1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DF1 DF1 '(2R)-1-[(5,6-DIPHENYL-7H-PYRROLO[2,3' non-polymer 46 26 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DF1
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DF1 O13 O OH1 0.000 0.000 0.000 0.000
DF1 H13 H H 0.000 0.177 -0.778 0.545
DF1 C12 C CH1 0.000 -0.269 1.120 0.844
DF1 H12 H H 0.000 -0.470 2.005 0.225
DF1 C14 C CH3 0.000 0.941 1.388 1.740
DF1 H143 H H 0.000 0.742 2.219 2.365
DF1 H142 H H 0.000 1.135 0.536 2.338
DF1 H141 H H 0.000 1.788 1.596 1.138
DF1 C11 C CH2 0.000 -1.491 0.820 1.714
DF1 H111 H H 0.000 -1.696 1.676 2.360
DF1 H112 H H 0.000 -1.291 -0.060 2.330
DF1 N10 N NH1 0.000 -2.651 0.564 0.856
DF1 H10 H H 0.000 -2.555 0.605 -0.148
DF1 C4 C CR6 0.000 -3.877 0.267 1.422
DF1 N3 N NRD6 0.000 -4.022 0.210 2.743
DF1 C2 C CR16 0.000 -5.192 -0.071 3.287
DF1 H2 H H 0.000 -5.268 -0.106 4.367
DF1 N1 N NRD6 0.000 -6.270 -0.311 2.571
DF1 C5 C CR56 0.000 -6.225 -0.278 1.240
DF1 C6 C CR56 0.000 -5.001 0.024 0.618
DF1 N9 N NR15 0.000 -7.156 -0.479 0.257
DF1 H9 H H 0.000 -8.155 -0.715 0.423
DF1 C8 C CR5 0.000 -6.582 -0.323 -0.984
DF1 C16 C CR6 0.000 -7.281 -0.465 -2.276
DF1 C26 C CR16 0.000 -6.859 -1.422 -3.201
DF1 H26 H H 0.000 -6.014 -2.059 -2.974
DF1 C25 C CR16 0.000 -7.521 -1.552 -4.404
DF1 H25 H H 0.000 -7.199 -2.299 -5.120
DF1 C24 C CR16 0.000 -8.595 -0.731 -4.699
DF1 H24 H H 0.000 -9.108 -0.835 -5.647
DF1 C23 C CR16 0.000 -9.015 0.222 -3.789
DF1 H23 H H 0.000 -9.856 0.861 -4.027
DF1 C22 C CR16 0.000 -8.366 0.359 -2.580
DF1 H22 H H 0.000 -8.697 1.106 -1.869
DF1 C7 C CR5 0.000 -5.246 -0.015 -0.827
DF1 C15 C CR6 0.000 -4.260 0.235 -1.902
DF1 C17 C CR16 0.000 -4.461 1.277 -2.807
DF1 H17 H H 0.000 -5.339 1.906 -2.726
DF1 C21 C CR16 0.000 -3.125 -0.567 -2.011
DF1 H21 H H 0.000 -2.960 -1.372 -1.306
DF1 C20 C CR16 0.000 -2.213 -0.332 -3.018
DF1 H20 H H 0.000 -1.335 -0.960 -3.109
DF1 C19 C CR16 0.000 -2.416 0.703 -3.913
DF1 H19 H H 0.000 -1.695 0.885 -4.700
DF1 C18 C CR16 0.000 -3.537 1.505 -3.806
DF1 H18 H H 0.000 -3.691 2.314 -4.510
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DF1 O13 n/a C12 START
DF1 H13 O13 . .
DF1 C12 O13 C11 .
DF1 H12 C12 . .
DF1 C14 C12 H141 .
DF1 H143 C14 . .
DF1 H142 C14 . .
DF1 H141 C14 . .
DF1 C11 C12 N10 .
DF1 H111 C11 . .
DF1 H112 C11 . .
DF1 N10 C11 C4 .
DF1 H10 N10 . .
DF1 C4 N10 N3 .
DF1 N3 C4 C2 .
DF1 C2 N3 N1 .
DF1 H2 C2 . .
DF1 N1 C2 C5 .
DF1 C5 N1 N9 .
DF1 C6 C5 . .
DF1 N9 C5 C8 .
DF1 H9 N9 . .
DF1 C8 N9 C7 .
DF1 C16 C8 C26 .
DF1 C26 C16 C25 .
DF1 H26 C26 . .
DF1 C25 C26 C24 .
DF1 H25 C25 . .
DF1 C24 C25 C23 .
DF1 H24 C24 . .
DF1 C23 C24 C22 .
DF1 H23 C23 . .
DF1 C22 C23 H22 .
DF1 H22 C22 . .
DF1 C7 C8 C15 .
DF1 C15 C7 C21 .
DF1 C17 C15 H17 .
DF1 H17 C17 . .
DF1 C21 C15 C20 .
DF1 H21 C21 . .
DF1 C20 C21 C19 .
DF1 H20 C20 . .
DF1 C19 C20 C18 .
DF1 H19 C19 . .
DF1 C18 C19 H18 .
DF1 H18 C18 . END
DF1 C17 C18 . ADD
DF1 C7 C6 . ADD
DF1 C6 C4 . ADD
DF1 C16 C22 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DF1 C17 C18 double 1.390 0.020
DF1 C17 C15 single 1.390 0.020
DF1 H17 C17 single 1.083 0.020
DF1 C18 C19 single 1.390 0.020
DF1 H18 C18 single 1.083 0.020
DF1 C19 C20 double 1.390 0.020
DF1 H19 C19 single 1.083 0.020
DF1 C20 C21 single 1.390 0.020
DF1 H20 C20 single 1.083 0.020
DF1 C21 C15 double 1.390 0.020
DF1 H21 C21 single 1.083 0.020
DF1 C15 C7 single 1.490 0.020
DF1 C7 C6 single 1.490 0.020
DF1 C7 C8 double 1.490 0.020
DF1 C6 C4 double 1.490 0.020
DF1 C6 C5 single 1.490 0.020
DF1 C4 N10 single 1.350 0.020
DF1 N3 C4 single 1.350 0.020
DF1 N10 C11 single 1.450 0.020
DF1 H10 N10 single 1.010 0.020
DF1 C11 C12 single 1.524 0.020
DF1 H111 C11 single 1.092 0.020
DF1 H112 C11 single 1.092 0.020
DF1 C14 C12 single 1.524 0.020
DF1 C12 O13 single 1.432 0.020
DF1 H12 C12 single 1.099 0.020
DF1 H141 C14 single 1.059 0.020
DF1 H142 C14 single 1.059 0.020
DF1 H143 C14 single 1.059 0.020
DF1 H13 O13 single 0.967 0.020
DF1 C2 N3 double 1.337 0.020
DF1 N1 C2 single 1.337 0.020
DF1 H2 C2 single 1.083 0.020
DF1 C5 N1 double 1.355 0.020
DF1 N9 C5 single 1.340 0.020
DF1 C8 N9 single 1.340 0.020
DF1 H9 N9 single 1.040 0.020
DF1 C16 C8 single 1.490 0.020
DF1 C16 C22 double 1.390 0.020
DF1 C26 C16 single 1.390 0.020
DF1 C22 C23 single 1.390 0.020
DF1 H22 C22 single 1.083 0.020
DF1 C23 C24 double 1.390 0.020
DF1 H23 C23 single 1.083 0.020
DF1 C24 C25 single 1.390 0.020
DF1 H24 C24 single 1.083 0.020
DF1 C25 C26 double 1.390 0.020
DF1 H25 C25 single 1.083 0.020
DF1 H26 C26 single 1.083 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DF1 H13 O13 C12 109.470 3.000
DF1 O13 C12 H12 109.470 3.000
DF1 O13 C12 C14 109.470 3.000
DF1 O13 C12 C11 109.470 3.000
DF1 H12 C12 C14 108.340 3.000
DF1 H12 C12 C11 108.340 3.000
DF1 C14 C12 C11 111.000 3.000
DF1 C12 C14 H143 109.470 3.000
DF1 C12 C14 H142 109.470 3.000
DF1 C12 C14 H141 109.470 3.000
DF1 H143 C14 H142 109.470 3.000
DF1 H143 C14 H141 109.470 3.000
DF1 H142 C14 H141 109.470 3.000
DF1 C12 C11 H111 109.470 3.000
DF1 C12 C11 H112 109.470 3.000
DF1 C12 C11 N10 110.000 3.000
DF1 H111 C11 H112 107.900 3.000
DF1 H111 C11 N10 109.470 3.000
DF1 H112 C11 N10 109.470 3.000
DF1 C11 N10 H10 118.500 3.000
DF1 C11 N10 C4 120.000 3.000
DF1 H10 N10 C4 120.000 3.000
DF1 N10 C4 N3 120.000 3.000
DF1 N10 C4 C6 120.000 3.000
DF1 N3 C4 C6 120.000 3.000
DF1 C4 N3 C2 120.000 3.000
DF1 N3 C2 H2 120.000 3.000
DF1 N3 C2 N1 120.000 3.000
DF1 H2 C2 N1 120.000 3.000
DF1 C2 N1 C5 120.000 3.000
DF1 N1 C5 C6 120.000 3.000
DF1 N1 C5 N9 132.000 3.000
DF1 C6 C5 N9 108.000 3.000
DF1 C5 C6 C7 108.000 3.000
DF1 C5 C6 C4 120.000 3.000
DF1 C7 C6 C4 132.000 3.000
DF1 C5 N9 H9 126.000 3.000
DF1 C5 N9 C8 108.000 3.000
DF1 H9 N9 C8 126.000 3.000
DF1 N9 C8 C16 108.000 3.000
DF1 N9 C8 C7 108.000 3.000
DF1 C16 C8 C7 126.000 3.000
DF1 C8 C16 C26 120.000 3.000
DF1 C8 C16 C22 120.000 3.000
DF1 C26 C16 C22 120.000 3.000
DF1 C16 C26 H26 120.000 3.000
DF1 C16 C26 C25 120.000 3.000
DF1 H26 C26 C25 120.000 3.000
DF1 C26 C25 H25 120.000 3.000
DF1 C26 C25 C24 120.000 3.000
DF1 H25 C25 C24 120.000 3.000
DF1 C25 C24 H24 120.000 3.000
DF1 C25 C24 C23 120.000 3.000
DF1 H24 C24 C23 120.000 3.000
DF1 C24 C23 H23 120.000 3.000
DF1 C24 C23 C22 120.000 3.000
DF1 H23 C23 C22 120.000 3.000
DF1 C23 C22 H22 120.000 3.000
DF1 C23 C22 C16 120.000 3.000
DF1 H22 C22 C16 120.000 3.000
DF1 C8 C7 C15 126.000 3.000
DF1 C8 C7 C6 108.000 3.000
DF1 C15 C7 C6 126.000 3.000
DF1 C7 C15 C17 120.000 3.000
DF1 C7 C15 C21 120.000 3.000
DF1 C17 C15 C21 120.000 3.000
DF1 C15 C17 H17 120.000 3.000
DF1 C15 C17 C18 120.000 3.000
DF1 H17 C17 C18 120.000 3.000
DF1 C15 C21 H21 120.000 3.000
DF1 C15 C21 C20 120.000 3.000
DF1 H21 C21 C20 120.000 3.000
DF1 C21 C20 H20 120.000 3.000
DF1 C21 C20 C19 120.000 3.000
DF1 H20 C20 C19 120.000 3.000
DF1 C20 C19 H19 120.000 3.000
DF1 C20 C19 C18 120.000 3.000
DF1 H19 C19 C18 120.000 3.000
DF1 C19 C18 H18 120.000 3.000
DF1 C19 C18 C17 120.000 3.000
DF1 H18 C18 C17 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DF1 var_1 H13 O13 C12 C11 -60.096 20.000 1
DF1 var_2 O13 C12 C14 H141 59.956 20.000 3
DF1 var_3 O13 C12 C11 N10 -59.990 20.000 3
DF1 var_4 C12 C11 N10 C4 179.954 20.000 3
DF1 var_5 C11 N10 C4 N3 0.066 20.000 1
DF1 CONST_1 N10 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
DF1 CONST_2 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
DF1 CONST_3 N3 C2 N1 C5 0.000 0.000 0
DF1 CONST_4 C2 N1 C5 N9 180.000 0.000 0
DF1 CONST_5 N1 C5 C6 C7 180.000 0.000 0
DF1 CONST_6 C5 C6 C4 N10 180.000 0.000 0
DF1 CONST_7 N1 C5 N9 C8 180.000 0.000 0
DF1 CONST_8 C5 N9 C8 C7 0.000 0.000 0
DF1 var_6 N9 C8 C16 C26 -120.241 20.000 1
DF1 CONST_9 C8 C16 C22 C23 180.000 0.000 0
DF1 CONST_10 C8 C16 C26 C25 180.000 0.000 0
DF1 CONST_11 C16 C26 C25 C24 0.000 0.000 0
DF1 CONST_12 C26 C25 C24 C23 0.000 0.000 0
DF1 CONST_13 C25 C24 C23 C22 0.000 0.000 0
DF1 CONST_14 C24 C23 C22 C16 0.000 0.000 0
DF1 CONST_15 N9 C8 C7 C15 180.000 0.000 0
DF1 CONST_16 C8 C7 C6 C5 0.000 0.000 0
DF1 var_7 C8 C7 C15 C21 -120.351 20.000 1
DF1 CONST_17 C7 C15 C17 C18 180.000 0.000 0
DF1 CONST_18 C15 C17 C18 C19 0.000 0.000 0
DF1 CONST_19 C7 C15 C21 C20 180.000 0.000 0
DF1 CONST_20 C15 C21 C20 C19 0.000 0.000 0
DF1 CONST_21 C21 C20 C19 C18 0.000 0.000 0
DF1 CONST_22 C20 C19 C18 C17 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DF1 chir_01 C12 C11 C14 O13 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DF1 plan-1 C17 0.020
DF1 plan-1 C18 0.020
DF1 plan-1 C15 0.020
DF1 plan-1 H17 0.020
DF1 plan-1 C19 0.020
DF1 plan-1 C20 0.020
DF1 plan-1 C21 0.020
DF1 plan-1 H18 0.020
DF1 plan-1 H19 0.020
DF1 plan-1 H20 0.020
DF1 plan-1 H21 0.020
DF1 plan-1 C7 0.020
DF1 plan-2 C7 0.020
DF1 plan-2 C15 0.020
DF1 plan-2 C6 0.020
DF1 plan-2 C8 0.020
DF1 plan-2 N9 0.020
DF1 plan-2 C4 0.020
DF1 plan-2 C5 0.020
DF1 plan-2 N3 0.020
DF1 plan-2 C2 0.020
DF1 plan-2 N1 0.020
DF1 plan-2 N10 0.020
DF1 plan-2 H2 0.020
DF1 plan-2 H9 0.020
DF1 plan-2 C16 0.020
DF1 plan-2 H10 0.020
DF1 plan-3 N10 0.020
DF1 plan-3 C4 0.020
DF1 plan-3 C11 0.020
DF1 plan-3 H10 0.020
DF1 plan-4 C16 0.020
DF1 plan-4 C8 0.020
DF1 plan-4 C22 0.020
DF1 plan-4 C26 0.020
DF1 plan-4 C23 0.020
DF1 plan-4 C24 0.020
DF1 plan-4 C25 0.020
DF1 plan-4 H22 0.020
DF1 plan-4 H23 0.020
DF1 plan-4 H24 0.020
DF1 plan-4 H25 0.020
DF1 plan-4 H26 0.020
# ------------------------------------------------------
|
