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|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DI DI '2'-DEOXYINOSINE-5'-MONOPHOSPHATE ' DNA 33 22 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DI
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DI OP3 O OP -0.666 0.000 0.000 0.000
DI P P P 0.000 0.468 -0.927 1.100
DI OP1 O OP -0.666 1.786 -0.554 1.743
DI OP2 O OP -0.666 0.440 -2.290 0.443
DI "O5'" O O2 0.000 -0.794 -0.987 2.113
DI "C5'" C CH2 0.000 -2.065 -1.328 1.590
DI "H5'" H H 0.000 -2.026 -2.324 1.143
DI "H5''" H H 0.000 -2.361 -0.602 0.830
DI "C4'" C CH1 0.000 -3.079 -1.319 2.726
DI "H4'" H H 0.000 -2.764 -2.021 3.510
DI "C3'" C CH1 0.000 -4.489 -1.665 2.259
DI "H3'" H H 0.000 -4.476 -2.309 1.369
DI "C2'" C CH2 0.000 -5.097 -0.313 1.965
DI "H2'" H H 0.000 -6.182 -0.294 2.084
DI "H2''" H H 0.000 -4.834 0.071 0.977
DI "C1'" C CH1 0.000 -4.451 0.553 3.036
DI "H1'" H H 0.000 -5.033 0.455 3.963
DI "O4'" O O2 0.000 -3.135 0.019 3.263
DI N9 N NR5 0.000 -4.362 1.968 2.692
DI C4 C CR56 0.000 -5.256 2.953 3.003
DI C5 C CR56 0.000 -4.722 4.101 2.461
DI N7 N NRD5 0.000 -3.538 3.863 1.827
DI C8 C CR15 0.000 -3.347 2.568 1.984
DI H8 H H 0.000 -2.487 2.036 1.597
DI N3 N NRD6 0.000 -6.405 2.799 3.698
DI C2 C CR16 0.000 -7.038 3.929 3.831
DI H2 H H 0.000 -7.974 3.910 4.375
DI N1 N NR16 0.000 -6.615 5.168 3.333
DI H1 H H 0.000 -7.215 5.999 3.508
DI C6 C CR6 0.000 -5.426 5.348 2.611
DI O6 O O 0.000 -5.025 6.414 2.162
DI "O3'" O OH1 0.000 -5.214 -2.261 3.332
DI "HO3'" H H 0.000 -5.058 -1.707 4.112
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DI OP3 n/a P START
DI P OP3 "O5'" .
DI OP1 P . .
DI OP2 P . .
DI "O5'" P "C5'" .
DI "C5'" "O5'" "C4'" .
DI "H5'" "C5'" . .
DI "H5''" "C5'" . .
DI "C4'" "C5'" "C3'" .
DI "H4'" "C4'" . .
DI "C3'" "C4'" "O3'" .
DI "H3'" "C3'" . .
DI "C2'" "C3'" "C1'" .
DI "H2'" "C2'" . .
DI "H2''" "C2'" . .
DI "C1'" "C2'" N9 .
DI "H1'" "C1'" . .
DI "O4'" "C1'" . .
DI N9 "C1'" C4 .
DI C4 N9 N3 .
DI C5 C4 N7 .
DI N7 C5 C8 .
DI C8 N7 H8 .
DI H8 C8 . .
DI N3 C4 C2 .
DI C2 N3 N1 .
DI H2 C2 . .
DI N1 C2 C6 .
DI H1 N1 . .
DI C6 N1 O6 .
DI O6 C6 . .
DI "O3'" "C3'" . END
DI "HO3'" "O3'" . .
DI "C4'" "O4'" . ADD
DI N9 C8 . ADD
DI C5 C6 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DI P OP3 deloc 1.510 0.020
DI OP1 P deloc 1.510 0.020
DI OP2 P deloc 1.510 0.020
DI "O5'" P single 1.610 0.020
DI "C5'" "O5'" single 1.426 0.020
DI "C4'" "C5'" single 1.524 0.020
DI "H5'" "C5'" single 1.092 0.020
DI "H5''" "C5'" single 1.092 0.020
DI "C4'" "O4'" single 1.426 0.020
DI "C3'" "C4'" single 1.524 0.020
DI "H4'" "C4'" single 1.099 0.020
DI "O4'" "C1'" single 1.426 0.020
DI "O3'" "C3'" single 1.432 0.020
DI "C2'" "C3'" single 1.524 0.020
DI "H3'" "C3'" single 1.099 0.020
DI "HO3'" "O3'" single 0.967 0.020
DI "C1'" "C2'" single 1.524 0.020
DI "H2'" "C2'" single 1.092 0.020
DI "H2''" "C2'" single 1.092 0.020
DI N9 "C1'" single 1.485 0.020
DI "H1'" "C1'" single 1.099 0.020
DI N9 C8 single 1.337 0.020
DI C4 N9 single 1.337 0.020
DI C8 N7 double 1.350 0.020
DI H8 C8 single 1.083 0.020
DI N7 C5 single 1.350 0.020
DI C5 C6 single 1.490 0.020
DI C5 C4 double 1.490 0.020
DI O6 C6 double 1.250 0.020
DI C6 N1 single 1.337 0.020
DI N1 C2 single 1.337 0.020
DI H1 N1 single 1.040 0.020
DI C2 N3 double 1.337 0.020
DI H2 C2 single 1.083 0.020
DI N3 C4 single 1.355 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DI OP3 P OP1 119.900 3.000
DI OP3 P OP2 119.900 3.000
DI OP3 P "O5'" 108.200 3.000
DI OP1 P OP2 119.900 3.000
DI OP1 P "O5'" 108.200 3.000
DI OP2 P "O5'" 108.200 3.000
DI P "O5'" "C5'" 120.500 3.000
DI "O5'" "C5'" "H5'" 109.470 3.000
DI "O5'" "C5'" "H5''" 109.470 3.000
DI "O5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DI "H5'" "C5'" "H5''" 107.900 3.000
DI "H5'" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DI "H5''" "C5'" "C4'" 109.470 3.000
DI "C5'" "C4'" "H4'" 108.340 3.000
DI "C5'" "C4'" "C3'" 111.000 3.000
DI "C5'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DI "H4'" "C4'" "C3'" 108.340 3.000
DI "H4'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DI "C3'" "C4'" "O4'" 109.470 3.000
DI "C4'" "C3'" "H3'" 108.340 3.000
DI "C4'" "C3'" "C2'" 111.000 3.000
DI "C4'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DI "H3'" "C3'" "C2'" 108.340 3.000
DI "H3'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DI "C2'" "C3'" "O3'" 109.470 3.000
DI "C3'" "C2'" "H2'" 109.470 3.000
DI "C3'" "C2'" "H2''" 109.470 3.000
DI "C3'" "C2'" "C1'" 111.000 3.000
DI "H2'" "C2'" "H2''" 107.900 3.000
DI "H2'" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DI "H2''" "C2'" "C1'" 109.470 3.000
DI "C2'" "C1'" "H1'" 108.340 3.000
DI "C2'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
DI "C2'" "C1'" N9 109.470 3.000
DI "H1'" "C1'" "O4'" 109.470 3.000
DI "H1'" "C1'" N9 109.470 3.000
DI "O4'" "C1'" N9 109.470 3.000
DI "C1'" "O4'" "C4'" 111.800 3.000
DI "C1'" N9 C4 126.000 3.000
DI "C1'" N9 C8 126.000 3.000
DI C4 N9 C8 108.000 3.000
DI N9 C4 C5 108.000 3.000
DI N9 C4 N3 132.000 3.000
DI C5 C4 N3 120.000 3.000
DI C4 C5 N7 108.000 3.000
DI C4 C5 C6 120.000 3.000
DI N7 C5 C6 132.000 3.000
DI C5 N7 C8 108.000 3.000
DI N7 C8 H8 126.000 3.000
DI N7 C8 N9 108.000 3.000
DI H8 C8 N9 126.000 3.000
DI C4 N3 C2 120.000 3.000
DI N3 C2 H2 120.000 3.000
DI N3 C2 N1 120.000 3.000
DI H2 C2 N1 120.000 3.000
DI C2 N1 H1 120.000 3.000
DI C2 N1 C6 120.000 3.000
DI H1 N1 C6 120.000 3.000
DI N1 C6 O6 120.000 3.000
DI N1 C6 C5 120.000 3.000
DI O6 C6 C5 120.000 3.000
DI "C3'" "O3'" "HO3'" 109.470 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DI var_1 OP3 P "O5'" "C5'" 53.214 20.000 1
DI var_2 P "O5'" "C5'" "C4'" 179.954 20.000 1
DI var_3 "O5'" "C5'" "C4'" "C3'" 179.546 20.000 3
DI var_4 "C5'" "C4'" "O4'" "C1'" 120.000 20.000 1
DI var_5 "C5'" "C4'" "C3'" "O3'" 150.000 20.000 3
DI var_6 "C4'" "C3'" "C2'" "C1'" -30.000 20.000 3
DI var_7 "C3'" "C2'" "C1'" N9 150.000 20.000 3
DI var_8 "C2'" "C1'" "O4'" "C4'" -30.000 20.000 1
DI var_9 "C2'" "C1'" N9 C4 93.484 20.000 1
DI CONST_1 "C1'" N9 C8 N7 180.000 0.000 0
DI CONST_2 "C1'" N9 C4 N3 0.000 0.000 0
DI CONST_3 N9 C4 C5 N7 0.000 0.000 0
DI CONST_4 C4 C5 C6 N1 0.000 0.000 0
DI CONST_5 C4 C5 N7 C8 0.000 0.000 0
DI CONST_6 C5 N7 C8 N9 0.000 0.000 0
DI CONST_7 N9 C4 N3 C2 180.000 0.000 0
DI CONST_8 C4 N3 C2 N1 0.000 0.000 0
DI CONST_9 N3 C2 N1 C6 0.000 0.000 0
DI CONST_10 C2 N1 C6 O6 180.000 0.000 0
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DI chir_01 "C4'" "C5'" "O4'" "C3'" negativ
DI chir_02 "C3'" "C4'" "O3'" "C2'" negativ
DI chir_03 "C1'" "O4'" "C2'" N9 positiv
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DI plan-1 N9 0.020
DI plan-1 "C1'" 0.020
DI plan-1 C8 0.020
DI plan-1 C4 0.020
DI plan-1 N7 0.020
DI plan-1 H8 0.020
DI plan-1 C5 0.020
DI plan-1 C6 0.020
DI plan-1 N1 0.020
DI plan-1 C2 0.020
DI plan-1 N3 0.020
DI plan-1 O6 0.020
DI plan-1 H1 0.020
DI plan-1 H2 0.020
# ------------------------------------------------------
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