1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DGS DGS '3,6-ANHYDRO-D-GALACTOSE-2-SULFATE ' pyranose 25 15 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DGS
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DGS C1 C CH1 0.000 0.000 0.000 0.000
DGS H1 H H 0.000 0.351 0.489 0.920
DGS O1 O OH1 0.000 1.089 -0.696 -0.608
DGS HO1 H H 0.000 1.789 -0.067 -0.830
DGS O5 O O2 0.000 -0.490 0.992 -0.904
DGS C5 C CH1 0.000 -1.651 1.687 -0.410
DGS H5 H H 0.000 -1.892 2.603 -0.969
DGS C4 C CH1 0.000 -2.802 0.639 -0.395
DGS H4 H H 0.000 -2.814 0.046 -1.320
DGS O4 O OH1 0.000 -4.068 1.257 -0.155
DGS HO4 H H 0.000 -4.322 1.780 -0.928
DGS C6 C CH2 0.000 -1.423 1.920 1.104
DGS H61 H H 0.000 -1.980 2.795 1.446
DGS H62 H H 0.000 -0.361 2.062 1.314
DGS O3 O O2 0.000 -1.896 0.753 1.788
DGS C3 C CH1 0.000 -2.348 -0.216 0.821
DGS H3 H H 0.000 -3.144 -0.867 1.207
DGS C2 C CH1 0.000 -1.106 -0.999 0.350
DGS H2 H H 0.000 -0.762 -1.664 1.154
DGS O2 O O2 0.000 -1.437 -1.772 -0.805
DGS S S ST 0.000 -0.705 -3.105 -0.887
DGS O8 O OS 0.000 -0.991 -3.641 -2.172
DGS O7 O OH1 0.000 -1.355 -4.039 0.123
DGS HO7 H H 0.000 -1.016 -4.923 0.201
DGS O9 O OS 0.000 0.617 -2.867 -0.421
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DGS C1 n/a O5 START
DGS H1 C1 . .
DGS O1 C1 HO1 .
DGS HO1 O1 . .
DGS O5 C1 . END
DGS C5 O5 C6 .
DGS H5 C5 . .
DGS C4 C5 O4 .
DGS H4 C4 . .
DGS O4 C4 HO4 .
DGS HO4 O4 . .
DGS C6 C5 O3 .
DGS H61 C6 . .
DGS H62 C6 . .
DGS O3 C6 C3 .
DGS C3 O3 C2 .
DGS H3 C3 . .
DGS C2 C3 O2 .
DGS H2 C2 . .
DGS O2 C2 S .
DGS S O2 O9 .
DGS O8 S . .
DGS O7 S HO7 .
DGS HO7 O7 . .
DGS O9 S . .
DGS C1 C2 . ADD
DGS C3 C4 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DGS C1 C2 single 1.524 0.020
DGS O1 C1 single 1.432 0.020
DGS O5 C1 single 1.426 0.020
DGS H1 C1 single 1.099 0.020
DGS C2 C3 single 1.524 0.020
DGS O2 C2 single 1.426 0.020
DGS H2 C2 single 1.099 0.020
DGS C3 C4 single 1.524 0.020
DGS C3 O3 single 1.426 0.020
DGS H3 C3 single 1.099 0.020
DGS C4 C5 single 1.524 0.020
DGS O4 C4 single 1.432 0.020
DGS H4 C4 single 1.099 0.020
DGS C6 C5 single 1.524 0.020
DGS C5 O5 single 1.426 0.020
DGS H5 C5 single 1.099 0.020
DGS O3 C6 single 1.426 0.020
DGS H61 C6 single 1.092 0.020
DGS H62 C6 single 1.092 0.020
DGS HO1 O1 single 0.967 0.020
DGS S O2 single 1.535 0.020
DGS HO4 O4 single 0.967 0.020
DGS O7 S single 1.635 0.020
DGS HO7 O7 single 0.967 0.020
DGS O8 S double 1.436 0.020
DGS O9 S double 1.436 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DGS H1 C1 O1 109.470 3.000
DGS H1 C1 O5 109.470 3.000
DGS O1 C1 O5 109.470 3.000
DGS H1 C1 C2 108.340 3.000
DGS O1 C1 C2 109.470 3.000
DGS O5 C1 C2 109.470 3.000
DGS C1 O1 HO1 109.470 3.000
DGS C1 O5 C5 111.800 3.000
DGS O5 C5 H5 109.470 3.000
DGS O5 C5 C4 109.470 3.000
DGS O5 C5 C6 109.470 3.000
DGS H5 C5 C4 108.340 3.000
DGS H5 C5 C6 108.340 3.000
DGS C4 C5 C6 111.000 3.000
DGS C5 C4 H4 108.340 3.000
DGS C5 C4 O4 109.470 3.000
DGS C5 C4 C3 111.000 3.000
DGS H4 C4 O4 109.470 3.000
DGS H4 C4 C3 108.340 3.000
DGS O4 C4 C3 109.470 3.000
DGS C4 O4 HO4 109.470 3.000
DGS C5 C6 H61 109.470 3.000
DGS C5 C6 H62 109.470 3.000
DGS C5 C6 O3 109.470 3.000
DGS H61 C6 H62 107.900 3.000
DGS H61 C6 O3 109.470 3.000
DGS H62 C6 O3 109.470 3.000
DGS C6 O3 C3 111.800 3.000
DGS O3 C3 H3 109.470 3.000
DGS O3 C3 C2 109.470 3.000
DGS O3 C3 C4 109.470 3.000
DGS H3 C3 C2 108.340 3.000
DGS H3 C3 C4 108.340 3.000
DGS C2 C3 C4 111.000 3.000
DGS C3 C2 H2 108.340 3.000
DGS C3 C2 O2 109.470 3.000
DGS C3 C2 C1 111.000 3.000
DGS H2 C2 O2 109.470 3.000
DGS H2 C2 C1 108.340 3.000
DGS O2 C2 C1 109.470 3.000
DGS C2 O2 S 120.000 3.000
DGS O2 S O8 109.500 3.000
DGS O2 S O7 109.500 3.000
DGS O2 S O9 109.500 3.000
DGS O8 S O7 109.500 3.000
DGS O8 S O9 109.500 3.000
DGS O7 S O9 109.500 3.000
DGS S O7 HO7 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DGS var_1 O5 C1 O1 HO1 59.021 20.000 1
DGS var_2 C1 O5 C5 C6 30.000 20.000 1
DGS var_3 O5 C5 C4 O4 180.000 20.000 3
DGS var_4 C5 C4 O4 HO4 70.012 20.000 1
DGS var_5 O5 C5 C6 O3 -86.954 20.000 3
DGS var_6 C5 C6 O3 C3 2.510 20.000 1
DGS var_7 C6 O3 C3 C2 83.959 20.000 1
DGS var_8 O3 C3 C4 C5 30.000 20.000 3
DGS var_9 O3 C3 C2 O2 180.000 20.000 3
DGS var_10 C3 C2 C1 O5 -60.000 20.000 3
DGS var_11 C3 C2 O2 S -145.815 20.000 1
DGS var_12 C2 O2 S O9 -38.518 20.000 1
DGS var_13 O2 S O7 HO7 179.906 20.000 1
DGS var_1 C5 O5 C1 C2 60.000 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DGS chir_01 C1 C2 O1 O5 negativ
DGS chir_02 C2 C1 C3 O2 negativ
DGS chir_03 C3 C2 C4 O3 positiv
DGS chir_04 C4 C3 C5 O4 positiv
DGS chir_05 C5 C4 C6 O5 negativ
DGS chir_06 S O2 O7 O8 negativ
# ------------------------------------------------------
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