 C11 .
DET H101 C10 . .
DET H102 C10 . .
DET C11 C10 H111 .
DET H113 C11 . .
DET H112 C11 . .
DET H111 C11 . END
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DET N O single 1.250 0.020
DET CM1 N single 1.469 0.020
DET CM2 N single 1.469 0.020
DET C1 N single 1.469 0.020
DET HM11 CM1 single 1.059 0.020
DET HM12 CM1 single 1.059 0.020
DET HM13 CM1 single 1.059 0.020
DET HM21 CM2 single 1.059 0.020
DET HM22 CM2 single 1.059 0.020
DET HM23 CM2 single 1.059 0.020
DET C2 C1 single 1.524 0.020
DET H11 C1 single 1.092 0.020
DET H12 C1 single 1.092 0.020
DET C3 C2 single 1.524 0.020
DET H21 C2 single 1.092 0.020
DET H22 C2 single 1.092 0.020
DET C4 C3 single 1.524 0.020
DET H31 C3 single 1.092 0.020
DET H32 C3 single 1.092 0.020
DET C5 C4 single 1.524 0.020
DET H41 C4 single 1.092 0.020
DET H42 C4 single 1.092 0.020
DET C6 C5 single 1.524 0.020
DET H51 C5 single 1.092 0.020
DET H52 C5 single 1.092 0.020
DET C7 C6 single 1.524 0.020
DET H61 C6 single 1.092 0.020
DET H62 C6 single 1.092 0.020
DET C8 C7 single 1.524 0.020
DET H71 C7 single 1.092 0.020
DET H72 C7 single 1.092 0.020
DET C9 C8 single 1.524 0.020
DET H81 C8 single 1.092 0.020
DET H82 C8 single 1.092 0.020
DET C10 C9 single 1.524 0.020
DET H91 C9 single 1.092 0.020
DET H92 C9 single 1.092 0.020
DET C11 C10 single 1.513 0.020
DET H101 C10 single 1.092 0.020
DET H102 C10 single 1.092 0.020
DET H111 C11 single 1.059 0.020
DET H112 C11 single 1.059 0.020
DET H113 C11 single 1.059 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DET O N CM1 109.500 3.000
DET O N CM2 109.500 3.000
DET O N C1 109.500 3.000
DET CM1 N CM2 109.470 3.000
DET CM1 N C1 109.470 3.000
DET CM2 N C1 109.470 3.000
DET N CM1 HM13 109.470 3.000
DET N CM1 HM12 109.470 3.000
DET N CM1 HM11 109.470 3.000
DET HM13 CM1 HM12 109.470 3.000
DET HM13 CM1 HM11 109.470 3.000
DET HM12 CM1 HM11 109.470 3.000
DET N CM2 HM23 109.470 3.000
DET N CM2 HM22 109.470 3.000
DET N CM2 HM21 109.470 3.000
DET HM23 CM2 HM22 109.470 3.000
DET HM23 CM2 HM21 109.470 3.000
DET HM22 CM2 HM21 109.470 3.000
DET N C1 H11 109.470 3.000
DET N C1 H12 109.470 3.000
DET N C1 C2 109.470 3.000
DET H11 C1 H12 107.900 3.000
DET H11 C1 C2 109.470 3.000
DET H12 C1 C2 109.470 3.000
DET C1 C2 H21 109.470 3.000
DET C1 C2 H22 109.470 3.000
DET C1 C2 C3 111.000 3.000
DET H21 C2 H22 107.900 3.000
DET H21 C2 C3 109.470 3.000
DET H22 C2 C3 109.470 3.000
DET C2 C3 H31 109.470 3.000
DET C2 C3 H32 109.470 3.000
DET C2 C3 C4 111.000 3.000
DET H31 C3 H32 107.900 3.000
DET H31 C3 C4 109.470 3.000
DET H32 C3 C4 109.470 3.000
DET C3 C4 H41 109.470 3.000
DET C3 C4 H42 109.470 3.000
DET C3 C4 C5 111.000 3.000
DET H41 C4 H42 107.900 3.000
DET H41 C4 C5 109.470 3.000
DET H42 C4 C5 109.470 3.000
DET C4 C5 H51 109.470 3.000
DET C4 C5 H52 109.470 3.000
DET C4 C5 C6 111.000 3.000
DET H51 C5 H52 107.900 3.000
DET H51 C5 C6 109.470 3.000
DET H52 C5 C6 109.470 3.000
DET C5 C6 H61 109.470 3.000
DET C5 C6 H62 109.470 3.000
DET C5 C6 C7 111.000 3.000
DET H61 C6 H62 107.900 3.000
DET H61 C6 C7 109.470 3.000
DET H62 C6 C7 109.470 3.000
DET C6 C7 H71 109.470 3.000
DET C6 C7 H72 109.470 3.000
DET C6 C7 C8 111.000 3.000
DET H71 C7 H72 107.900 3.000
DET H71 C7 C8 109.470 3.000
DET H72 C7 C8 109.470 3.000
DET C7 C8 H81 109.470 3.000
DET C7 C8 H82 109.470 3.000
DET C7 C8 C9 111.000 3.000
DET H81 C8 H82 107.900 3.000
DET H81 C8 C9 109.470 3.000
DET H82 C8 C9 109.470 3.000
DET C8 C9 H91 109.470 3.000
DET C8 C9 H92 109.470 3.000
DET C8 C9 C10 111.000 3.000
DET H91 C9 H92 107.900 3.000
DET H91 C9 C10 109.470 3.000
DET H92 C9 C10 109.470 3.000
DET C9 C10 H101 109.470 3.000
DET C9 C10 H102 109.470 3.000
DET C9 C10 C11 111.000 3.000
DET H101 C10 H102 107.900 3.000
DET H101 C10 C11 109.470 3.000
DET H102 C10 C11 109.470 3.000
DET C10 C11 H113 109.470 3.000
DET C10 C11 H112 109.470 3.000
DET C10 C11 H111 109.470 3.000
DET H113 C11 H112 109.470 3.000
DET H113 C11 H111 109.470 3.000
DET H112 C11 H111 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DET var_1 O N CM1 HM11 -179.996 20.000 1
DET var_2 O N CM2 HM21 -59.998 20.000 1
DET var_3 O N C1 C2 -59.944 20.000 1
DET var_4 N C1 C2 C3 179.985 20.000 3
DET var_5 C1 C2 C3 C4 179.960 20.000 3
DET var_6 C2 C3 C4 C5 180.000 20.000 3
DET var_7 C3 C4 C5 C6 -179.960 20.000 3
DET var_8 C4 C5 C6 C7 180.000 20.000 3
DET var_9 C5 C6 C7 C8 179.960 20.000 3
DET var_10 C6 C7 C8 C9 179.960 20.000 3
DET var_11 C7 C8 C9 C10 180.000 20.000 3
DET var_12 C8 C9 C10 C11 -179.960 20.000 3
DET var_13 C9 C10 C11 H111 -179.951 20.000 3
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DET chir_01 N O CM1 CM2 positiv
# ------------------------------------------------------
|
