1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
|
global_
_lib_name ?
_lib_version ?
_lib_update ?
# ------------------------------------------------
#
# --- LIST OF MONOMERS ---
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
DI5 DI5 'AC-(D)PHE-PRO-BOROHOMOORNITHINE-OH ' non-polymer 61 30 .
# ------------------------------------------------------
# ------------------------------------------------------
#
# --- DESCRIPTION OF MONOMERS ---
#
data_comp_DI5
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
DI5 O4 O O 0.000 0.000 0.000 0.000
DI5 C13 C C 0.000 -0.108 1.201 0.119
DI5 C14 C CH3 0.000 0.894 2.116 -0.537
DI5 H143 H H 0.000 0.396 2.754 -1.221
DI5 H142 H H 0.000 1.377 2.702 0.203
DI5 H141 H H 0.000 1.615 1.539 -1.055
DI5 N3 N NH1 0.000 -1.123 1.719 0.839
DI5 HN3 H H 0.000 -1.213 2.720 0.938
DI5 C12 C CH1 0.000 -2.097 0.829 1.477
DI5 H12 H H 0.000 -2.844 1.429 2.015
DI5 C11 C CH2 0.000 -1.376 -0.091 2.463
DI5 H111 H H 0.000 -0.634 -0.687 1.928
DI5 H112 H H 0.000 -2.102 -0.755 2.937
DI5 C19 C CR6 0.000 -0.689 0.740 3.516
DI5 C18 C CR16 0.000 -1.360 1.074 4.677
DI5 H18 H H 0.000 -2.379 0.740 4.830
DI5 C17 C CR16 0.000 -0.730 1.837 5.644
DI5 H17 H H 0.000 -1.256 2.102 6.553
DI5 C16 C CR16 0.000 0.570 2.263 5.449
DI5 H16 H H 0.000 1.064 2.860 6.206
DI5 C20 C CR16 0.000 0.612 1.161 3.324
DI5 H20 H H 0.000 1.139 0.892 2.418
DI5 C15 C CR16 0.000 1.241 1.926 4.289
DI5 H15 H H 0.000 2.259 2.261 4.135
DI5 C10 C C 0.000 -2.783 -0.001 0.423
DI5 O3 O O 0.000 -2.195 -0.295 -0.596
DI5 N2 N N 0.000 -4.051 -0.416 0.612
DI5 C9 C CH2 0.000 -4.880 -0.132 1.798
DI5 H91 H H 0.000 -5.389 0.830 1.713
DI5 H92 H H 0.000 -4.289 -0.151 2.716
DI5 C8 C CH2 0.000 -5.928 -1.271 1.833
DI5 H81 H H 0.000 -6.851 -0.992 2.344
DI5 H82 H H 0.000 -5.542 -2.199 2.262
DI5 C7 C CH2 0.000 -6.213 -1.478 0.323
DI5 H72 H H 0.000 -6.941 -0.764 -0.067
DI5 H71 H H 0.000 -6.543 -2.494 0.095
DI5 C5 C CH1 0.000 -4.838 -1.223 -0.330
DI5 H5 H H 0.000 -4.331 -2.180 -0.514
DI5 C6 C C 0.000 -5.017 -0.482 -1.630
DI5 O2 O O 0.000 -4.528 0.618 -1.771
DI5 N N NH1 0.000 -5.721 -1.041 -2.633
DI5 HN H H 0.000 -6.129 -1.958 -2.514
DI5 C C CH1 0.000 -5.895 -0.321 -3.896
DI5 H H H 0.000 -5.025 0.327 -4.071
DI5 B1 B B 0.000 -7.195 0.555 -3.824
DI5 O1 O OH1 0.000 -7.111 1.964 -3.979
DI5 HO1 H H 0.000 -6.255 2.349 -4.124
DI5 O O OH1 0.000 -8.456 -0.061 -3.605
DI5 HO H H 0.000 -9.225 0.494 -3.567
DI5 C2 C CH2 0.000 -6.021 -1.325 -5.043
DI5 H21 H H 0.000 -6.885 -1.969 -4.869
DI5 H22 H H 0.000 -5.117 -1.936 -5.092
DI5 C3 C CH2 0.000 -6.202 -0.573 -6.363
DI5 H31 H H 0.000 -5.337 0.072 -6.535
DI5 H32 H H 0.000 -7.105 0.038 -6.312
DI5 C4 C CH2 0.000 -6.327 -1.577 -7.510
DI5 H41 H H 0.000 -7.191 -2.222 -7.336
DI5 H42 H H 0.000 -5.423 -2.187 -7.559
DI5 N1 N NH2 0.000 -6.501 -0.854 -8.777
DI5 HN12 H H 0.000 -6.523 0.159 -8.789
DI5 HN11 H H 0.000 -6.601 -1.363 -9.647
loop_
_chem_comp_tree.comp_id
_chem_comp_tree.atom_id
_chem_comp_tree.atom_back
_chem_comp_tree.atom_forward
_chem_comp_tree.connect_type
DI5 O4 n/a C13 START
DI5 C13 O4 N3 .
DI5 C14 C13 H141 .
DI5 H143 C14 . .
DI5 H142 C14 . .
DI5 H141 C14 . .
DI5 N3 C13 C12 .
DI5 HN3 N3 . .
DI5 C12 N3 C10 .
DI5 H12 C12 . .
DI5 C11 C12 C19 .
DI5 H111 C11 . .
DI5 H112 C11 . .
DI5 C19 C11 C20 .
DI5 C18 C19 C17 .
DI5 H18 C18 . .
DI5 C17 C18 C16 .
DI5 H17 C17 . .
DI5 C16 C17 H16 .
DI5 H16 C16 . .
DI5 C20 C19 C15 .
DI5 H20 C20 . .
DI5 C15 C20 H15 .
DI5 H15 C15 . .
DI5 C10 C12 N2 .
DI5 O3 C10 . .
DI5 N2 C10 C5 .
DI5 C9 N2 C8 .
DI5 H91 C9 . .
DI5 H92 C9 . .
DI5 C8 C9 C7 .
DI5 H81 C8 . .
DI5 H82 C8 . .
DI5 C7 C8 H71 .
DI5 H72 C7 . .
DI5 H71 C7 . .
DI5 C5 N2 C6 .
DI5 H5 C5 . .
DI5 C6 C5 N .
DI5 O2 C6 . .
DI5 N C6 C .
DI5 HN N . .
DI5 C N C2 .
DI5 H C . .
DI5 B1 C O .
DI5 O1 B1 HO1 .
DI5 HO1 O1 . .
DI5 O B1 HO .
DI5 HO O . .
DI5 C2 C C3 .
DI5 H21 C2 . .
DI5 H22 C2 . .
DI5 C3 C2 C4 .
DI5 H31 C3 . .
DI5 H32 C3 . .
DI5 C4 C3 N1 .
DI5 H41 C4 . .
DI5 H42 C4 . .
DI5 N1 C4 HN11 .
DI5 HN12 N1 . .
DI5 HN11 N1 . END
DI5 C5 C7 . ADD
DI5 C15 C16 . ADD
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
DI5 B1 C single 1.600 0.020
DI5 O B1 single 1.535 0.020
DI5 O1 B1 single 1.535 0.020
DI5 C2 C single 1.524 0.020
DI5 C N single 1.450 0.020
DI5 H C single 1.099 0.020
DI5 C3 C2 single 1.524 0.020
DI5 H21 C2 single 1.092 0.020
DI5 H22 C2 single 1.092 0.020
DI5 C4 C3 single 1.524 0.020
DI5 H31 C3 single 1.092 0.020
DI5 H32 C3 single 1.092 0.020
DI5 N1 C4 single 1.450 0.020
DI5 H41 C4 single 1.092 0.020
DI5 H42 C4 single 1.092 0.020
DI5 C6 C5 single 1.500 0.020
DI5 N C6 single 1.330 0.020
DI5 O2 C6 double 1.220 0.020
DI5 C5 C7 single 1.524 0.020
DI5 C5 N2 single 1.455 0.020
DI5 H5 C5 single 1.099 0.020
DI5 C7 C8 single 1.524 0.020
DI5 H71 C7 single 1.092 0.020
DI5 H72 C7 single 1.092 0.020
DI5 C8 C9 single 1.524 0.020
DI5 H81 C8 single 1.092 0.020
DI5 H82 C8 single 1.092 0.020
DI5 C9 N2 single 1.455 0.020
DI5 H91 C9 single 1.092 0.020
DI5 H92 C9 single 1.092 0.020
DI5 C10 C12 single 1.500 0.020
DI5 N2 C10 single 1.330 0.020
DI5 O3 C10 double 1.220 0.020
DI5 C11 C12 single 1.524 0.020
DI5 C19 C11 single 1.511 0.020
DI5 H111 C11 single 1.092 0.020
DI5 H112 C11 single 1.092 0.020
DI5 C12 N3 single 1.450 0.020
DI5 H12 C12 single 1.099 0.020
DI5 C14 C13 single 1.500 0.020
DI5 N3 C13 single 1.330 0.020
DI5 C13 O4 double 1.220 0.020
DI5 H141 C14 single 1.059 0.020
DI5 H142 C14 single 1.059 0.020
DI5 H143 C14 single 1.059 0.020
DI5 C15 C16 double 1.390 0.020
DI5 C15 C20 single 1.390 0.020
DI5 H15 C15 single 1.083 0.020
DI5 C16 C17 single 1.390 0.020
DI5 H16 C16 single 1.083 0.020
DI5 C17 C18 double 1.390 0.020
DI5 H17 C17 single 1.083 0.020
DI5 C18 C19 single 1.390 0.020
DI5 H18 C18 single 1.083 0.020
DI5 C20 C19 double 1.390 0.020
DI5 H20 C20 single 1.083 0.020
DI5 HN N single 1.010 0.020
DI5 HN11 N1 single 1.010 0.020
DI5 HN12 N1 single 1.010 0.020
DI5 HN3 N3 single 1.010 0.020
DI5 HO O single 0.967 0.020
DI5 HO1 O1 single 0.967 0.020
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
DI5 O4 C13 C14 123.000 3.000
DI5 O4 C13 N3 123.000 3.000
DI5 C14 C13 N3 116.500 3.000
DI5 C13 C14 H143 109.470 3.000
DI5 C13 C14 H142 109.470 3.000
DI5 C13 C14 H141 109.470 3.000
DI5 H143 C14 H142 109.470 3.000
DI5 H143 C14 H141 109.470 3.000
DI5 H142 C14 H141 109.470 3.000
DI5 C13 N3 HN3 120.000 3.000
DI5 C13 N3 C12 121.500 3.000
DI5 HN3 N3 C12 118.500 3.000
DI5 N3 C12 H12 108.550 3.000
DI5 N3 C12 C11 110.000 3.000
DI5 N3 C12 C10 111.600 3.000
DI5 H12 C12 C11 108.340 3.000
DI5 H12 C12 C10 108.810 3.000
DI5 C11 C12 C10 109.470 3.000
DI5 C12 C11 H111 109.470 3.000
DI5 C12 C11 H112 109.470 3.000
DI5 C12 C11 C19 109.470 3.000
DI5 H111 C11 H112 107.900 3.000
DI5 H111 C11 C19 109.470 3.000
DI5 H112 C11 C19 109.470 3.000
DI5 C11 C19 C18 120.000 3.000
DI5 C11 C19 C20 120.000 3.000
DI5 C18 C19 C20 120.000 3.000
DI5 C19 C18 H18 120.000 3.000
DI5 C19 C18 C17 120.000 3.000
DI5 H18 C18 C17 120.000 3.000
DI5 C18 C17 H17 120.000 3.000
DI5 C18 C17 C16 120.000 3.000
DI5 H17 C17 C16 120.000 3.000
DI5 C17 C16 H16 120.000 3.000
DI5 C17 C16 C15 120.000 3.000
DI5 H16 C16 C15 120.000 3.000
DI5 C19 C20 H20 120.000 3.000
DI5 C19 C20 C15 120.000 3.000
DI5 H20 C20 C15 120.000 3.000
DI5 C20 C15 H15 120.000 3.000
DI5 C20 C15 C16 120.000 3.000
DI5 H15 C15 C16 120.000 3.000
DI5 C12 C10 O3 120.500 3.000
DI5 C12 C10 N2 116.500 3.000
DI5 O3 C10 N2 123.000 3.000
DI5 C10 N2 C9 127.000 3.000
DI5 C10 N2 C5 121.000 3.000
DI5 C9 N2 C5 112.000 3.000
DI5 N2 C9 H91 109.470 3.000
DI5 N2 C9 H92 109.470 3.000
DI5 N2 C9 C8 105.000 3.000
DI5 H91 C9 H92 107.900 3.000
DI5 H91 C9 C8 109.470 3.000
DI5 H92 C9 C8 109.470 3.000
DI5 C9 C8 H81 109.470 3.000
DI5 C9 C8 H82 109.470 3.000
DI5 C9 C8 C7 111.000 3.000
DI5 H81 C8 H82 107.900 3.000
DI5 H81 C8 C7 109.470 3.000
DI5 H82 C8 C7 109.470 3.000
DI5 C8 C7 H72 109.470 3.000
DI5 C8 C7 H71 109.470 3.000
DI5 C8 C7 C5 111.000 3.000
DI5 H72 C7 H71 107.900 3.000
DI5 H72 C7 C5 109.470 3.000
DI5 H71 C7 C5 109.470 3.000
DI5 N2 C5 H5 109.470 3.000
DI5 N2 C5 C6 111.600 3.000
DI5 N2 C5 C7 105.000 3.000
DI5 H5 C5 C6 108.810 3.000
DI5 H5 C5 C7 108.340 3.000
DI5 C6 C5 C7 109.470 3.000
DI5 C5 C6 O2 120.500 3.000
DI5 C5 C6 N 116.500 3.000
DI5 O2 C6 N 123.000 3.000
DI5 C6 N HN 120.000 3.000
DI5 C6 N C 121.500 3.000
DI5 HN N C 118.500 3.000
DI5 N C H 108.550 3.000
DI5 N C B1 109.500 3.000
DI5 N C C2 110.000 3.000
DI5 H C B1 109.470 3.000
DI5 H C C2 108.340 3.000
DI5 B1 C C2 109.470 3.000
DI5 C B1 O1 120.000 3.000
DI5 C B1 O 120.000 3.000
DI5 O1 B1 O 120.000 3.000
DI5 B1 O1 HO1 120.000 3.000
DI5 B1 O HO 120.000 3.000
DI5 C C2 H21 109.470 3.000
DI5 C C2 H22 109.470 3.000
DI5 C C2 C3 111.000 3.000
DI5 H21 C2 H22 107.900 3.000
DI5 H21 C2 C3 109.470 3.000
DI5 H22 C2 C3 109.470 3.000
DI5 C2 C3 H31 109.470 3.000
DI5 C2 C3 H32 109.470 3.000
DI5 C2 C3 C4 111.000 3.000
DI5 H31 C3 H32 107.900 3.000
DI5 H31 C3 C4 109.470 3.000
DI5 H32 C3 C4 109.470 3.000
DI5 C3 C4 H41 109.470 3.000
DI5 C3 C4 H42 109.470 3.000
DI5 C3 C4 N1 109.470 3.000
DI5 H41 C4 H42 107.900 3.000
DI5 H41 C4 N1 109.470 3.000
DI5 H42 C4 N1 109.470 3.000
DI5 C4 N1 HN12 120.000 3.000
DI5 C4 N1 HN11 120.000 3.000
DI5 HN12 N1 HN11 120.000 3.000
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
DI5 var_1 O4 C13 C14 H141 -0.014 20.000 1
DI5 CONST_1 O4 C13 N3 C12 0.000 0.000 0
DI5 var_2 C13 N3 C12 C10 -60.024 20.000 3
DI5 var_3 N3 C12 C11 C19 60.018 20.000 3
DI5 var_4 C12 C11 C19 C20 -90.292 20.000 2
DI5 CONST_2 C11 C19 C18 C17 180.000 0.000 0
DI5 CONST_3 C19 C18 C17 C16 0.000 0.000 0
DI5 CONST_4 C18 C17 C16 C15 0.000 0.000 0
DI5 CONST_5 C11 C19 C20 C15 180.000 0.000 0
DI5 CONST_6 C19 C20 C15 C16 0.000 0.000 0
DI5 CONST_7 C20 C15 C16 C17 0.000 0.000 0
DI5 var_5 N3 C12 C10 N2 -149.986 20.000 3
DI5 CONST_8 C12 C10 N2 C5 180.000 0.000 0
DI5 var_6 C10 N2 C9 C8 -150.000 20.000 1
DI5 var_7 N2 C9 C8 C7 -30.000 20.000 3
DI5 var_8 C9 C8 C7 C5 30.000 20.000 3
DI5 var_9 C10 N2 C5 C6 -60.000 20.000 3
DI5 var_10 N2 C5 C7 C8 -30.000 20.000 3
DI5 var_11 N2 C5 C6 N -179.485 20.000 3
DI5 CONST_9 C5 C6 N C 180.000 0.000 0
DI5 var_12 C6 N C C2 150.018 20.000 3
DI5 var_13 N C B1 O -60.044 20.000 1
DI5 var_14 C B1 O1 HO1 -0.104 20.000 1
DI5 var_15 C B1 O HO -179.978 20.000 1
DI5 var_16 N C C2 C3 -179.960 20.000 3
DI5 var_17 C C2 C3 C4 179.990 20.000 3
DI5 var_18 C2 C3 C4 N1 179.974 20.000 3
DI5 var_19 C3 C4 N1 HN11 179.968 20.000 1
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
DI5 chir_01 C B1 C2 N positiv
DI5 chir_02 C5 C6 C7 N2 positiv
DI5 chir_03 C12 C10 C11 N3 negativ
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
DI5 plan-1 C6 0.020
DI5 plan-1 C5 0.020
DI5 plan-1 N 0.020
DI5 plan-1 O2 0.020
DI5 plan-1 HN 0.020
DI5 plan-2 C10 0.020
DI5 plan-2 C12 0.020
DI5 plan-2 N2 0.020
DI5 plan-2 O3 0.020
DI5 plan-3 C13 0.020
DI5 plan-3 C14 0.020
DI5 plan-3 N3 0.020
DI5 plan-3 O4 0.020
DI5 plan-3 HN3 0.020
DI5 plan-4 C15 0.020
DI5 plan-4 C16 0.020
DI5 plan-4 C20 0.020
DI5 plan-4 H15 0.020
DI5 plan-4 C17 0.020
DI5 plan-4 C18 0.020
DI5 plan-4 C19 0.020
DI5 plan-4 H16 0.020
DI5 plan-4 H17 0.020
DI5 plan-4 H18 0.020
DI5 plan-4 C11 0.020
DI5 plan-4 H20 0.020
DI5 plan-5 N 0.020
DI5 plan-5 C 0.020
DI5 plan-5 C6 0.020
DI5 plan-5 HN 0.020
DI5 plan-6 N1 0.020
DI5 plan-6 C4 0.020
DI5 plan-6 HN11 0.020
DI5 plan-6 HN12 0.020
DI5 plan-7 N2 0.020
DI5 plan-7 C5 0.020
DI5 plan-7 C9 0.020
DI5 plan-7 C10 0.020
DI5 plan-8 N3 0.020
DI5 plan-8 C12 0.020
DI5 plan-8 C13 0.020
DI5 plan-8 HN3 0.020
# ------------------------------------------------------
|
