1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DHY DHY '2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID ' non-polymer 19 12 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DHY
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DHY O2 O OC -0.500 0.000 0.000 0.000
DHY C8 C C 0.000 -1.187 0.141 -0.370
DHY O1 O OC -0.500 -1.669 1.288 -0.500
DHY C7 C CH2 0.000 -2.035 -1.069 -0.660
DHY H71 H H 0.000 -2.110 -1.683 0.240
DHY H72 H H 0.000 -1.575 -1.652 -1.460
DHY C1 C CR6 0.000 -3.412 -0.628 -1.085
DHY C6 C CR16 0.000 -3.682 -0.404 -2.422
DHY H6 H H 0.000 -2.904 -0.546 -3.162
DHY C5 C CR16 0.000 -4.944 0.001 -2.816
DHY H5 H H 0.000 -5.154 0.177 -3.864
DHY C4 C CR6 0.000 -5.941 0.181 -1.871
DHY O4 O OH1 0.000 -7.182 0.579 -2.257
DHY HO4 H H 0.000 -7.725 -0.199 -2.445
DHY C3 C CR6 0.000 -5.668 -0.044 -0.525
DHY O3 O OH1 0.000 -6.643 0.132 0.406
DHY HO3 H H 0.000 -7.123 -0.698 0.530
DHY C2 C CR16 0.000 -4.402 -0.454 -0.138
DHY H2 H H 0.000 -4.190 -0.639 0.908
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DHY O2 n/a C8 START
DHY C8 O2 C7 .
DHY O1 C8 . .
DHY C7 C8 C1 .
DHY H71 C7 . .
DHY H72 C7 . .
DHY C1 C7 C6 .
DHY C6 C1 C5 .
DHY H6 C6 . .
DHY C5 C6 C4 .
DHY H5 C5 . .
DHY C4 C5 C3 .
DHY O4 C4 HO4 .
DHY HO4 O4 . .
DHY C3 C4 C2 .
DHY O3 C3 HO3 .
DHY HO3 O3 . .
DHY C2 C3 H2 .
DHY H2 C2 . END
DHY C1 C2 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DHY C1 C2 double 1.390 0.020
DHY C6 C1 single 1.390 0.020
DHY C1 C7 single 1.511 0.020
DHY C2 C3 single 1.390 0.020
DHY H2 C2 single 1.083 0.020
DHY C3 C4 double 1.487 0.020
DHY O3 C3 single 1.362 0.020
DHY C4 C5 single 1.390 0.020
DHY O4 C4 single 1.362 0.020
DHY C5 C6 double 1.390 0.020
DHY H5 C5 single 1.083 0.020
DHY H6 C6 single 1.083 0.020
DHY C7 C8 single 1.510 0.020
DHY H71 C7 single 1.092 0.020
DHY H72 C7 single 1.092 0.020
DHY O1 C8 deloc 1.250 0.020
DHY C8 O2 deloc 1.250 0.020
DHY HO3 O3 single 0.967 0.020
DHY HO4 O4 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DHY O2 C8 O1 123.000 3.000
DHY O2 C8 C7 118.500 3.000
DHY O1 C8 C7 118.500 3.000
DHY C8 C7 H71 109.470 3.000
DHY C8 C7 H72 109.470 3.000
DHY C8 C7 C1 109.470 3.000
DHY H71 C7 H72 107.900 3.000
DHY H71 C7 C1 109.470 3.000
DHY H72 C7 C1 109.470 3.000
DHY C7 C1 C6 120.000 3.000
DHY C7 C1 C2 120.000 3.000
DHY C6 C1 C2 120.000 3.000
DHY C1 C6 H6 120.000 3.000
DHY C1 C6 C5 120.000 3.000
DHY H6 C6 C5 120.000 3.000
DHY C6 C5 H5 120.000 3.000
DHY C6 C5 C4 120.000 3.000
DHY H5 C5 C4 120.000 3.000
DHY C5 C4 O4 120.000 3.000
DHY C5 C4 C3 120.000 3.000
DHY O4 C4 C3 120.000 3.000
DHY C4 O4 HO4 109.470 3.000
DHY C4 C3 O3 120.000 3.000
DHY C4 C3 C2 120.000 3.000
DHY O3 C3 C2 120.000 3.000
DHY C3 O3 HO3 109.470 3.000
DHY C3 C2 H2 120.000 3.000
DHY C3 C2 C1 120.000 3.000
DHY H2 C2 C1 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DHY var_1 O2 C8 C7 C1 -179.990 20.000 3
DHY var_2 C8 C7 C1 C6 89.958 20.000 2
DHY CONST_1 C7 C1 C2 C3 180.000 0.000 0
DHY CONST_2 C7 C1 C6 C5 180.000 0.000 0
DHY CONST_3 C1 C6 C5 C4 0.000 0.000 0
DHY CONST_4 C6 C5 C4 C3 0.000 0.000 0
DHY var_3 C5 C4 O4 HO4 90.005 20.000 1
DHY CONST_5 C5 C4 C3 C2 0.000 0.000 0
DHY var_4 C4 C3 O3 HO3 89.975 20.000 1
DHY CONST_6 C4 C3 C2 C1 0.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DHY plan-1 C1 0.020
DHY plan-1 C2 0.020
DHY plan-1 C6 0.020
DHY plan-1 C7 0.020
DHY plan-1 C3 0.020
DHY plan-1 C4 0.020
DHY plan-1 C5 0.020
DHY plan-1 H2 0.020
DHY plan-1 O3 0.020
DHY plan-1 O4 0.020
DHY plan-1 H5 0.020
DHY plan-1 H6 0.020
DHY plan-2 C8 0.020
DHY plan-2 C7 0.020
DHY plan-2 O1 0.020
DHY plan-2 O2 0.020
# ------------------------------------------------------
|
